data_5MFL
#
_model_server_result.job_id            1UcVQutcfAU_DDEda8O-hA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-04 07:55:23' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5mfl 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":407}' 
#
_entry.id    5MFL 
#
_exptl.entry_id    5MFL 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            5MFL 
_cell.length_a            93.1 
_cell.length_b            93.1 
_cell.length_c            188.48 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5MFL 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        154 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,E,F,G,H,I,J,W 1 1 
B,K,L,M,N,O,P,Q,X 2 1 
C,R,S,T,U,V,Y 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 J N N 
? 5 P N N 
? 5 Q N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O PRO 38 A PRO 23 1_555 M CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc2 A O PRO 80 A PRO 65 1_555 D CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 82 A GLU 67 1_555 D CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc4 A O PRO 122 A PRO 107 1_555 K CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 124 A GLU 109 1_555 K CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? 
metalc ? metalc6 A O PRO 164 A PRO 149 1_555 E CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLU 166 A GLU 151 1_555 E CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc8 A O PRO 206 A PRO 191 1_555 F CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc9 A OE1 GLU 208 A GLU 193 1_555 F CA CA . A CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc10 A OE1 GLN 212 A GLN 197 1_555 O MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc11 A O PRO 248 A PRO 233 1_555 L CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc12 A OE1 GLU 250 A GLU 235 1_555 L CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? 
metalc ? metalc13 A O PRO 290 A PRO 275 1_555 G CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc14 A OE1 GLU 292 A GLU 277 1_555 G CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? 
metalc ? metalc15 A OE2 GLU 292 A GLU 277 1_555 G CA CA . A CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? 
metalc ? metalc16 D CA CA . A CA 401 1_555 B O PRO 248 B PRO 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? 
metalc ? metalc17 D CA CA . A CA 401 1_555 B OE1 GLU 250 B GLU 235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.051 ? 
metalc ? metalc18 E CA CA . A CA 402 1_555 B O PRO 164 B PRO 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc19 E CA CA . A CA 402 1_555 B OE1 GLU 166 B GLU 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? 
metalc ? metalc20 F CA CA . A CA 403 1_555 W O HOH . A HOH 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc21 F CA CA . A CA 403 1_555 B O PRO 122 B PRO 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc22 F CA CA . A CA 403 1_555 B OE1 GLU 124 B GLU 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc23 F CA CA . A CA 403 1_555 X O HOH . B HOH 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc24 G CA CA . A CA 404 1_555 B O PRO 38 B PRO 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc25 W O HOH . A HOH 518 1_555 L CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc26 B OE1 GLN 75 B GLN 60 1_555 N MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? 
metalc ? metalc27 B O PRO 80 B PRO 65 1_555 L CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc28 B OE1 GLU 82 B GLU 67 1_555 L CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? 
metalc ? metalc29 B OE1 GLN 86 B GLN 71 1_555 O MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? 
metalc ? metalc30 B O PRO 206 B PRO 191 1_555 K CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc31 B OE1 GLU 208 B GLU 193 1_555 K CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc32 B O PRO 290 B PRO 275 1_555 M CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? 
metalc ? metalc33 B OE1 GLU 292 B GLU 277 1_555 M CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? 
metalc ? metalc34 B OE2 GLU 292 B GLU 277 1_555 M CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? 
metalc ? metalc35 L CA CA . B CA 402 1_555 X O HOH . B HOH 545 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc36 N MG MG . B MG 404 1_555 X O HOH . B HOH 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? 
metalc ? metalc37 N MG MG . B MG 404 1_555 X O HOH . B HOH 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc38 N MG MG . B MG 404 1_555 C O ASP 234 C ASP 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? 
metalc ? metalc39 N MG MG . B MG 404 1_555 Y O HOH . C HOH 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc40 C O PRO 38 C PRO 23 1_555 T CA CA . C CA 403 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc41 C O PRO 80 C PRO 65 1_555 U CA CA . C CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc42 C OE1 GLU 82 C GLU 67 1_555 U CA CA . C CA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc43 C O PRO 122 C PRO 107 1_555 R CA CA . C CA 401 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc44 C OE1 GLU 124 C GLU 109 1_555 R CA CA . C CA 401 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc45 C O PRO 164 C PRO 149 1_555 S CA CA . C CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? 
metalc ? metalc46 C O PRO 164 C PRO 149 1_555 S CA CA . C CA 402 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? 
metalc ? metalc47 C OE1 GLU 166 C GLU 151 1_555 S CA CA . C CA 402 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? 
metalc ? metalc48 C OE2 GLU 166 C GLU 151 1_555 S CA CA . C CA 402 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? 
metalc ? metalc49 C O PRO 206 C PRO 191 1_555 R CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc50 C OE1 GLU 208 C GLU 193 1_555 R CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc51 C O PRO 248 C PRO 233 1_555 U CA CA . C CA 404 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc52 C OE1 GLU 250 C GLU 235 1_555 U CA CA . C CA 404 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? 
metalc ? metalc53 C O PRO 290 C PRO 275 1_555 T CA CA . C CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc54 C OE1 GLU 292 C GLU 277 1_555 T CA CA . C CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc55 C OE2 GLU 292 C GLU 277 1_555 T CA CA . C CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.107 ? 
metalc ? metalc56 R CA CA . C CA 401 1_555 Y O HOH . C HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? 
metalc ? metalc57 R CA CA . C CA 401 1_555 Y O HOH . C HOH 531 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? 
metalc ? metalc58 R CA CA . C CA 401 1_555 Y O HOH . C HOH 545 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? 
metalc ? metalc59 U CA CA . C CA 404 1_555 Y O HOH . C HOH 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? 
metalc ? metalc60 U CA CA . C CA 404 1_555 Y O HOH . C HOH 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 70 n n 
C1 C2 EDO sing 71 n n 
C1 H11 EDO sing 72 n n 
C1 H12 EDO sing 73 n n 
O1 HO1 EDO sing 74 n n 
C2 O2 EDO sing 75 n n 
C2 H21 EDO sing 76 n n 
C2 H22 EDO sing 77 n n 
O2 HO2 EDO sing 78 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5MFL 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010741 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.006201 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012403 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005306 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 CA A 1 401 1 CA CA . 
E 2 CA A 1 402 3 CA CA . 
F 2 CA A 1 403 4 CA CA . 
G 2 CA A 1 404 6 CA CA . 
H 3 MG A 1 405 3 MG MG . 
I 4 MPD A 1 406 2 MPD MPD . 
J 5 EDO A 1 407 2 EDO EDO . 
K 2 CA B 1 401 2 CA CA . 
L 2 CA B 1 402 5 CA CA . 
M 2 CA B 1 403 9 CA CA . 
N 3 MG B 1 404 1 MG MG . 
O 3 MG B 1 405 2 MG MG . 
P 5 EDO B 1 406 1 EDO EDO . 
Q 5 EDO B 1 407 3 EDO EDO . 
R 2 CA C 1 401 7 CA CA . 
S 2 CA C 1 402 8 CA CA . 
T 2 CA C 1 403 10 CA CA . 
U 2 CA C 1 404 11 CA CA . 
V 4 MPD C 1 405 1 MPD MPD . 
W 6 HOH A 1 501 125 HOH HOH . 
W 6 HOH A 2 502 6 HOH HOH . 
W 6 HOH A 3 503 39 HOH HOH . 
W 6 HOH A 4 504 11 HOH HOH . 
W 6 HOH A 5 505 114 HOH HOH . 
W 6 HOH A 6 506 104 HOH HOH . 
W 6 HOH A 7 507 10 HOH HOH . 
W 6 HOH A 8 508 132 HOH HOH . 
W 6 HOH A 9 509 13 HOH HOH . 
W 6 HOH A 10 510 118 HOH HOH . 
W 6 HOH A 11 511 113 HOH HOH . 
W 6 HOH A 12 512 58 HOH HOH . 
W 6 HOH A 13 513 91 HOH HOH . 
W 6 HOH A 14 514 145 HOH HOH . 
W 6 HOH A 15 515 76 HOH HOH . 
W 6 HOH A 16 516 120 HOH HOH . 
W 6 HOH A 17 517 148 HOH HOH . 
W 6 HOH A 18 518 102 HOH HOH . 
W 6 HOH A 19 519 111 HOH HOH . 
W 6 HOH A 20 520 75 HOH HOH . 
W 6 HOH A 21 521 88 HOH HOH . 
W 6 HOH A 22 522 36 HOH HOH . 
W 6 HOH A 23 523 14 HOH HOH . 
W 6 HOH A 24 524 90 HOH HOH . 
W 6 HOH A 25 525 78 HOH HOH . 
W 6 HOH A 26 526 47 HOH HOH . 
W 6 HOH A 27 527 30 HOH HOH . 
W 6 HOH A 28 528 133 HOH HOH . 
W 6 HOH A 29 529 79 HOH HOH . 
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