data_5LDX # _model_server_result.job_id IsqNw4XWJFdp80HCf3mifQ _model_server_result.datetime_utc '2025-02-27 12:52:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ldx # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"TA","auth_seq_id":201}' # _entry.id 5LDX # _exptl.entry_id 5LDX _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 45 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5LDX _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5LDX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 45 TA N N ? 45 WA N N ? 45 XA N N ? 45 YA N N ? 45 AB N N ? 45 BB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 X SG CYS 31 X CYS 35 1_555 X SG CYS 61 X CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 X SG CYS 41 X CYS 45 1_555 X SG CYS 51 X CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 X SG CYS 73 X CYS 77 1_555 X SG CYS 105 X CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 X SG CYS 83 X CYS 87 1_555 X SG CYS 95 X CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 Y SG CYS 17 Y CYS 17 1_555 Y SG CYS 74 Y CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf6 EA SG CYS 33 e CYS 32 1_555 EA SG CYS 66 e CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf7 EA SG CYS 43 e CYS 42 1_555 EA SG CYS 56 e CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf8 OA SG CYS 2 o CYS 58 1_555 OA SG CYS 33 o CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 OA SG CYS 12 o CYS 68 1_555 OA SG CYS 23 o CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf10 PA SG CYS 73 p CYS 76 1_555 PA SG CYS 80 p CYS 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf11 PA SG CYS 109 p CYS 112 1_555 PA SG CYS 121 p CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 54 B CYS 54 1_555 TA FE3 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 55 B CYS 55 1_555 TA FE2 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 119 B CYS 119 1_555 TA FE1 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 149 B CYS 149 1_555 TA FE4 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 103 E CYS 103 1_555 UA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 108 E CYS 108 1_555 UA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 144 E CYS 144 1_555 UA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 148 E CYS 148 1_555 UA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc9 F SG CYS 359 F CYS 359 1_555 WA FE4 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 362 F CYS 362 1_555 WA FE1 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 365 F CYS 365 1_555 WA FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 405 F CYS 405 1_555 WA FE3 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 34 G CYS 41 1_555 ZA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 45 G CYS 52 1_555 ZA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 48 G CYS 55 1_555 ZA FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 62 G CYS 69 1_555 ZA FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc17 G NE2 HIS 94 G HIS 101 1_555 XA FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 98 G CYS 105 1_555 XA FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 101 G CYS 108 1_555 XA FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 107 G CYS 114 1_555 XA FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 146 G CYS 153 1_555 YA FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 149 G CYS 156 1_555 YA FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 152 G CYS 159 1_555 YA FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 196 G CYS 203 1_555 YA FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 77 I CYS 77 1_555 BB FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc26 I SG CYS 80 I CYS 80 1_555 BB FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 83 I CYS 83 1_555 BB FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 87 I CYS 87 1_555 AB FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 116 I CYS 116 1_555 AB FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 119 I CYS 119 1_555 AB FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 122 I CYS 122 1_555 AB FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 126 I CYS 126 1_555 BB FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc33 R SG CYS 55 R CYS 59 1_555 DB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc34 R NE2 HIS 64 R HIS 68 1_555 DB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc35 R SG CYS 80 R CYS 84 1_555 DB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc36 R SG CYS 83 R CYS 87 1_555 DB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 426 n n FE1 S3 SF4 sing 427 n n FE1 S4 SF4 sing 428 n n FE2 S1 SF4 sing 429 n n FE2 S3 SF4 sing 430 n n FE2 S4 SF4 sing 431 n n FE3 S1 SF4 sing 432 n n FE3 S2 SF4 sing 433 n n FE3 S4 SF4 sing 434 n n FE4 S1 SF4 sing 435 n n FE4 S2 SF4 sing 436 n n FE4 S3 SF4 sing 437 n n # _atom_sites.entry_id 5LDX _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 B 1 201 201 SF4 SF4 . UA 46 FES E 1 301 201 FES FES . VA 47 FMN F 1 501 507 FMN FMN . WA 45 SF4 F 1 502 508 SF4 SF4 . XA 45 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . YA 45 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . ZA 46 FES G 1 803 804 FES FES . AB 45 SF4 I 1 201 222 SF4 SF4 . BB 45 SF4 I 1 202 223 SF4 SF4 . CB 48 NAP P 1 501 501 NAP NAP . DB 49 ZN R 1 201 201 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . TA 45 241.231 230.185 302.957 1 30.07 ? FE1 SF4 201 B 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . TA 45 238.818 231.323 303.567 1 30.97 ? FE2 SF4 201 B 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . TA 45 238.906 228.837 302.44 1 30.83 ? FE3 SF4 201 B 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . TA 45 239.744 229.195 305.023 1 30.47 ? FE4 SF4 201 B 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . TA 45 237.614 229.487 304.216 1 30.74 ? S1 SF4 201 B 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . TA 45 240.806 227.978 303.394 1 30.29 ? S2 SF4 201 B 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . TA 45 240.689 231.277 304.895 1 30.61 ? S3 SF4 201 B 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . TA 45 239.592 230.798 301.476 1 30.59 ? S4 SF4 201 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 29 _model_server_stats.parse_time_ms 18 _model_server_stats.create_model_time_ms 171 _model_server_stats.query_time_ms 357 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 8 #