data_5KNQ # _model_server_result.job_id lRc6Nl-7_HxtKavP4lSQ5g _model_server_result.datetime_utc '2024-12-29 07:57:38' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5knq # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":302}' # _entry.id 5KNQ # _exptl.entry_id 5KNQ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 107.22 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5KNQ _cell.length_a 56.262 _cell.length_b 85.507 _cell.length_c 81.468 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5KNQ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 1 1 A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,U,V 2 1 C,D,M,N,O,P,Q,R,S,T,W,X 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 R N N ? 3 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 127 A GLU 122 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 128 A ASP 123 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 187 A ASP 182 1_555 G MG MG . A MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 302 1_555 U O HOH . A HOH 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 302 1_555 U O HOH . A HOH 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 302 1_555 U O HOH . A HOH 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc7 F MG MG . A MG 302 1_555 U O HOH . A HOH 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc8 G MG MG . A MG 303 1_555 H O6 POP . A POP 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc9 G MG MG . A MG 303 1_555 U O HOH . A HOH 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc10 G MG MG . A MG 303 1_555 U O HOH . A HOH 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc11 B OE1 GLU 127 B GLU 122 1_555 J MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 128 B ASP 123 1_555 J MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 187 B ASP 182 1_555 K MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 187 B ASP 182 1_555 K MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc15 J MG MG . B MG 302 1_555 V O HOH . B HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc16 J MG MG . B MG 302 1_555 V O HOH . B HOH 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc17 J MG MG . B MG 302 1_555 V O HOH . B HOH 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc18 K MG MG . B MG 303 1_555 L O5 POP . B POP 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc19 K MG MG . B MG 303 1_555 V O HOH . B HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc20 C OE1 GLU 127 C GLU 122 1_555 N MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc21 C OE2 GLU 127 C GLU 122 1_555 N MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc22 C OD1 ASP 128 C ASP 123 1_555 N MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc23 C OD2 ASP 128 C ASP 123 1_555 N MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 187 C ASP 182 1_555 O MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc25 N MG MG . C MG 302 1_555 W O HOH . C HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc26 N MG MG . C MG 302 1_555 W O HOH . C HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc27 N MG MG . C MG 302 1_555 W O HOH . C HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc28 O MG MG . C MG 303 1_555 P O1 POP . C POP 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc29 O MG MG . C MG 303 1_555 P O5 POP . C POP 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc30 O MG MG . C MG 303 1_555 W O HOH . C HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc31 O MG MG . C MG 303 1_555 W O HOH . C HOH 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc32 D OE1 GLU 127 D GLU 122 1_555 R MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc33 D OD1 ASP 128 D ASP 123 1_555 R MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASP 187 D ASP 182 1_555 S MG MG . D MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc35 R MG MG . D MG 302 1_555 X O HOH . D HOH 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc36 R MG MG . D MG 302 1_555 X O HOH . D HOH 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc37 R MG MG . D MG 302 1_555 X O HOH . D HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc38 S MG MG . D MG 303 1_555 T O1 POP . D POP 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc39 S MG MG . D MG 303 1_555 T O6 POP . D POP 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc40 S MG MG . D MG 303 1_555 X O HOH . D HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc41 S MG MG . D MG 303 1_555 X O HOH . D HOH 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5KNQ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.017774 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00551 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011695 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012851 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 6W8 A 1 301 1 6W8 DRG . F 3 MG A 1 302 1 MG MG . G 3 MG A 1 303 2 MG MG . H 4 POP A 1 304 1 POP POP . I 2 6W8 B 1 301 2 6W8 DRG . J 3 MG B 1 302 3 MG MG . K 3 MG B 1 303 4 MG MG . L 4 POP B 1 304 2 POP POP . M 2 6W8 C 1 301 3 6W8 DRG . N 3 MG C 1 302 5 MG MG . O 3 MG C 1 303 6 MG MG . P 4 POP C 1 304 3 POP POP . Q 2 6W8 D 1 301 4 6W8 DRG . R 3 MG D 1 302 7 MG MG . S 3 MG D 1 303 8 MG MG . T 4 POP D 1 304 4 POP POP . U 5 HOH A 1 401 114 HOH HOH . U 5 HOH A 2 402 135 HOH HOH . U 5 HOH A 3 403 104 HOH HOH . U 5 HOH A 4 404 92 HOH HOH . U 5 HOH A 5 405 124 HOH HOH . U 5 HOH A 6 406 33 HOH HOH . U 5 HOH A 7 407 116 HOH HOH . U 5 HOH A 8 408 21 HOH HOH . U 5 HOH A 9 409 138 HOH HOH . U 5 HOH A 10 410 91 HOH HOH . U 5 HOH A 11 411 61 HOH HOH . U 5 HOH A 12 412 67 HOH HOH . U 5 HOH A 13 413 111 HOH HOH . U 5 HOH A 14 414 100 HOH HOH . U 5 HOH A 15 415 52 HOH HOH . U 5 HOH A 16 416 134 HOH HOH . U 5 HOH A 17 417 1 HOH HOH . U 5 HOH A 18 418 63 HOH HOH . U 5 HOH A 19 419 20 HOH HOH . U 5 HOH A 20 420 108 HOH HOH . U 5 HOH A 21 421 87 HOH HOH . U 5 HOH A 22 422 10 HOH HOH . U 5 HOH A 23 423 110 HOH HOH . U 5 HOH A 24 424 115 HOH HOH . U 5 HOH A 25 425 139 HOH HOH . U 5 HOH A 26 426 30 HOH HOH . U 5 HOH A 27 427 11 HOH HOH . U 5 HOH A 28 428 57 HOH HOH . U 5 HOH A 29 429 59 HOH HOH . U 5 HOH A 30 430 41 HOH HOH . U 5 HOH A 31 431 109 HOH HOH . U 5 HOH A 32 432 12 HOH HOH . U 5 HOH A 33 433 7 HOH HOH . U 5 HOH A 34 434 4 HOH HOH . U 5 HOH A 35 435 106 HOH HOH . U 5 HOH A 36 436 40 HOH HOH . U 5 HOH A 37 437 19 HOH HOH . U 5 HOH A 38 438 50 HOH HOH . U 5 HOH A 39 439 51 HOH HOH . U 5 HOH A 40 440 18 HOH HOH . U 5 HOH A 41 441 26 HOH HOH . U 5 HOH A 42 442 84 HOH HOH . U 5 HOH A 43 443 81 HOH HOH . U 5 HOH A 44 444 133 HOH HOH . U 5 HOH A 45 445 62 HOH HOH . U 5 HOH A 46 446 53 HOH HOH . U 5 HOH A 47 447 15 HOH HOH . U 5 HOH A 48 448 105 HOH HOH . U 5 HOH A 49 449 58 HOH HOH . U 5 HOH A 50 450 82 HOH HOH . U 5 HOH A 51 451 37 HOH HOH . U 5 HOH A 52 452 112 HOH HOH . U 5 HOH A 53 453 16 HOH HOH . U 5 HOH A 54 454 130 HOH HOH . U 5 HOH A 55 455 107 HOH HOH . U 5 HOH A 56 456 113 HOH HOH . U 5 HOH A 57 457 83 HOH HOH . V 5 HOH B 1 401 22 HOH HOH . V 5 HOH B 2 402 49 HOH HOH . V 5 HOH B 3 403 13 HOH HOH . V 5 HOH B 4 404 36 HOH HOH . V 5 HOH B 5 405 120 HOH HOH . V 5 HOH B 6 406 60 HOH HOH . V 5 HOH B 7 407 103 HOH HOH . V 5 HOH B 8 408 6 HOH HOH . V 5 HOH B 9 409 65 HOH HOH . V 5 HOH B 10 410 46 HOH HOH . V 5 HOH B 11 411 121 HOH HOH . V 5 HOH B 12 412 68 HOH HOH . V 5 HOH B 13 413 17 HOH HOH . V 5 HOH B 14 414 56 HOH HOH . V 5 HOH B 15 415 77 HOH HOH . V 5 HOH B 16 416 42 HOH HOH . V 5 HOH B 17 417 45 HOH HOH . V 5 HOH B 18 418 122 HOH HOH . V 5 HOH B 19 419 119 HOH HOH . V 5 HOH B 20 420 132 HOH HOH . V 5 HOH B 21 421 14 HOH HOH . V 5 HOH B 22 422 78 HOH HOH . V 5 HOH B 23 423 48 HOH HOH . V 5 HOH B 24 424 76 HOH HOH . V 5 HOH B 25 425 47 HOH HOH . V 5 HOH B 26 426 38 HOH HOH . V 5 HOH B 27 427 89 HOH HOH . V 5 HOH B 28 428 34 HOH HOH . V 5 HOH B 29 429 2 HOH HOH . V 5 HOH B 30 430 28 HOH HOH . V 5 HOH B 31 431 3 HOH HOH . V 5 HOH B 32 432 86 HOH HOH . V 5 HOH B 33 433 9 HOH HOH . V 5 HOH B 34 434 131 HOH HOH . V 5 HOH B 35 435 35 HOH HOH . V 5 HOH B 36 436 29 HOH HOH . V 5 HOH B 37 437 8 HOH HOH . V 5 HOH B 38 438 88 HOH HOH . V 5 HOH B 39 439 24 HOH HOH . V 5 HOH B 40 440 118 HOH HOH . V 5 HOH B 41 441 64 HOH HOH . V 5 HOH B 42 442 25 HOH HOH . V 5 HOH B 43 443 117 HOH HOH . V 5 HOH B 44 444 126 HOH HOH . V 5 HOH B 45 445 79 HOH HOH . V 5 HOH B 46 446 128 HOH HOH . V 5 HOH B 47 447 85 HOH HOH . V 5 HOH B 48 448 129 HOH HOH . V 5 HOH B 49 449 90 HOH HOH . V 5 HOH B 50 450 140 HOH HOH . V 5 HOH B 51 451 80 HOH HOH . W 5 HOH C 1 401 72 HOH HOH . W 5 HOH C 2 402 74 HOH HOH . W 5 HOH C 3 403 66 HOH HOH . W 5 HOH C 4 404 99 HOH HOH . W 5 HOH C 5 405 101 HOH HOH . W 5 HOH C 6 406 93 HOH HOH . W 5 HOH C 7 407 96 HOH HOH . W 5 HOH C 8 408 73 HOH HOH . W 5 HOH C 9 409 98 HOH HOH . W 5 HOH C 10 410 102 HOH HOH . W 5 HOH C 11 411 54 HOH HOH . W 5 HOH C 12 412 136 HOH HOH . W 5 HOH C 13 413 31 HOH HOH . W 5 HOH C 14 414 125 HOH HOH . W 5 HOH C 15 415 55 HOH HOH . W 5 HOH C 16 416 71 HOH HOH . W 5 HOH C 17 417 5 HOH HOH . W 5 HOH C 18 418 75 HOH HOH . W 5 HOH C 19 419 127 HOH HOH . W 5 HOH C 20 420 39 HOH HOH . X 5 HOH D 1 401 69 HOH HOH . X 5 HOH D 2 402 95 HOH HOH . X 5 HOH D 3 403 44 HOH HOH . X 5 HOH D 4 404 70 HOH HOH . X 5 HOH D 5 405 123 HOH HOH . X 5 HOH D 6 406 137 HOH HOH . X 5 HOH D 7 407 94 HOH HOH . X 5 HOH D 8 408 97 HOH HOH . X 5 HOH D 9 409 27 HOH HOH . X 5 HOH D 10 410 43 HOH HOH . X 5 HOH D 11 411 23 HOH HOH . X 5 HOH D 12 412 32 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 48.646 _atom_site.Cartn_y 102.307 _atom_site.Cartn_z 102.363 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 64.16 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 302 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 299 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #