data_5N9X
#
_model_server_result.job_id            c5MFMT5j7ozTvjew6yJc5g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 22:28:20' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5n9x 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    5N9X 
#
_exptl.entry_id    5N9X 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              448.325 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2~{S},3~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-butanoate' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5N9X 
_cell.length_a            179.022 
_cell.length_b            52.524 
_cell.length_c            110.119 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5N9X 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,G 1 1 
B,F,H 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      5 
_struct_asym.id                             F 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 D O1G ATP . A ATP 602 1_555 E MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc2 D O1B ATP . A ATP 602 1_555 E MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc3 D O3' ATP . A ATP 602 1_555 E MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc4 E MG MG . A MG 603 1_555 G O HOH . A HOH 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
#
_chem_comp.formula           'C14 H21 N6 O9 P' 
_chem_comp.formula_weight    448.325 
_chem_comp.id                8QN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2~{S},3~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-butanoate' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA 8QN sing 1 n n 
CG2 CB 8QN sing 2 n n 
CA CB 8QN sing 3 n n 
CA C 8QN sing 4 n n 
CB OG1 8QN sing 5 n n 
O3P C 8QN sing 6 n n 
O3P P10 8QN sing 7 n n 
C O 8QN doub 8 n n 
O1P P10 8QN doub 9 n n 
O2P P10 8QN sing 10 n n 
P10 O5' 8QN sing 11 n n 
O5' C5' 8QN sing 12 n n 
C5' C4' 8QN sing 13 n n 
N7 C8 8QN doub 14 n y 
N7 C5 8QN sing 15 n y 
C8 N9 8QN sing 16 n y 
O4' C4' 8QN sing 17 n n 
O4' C1' 8QN sing 18 n n 
C4' C3' 8QN sing 19 n n 
N6 C6 8QN sing 20 n n 
C5 C6 8QN doub 21 n y 
C5 C4 8QN sing 22 n y 
N9 C1' 8QN sing 23 n n 
N9 C4 8QN sing 24 n y 
C3' O3' 8QN sing 25 n n 
C3' C2' 8QN sing 26 n n 
C1' C2' 8QN sing 27 n n 
C6 N1 8QN sing 28 n y 
C4 N3 8QN doub 29 n y 
C2' O2' 8QN sing 30 n n 
N1 C2 8QN doub 31 n y 
N3 C2 8QN sing 32 n y 
O2P H1 8QN sing 33 n n 
CA H2 8QN sing 34 n n 
N H3 8QN sing 35 n n 
N H4 8QN sing 36 n n 
CB H6 8QN sing 37 n n 
OG1 H7 8QN sing 38 n n 
CG2 H8 8QN sing 39 n n 
CG2 H9 8QN sing 40 n n 
CG2 H10 8QN sing 41 n n 
C5' H11 8QN sing 42 n n 
C5' H12 8QN sing 43 n n 
C4' H13 8QN sing 44 n n 
C3' H14 8QN sing 45 n n 
O3' H15 8QN sing 46 n n 
C2' H16 8QN sing 47 n n 
O2' H17 8QN sing 48 n n 
C1' H18 8QN sing 49 n n 
C8 H19 8QN sing 50 n n 
C2 H20 8QN sing 51 n n 
N6 H21 8QN sing 52 n n 
N6 H22 8QN sing 53 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5N9X 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005586 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001597 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.019039 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009445 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 THR A 1 601 602 THR THR . 
D 3 ATP A 1 602 601 ATP ATP . 
E 4 MG A 1 603 603 MG MG . 
F 5 8QN B 1 601 601 8QN Y4U . 
G 6 HOH A 1 701 2068 HOH HOH . 
G 6 HOH A 2 702 2022 HOH HOH . 
G 6 HOH A 3 703 2053 HOH HOH . 
G 6 HOH A 4 704 2096 HOH HOH . 
G 6 HOH A 5 705 2066 HOH HOH . 
G 6 HOH A 6 706 2081 HOH HOH . 
G 6 HOH A 7 707 2086 HOH HOH . 
G 6 HOH A 8 708 2083 HOH HOH . 
G 6 HOH A 9 709 2044 HOH HOH . 
G 6 HOH A 10 710 2035 HOH HOH . 
G 6 HOH A 11 711 2021 HOH HOH . 
G 6 HOH A 12 712 2108 HOH HOH . 
G 6 HOH A 13 713 2087 HOH HOH . 
G 6 HOH A 14 714 2029 HOH HOH . 
G 6 HOH A 15 715 2097 HOH HOH . 
G 6 HOH A 16 716 2013 HOH HOH . 
G 6 HOH A 17 717 2027 HOH HOH . 
G 6 HOH A 18 718 2073 HOH HOH . 
G 6 HOH A 19 719 2065 HOH HOH . 
G 6 HOH A 20 720 2100 HOH HOH . 
G 6 HOH A 21 721 2033 HOH HOH . 
G 6 HOH A 22 722 2008 HOH HOH . 
G 6 HOH A 23 723 2059 HOH HOH . 
G 6 HOH A 24 724 2001 HOH HOH . 
G 6 HOH A 25 725 2037 HOH HOH . 
G 6 HOH A 26 726 2054 HOH HOH . 
G 6 HOH A 27 727 2038 HOH HOH . 
G 6 HOH A 28 728 2039 HOH HOH . 
G 6 HOH A 29 729 2051 HOH HOH . 
G 6 HOH A 30 730 2093 HOH HOH . 
G 6 HOH A 31 731 2036 HOH HOH . 
G 6 HOH A 32 732 2105 HOH HOH . 
G 6 HOH A 33 733 2025 HOH HOH . 
G 6 HOH A 34 734 2060 HOH HOH . 
G 6 HOH A 35 735 2055 HOH HOH . 
G 6 HOH A 36 736 2002 HOH HOH . 
G 6 HOH A 37 737 2018 HOH HOH . 
G 6 HOH A 38 738 2078 HOH HOH . 
G 6 HOH A 39 739 2085 HOH HOH . 
G 6 HOH A 40 740 2107 HOH HOH . 
G 6 HOH A 41 741 2015 HOH HOH . 
G 6 HOH A 42 742 2056 HOH HOH . 
G 6 HOH A 43 743 2017 HOH HOH . 
G 6 HOH A 44 744 2080 HOH HOH . 
G 6 HOH A 45 745 2076 HOH HOH . 
G 6 HOH A 46 746 2026 HOH HOH . 
G 6 HOH A 47 747 2020 HOH HOH . 
G 6 HOH A 48 748 2058 HOH HOH . 
G 6 HOH A 49 749 2042 HOH HOH . 
G 6 HOH A 50 750 2079 HOH HOH . 
G 6 HOH A 51 751 2019 HOH HOH . 
G 6 HOH A 52 752 2071 HOH HOH . 
G 6 HOH A 53 753 2095 HOH HOH . 
G 6 HOH A 54 754 2040 HOH HOH . 
G 6 HOH A 55 755 2092 HOH HOH . 
G 6 HOH A 56 756 2090 HOH HOH . 
G 6 HOH A 57 757 2043 HOH HOH . 
G 6 HOH A 58 758 2094 HOH HOH . 
G 6 HOH A 59 759 2049 HOH HOH . 
G 6 HOH A 60 760 2057 HOH HOH . 
G 6 HOH A 61 761 2072 HOH HOH . 
G 6 HOH A 62 762 2024 HOH HOH . 
G 6 HOH A 63 763 2061 HOH HOH . 
G 6 HOH A 64 764 2098 HOH HOH . 
G 6 HOH A 65 765 2070 HOH HOH . 
G 6 HOH A 66 766 2064 HOH HOH . 
G 6 HOH A 67 767 2099 HOH HOH . 
G 6 HOH A 68 768 2081 HOH HOH . 
G 6 HOH A 69 769 2028 HOH HOH . 
G 6 HOH A 70 770 2069 HOH HOH . 
G 6 HOH A 71 771 2007 HOH HOH . 
G 6 HOH A 72 772 2032 HOH HOH . 
G 6 HOH A 73 773 2031 HOH HOH . 
G 6 HOH A 74 774 2048 HOH HOH . 
G 6 HOH A 75 775 2014 HOH HOH . 
G 6 HOH A 76 776 2009 HOH HOH . 
G 6 HOH A 77 777 2082 HOH HOH . 
G 6 HOH A 78 778 2030 HOH HOH . 
G 6 HOH A 79 779 2046 HOH HOH . 
G 6 HOH A 80 780 2050 HOH HOH . 
G 6 HOH A 81 781 2090 HOH HOH . 
G 6 HOH A 82 782 2074 HOH HOH . 
G 6 HOH A 83 783 2084 HOH HOH . 
G 6 HOH A 84 784 2104 HOH HOH . 
G 6 HOH A 85 785 2088 HOH HOH . 
G 6 HOH A 86 786 2045 HOH HOH . 
G 6 HOH A 87 787 2034 HOH HOH . 
G 6 HOH A 88 788 2053 HOH HOH . 
G 6 HOH A 89 789 2005 HOH HOH . 
G 6 HOH A 90 790 2052 HOH HOH . 
G 6 HOH A 91 791 2063 HOH HOH . 
G 6 HOH A 92 792 2103 HOH HOH . 
G 6 HOH A 93 793 2006 HOH HOH . 
G 6 HOH A 94 794 2091 HOH HOH . 
G 6 HOH A 95 795 2062 HOH HOH . 
G 6 HOH A 96 796 2041 HOH HOH . 
G 6 HOH A 97 797 2016 HOH HOH . 
G 6 HOH A 98 798 2043 HOH HOH . 
G 6 HOH A 99 799 2089 HOH HOH . 
G 6 HOH A 100 800 2106 HOH HOH . 
G 6 HOH A 101 801 2012 HOH HOH . 
G 6 HOH A 102 802 2101 HOH HOH . 
G 6 HOH A 103 803 2010 HOH HOH . 
G 6 HOH A 104 804 2003 HOH HOH . 
G 6 HOH A 105 805 2047 HOH HOH . 
G 6 HOH A 106 806 2004 HOH HOH . 
G 6 HOH A 107 807 2102 HOH HOH . 
G 6 HOH A 108 808 2067 HOH HOH . 
G 6 HOH A 109 809 2089 HOH HOH . 
G 6 HOH A 110 810 2075 HOH HOH . 
G 6 HOH A 111 811 2084 HOH HOH . 
G 6 HOH A 112 812 2011 HOH HOH . 
G 6 HOH A 113 813 2077 HOH HOH . 
H 6 HOH B 1 701 2056 HOH HOH . 
H 6 HOH B 2 702 2088 HOH HOH . 
H 6 HOH B 3 703 2018 HOH HOH . 
H 6 HOH B 4 704 2077 HOH HOH . 
H 6 HOH B 5 705 2011 HOH HOH . 
H 6 HOH B 6 706 2023 HOH HOH . 
H 6 HOH B 7 707 2062 HOH HOH . 
H 6 HOH B 8 708 2012 HOH HOH . 
H 6 HOH B 9 709 2002 HOH HOH . 
H 6 HOH B 10 710 2068 HOH HOH . 
H 6 HOH B 11 711 2070 HOH HOH . 
H 6 HOH B 12 712 2083 HOH HOH . 
H 6 HOH B 13 713 2060 HOH HOH . 
H 6 HOH B 14 714 2074 HOH HOH . 
H 6 HOH B 15 715 2049 HOH HOH . 
H 6 HOH B 16 716 2058 HOH HOH . 
H 6 HOH B 17 717 2040 HOH HOH . 
H 6 HOH B 18 718 2038 HOH HOH . 
H 6 HOH B 19 719 2031 HOH HOH . 
H 6 HOH B 20 720 2054 HOH HOH . 
H 6 HOH B 21 721 2014 HOH HOH . 
H 6 HOH B 22 722 2051 HOH HOH . 
H 6 HOH B 23 723 2082 HOH HOH . 
H 6 HOH B 24 724 2013 HOH HOH . 
H 6 HOH B 25 725 2055 HOH HOH . 
H 6 HOH B 26 726 2048 HOH HOH . 
H 6 HOH B 27 727 2025 HOH HOH . 
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