data_5L2X
#
_model_server_result.job_id            U4gnfbG37N3pVpLmG0JC8Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-10 06:27:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5l2x 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    5L2X 
#
_exptl.entry_id    5L2X 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              491.182 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         67.89 
_cell.angle_beta          85.22 
_cell.angle_gamma         86.65 
_cell.entry_id            5L2X 
_cell.length_a            50.723 
_cell.length_b            65.212 
_cell.length_c            72.463 
_cell.Z_PDB               2 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5L2X 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,K,L 1 1 
D,E,F,I,J,M,N,O 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 I N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 B O3' DC 6 C DC 6 1_555 B P 5IU 7 C 5IU 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.61 ? 
covale ? covale2 B O3' 5IU 7 C 5IU 7 1_555 B P DA 8 C DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? 
covale ? covale3 C O3' DC 12 D DC 13 1_555 C P DDG 13 D DDG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.561 ? 
covale ? covale4 E O3' DC 6 G DC 6 1_555 E P 5IU 7 G 5IU 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? 
covale ? covale5 E O3' 5IU 7 G 5IU 7 1_555 E P DA 8 G DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? 
covale ? covale6 F O3' DC 12 H DC 13 1_555 F P DDG 13 H DDG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.562 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 114 A ASP 114 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 114 A ASP 114 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 116 A GLU 116 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc4 G O2G DTP . A DTP 401 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc5 G O2B DTP . A DTP 401 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc6 G O2A DTP . A DTP 401 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc7 H CA CA . A CA 402 1_555 K O HOH . A HOH 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc8 D OD1 ASP 114 B ASP 114 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? 
metalc ? metalc9 D OD2 ASP 114 B ASP 114 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? 
metalc ? metalc10 D OE2 GLU 116 B GLU 116 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc11 I O2G DTP . B DTP 401 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc12 I O2B DTP . B DTP 401 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc13 I O2A DTP . B DTP 401 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc14 J CA CA . B CA 402 1_555 M O HOH . B HOH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N3 DC 4 C DC 4 1_555 C N1 DDG 13 D DDG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N4 DC 4 C DC 4 1_555 C O6 DDG 13 D DDG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O2 DC 4 C DC 4 1_555 C N2 DDG 13 D DDG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DG 5 C DG 5 1_555 C N3 DC 12 D DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N2 DG 5 C DG 5 1_555 C O2 DC 12 D DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O6 DG 5 C DG 5 1_555 C N4 DC 12 D DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N3 DC 6 C DC 6 1_555 C N1 DG 11 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N4 DC 6 C DC 6 1_555 C O6 DG 11 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B O2 DC 6 C DC 6 1_555 C N2 DG 11 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N3 5IU 7 C 5IU 7 1_555 C N1 DA 10 D DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O4 5IU 7 C 5IU 7 1_555 C N6 DA 10 D DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N1 DA 8 C DA 8 1_555 C N3 DT 9 D DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N6 DA 8 C DA 8 1_555 C O4 DT 9 D DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog14 B O2 DC 9 C DC 9 1_555 C N2 DG 8 D DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N3 DC 10 C DC 10 1_555 C N1 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N4 DC 10 C DC 10 1_555 C O6 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B O2 DC 10 C DC 10 1_555 C N2 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E N3 DC 4 G DC 4 1_555 F N1 DDG 13 H DDG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E N4 DC 4 G DC 4 1_555 F O6 DDG 13 H DDG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 E O2 DC 4 G DC 4 1_555 F N2 DDG 13 H DDG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N1 DG 5 G DG 5 1_555 F N3 DC 12 H DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E N2 DG 5 G DG 5 1_555 F O2 DC 12 H DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E O6 DG 5 G DG 5 1_555 F N4 DC 12 H DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E N3 DC 6 G DC 6 1_555 F N1 DG 11 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E N4 DC 6 G DC 6 1_555 F O6 DG 11 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E O2 DC 6 G DC 6 1_555 F N2 DG 11 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E N3 5IU 7 G 5IU 7 1_555 F N1 DA 10 H DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E O4 5IU 7 G 5IU 7 1_555 F N6 DA 10 H DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N1 DA 8 G DA 8 1_555 F N3 DT 9 H DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E N6 DA 8 G DA 8 1_555 F O4 DT 9 H DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E N3 DC 9 G DC 9 1_555 F N1 DG 8 H DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N4 DC 9 G DC 9 1_555 F O6 DG 8 H DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E O2 DC 9 G DC 9 1_555 F N2 DG 8 H DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N3 DC 10 G DC 10 1_555 F N1 DG 7 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N4 DC 10 G DC 10 1_555 F O6 DG 7 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E O2 DC 10 G DC 10 1_555 F N2 DG 7 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    491.182 
_chem_comp.id                DTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DTP doub 304 n n 
PG O2G DTP sing 305 n n 
PG O3G DTP sing 306 n n 
PG O3B DTP sing 307 n n 
O2G HOG2 DTP sing 308 n n 
O3G HOG3 DTP sing 309 n n 
PB O1B DTP doub 310 n n 
PB O2B DTP sing 311 n n 
PB O3B DTP sing 312 n n 
PB O3A DTP sing 313 n n 
O2B HOB2 DTP sing 314 n n 
PA O1A DTP doub 315 n n 
PA O2A DTP sing 316 n n 
PA O3A DTP sing 317 n n 
PA O5' DTP sing 318 n n 
O2A HOA2 DTP sing 319 n n 
O5' C5' DTP sing 320 n n 
C5' C4' DTP sing 321 n n 
C5' "H5'1" DTP sing 322 n n 
C5' "H5'2" DTP sing 323 n n 
C4' O4' DTP sing 324 n n 
C4' C3' DTP sing 325 n n 
C4' H4' DTP sing 326 n n 
O4' C1' DTP sing 327 n n 
C3' O3' DTP sing 328 n n 
C3' C2' DTP sing 329 n n 
C3' H3' DTP sing 330 n n 
O3' HO3' DTP sing 331 n n 
C2' C1' DTP sing 332 n n 
C2' "H2'1" DTP sing 333 n n 
C2' "H2'2" DTP sing 334 n n 
C1' N9 DTP sing 335 n n 
C1' H1' DTP sing 336 n n 
N9 C8 DTP sing 337 n y 
N9 C4 DTP sing 338 n y 
C8 N7 DTP doub 339 n y 
C8 H8 DTP sing 340 n n 
N7 C5 DTP sing 341 n y 
C5 C6 DTP sing 342 n y 
C5 C4 DTP doub 343 n y 
C6 N6 DTP sing 344 n n 
C6 N1 DTP doub 345 n y 
N6 HN61 DTP sing 346 n n 
N6 HN62 DTP sing 347 n n 
N1 C2 DTP sing 348 n y 
C2 N3 DTP doub 349 n y 
C2 H2 DTP sing 350 n n 
N3 C4 DTP sing 351 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     5L2X 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.019715 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.001155 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.001312 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.015361 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.006185 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014929 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 DTP A 1 401 1 DTP DTP . 
H 5 CA A 1 402 1 CA CA . 
I 4 DTP B 1 401 1 DTP DTP . 
J 5 CA B 1 402 2 CA CA . 
K 6 HOH A 1 501 83 HOH HOH . 
K 6 HOH A 2 502 105 HOH HOH . 
K 6 HOH A 3 503 104 HOH HOH . 
K 6 HOH A 4 504 68 HOH HOH . 
K 6 HOH A 5 505 43 HOH HOH . 
K 6 HOH A 6 506 20 HOH HOH . 
K 6 HOH A 7 507 88 HOH HOH . 
K 6 HOH A 8 508 63 HOH HOH . 
K 6 HOH A 9 509 30 HOH HOH . 
K 6 HOH A 10 510 36 HOH HOH . 
K 6 HOH A 11 511 3 HOH HOH . 
K 6 HOH A 12 512 92 HOH HOH . 
K 6 HOH A 13 513 41 HOH HOH . 
K 6 HOH A 14 514 6 HOH HOH . 
K 6 HOH A 15 515 26 HOH HOH . 
K 6 HOH A 16 516 54 HOH HOH . 
K 6 HOH A 17 517 34 HOH HOH . 
K 6 HOH A 18 518 91 HOH HOH . 
K 6 HOH A 19 519 14 HOH HOH . 
K 6 HOH A 20 520 9 HOH HOH . 
K 6 HOH A 21 521 11 HOH HOH . 
K 6 HOH A 22 522 50 HOH HOH . 
K 6 HOH A 23 523 27 HOH HOH . 
K 6 HOH A 24 524 70 HOH HOH . 
K 6 HOH A 25 525 60 HOH HOH . 
K 6 HOH A 26 526 66 HOH HOH . 
K 6 HOH A 27 527 65 HOH HOH . 
K 6 HOH A 28 528 81 HOH HOH . 
K 6 HOH A 29 529 77 HOH HOH . 
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