data_5LNK # _model_server_result.job_id cU3u2phB040XWfV9sihxbA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-28 02:27:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5lnk # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"CB","auth_seq_id":503}' # _entry.id 5LNK # _exptl.entry_id 5LNK _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 45 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5LNK _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5LNK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 45 TA N N ? 45 WA N N ? 45 XA N N ? 45 ZA N N ? 45 BB N N ? 45 CB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 S SG CYS 23 e CYS 23 1_555 S SG CYS 57 e CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf2 Z SG CYS 32 l CYS 32 1_555 Z SG CYS 65 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf3 Z SG CYS 42 l CYS 42 1_555 Z SG CYS 55 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 GA SG CYS 58 s CYS 58 1_555 GA SG CYS 89 s CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf5 GA SG CYS 68 s CYS 68 1_555 GA SG CYS 79 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf6 KA SG CYS 112 w CYS 112 1_555 OA SG CYS 154 Z CYS 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf7 OA SG CYS 76 Z CYS 76 1_555 OA SG CYS 83 Z CYS 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf8 OA SG CYS 112 Z CYS 112 1_555 OA SG CYS 124 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf9 PA SG CYS 35 Y CYS 35 1_555 PA SG CYS 65 Y CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf10 PA SG CYS 45 Y CYS 45 1_555 PA SG CYS 55 Y CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf11 PA SG CYS 77 Y CYS 77 1_555 PA SG CYS 109 Y CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf12 PA SG CYS 87 Y CYS 87 1_555 PA SG CYS 99 Y CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? covale ? covale1 X OG SER 44 j SER 44 1_555 NB P1 ZMP . j ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? covale ? covale2 QA OG SER 44 X SER 44 1_555 RB P24 PNS . X PNS 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 360 1 CYS 359 1_555 TA FE4 SF4 . 1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 363 1 CYS 362 1_555 TA FE3 SF4 . 1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 366 1 CYS 365 1_555 TA FE1 SF4 . 1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 406 1 CYS 405 1_555 TA FE2 SF4 . 1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 103 2 CYS 103 1_555 VA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 108 2 CYS 108 1_555 VA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 144 2 CYS 144 1_555 VA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 148 2 CYS 148 1_555 VA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 41 3 CYS 41 1_555 YA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc10 C SG CYS 52 3 CYS 52 1_555 YA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 55 3 CYS 55 1_555 YA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 69 3 CYS 69 1_555 YA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc13 C NE2 HIS 101 3 HIS 101 1_555 WA FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 105 3 CYS 105 1_555 WA FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 108 3 CYS 108 1_555 WA FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 114 3 CYS 114 1_555 WA FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 153 3 CYS 153 1_555 XA FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 156 3 CYS 156 1_555 XA FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 159 3 CYS 159 1_555 XA FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 203 3 CYS 203 1_555 XA FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc21 F SG CYS 54 6 CYS 54 1_555 ZA FE4 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc22 F SG CYS 55 6 CYS 55 1_555 ZA FE3 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 119 6 CYS 119 1_555 ZA FE1 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc24 F SG CYS 149 6 CYS 149 1_555 ZA FE2 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 77 9 CYS 77 1_555 CB FE3 SF4 . 9 SF4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 80 9 CYS 80 1_555 CB FE4 SF4 . 9 SF4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 83 9 CYS 83 1_555 CB FE2 SF4 . 9 SF4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 87 9 CYS 87 1_555 BB FE4 SF4 . 9 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc29 G SG CYS 116 9 CYS 116 1_555 BB FE2 SF4 . 9 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 119 9 CYS 119 1_555 BB FE1 SF4 . 9 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc31 G SG CYS 122 9 CYS 122 1_555 BB FE3 SF4 . 9 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc32 G SG CYS 126 9 CYS 126 1_555 CB FE1 SF4 . 9 SF4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc33 P SG CYS 59 b CYS 59 1_555 KB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc34 P NE2 HIS 68 b HIS 68 1_555 KB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? metalc ? metalc35 P SG CYS 84 b CYS 84 1_555 KB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc36 P SG CYS 87 b CYS 87 1_555 KB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5LNK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 1 1 500 500 SF4 SF4 . UA 46 FMN 1 1 501 501 FMN FMN . VA 47 FES 2 1 300 300 FES FES . WA 45 SF4 3 1 801 784 SF4 SF4 . XA 45 SF4 3 1 802 785 SF4 SF4 . YA 47 FES 3 1 803 787 FES FES . ZA 45 SF4 6 1 300 300 SF4 SF4 . AB 48 3PE 9 1 501 501 3PE 3PE . BB 45 SF4 9 1 502 300 SF4 SF4 . CB 45 SF4 9 1 503 301 SF4 SF4 . DB 49 PC1 N 1 401 402 PC1 PC1 . EB 49 PC1 A 1 200 200 PC1 PC1 . FB 49 PC1 M 1 501 400 PC1 PC1 . GB 50 CDL M 1 502 700 CDL CDL . HB 50 CDL L 1 601 695 CDL CDL . IB 50 CDL J 1 300 300 CDL CDL . JB 48 3PE J 1 301 301 3PE 3PE . KB 51 ZN b 1 300 300 ZN ZN . LB 52 NDP d 1 401 396 NDP NDP . MB 50 CDL i 1 201 511 CDL CDL . NB 53 ZMP j 1 101 99 ZMP ZMP . OB 49 PC1 o 1 201 403 PC1 PC1 . PB 48 3PE o 1 202 500 3PE 3PE . QB 48 3PE o 1 203 200 3PE 3PE . RB 54 PNS X 1 401 401 PNS PNS . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . CB 45 98.218 86.112 223.638 1 84.44 ? FE1 SF4 503 9 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . CB 45 99.822 86.744 221.502 1 84.44 ? FE2 SF4 503 9 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . CB 45 100.546 87.476 223.932 1 84.44 ? FE3 SF4 503 9 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . CB 45 100.531 84.815 223.289 1 84.44 ? FE4 SF4 503 9 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . CB 45 101.905 86.423 222.4 1 84.44 ? S1 SF4 503 9 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . CB 45 99.805 85.749 225.259 1 84.44 ? S2 SF4 503 9 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . CB 45 98.733 84.757 221.866 1 84.44 ? S3 SF4 503 9 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . CB 45 98.668 88.213 222.836 1 84.44 ? S4 SF4 503 9 1 # _model_server_stats.io_time_ms 29 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 286 _model_server_stats.query_time_ms 327 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 8 #