data_5KJ7
#
_model_server_result.job_id            3HEKjww1pWFd3IAopI9Gyw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-02 00:19:51' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5kj7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"BA","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    5KJ7 
#
_exptl.entry_id    5KJ7 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    19 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5KJ7 
_cell.length_a            69.386 
_cell.length_b            170.676 
_cell.length_c            291.014 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5KJ7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? pentameric 5 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? pentameric 5 author_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,EA,FA,GA,HA 1 1 
F,V,W,X,Y,IA 2 1 
G,H,I,J,K,Z,AA,BA,CA,DA,JA,KA,LA 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 L N N 
? 6 M N N 
? 6 N N N 
? 6 O N N 
? 6 P N N 
? 6 Q N N 
? 6 R N N 
? 6 S N N 
? 6 T N N 
? 6 U N N 
? 6 V N N 
? 6 W N N 
? 6 X N N 
? 6 Y N N 
? 6 Z N N 
? 6 AA N N 
? 6 BA N N 
? 6 CA N N 
? 6 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 C OE1 GLU 53 C GLU 61 1_555 O CA CA . C CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc2 C OE2 GLU 53 C GLU 61 1_555 O CA CA . C CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? 
metalc ? metalc3 E OD1 ASP 32 E ASP 172 1_555 S CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc4 E OD2 ASP 32 E ASP 172 1_555 T CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc5 E OD2 ASP 38 E ASP 178 1_555 T CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? 
metalc ? metalc6 E OD2 ASP 90 E ASP 230 1_555 S CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc7 E O PHE 91 E PHE 231 1_555 S CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? 
metalc ? metalc8 E OD1 ASP 92 E ASP 232 1_555 S CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc9 E OD2 ASP 92 E ASP 232 1_555 S CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc10 E O MET 162 E MET 302 1_555 U CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.119 ? 
metalc ? metalc11 E OD2 ASP 169 E ASP 309 1_555 R CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc12 E OE1 GLU 206 E GLU 346 1_555 DA CA CA . K CA 504 3_644 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.031 ? 
metalc ? metalc13 E OD2 ASP 223 E ASP 363 1_555 R CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.18 ? 
metalc ? metalc14 E O TYR 224 E TYR 364 1_555 R CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? 
metalc ? metalc15 E OD1 ASP 225 E ASP 365 1_555 R CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? 
metalc ? metalc16 E OD1 ASP 225 E ASP 365 1_555 U CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? 
metalc ? metalc17 E OD2 ASP 225 E ASP 365 1_555 U CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.048 ? 
metalc ? metalc18 F OD2 ASP 32 F ASP 172 1_555 V CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc19 F OD2 ASP 32 F ASP 172 1_555 W CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? 
metalc ? metalc20 F OD1 ASP 38 F ASP 178 1_555 V CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc21 F OD1 ASP 90 F ASP 230 1_555 V CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? 
metalc ? metalc22 F OD2 ASP 90 F ASP 230 1_555 W CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc23 F O PHE 91 F PHE 231 1_555 V CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? 
metalc ? metalc24 F OD1 ASP 92 F ASP 232 1_555 W CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? 
metalc ? metalc25 F OD2 ASP 92 F ASP 232 1_555 W CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc26 F OD2 ASP 163 F ASP 303 1_555 X CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.079 ? 
metalc ? metalc27 F OD2 ASP 169 F ASP 309 1_555 X CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc28 F O TYR 224 F TYR 364 1_555 X CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc29 K OD1 ASP 32 K ASP 172 1_555 CA CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.112 ? 
metalc ? metalc30 K OD1 ASP 32 K ASP 172 1_555 DA CA CA . K CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.021 ? 
metalc ? metalc31 K OD2 ASP 38 K ASP 178 1_555 DA CA CA . K CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc32 K OD1 ASP 90 K ASP 230 1_555 CA CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? 
metalc ? metalc33 K O PHE 91 K PHE 231 1_555 CA CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.971 ? 
metalc ? metalc34 K O PHE 91 K PHE 231 1_555 DA CA CA . K CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc35 K OD2 ASP 163 K ASP 303 1_555 AA CA CA . K CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.179 ? 
metalc ? metalc36 K OD2 ASP 163 K ASP 303 1_555 BA CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc37 K O LEU 167 K LEU 307 1_555 AA CA CA . K CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? 
metalc ? metalc38 K OD2 ASP 169 K ASP 309 1_555 BA CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? 
metalc ? metalc39 K O TYR 224 K TYR 364 1_555 BA CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? 
metalc ? metalc40 K OD1 ASP 225 K ASP 365 1_555 BA CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5KJ7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014412 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005859 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003436 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
L 6 CA A 1 101 101 CA CA . 
M 6 CA A 1 102 102 CA CA . 
N 6 CA C 1 101 101 CA CA . 
O 6 CA C 1 102 102 CA CA . 
P 6 CA C 1 103 103 CA CA . 
Q 6 CA D 1 301 301 CA CA . 
R 6 CA E 1 501 501 CA CA . 
S 6 CA E 1 502 502 CA CA . 
T 6 CA E 1 503 503 CA CA . 
U 6 CA E 1 504 504 CA CA . 
V 6 CA F 1 501 501 CA CA . 
W 6 CA F 1 502 502 CA CA . 
X 6 CA F 1 503 503 CA CA . 
Y 6 CA F 1 504 504 CA CA . 
Z 6 CA G 1 101 101 CA CA . 
AA 6 CA K 1 501 501 CA CA . 
BA 6 CA K 1 502 502 CA CA . 
CA 6 CA K 1 503 503 CA CA . 
DA 6 CA K 1 504 504 CA CA . 
EA 7 HOH A 1 201 201 HOH HOH . 
FA 7 HOH B 1 301 301 HOH HOH . 
GA 7 HOH D 1 401 401 HOH HOH . 
HA 7 HOH E 1 601 601 HOH HOH . 
HA 7 HOH E 2 602 602 HOH HOH . 
HA 7 HOH E 3 603 603 HOH HOH . 
HA 7 HOH E 4 604 604 HOH HOH . 
IA 7 HOH F 1 601 603 HOH HOH . 
IA 7 HOH F 2 602 602 HOH HOH . 
IA 7 HOH F 3 603 604 HOH HOH . 
IA 7 HOH F 4 604 601 HOH HOH . 
JA 7 HOH I 1 101 101 HOH HOH . 
KA 7 HOH J 1 301 301 HOH HOH . 
KA 7 HOH J 2 302 602 HOH HOH . 
LA 7 HOH K 1 601 605 HOH HOH . 
LA 7 HOH K 2 602 603 HOH HOH . 
LA 7 HOH K 3 603 604 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         BA 
_atom_site.label_entity_id       6 
_atom_site.Cartn_x               11.657 
_atom_site.Cartn_y               41.001 
_atom_site.Cartn_z               -75.817 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        107.71 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          K 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              71 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    45 
_model_server_stats.query_time_ms           284 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#