data_5KKL # _model_server_result.job_id oUlou11IlED3xilmKOXQXA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-03 18:44:42' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5kkl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":8004}' # _entry.id 5KKL # _exptl.entry_id 5KKL _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 107.42 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5KKL _cell.length_a 86.254 _cell.length_b 80.559 _cell.length_c 133.22 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5KKL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 C C ARG 5 D ARG 26 1_555 C N M3L 6 D M3L 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale2 C C M3L 6 D M3L 27 1_555 C N SER 7 D SER 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 327 B CYS 508 1_555 J ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 330 B CYS 511 1_555 J ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 335 B CYS 516 1_555 J ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc4 B ND1 HIS 337 B HIS 518 1_555 J ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 393 B CYS 574 1_555 K ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 434 B CYS 615 1_555 K ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 444 B CYS 625 1_555 K ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 504 B CYS 685 1_555 G ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 504 B CYS 685 1_555 I ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc10 B NE2 HIS 506 B HIS 687 1_555 G ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 510 B CYS 691 1_555 G ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 510 B CYS 691 1_555 H ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 516 B CYS 697 1_555 G ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc14 B SG CYS 518 B CYS 699 1_555 I ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc15 B SG CYS 528 B CYS 709 1_555 H ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc16 B SG CYS 528 B CYS 709 1_555 I ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc17 B SG CYS 532 B CYS 713 1_555 I ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc18 B SG CYS 534 B CYS 715 1_555 H ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? metalc ? metalc19 B SG CYS 539 B CYS 720 1_555 H ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc20 B SG CYS 546 B CYS 727 1_555 D ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc21 B SG CYS 546 B CYS 727 1_555 F ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? metalc ? metalc22 B SG CYS 548 B CYS 729 1_555 F ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc23 B SG CYS 555 B CYS 736 1_555 E ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? metalc ? metalc24 B SG CYS 555 B CYS 736 1_555 F ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc25 B SG CYS 565 B CYS 746 1_555 F ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc26 B SG CYS 567 B CYS 748 1_555 D ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc27 B SG CYS 574 B CYS 755 1_555 D ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc28 B SG CYS 574 B CYS 755 1_555 E ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc29 B SG CYS 579 B CYS 760 1_555 D ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc30 B SG CYS 582 B CYS 763 1_555 E ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? metalc ? metalc31 B SG CYS 603 B CYS 784 1_555 E ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5KKL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011594 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003638 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012413 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007867 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 ZN B 1 8001 8001 ZN ZN . E 4 ZN B 1 8002 8002 ZN ZN . F 4 ZN B 1 8003 8003 ZN ZN . G 4 ZN B 1 8004 8004 ZN ZN . H 4 ZN B 1 8005 8005 ZN ZN . I 4 ZN B 1 8006 8006 ZN ZN . J 4 ZN B 1 8007 8007 ZN ZN . K 4 ZN B 1 8008 8008 ZN ZN . L 5 SAM B 1 8009 8009 SAM SAM . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 44.541 _atom_site.Cartn_y 84.08 _atom_site.Cartn_z 289.443 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 72.38 _atom_site.pdbx_formal_charge 2 _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 8004 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 30 _model_server_stats.parse_time_ms 24 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 315 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #