data_5MSX
#
_model_server_result.job_id            baC4ivwNzTM7n1RDoakj2Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 13:14:45' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5msx 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"EA","auth_seq_id":513}' 
#
_entry.id    5MSX 
#
_exptl.entry_id    5MSX 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    22 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5MSX 
_cell.length_a            76.827 
_cell.length_b            129.181 
_cell.length_c            158.08 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5MSX 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 P N N 
? 4 Q N N 
? 4 R N N 
? 4 U N N 
? 4 V N N 
? 4 W N N 
? 4 X N N 
? 4 Y N N 
? 4 Z N N 
? 4 AA N N 
? 4 BA N N 
? 4 CA N N 
? 4 DA N N 
? 4 EA N N 
? 4 FA N N 
? 4 GA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O PHE 357 A PHE 358 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 360 A ASP 361 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc3 A O ALA 362 A ALA 363 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? 
metalc ? metalc4 A O SER 365 A SER 366 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc5 A OG SER 365 A SER 366 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc6 A O TRP 454 A TRP 455 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 455 A GLU 456 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? 
metalc ? metalc8 E CA CA . A CA 502 1_555 HA O HOH . A HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc9 E CA CA . A CA 502 1_555 HA O HOH . A HOH 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc10 E CA CA . A CA 502 1_555 HA O HOH . A HOH 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc11 E CA CA . A CA 502 1_555 HA O HOH . A HOH 633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc12 E CA CA . A CA 502 1_555 HA O HOH . A HOH 655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc13 E CA CA . A CA 502 1_555 HA O HOH . A HOH 670 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? 
metalc ? metalc14 B O PHE 357 B PHE 358 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc15 B OD1 ASP 360 B ASP 361 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc16 B O ALA 362 B ALA 363 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc17 B O SER 365 B SER 366 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc18 B OG SER 365 B SER 366 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc19 B O TRP 454 B TRP 455 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc20 B OE2 GLU 455 B GLU 456 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc21 I CA CA . B CA 501 1_555 IA O HOH . B HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc22 I CA CA . B CA 501 1_555 IA O HOH . B HOH 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc23 I CA CA . B CA 501 1_555 IA O HOH . B HOH 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? 
metalc ? metalc24 I CA CA . B CA 501 1_555 IA O HOH . B HOH 648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc25 I CA CA . B CA 501 1_555 IA O HOH . B HOH 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc26 I CA CA . B CA 501 1_555 IA O HOH . B HOH 664 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc27 C O PHE 357 C PHE 358 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc28 C OD1 ASP 360 C ASP 361 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? 
metalc ? metalc29 C O ALA 362 C ALA 363 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc30 C O SER 365 C SER 366 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc31 C OG SER 365 C SER 366 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc32 C O TRP 454 C TRP 455 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc33 C OE2 GLU 455 C GLU 456 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc34 S CA CA . C CA 501 1_555 JA O HOH . C HOH 638 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc35 S CA CA . C CA 501 1_555 JA O HOH . C HOH 647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc36 S CA CA . C CA 501 1_555 JA O HOH . C HOH 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc37 S CA CA . C CA 501 1_555 JA O HOH . C HOH 670 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc38 S CA CA . C CA 501 1_555 JA O HOH . C HOH 673 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc39 S CA CA . C CA 501 1_555 JA O HOH . C HOH 691 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 102 n n 
C1 C2 EDO sing 103 n n 
C1 H11 EDO sing 104 n n 
C1 H12 EDO sing 105 n n 
O1 HO1 EDO sing 106 n n 
C2 O2 EDO sing 107 n n 
C2 H21 EDO sing 108 n n 
C2 H22 EDO sing 109 n n 
O2 HO2 EDO sing 110 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5MSX 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013016 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007741 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006326 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 EPE A 1 501 1 EPE EPE . 
E 3 CA A 1 502 1 CA CA . 
F 3 CA A 1 503 1 CA CA . 
G 4 EDO A 1 504 11 EDO EDO . 
H 5 144 A 1 505 1 144 144 . 
I 3 CA B 1 501 1 CA CA . 
J 3 CA B 1 502 1 CA CA . 
K 4 EDO B 1 503 1 EDO EDO . 
L 4 EDO B 1 504 2 EDO EDO . 
M 4 EDO B 1 505 3 EDO EDO . 
N 4 EDO B 1 506 4 EDO EDO . 
O 4 EDO B 1 507 5 EDO EDO . 
P 4 EDO B 1 508 6 EDO EDO . 
Q 4 EDO B 1 509 7 EDO EDO . 
R 4 EDO B 1 510 8 EDO EDO . 
S 3 CA C 1 501 1 CA CA . 
T 3 CA C 1 502 1 CA CA . 
U 4 EDO C 1 503 9 EDO EDO . 
V 4 EDO C 1 504 10 EDO EDO . 
W 4 EDO C 1 505 12 EDO EDO . 
X 4 EDO C 1 506 13 EDO EDO . 
Y 4 EDO C 1 507 14 EDO EDO . 
Z 4 EDO C 1 508 15 EDO EDO . 
AA 4 EDO C 1 509 16 EDO EDO . 
BA 4 EDO C 1 510 17 EDO EDO . 
CA 4 EDO C 1 511 18 EDO EDO . 
DA 4 EDO C 1 512 19 EDO EDO . 
EA 4 EDO C 1 513 20 EDO EDO . 
FA 4 EDO C 1 514 21 EDO EDO . 
GA 4 EDO C 1 515 22 EDO EDO . 
HA 6 HOH A 1 601 146 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 2 602 253 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 3 603 64 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 4 604 161 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 5 605 261 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 6 606 127 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 7 607 52 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 8 608 238 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 9 609 216 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 10 610 263 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 11 611 158 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 12 612 201 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 13 613 135 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 14 614 174 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 15 615 93 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 16 616 229 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 17 617 177 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 18 618 236 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 19 619 204 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 20 620 112 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 21 621 66 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 22 622 264 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 23 623 175 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 24 624 67 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 25 625 235 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 26 626 269 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 27 627 143 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 28 628 100 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 29 629 144 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 30 630 106 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 31 631 111 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 32 632 97 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 33 633 239 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 34 634 183 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 35 635 99 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 36 636 137 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 37 637 82 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 38 638 170 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 39 639 103 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 40 640 37 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 41 641 267 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 42 642 194 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 43 643 278 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 44 644 14 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 45 645 23 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 46 646 123 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 47 647 92 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 48 648 11 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 49 649 39 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 50 650 187 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 51 651 85 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 52 652 77 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 53 653 50 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 54 654 262 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 55 655 240 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 56 656 191 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 57 657 168 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 58 658 88 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 59 659 5 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 60 660 254 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 61 661 280 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 62 662 45 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 63 663 122 HOH HOH . 
HA 6 HOH A 64 664 32 HOH HOH . 
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JA 6 HOH C 121 721 402 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 122 722 367 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 123 723 381 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 124 724 300 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 125 725 392 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 126 726 72 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 127 727 386 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 128 728 403 HOH HOH . 
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