data_5M6C # _model_server_result.job_id pAbs0cNlpeturWHdedmvxw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-22 21:42:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5m6c # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":202}' # _entry.id 5M6C # _exptl.entry_id 5M6C _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5M6C _cell.length_a 51.16 _cell.length_b 51.16 _cell.length_c 284.061 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5M6C _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 169 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,I 1 1 B,F,G,H,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 73 A ASP 73 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 75 A ASN 75 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 77 A ASP 77 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc4 A O THR 79 A THR 79 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 84 A GLU 84 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 109 A ASP 109 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 111 A ASP 111 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASN 113 A ASN 113 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc9 A O TYR 115 A TYR 115 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 120 A GLU 120 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 120 A GLU 120 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.925 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 157 A ASP 157 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASN 159 A ASN 159 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 161 A ASP 161 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc15 A O LYS 163 A LYS 163 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc16 A OE1 GLU 168 A GLU 168 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? metalc ? metalc17 A OE2 GLU 168 A GLU 168 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? metalc ? metalc18 C CA CA . A CA 201 1_555 J O HOH . E HOH 305 6_665 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASP 73 E ASP 73 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASN 75 E ASN 75 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 77 E ASP 77 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc22 B O THR 79 E THR 79 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc23 B OE1 GLU 84 E GLU 84 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 109 E ASP 109 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 111 E ASP 111 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASN 113 E ASN 113 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc27 B O TYR 115 E TYR 115 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc28 B OE1 GLU 120 E GLU 120 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? metalc ? metalc29 B OE2 GLU 120 E GLU 120 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASP 157 E ASP 157 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASN 159 E ASN 159 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 161 E ASP 161 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc33 B O LYS 163 E LYS 163 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc34 B OE1 GLU 168 E GLU 168 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? metalc ? metalc35 B OE2 GLU 168 E GLU 168 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.082 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5M6C _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.019547 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.011285 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.02257 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00352 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 CA A 1 201 1189 CA CA . D 3 CA A 1 202 1190 CA CA . E 3 CA A 1 203 1191 CA CA . F 3 CA E 1 201 1191 CA CA . G 3 CA E 1 202 1192 CA CA . H 3 CA E 1 203 1193 CA CA . I 4 HOH A 1 301 2009 HOH HOH . I 4 HOH A 2 302 2002 HOH HOH . I 4 HOH A 3 303 2001 HOH HOH . I 4 HOH A 4 304 2011 HOH HOH . I 4 HOH A 5 305 2018 HOH HOH . I 4 HOH A 6 306 2003 HOH HOH . I 4 HOH A 7 307 2008 HOH HOH . I 4 HOH A 8 308 2004 HOH HOH . J 4 HOH E 1 301 2014 HOH HOH . J 4 HOH E 2 302 2001 HOH HOH . J 4 HOH E 3 303 2005 HOH HOH . J 4 HOH E 4 304 2009 HOH HOH . J 4 HOH E 5 305 2010 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 28.277 _atom_site.Cartn_y 9.154 _atom_site.Cartn_z -12.125 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 86.3 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 202 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 36 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 320 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #