data_5KKL
#
_model_server_result.job_id            mBqok_lYKJSqPNh9yCEjmQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-22 06:31:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5kkl 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":8009}' 
#
_entry.id    5KKL 
#
_exptl.entry_id    5KKL 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              398.437 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            S-ADENOSYLMETHIONINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          107.42 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5KKL 
_cell.length_a            86.254 
_cell.length_b            80.559 
_cell.length_c            133.22 
_cell.Z_PDB               2 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5KKL 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      5 
_struct_asym.id                             L 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 C C ARG 5 D ARG 26 1_555 C N M3L 6 D M3L 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale2 C C M3L 6 D M3L 27 1_555 C N SER 7 D SER 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 327 B CYS 508 1_555 J ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 330 B CYS 511 1_555 J ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 335 B CYS 516 1_555 J ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc4 B ND1 HIS 337 B HIS 518 1_555 J ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 393 B CYS 574 1_555 K ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 434 B CYS 615 1_555 K ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 444 B CYS 625 1_555 K ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 504 B CYS 685 1_555 G ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 504 B CYS 685 1_555 I ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc10 B NE2 HIS 506 B HIS 687 1_555 G ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 510 B CYS 691 1_555 G ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 510 B CYS 691 1_555 H ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 516 B CYS 697 1_555 G ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc14 B SG CYS 518 B CYS 699 1_555 I ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc15 B SG CYS 528 B CYS 709 1_555 H ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc16 B SG CYS 528 B CYS 709 1_555 I ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc17 B SG CYS 532 B CYS 713 1_555 I ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc18 B SG CYS 534 B CYS 715 1_555 H ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc19 B SG CYS 539 B CYS 720 1_555 H ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? 
metalc ? metalc20 B SG CYS 546 B CYS 727 1_555 D ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc21 B SG CYS 546 B CYS 727 1_555 F ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? 
metalc ? metalc22 B SG CYS 548 B CYS 729 1_555 F ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc23 B SG CYS 555 B CYS 736 1_555 E ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc24 B SG CYS 555 B CYS 736 1_555 F ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc25 B SG CYS 565 B CYS 746 1_555 F ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc26 B SG CYS 567 B CYS 748 1_555 D ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? 
metalc ? metalc27 B SG CYS 574 B CYS 755 1_555 D ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc28 B SG CYS 574 B CYS 755 1_555 E ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? 
metalc ? metalc29 B SG CYS 579 B CYS 760 1_555 D ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc30 B SG CYS 582 B CYS 763 1_555 E ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? 
metalc ? metalc31 B SG CYS 603 B CYS 784 1_555 E ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
#
_chem_comp.formula           'C15 H22 N6 O5 S' 
_chem_comp.formula_weight    398.437 
_chem_comp.id                SAM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              S-ADENOSYLMETHIONINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA SAM sing 308 n n 
N HN1 SAM sing 309 n n 
N HN2 SAM sing 310 n n 
CA C SAM sing 311 n n 
CA CB SAM sing 312 n n 
CA HA SAM sing 313 n n 
C O SAM doub 314 n n 
C OXT SAM sing 315 n n 
CB CG SAM sing 316 n n 
CB HB1 SAM sing 317 n n 
CB HB2 SAM sing 318 n n 
CG SD SAM sing 319 n n 
CG HG1 SAM sing 320 n n 
CG HG2 SAM sing 321 n n 
SD CE SAM sing 322 n n 
SD C5' SAM sing 323 n n 
CE HE1 SAM sing 324 n n 
CE HE2 SAM sing 325 n n 
CE HE3 SAM sing 326 n n 
C5' C4' SAM sing 327 n n 
C5' "H5'1" SAM sing 328 n n 
C5' "H5'2" SAM sing 329 n n 
C4' O4' SAM sing 330 n n 
C4' C3' SAM sing 331 n n 
C4' H4' SAM sing 332 n n 
O4' C1' SAM sing 333 n n 
C3' O3' SAM sing 334 n n 
C3' C2' SAM sing 335 n n 
C3' H3' SAM sing 336 n n 
O3' HO3' SAM sing 337 n n 
C2' O2' SAM sing 338 n n 
C2' C1' SAM sing 339 n n 
C2' H2' SAM sing 340 n n 
O2' HO2' SAM sing 341 n n 
C1' N9 SAM sing 342 n n 
C1' H1' SAM sing 343 n n 
N9 C8 SAM sing 344 n y 
N9 C4 SAM sing 345 n y 
C8 N7 SAM doub 346 n y 
C8 H8 SAM sing 347 n n 
N7 C5 SAM sing 348 n y 
C5 C6 SAM sing 349 n y 
C5 C4 SAM doub 350 n y 
C6 N6 SAM sing 351 n n 
C6 N1 SAM doub 352 n y 
N6 HN61 SAM sing 353 n n 
N6 HN62 SAM sing 354 n n 
N1 C2 SAM sing 355 n y 
C2 N3 SAM doub 356 n y 
C2 H2 SAM sing 357 n n 
N3 C4 SAM sing 358 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     5KKL 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011594 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003638 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012413 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007867 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 ZN B 1 8001 8001 ZN ZN . 
E 4 ZN B 1 8002 8002 ZN ZN . 
F 4 ZN B 1 8003 8003 ZN ZN . 
G 4 ZN B 1 8004 8004 ZN ZN . 
H 4 ZN B 1 8005 8005 ZN ZN . 
I 4 ZN B 1 8006 8006 ZN ZN . 
J 4 ZN B 1 8007 8007 ZN ZN . 
K 4 ZN B 1 8008 8008 ZN ZN . 
L 5 SAM B 1 8009 8009 SAM SAM . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N SAM . . . L 5 82.624 73.527 311.461 1 77.31 ? N SAM 8009 B 1 
HETATM 2 C CA SAM . . . L 5 82.476 73.308 310.019 1 74.24 ? CA SAM 8009 B 1 
HETATM 3 C C SAM . . . L 5 83.855 73.265 309.243 1 74.74 ? C SAM 8009 B 1 
HETATM 4 O O SAM . . . L 5 83.842 73.441 308.003 1 75.12 ? O SAM 8009 B 1 
HETATM 5 O OXT SAM . . . L 5 84.874 73.032 309.926 1 75.82 ? OXT SAM 8009 B 1 
HETATM 6 C CB SAM . . . L 5 81.598 74.407 309.401 1 72.76 ? CB SAM 8009 B 1 
HETATM 7 C CG SAM . . . L 5 80.113 74.285 309.808 1 74.16 ? CG SAM 8009 B 1 
HETATM 8 S SD SAM . . . L 5 79.301 73.033 308.83 1 72.82 ? SD SAM 8009 B 1 
HETATM 9 C CE SAM . . . L 5 77.901 73.885 308.227 1 71.56 ? CE SAM 8009 B 1 
HETATM 10 C C5' SAM . . . L 5 78.544 72.136 310.176 1 77.86 ? C5' SAM 8009 B 1 
HETATM 11 C C4' SAM . . . L 5 79.402 71.011 310.751 1 82.41 ? C4' SAM 8009 B 1 
HETATM 12 O O4' SAM . . . L 5 80.197 71.517 311.845 1 84.78 ? O4' SAM 8009 B 1 
HETATM 13 C C3' SAM . . . L 5 78.55 69.899 311.351 1 87.33 ? C3' SAM 8009 B 1 
HETATM 14 O O3' SAM . . . L 5 78.226 68.936 310.352 1 87.77 ? O3' SAM 8009 B 1 
HETATM 15 C C2' SAM . . . L 5 79.457 69.342 312.451 1 89.74 ? C2' SAM 8009 B 1 
HETATM 16 O O2' SAM . . . L 5 80.393 68.386 311.958 1 91.47 ? O2' SAM 8009 B 1 
HETATM 17 C C1' SAM . . . L 5 80.179 70.608 312.933 1 87.38 ? C1' SAM 8009 B 1 
HETATM 18 N N9 SAM . . . L 5 79.574 71.275 314.086 1 88.09 ? N9 SAM 8009 B 1 
HETATM 19 C C8 SAM . . . L 5 79.09 72.557 314.13 1 87.21 ? C8 SAM 8009 B 1 
HETATM 20 N N7 SAM . . . L 5 78.686 72.937 315.317 1 88.82 ? N7 SAM 8009 B 1 
HETATM 21 C C5 SAM . . . L 5 78.916 71.826 316.113 1 91.4 ? C5 SAM 8009 B 1 
HETATM 22 C C6 SAM . . . L 5 78.738 71.591 317.494 1 93.11 ? C6 SAM 8009 B 1 
HETATM 23 N N6 SAM . . . L 5 78.226 72.491 318.338 1 95.17 ? N6 SAM 8009 B 1 
HETATM 24 N N1 SAM . . . L 5 79.097 70.381 317.978 1 93.42 ? N1 SAM 8009 B 1 
HETATM 25 C C2 SAM . . . L 5 79.584 69.466 317.133 1 93.64 ? C2 SAM 8009 B 1 
HETATM 26 N N3 SAM . . . L 5 79.796 69.571 315.817 1 93.59 ? N3 SAM 8009 B 1 
HETATM 27 C C4 SAM . . . L 5 79.45 70.788 315.365 1 91.67 ? C4 SAM 8009 B 1 
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