data_5LDW # _model_server_result.job_id D_KC846TsDkshrrZaM8Vjw _model_server_result.datetime_utc '2025-02-27 12:48:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ldw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"VA","auth_seq_id":501}' # _entry.id 5LDW # _exptl.entry_id 5LDW _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 47 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5LDW _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5LDW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 47 _struct_asym.id VA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 X SG CYS 36 X CYS 35 1_555 X SG CYS 66 X CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 X SG CYS 46 X CYS 45 1_555 X SG CYS 56 X CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 X SG CYS 78 X CYS 77 1_555 X SG CYS 110 X CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf4 X SG CYS 88 X CYS 87 1_555 X SG CYS 100 X CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 Y SG CYS 18 Y CYS 17 1_555 Y SG CYS 75 Y CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf6 EA SG CYS 32 e CYS 32 1_555 EA SG CYS 65 e CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 EA SG CYS 42 e CYS 42 1_555 EA SG CYS 55 e CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf8 OA SG CYS 58 o CYS 58 1_555 OA SG CYS 89 o CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 OA SG CYS 68 o CYS 68 1_555 OA SG CYS 79 o CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf10 PA SG CYS 73 p CYS 76 1_555 PA SG CYS 80 p CYS 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf11 PA SG CYS 109 p CYS 112 1_555 PA SG CYS 121 p CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 54 B CYS 54 1_555 TA FE3 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 55 B CYS 55 1_555 TA FE2 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 119 B CYS 119 1_555 TA FE1 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 149 B CYS 149 1_555 TA FE4 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 103 E CYS 103 1_555 UA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 108 E CYS 108 1_555 UA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 144 E CYS 144 1_555 UA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 148 E CYS 148 1_555 UA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc9 F SG CYS 359 F CYS 359 1_555 WA FE4 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 362 F CYS 362 1_555 WA FE1 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 365 F CYS 365 1_555 WA FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 405 F CYS 405 1_555 WA FE3 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 34 G CYS 41 1_555 ZA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 45 G CYS 52 1_555 ZA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 48 G CYS 55 1_555 ZA FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 62 G CYS 69 1_555 ZA FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc17 G NE2 HIS 94 G HIS 101 1_555 XA FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 98 G CYS 105 1_555 XA FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 101 G CYS 108 1_555 XA FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 107 G CYS 114 1_555 XA FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 146 G CYS 153 1_555 YA FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 149 G CYS 156 1_555 YA FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 152 G CYS 159 1_555 YA FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 196 G CYS 203 1_555 YA FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 77 I CYS 77 1_555 BB FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc26 I SG CYS 80 I CYS 80 1_555 BB FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 83 I CYS 83 1_555 BB FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 87 I CYS 87 1_555 AB FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 116 I CYS 116 1_555 AB FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 119 I CYS 119 1_555 AB FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 122 I CYS 122 1_555 AB FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 126 I CYS 126 1_555 BB FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc33 R SG CYS 55 R CYS 59 1_555 DB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc34 R NE2 HIS 64 R HIS 68 1_555 DB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc35 R SG CYS 80 R CYS 84 1_555 DB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc36 R SG CYS 83 R CYS 87 1_555 DB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1 C2 FMN sing 87 n n N1 C10 FMN doub 88 n n C2 O2 FMN doub 89 n n C2 N3 FMN sing 90 n n N3 C4 FMN sing 91 n n N3 HN3 FMN sing 92 n n C4 O4 FMN doub 93 n n C4 C4A FMN sing 94 n n C4A N5 FMN doub 95 n n C4A C10 FMN sing 96 n n N5 C5A FMN sing 97 n n C5A C6 FMN doub 98 n y C5A C9A FMN sing 99 n y C6 C7 FMN sing 100 n y C6 H6 FMN sing 101 n n C7 C7M FMN sing 102 n n C7 C8 FMN doub 103 n y C7M HM71 FMN sing 104 n n C7M HM72 FMN sing 105 n n C7M HM73 FMN sing 106 n n C8 C8M FMN sing 107 n n C8 C9 FMN sing 108 n y C8M HM81 FMN sing 109 n n C8M HM82 FMN sing 110 n n C8M HM83 FMN sing 111 n n C9 C9A FMN doub 112 n y C9 H9 FMN sing 113 n n C9A N10 FMN sing 114 n n N10 C10 FMN sing 115 n n N10 C1' FMN sing 116 n n C1' C2' FMN sing 117 n n C1' "H1'1" FMN sing 118 n n C1' "H1'2" FMN sing 119 n n C2' O2' FMN sing 120 n n C2' C3' FMN sing 121 n n C2' H2' FMN sing 122 n n O2' HO2' FMN sing 123 n n C3' O3' FMN sing 124 n n C3' C4' FMN sing 125 n n C3' H3' FMN sing 126 n n O3' HO3' FMN sing 127 n n C4' O4' FMN sing 128 n n C4' C5' FMN sing 129 n n C4' H4' FMN sing 130 n n O4' HO4' FMN sing 131 n n C5' O5' FMN sing 132 n n C5' "H5'1" FMN sing 133 n n C5' "H5'2" FMN sing 134 n n O5' P FMN sing 135 n n P O1P FMN doub 136 n n P O2P FMN sing 137 n n P O3P FMN sing 138 n n O2P HOP2 FMN sing 139 n n O3P HOP3 FMN sing 140 n n # _atom_sites.entry_id 5LDW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 B 1 201 201 SF4 SF4 . UA 46 FES E 1 301 301 FES FES . VA 47 FMN F 1 501 501 FMN FMN . WA 45 SF4 F 1 502 502 SF4 SF4 . XA 45 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . YA 45 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . ZA 46 FES G 1 803 803 FES FES . AB 45 SF4 I 1 201 201 SF4 SF4 . BB 45 SF4 I 1 202 202 SF4 SF4 . CB 48 NAP P 1 501 501 NAP NAP . DB 49 ZN R 1 201 201 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . VA 47 268.036 174.787 343.926 1 122.74 ? N1 FMN 501 F 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . VA 47 268.878 174.735 344.996 1 122.88 ? C2 FMN 501 F 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . VA 47 269.769 173.861 345.015 1 122.76 ? O2 FMN 501 F 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . VA 47 268.785 175.59 346.035 1 123.07 ? N3 FMN 501 F 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . VA 47 267.853 176.555 346.083 1 123.1 ? C4 FMN 501 F 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . VA 47 267.791 177.333 347.058 1 123.29 ? O4 FMN 501 F 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . VA 47 266.895 176.679 344.951 1 123.04 ? C4A FMN 501 F 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . VA 47 265.931 177.628 344.936 1 123.21 ? N5 FMN 501 F 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . VA 47 265.063 177.736 343.903 1 123.5 ? C5A FMN 501 F 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . VA 47 264.093 178.738 343.948 1 123.87 ? C6 FMN 501 F 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . VA 47 263.178 178.887 342.906 1 124.03 ? C7 FMN 501 F 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . VA 47 262.152 179.99 343.016 1 124.01 ? C7M FMN 501 F 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . VA 47 263.244 177.956 341.727 1 123.99 ? C8 FMN 501 F 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . VA 47 262.285 178.058 340.566 1 124.18 ? C8M FMN 501 F 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . VA 47 264.218 176.955 341.688 1 123.74 ? C9 FMN 501 F 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . VA 47 265.143 176.797 342.73 1 123.35 ? C9A FMN 501 F 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . VA 47 266.154 175.785 342.717 1 123.18 ? N10 FMN 501 F 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . VA 47 267.041 175.709 343.829 1 122.9 ? C10 FMN 501 F 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . VA 47 266.284 174.827 341.6 1 123.77 ? C1' FMN 501 F 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . VA 47 267.266 175.331 340.539 1 124.29 ? C2' FMN 501 F 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . VA 47 266.609 175.368 339.263 1 124.73 ? O2' FMN 501 F 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . VA 47 268.583 174.525 340.533 1 124.46 ? C3' FMN 501 F 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . VA 47 269.672 175.446 340.388 1 124.23 ? O3' FMN 501 F 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . VA 47 268.769 173.388 339.505 1 124.7 ? C4' FMN 501 F 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . VA 47 268.267 173.724 338.201 1 124.69 ? O4' FMN 501 F 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . VA 47 268.165 172.065 339.97 1 125 ? C5' FMN 501 F 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . VA 47 269.144 171.033 339.836 1 125.52 ? O5' FMN 501 F 1 HETATM 28 P P FMN . . . VA 47 269.857 170.352 341.114 1 125.83 ? P FMN 501 F 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . VA 47 268.745 169.601 341.807 1 125.94 ? O1P FMN 501 F 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . VA 47 270.909 169.462 340.499 1 125.85 ? O2P FMN 501 F 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . VA 47 270.42 171.507 341.909 1 125.57 ? O3P FMN 501 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 30 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 84 _model_server_stats.query_time_ms 331 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 31 #