data_5KJ8 # _model_server_result.job_id rKPSHHv5zGAIsXxZrNqQeQ _model_server_result.datetime_utc '2025-07-01 15:58:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5kj8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":504}' # _entry.id 5KJ8 # _exptl.entry_id 5KJ8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 14 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5KJ8 _cell.length_a 68.79 _cell.length_b 169.71 _cell.length_c 286.79 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5KJ8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? pentameric 5 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? pentameric 5 author_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,L,M,N,O,P,Q 1 1 F,R,S,T,U 2 1 G,H,I,J,K,V,W,X,Y 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 L N N ? 6 M N N ? 6 N N N ? 6 O N N ? 6 P N N ? 6 Q N N ? 6 R N N ? 6 S N N ? 6 T N N ? 6 U N N ? 6 V N N ? 6 W N N ? 6 X N N ? 6 Y N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 E OD2 ASP 32 E ASP 172 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc2 E OD1 ASP 32 E ASP 172 1_555 Q CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? metalc ? metalc3 E OD2 ASP 32 E ASP 172 1_555 Q CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc4 E OD2 ASP 38 E ASP 178 1_555 Q CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc5 E OD1 ASP 90 E ASP 230 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc6 E OD2 ASP 90 E ASP 230 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? metalc ? metalc7 E O PHE 91 E PHE 231 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc8 E OD1 ASP 92 E ASP 232 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc9 E OD2 ASP 92 E ASP 232 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.111 ? metalc ? metalc10 E OD1 ASP 163 E ASP 303 1_555 N CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc11 E OD2 ASP 163 E ASP 303 1_555 N CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc12 E OD1 ASP 163 E ASP 303 1_555 O CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.578 ? metalc ? metalc13 E OD2 ASP 169 E ASP 309 1_555 N CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? metalc ? metalc14 E OE1 GLU 206 E GLU 346 1_555 Y CA CA . K CA 504 3_445 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.131 ? metalc ? metalc15 E OD1 ASP 223 E ASP 363 1_555 N CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc16 E OD2 ASP 223 E ASP 363 1_555 N CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc17 E OD2 ASP 223 E ASP 363 1_555 O CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? metalc ? metalc18 E O TYR 224 E TYR 364 1_555 N CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc19 E OD1 ASP 225 E ASP 365 1_555 O CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc20 F OD1 ASP 32 F ASP 172 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc21 F OD2 ASP 32 F ASP 172 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? metalc ? metalc22 F O THR 36 F THR 176 1_555 U CA CA . F CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc23 F OD2 ASP 38 F ASP 178 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc24 F OD1 ASP 90 F ASP 230 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? metalc ? metalc25 F OD2 ASP 90 F ASP 230 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc26 F O PHE 91 F PHE 231 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? metalc ? metalc27 F OD2 ASP 92 F ASP 232 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? metalc ? metalc28 F OD2 ASP 163 F ASP 303 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc ? metalc29 F OD2 ASP 169 F ASP 309 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc30 F OD1 ASP 223 F ASP 363 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.166 ? metalc ? metalc31 F OD2 ASP 223 F ASP 363 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.063 ? metalc ? metalc32 F O TYR 224 F TYR 364 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? metalc ? metalc33 K OD1 ASP 32 K ASP 172 1_555 X CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc34 K OD1 ASP 32 K ASP 172 1_555 Y CA CA . K CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.031 ? metalc ? metalc35 K OD2 ASP 32 K ASP 172 1_555 Y CA CA . K CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc36 K OD2 ASP 38 K ASP 178 1_555 Y CA CA . K CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc ? metalc37 K OD1 ASP 90 K ASP 230 1_555 X CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.09 ? metalc ? metalc38 K OD2 ASP 90 K ASP 230 1_555 X CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? metalc ? metalc39 K O PHE 91 K PHE 231 1_555 X CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc40 K O PHE 91 K PHE 231 1_555 Y CA CA . K CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? metalc ? metalc41 K OD1 ASP 92 K ASP 232 1_555 X CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc42 K OD2 ASP 92 K ASP 232 1_555 X CA CA . K CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc43 K OD2 ASP 163 K ASP 303 1_555 V CA CA . K CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? metalc ? metalc44 K OD1 ASP 163 K ASP 303 1_555 W CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? metalc ? metalc45 K OD2 ASP 163 K ASP 303 1_555 W CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc46 K O LEU 167 K LEU 307 1_555 V CA CA . K CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc47 K OD2 ASP 169 K ASP 309 1_555 W CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? metalc ? metalc48 K OD1 ASP 223 K ASP 363 1_555 V CA CA . K CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.195 ? metalc ? metalc49 K OD2 ASP 223 K ASP 363 1_555 W CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? metalc ? metalc50 K O TYR 224 K TYR 364 1_555 W CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc51 K OD1 ASP 225 K ASP 365 1_555 W CA CA . K CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5KJ8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014537 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005892 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003487 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code L 6 CA C 1 101 101 CA CA . M 6 CA C 1 102 102 CA CA . N 6 CA E 1 501 501 CA CA . O 6 CA E 1 502 502 CA CA . P 6 CA E 1 503 503 CA CA . Q 6 CA E 1 504 504 CA CA . R 6 CA F 1 501 501 CA CA . S 6 CA F 1 502 502 CA CA . T 6 CA F 1 503 503 CA CA . U 6 CA F 1 504 504 CA CA . V 6 CA K 1 501 501 CA CA . W 6 CA K 1 502 502 CA CA . X 6 CA K 1 503 503 CA CA . Y 6 CA K 1 504 504 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Y _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x -51.452 _atom_site.Cartn_y 62.067 _atom_site.Cartn_z 75.55 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 136.35 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 504 _atom_site.auth_asym_id K _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 304 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #