data_5N4L # _model_server_result.job_id NkTdo4RLryJnWMEUMBXGVw _model_server_result.datetime_utc '2025-09-08 22:29:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5n4l # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1107}' # _entry.id 5N4L # _exptl.entry_id 5N4L _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5N4L _cell.length_a 128.23 _cell.length_b 128.23 _cell.length_c 407.66 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5N4L _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H,I,R 1 1 B,J,K,L,M,N,O,P,Q,S 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 Q N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 154 A CYS 154 1_555 A SG CYS 180 A CYS 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 256 A CYS 256 1_555 A SG CYS 337 A CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 509 A CYS 509 1_555 A SG CYS 535 A CYS 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 612 A CYS 612 1_555 A SG CYS 693 A CYS 693 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 849 A CYS 849 1_555 A SG CYS 875 A CYS 875 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 154 B CYS 154 1_555 B SG CYS 180 B CYS 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 256 B CYS 256 1_555 B SG CYS 337 B CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 509 B CYS 509 1_555 B SG CYS 535 B CYS 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 612 B CYS 612 1_555 B SG CYS 693 B CYS 693 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 849 B CYS 849 1_555 B SG CYS 875 B CYS 875 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc1 A O TYR 36 A TYR 36 1_555 I NA NA . A NA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc2 A O GLY 45 A GLY 45 1_555 I NA NA . A NA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? metalc ? metalc3 A OH TYR 48 A TYR 48 1_555 I NA NA . A NA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 101 A HIS 101 1_555 G CU CU . A CU 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 103 A HIS 103 1_555 F CU CU . A CU 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc6 A O LYS 109 A LYS 109 1_555 H CA CA . A CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc7 A O GLN 124 A GLN 124 1_555 H CA CA . A CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.051 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 127 A ASP 127 1_555 H CA CA . A CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.089 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 127 A ASP 127 1_555 H CA CA . A CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 128 A ASP 128 1_555 H CA CA . A CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 128 A ASP 128 1_555 H CA CA . A CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc12 A NE2 HIS 160 A HIS 160 1_555 F CU CU . A CU 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc13 A NE2 HIS 162 A HIS 162 1_555 C CU CU . A CU 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc14 A O SER 236 A SER 236 1_555 I NA NA . A NA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc15 A ND1 HIS 275 A HIS 275 1_555 E CU CU . A CU 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc16 A SG CYS 318 A CYS 318 1_555 E CU CU . A CU 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc17 A ND1 HIS 323 A HIS 323 1_555 E CU CU . A CU 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc18 A ND1 HIS 969 A HIS 969 1_555 D CU CU . A CU 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc19 A NE2 HIS 972 A HIS 972 1_555 G CU CU . A CU 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc20 A NE2 HIS 974 A HIS 974 1_555 C CU CU . A CU 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc21 A NE2 HIS 1014 A HIS 1014 1_555 C CU CU . A CU 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? metalc ? metalc22 A SG CYS 1015 A CYS 1015 1_555 D CU CU . A CU 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc23 A NE2 HIS 1016 A HIS 1016 1_555 F CU CU . A CU 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.93 ? metalc ? metalc24 A ND1 HIS 1020 A HIS 1020 1_555 D CU CU . A CU 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc25 C CU CU . A CU 1101 1_555 R O HOH . A HOH 1209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc26 F CU CU . A CU 1104 1_555 R O HOH . A HOH 1209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc27 B O TYR 36 B TYR 36 1_555 Q NA NA . B NA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? metalc ? metalc28 B O GLY 45 B GLY 45 1_555 Q NA NA . B NA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.011 ? metalc ? metalc29 B OH TYR 48 B TYR 48 1_555 Q NA NA . B NA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? metalc ? metalc30 B NE2 HIS 101 B HIS 101 1_555 O CU CU . B CU 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.838 ? metalc ? metalc31 B NE2 HIS 103 B HIS 103 1_555 L CU CU . B CU 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc32 B O LYS 109 B LYS 109 1_555 P CA CA . B CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc33 B O GLN 124 B GLN 124 1_555 P CA CA . B CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc34 B OD1 ASP 128 B ASP 128 1_555 P CA CA . B CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? metalc ? metalc35 B OD2 ASP 128 B ASP 128 1_555 P CA CA . B CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? metalc ? metalc36 B NE2 HIS 160 B HIS 160 1_555 L CU CU . B CU 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc37 B O SER 236 B SER 236 1_555 Q NA NA . B NA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? metalc ? metalc38 B ND1 HIS 275 B HIS 275 1_555 K CU CU . B CU 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc39 B ND1 HIS 323 B HIS 323 1_555 K CU CU . B CU 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc40 B ND1 HIS 631 B HIS 631 1_555 M CU CU . B CU 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc41 B SG CYS 674 B CYS 674 1_555 M CU CU . B CU 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc42 B ND1 HIS 969 B HIS 969 1_555 J CU CU . B CU 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc43 B NE2 HIS 972 B HIS 972 1_555 O CU CU . B CU 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.919 ? metalc ? metalc44 B NE2 HIS 974 B HIS 974 1_555 N CU CU . B CU 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc45 B NE2 HIS 1014 B HIS 1014 1_555 N CU CU . B CU 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? metalc ? metalc46 B SG CYS 1015 B CYS 1015 1_555 J CU CU . B CU 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? metalc ? metalc47 B NE2 HIS 1016 B HIS 1016 1_555 L CU CU . B CU 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.735 ? metalc ? metalc48 B ND1 HIS 1020 B HIS 1020 1_555 J CU CU . B CU 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5N4L _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007798 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004502 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009005 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002453 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CU A 1 1101 1 CU CU . D 2 CU A 1 1102 3 CU CU . E 2 CU A 1 1103 6 CU CU . F 2 CU A 1 1104 7 CU CU . G 2 CU A 1 1105 10 CU CU . H 3 CA A 1 1106 1 CA CA . I 4 NA A 1 1107 2 NA NA . J 2 CU B 1 1101 4 CU CU . K 2 CU B 1 1102 5 CU CU . L 2 CU B 1 1103 8 CU CU . M 2 CU B 1 1104 9 CU CU . N 2 CU B 1 1105 11 CU CU . O 2 CU B 1 1106 12 CU CU . P 3 CA B 1 1107 2 CA CA . Q 4 NA B 1 1108 1 NA NA . R 5 HOH A 1 1201 12 HOH HOH . R 5 HOH A 2 1202 15 HOH HOH . R 5 HOH A 3 1203 21 HOH HOH . R 5 HOH A 4 1204 16 HOH HOH . R 5 HOH A 5 1205 9 HOH HOH . R 5 HOH A 6 1206 13 HOH HOH . R 5 HOH A 7 1207 10 HOH HOH . R 5 HOH A 8 1208 14 HOH HOH . R 5 HOH A 9 1209 18 HOH HOH . R 5 HOH A 10 1210 19 HOH HOH . S 5 HOH B 1 1201 2 HOH HOH . S 5 HOH B 2 1202 8 HOH HOH . S 5 HOH B 3 1203 11 HOH HOH . S 5 HOH B 4 1204 17 HOH HOH . S 5 HOH B 5 1205 1 HOH HOH . S 5 HOH B 6 1206 4 HOH HOH . S 5 HOH B 7 1207 5 HOH HOH . S 5 HOH B 8 1208 7 HOH HOH . S 5 HOH B 9 1209 6 HOH HOH . S 5 HOH B 10 1210 3 HOH HOH . S 5 HOH B 11 1211 20 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x -57.789 _atom_site.Cartn_y 28.346 _atom_site.Cartn_z 68.287 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 120.48 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 1107 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 33 _model_server_stats.query_time_ms 324 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #