data_5N2V
#
_model_server_result.job_id            zec3FPuaNeiRrrHDAyQYCQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 01:35:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5n2v 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":304}' 
#
_entry.id    5N2V 
#
_exptl.entry_id    5N2V 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              459.243 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          102.83 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5N2V 
_cell.length_a            63.841 
_cell.length_b            76.522 
_cell.length_c            89.526 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5N2V 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J 1 1 
D,E,F,K,L,M,N 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 J N N 
? 5 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B O LYS 129 B LYS 127 1_555 I MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc2 B OE1 GLU 145 B GLU 143 1_555 H MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? 
metalc ? metalc3 B OE2 GLU 148 B GLU 146 1_555 G MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? 
metalc ? metalc4 B OE2 GLU 149 B GLU 147 1_555 H MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc5 B OE2 GLU 149 B GLU 147 1_555 I MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc6 B OE2 GLU 194 B GLU 192 1_555 H MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc7 G MG MG . B MG 301 1_555 J O2A M7G . B M7G 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . B MG 302 1_555 J O2B M7G . B M7G 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc9 I MG MG . B MG 303 1_555 J O2B M7G . B M7G 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? 
metalc ? metalc10 E O LYS 129 E LYS 127 1_555 K MG MG . E MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc11 E OE1 GLU 145 E GLU 143 1_555 L MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc12 E OE2 GLU 149 E GLU 147 1_555 K MG MG . E MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc13 E OE2 GLU 149 E GLU 147 1_555 L MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? 
metalc ? metalc14 E OE2 GLU 194 E GLU 192 1_555 L MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? 
metalc ? metalc15 K MG MG . E MG 301 1_555 N O2B M7G . E M7G 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? 
metalc ? metalc16 K MG MG . E MG 301 1_555 N O3B M7G . E M7G 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . E MG 302 1_555 N O3B M7G . E M7G 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc18 M MG MG . E MG 303 1_555 N O1B M7G . E M7G 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? 
metalc ? metalc19 M MG MG . E MG 303 1_555 N O1A M7G . E M7G 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H19 N5 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    459.243 
_chem_comp.id                M7G 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A M7G doub 216 n n 
PA O2A M7G sing 217 n n 
PA O3A M7G sing 218 n n 
PA O5' M7G sing 219 n n 
O2A HOA2 M7G sing 220 n n 
O3A PB M7G sing 221 n n 
O5' C5' M7G sing 222 n n 
PB O1B M7G doub 223 n n 
PB O2B M7G sing 224 n n 
PB O3B M7G sing 225 n n 
O2B HOB2 M7G sing 226 n n 
O3B HOB3 M7G sing 227 n n 
C5' C4' M7G sing 228 n n 
C5' "H5'1" M7G sing 229 n n 
C5' "H5'2" M7G sing 230 n n 
C4' O4' M7G sing 231 n n 
C4' C3' M7G sing 232 n n 
C4' H4' M7G sing 233 n n 
O4' C1' M7G sing 234 n n 
C3' O3' M7G sing 235 n n 
C3' C2' M7G sing 236 n n 
C3' H3' M7G sing 237 n n 
O3' HO3' M7G sing 238 n n 
C2' O2' M7G sing 239 n n 
C2' C1' M7G sing 240 n n 
C2' H2' M7G sing 241 n n 
O2' HO2' M7G sing 242 n n 
C1' N9 M7G sing 243 n n 
C1' H1' M7G sing 244 n n 
N9 C8 M7G sing 245 n n 
N9 C4 M7G sing 246 n n 
C8 N7 M7G sing 247 n n 
C8 H81 M7G sing 248 n n 
C8 H82 M7G sing 249 n n 
N7 CM7 M7G sing 250 n n 
N7 C5 M7G sing 251 n n 
CM7 HM71 M7G sing 252 n n 
CM7 HM72 M7G sing 253 n n 
CM7 HM73 M7G sing 254 n n 
C5 C6 M7G sing 255 n n 
C5 C4 M7G doub 256 n n 
C6 O6 M7G doub 257 n n 
C6 N1 M7G sing 258 n n 
N1 C2 M7G sing 259 n n 
N1 HN1 M7G sing 260 n n 
C2 N2 M7G sing 261 n n 
C2 N3 M7G doub 262 n n 
N2 HN21 M7G sing 263 n n 
N2 HN22 M7G sing 264 n n 
N3 C4 M7G sing 265 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5N2V 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.015664 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003566 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013068 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011456 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 MG B 1 301 237 MG MG . 
H 4 MG B 1 302 238 MG MG . 
I 4 MG B 1 303 239 MG MG . 
J 5 M7G B 1 304 240 M7G UNL . 
K 4 MG E 1 301 237 MG MG . 
L 4 MG E 1 302 238 MG MG . 
M 4 MG E 1 303 239 MG MG . 
N 5 M7G E 1 304 240 M7G UNL . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA M7G . . . J 5 17.775 11.796 2.094 1 34.29 ? PA M7G 304 B 1 
HETATM 2 O O1A M7G . . . J 5 17.587 10.378 2.468 1 58.67 ? O1A M7G 304 B 1 
HETATM 3 O O2A M7G . . . J 5 18.805 12.45 3.006 1 31.51 ? O2A M7G 304 B 1 
HETATM 4 O O3A M7G . . . J 5 16.404 12.588 2.249 1 37.69 ? O3A M7G 304 B 1 
HETATM 5 O O5' M7G . . . J 5 18.182 12.036 0.589 1 38.03 ? O5' M7G 304 B 1 
HETATM 6 P PB M7G . . . J 5 15.419 12.829 3.477 1 44.29 ? PB M7G 304 B 1 
HETATM 7 O O1B M7G . . . J 5 14.096 12.221 3.171 1 26.88 ? O1B M7G 304 B 1 
HETATM 8 O O2B M7G . . . J 5 15.351 14.346 3.683 1 33.94 ? O2B M7G 304 B 1 
HETATM 9 O O3B M7G . . . J 5 16.091 12.207 4.701 1 29.34 ? O3B M7G 304 B 1 
HETATM 10 C C5' M7G . . . J 5 17.369 12.521 -0.501 1 33.32 ? C5' M7G 304 B 1 
HETATM 11 C C4' M7G . . . J 5 18.295 12.887 -1.632 1 23.4 ? C4' M7G 304 B 1 
HETATM 12 O O4' M7G . . . J 5 19.332 13.736 -1.114 1 25.39 ? O4' M7G 304 B 1 
HETATM 13 C C3' M7G . . . J 5 18.992 11.693 -2.279 1 24.64 ? C3' M7G 304 B 1 
HETATM 14 O O3' M7G . . . J 5 18.354 11.353 -3.505 1 25.08 ? O3' M7G 304 B 1 
HETATM 15 C C2' M7G . . . J 5 20.444 12.159 -2.504 1 22.84 ? C2' M7G 304 B 1 
HETATM 16 O O2' M7G . . . J 5 20.76 12.257 -3.888 1 29.6 ? O2' M7G 304 B 1 
HETATM 17 C C1' M7G . . . J 5 20.526 13.536 -1.833 1 22.71 ? C1' M7G 304 B 1 
HETATM 18 N N9 M7G . . . J 5 21.64 13.651 -0.881 1 20.52 ? N9 M7G 304 B 1 
HETATM 19 C C8 M7G . . . J 5 21.471 13.857 0.426 1 26.41 ? C8 M7G 304 B 1 
HETATM 20 N N7 M7G . . . J 5 22.656 13.924 1.007 1 31.28 ? N7 M7G 304 B 1 
HETATM 21 C CM7 M7G . . . J 5 22.872 14.148 2.441 1 36.38 ? CM7 M7G 304 B 1 
HETATM 22 C C5 M7G . . . J 5 23.636 13.752 0.039 1 26.15 ? C5 M7G 304 B 1 
HETATM 23 C C6 M7G . . . J 5 25.055 13.729 0.092 1 24.12 ? C6 M7G 304 B 1 
HETATM 24 O O6 M7G . . . J 5 25.785 13.866 1.07 1 26.6 ? O6 M7G 304 B 1 
HETATM 25 N N1 M7G . . . J 5 25.584 13.514 -1.169 1 22.44 ? N1 M7G 304 B 1 
HETATM 26 C C2 M7G . . . J 5 24.861 13.342 -2.321 1 26.06 ? C2 M7G 304 B 1 
HETATM 27 N N2 M7G . . . J 5 25.55 13.13 -3.443 1 21.94 ? N2 M7G 304 B 1 
HETATM 28 N N3 M7G . . . J 5 23.532 13.369 -2.361 1 26.78 ? N3 M7G 304 B 1 
HETATM 29 C C4 M7G . . . J 5 22.982 13.577 -1.155 1 25.21 ? C4 M7G 304 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              69 
_model_server_stats.parse_time_ms           24 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           337 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           29 
#