data_5M5Y # _model_server_result.job_id EhT2zD9XgVwdCxWvlK4IbA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-12 15:26:49' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5m5y # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":1301}' # _entry.id 5M5Y # _exptl.entry_id 5M5Y _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 18 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5M5Y _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5M5Y _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 17 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 18 R N N ? 18 S N N ? 18 T N N ? 18 U N N ? 18 V N N ? 18 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 65 A CYS 65 1_555 A SG CYS 72 A CYS 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 1104 B CYS 1104 1_555 B SG CYS 1107 B CYS 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? disulf ? disulf3 J SG CYS 10 J CYS 10 1_555 J SG CYS 46 J CYS 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 S ZN ZN . A ZN 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 65 A CYS 65 1_555 S ZN ZN . A ZN 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 72 A CYS 72 1_555 S ZN ZN . A ZN 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 75 A HIS 75 1_555 S ZN ZN . A ZN 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 102 A CYS 102 1_555 R ZN ZN . A ZN 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 105 A CYS 105 1_555 R ZN ZN . A ZN 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 233 A CYS 233 1_555 R ZN ZN . A ZN 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 236 A CYS 236 1_555 R ZN ZN . A ZN 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 1104 B CYS 1104 1_555 T ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 1107 B CYS 1107 1_555 T ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 1128 B CYS 1128 1_555 T ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 1131 B CYS 1131 1_555 T ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc13 I SG CYS 10 I CYS 10 1_555 U ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? metalc ? metalc14 I SG CYS 13 I CYS 13 1_555 U ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc15 I SG CYS 30 I CYS 30 1_555 U ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc16 J SG CYS 7 J CYS 7 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc17 J SG CYS 10 J CYS 10 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc18 J SG CYS 45 J CYS 45 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc19 J N CYS 46 J CYS 46 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc20 J SG CYS 46 J CYS 46 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc21 L SG CYS 31 L CYS 31 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc22 L OE2 GLU 33 L GLU 33 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 34 L CYS 34 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 48 L CYS 48 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 51 L CYS 51 1_555 W ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 O N1 A 6 R A 6 1_555 Q N3 DT 25 T DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 O N6 A 6 R A 6 1_555 Q O4 DT 25 T DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 O N3 C 7 R C 7 1_555 Q N1 DG 24 T DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 O N4 C 7 R C 7 1_555 Q O6 DG 24 T DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 O O2 C 7 R C 7 1_555 Q N2 DG 24 T DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 O N3 U 8 R U 8 1_555 Q N1 DA 23 T DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 O O4 U 8 R U 8 1_555 Q N6 DA 23 T DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 O N3 U 9 R U 9 1_555 Q N1 DA 22 T DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 O O4 U 9 R U 9 1_555 Q N6 DA 22 T DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-DG PAIR' hydrog10 O N4 C 10 R C 10 1_555 Q O6 DG 21 T DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog11 P O6 DG 54 S DG 54 1_555 Q N2 DG 17 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 P N1 DA 56 S DA 56 1_555 Q N3 DT 15 T DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 P N6 DA 56 S DA 56 1_555 Q O4 DT 15 T DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 P N1 DA 57 S DA 57 1_555 Q N3 DT 14 T DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 P N6 DA 57 S DA 57 1_555 Q O4 DT 14 T DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 P N1 DA 58 S DA 58 1_555 Q N3 DT 13 T DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 P N6 DA 58 S DA 58 1_555 Q O4 DT 13 T DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 P N1 DG 59 S DG 59 1_555 Q N3 DC 12 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 P N2 DG 59 S DG 59 1_555 Q O2 DC 12 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 P O6 DG 59 S DG 59 1_555 Q N4 DC 12 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 P N3 DC 60 S DC 60 1_555 Q N1 DG 11 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 P N4 DC 60 S DC 60 1_555 Q O6 DG 11 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 P O2 DC 60 S DC 60 1_555 Q N2 DG 11 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 P N1 DA 61 S DA 61 1_555 Q N3 DT 10 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 P N6 DA 61 S DA 61 1_555 Q O4 DT 10 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 P N1 DG 62 S DG 62 1_555 Q N3 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 P N2 DG 62 S DG 62 1_555 Q O2 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 P O6 DG 62 S DG 62 1_555 Q N4 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 P N3 DT 64 S DT 64 1_555 Q N1 DA 7 T DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 P O4 DT 64 S DT 64 1_555 Q N6 DA 7 T DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 P N1 DG 65 S DG 65 1_555 Q N3 DC 6 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 P N2 DG 65 S DG 65 1_555 Q O2 DC 6 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 P O6 DG 65 S DG 65 1_555 Q N4 DC 6 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 P N1 DA 66 S DA 66 1_555 Q N3 DT 5 T DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 P N6 DA 66 S DA 66 1_555 Q O4 DT 5 T DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog36 P N1 DA 67 S DA 67 1_555 Q N3 DT 4 T DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog37 P N2 DG 68 S DG 68 1_555 Q O2 DT 4 T DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5M5Y _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code R 18 ZN A 1 1701 2666 ZN ZN . S 18 ZN A 1 1702 2667 ZN ZN . T 18 ZN B 1 1301 2205 ZN ZN . U 18 ZN I 1 201 1126 ZN ZN . V 18 ZN J 1 101 1070 ZN ZN . W 18 ZN L 1 101 1071 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id T _atom_site.label_entity_id 18 _atom_site.Cartn_x 116.295 _atom_site.Cartn_y 99.725 _atom_site.Cartn_z 80.26 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 62.44 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 1301 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 59 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 49 _model_server_stats.query_time_ms 314 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #