data_5NA0 # _model_server_result.job_id EdpM3PltjhHEaML4rscPEw _model_server_result.datetime_utc '2025-01-25 15:08:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5na0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":901}' # _entry.id 5NA0 # _exptl.entry_id 5NA0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 759.894 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description ~{N}-[3,5-diethyl-1-[2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethyl]pyrazol-4-yl]-2-[[2-methoxy-4-[4-(2-methoxyethanoyl)piperazin-1-yl]phenyl]amino]-5,6-dihydropyrimido[4,5-e]indolizine-7-carboxamide _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5NA0 _cell.length_a 71.1 _cell.length_b 113.28 _cell.length_c 115.81 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5NA0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C GLY 190 A GLY 685 1_555 A N TPO 191 A TPO 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale2 A C TPO 191 A TPO 686 1_555 A N VAL 192 A VAL 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? # _chem_comp.formula 'C39 H53 N9 O7' _chem_comp.formula_weight 759.894 _chem_comp.id 8QZ _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name ~{N}-[3,5-diethyl-1-[2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethyl]pyrazol-4-yl]-2-[[2-methoxy-4-[4-(2-methoxyethanoyl)piperazin-1-yl]phenyl]amino]-5,6-dihydropyrimido[4,5-e]indolizine-7-carboxamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C27 O26 8QZ sing 1 n n C25 O26 8QZ sing 2 n n C25 C24 8QZ sing 3 n n C24 O23 8QZ sing 4 n n C2 N1 8QZ doub 5 n y C2 C3 8QZ sing 6 n y C8 C3 8QZ sing 7 n n C8 C7 8QZ sing 8 n n N1 C35 8QZ sing 9 n y C3 C4 8QZ doub 10 n y O23 C22 8QZ sing 11 n n C7 C6 8QZ sing 12 n n C35 N36 8QZ sing 13 n n C35 N34 8QZ doub 14 n y C4 N34 8QZ sing 15 n y C4 N5 8QZ sing 16 n n C22 C21 8QZ sing 17 n n N36 C37 8QZ sing 18 n n C6 N5 8QZ sing 19 n y C6 C9 8QZ doub 20 n y O20 C19 8QZ sing 21 n n O20 C21 8QZ sing 22 n n O11 C10 8QZ doub 23 n n N5 C33 8QZ sing 24 n y C56 O55 8QZ sing 25 n n C19 C18 8QZ sing 26 n n O55 C54 8QZ sing 27 n n C37 C54 8QZ doub 28 n y C37 C38 8QZ sing 29 n y C9 C10 8QZ sing 30 n n C9 C32 8QZ sing 31 n y C10 N12 8QZ sing 32 n n C15 C14 8QZ sing 33 n n C15 C16 8QZ sing 34 n n C54 C53 8QZ sing 35 n y C33 C32 8QZ doub 36 n y C18 N17 8QZ sing 37 n n C14 N17 8QZ sing 38 n y C14 C13 8QZ doub 39 n y N17 N28 8QZ sing 40 n y C38 C39 8QZ doub 41 n y N12 C13 8QZ sing 42 n n C13 C29 8QZ sing 43 n y C53 C40 8QZ doub 44 n y N28 C29 8QZ doub 45 n y C31 C30 8QZ sing 46 n n C29 C30 8QZ sing 47 n n C39 C40 8QZ sing 48 n y C40 N41 8QZ sing 49 n n N41 C52 8QZ sing 50 n n N41 C42 8QZ sing 51 n n C52 C51 8QZ sing 52 n n C42 C43 8QZ sing 53 n n C51 N44 8QZ sing 54 n n C43 N44 8QZ sing 55 n n N44 C45 8QZ sing 56 n n C45 C47 8QZ sing 57 n n C45 O46 8QZ doub 58 n n C47 O48 8QZ sing 59 n n C49 O48 8QZ sing 60 n n C47 H1 8QZ sing 61 n n C47 H2 8QZ sing 62 n n C49 H3 8QZ sing 63 n n C49 H4 8QZ sing 64 n n C49 H5 8QZ sing 65 n n C43 H6 8QZ sing 66 n n C43 H7 8QZ sing 67 n n C42 H8 8QZ sing 68 n n C42 H9 8QZ sing 69 n n C51 H10 8QZ sing 70 n n C51 H11 8QZ sing 71 n n C52 H12 8QZ sing 72 n n C52 H13 8QZ sing 73 n n C39 H14 8QZ sing 74 n n C38 H15 8QZ sing 75 n n C53 H16 8QZ sing 76 n n C56 H17 8QZ sing 77 n n C56 H18 8QZ sing 78 n n C56 H19 8QZ sing 79 n n N36 H20 8QZ sing 80 n n C33 H21 8QZ sing 81 n n C32 H22 8QZ sing 82 n n C7 H23 8QZ sing 83 n n C8 H24 8QZ sing 84 n n C2 H25 8QZ sing 85 n n N12 H26 8QZ sing 86 n n C30 H27 8QZ sing 87 n n C30 H28 8QZ sing 88 n n C31 H29 8QZ sing 89 n n C31 H30 8QZ sing 90 n n C31 H31 8QZ sing 91 n n C15 H32 8QZ sing 92 n n C15 H33 8QZ sing 93 n n C16 H34 8QZ sing 94 n n C16 H35 8QZ sing 95 n n C16 H36 8QZ sing 96 n n C18 H37 8QZ sing 97 n n C18 H38 8QZ sing 98 n n C19 H39 8QZ sing 99 n n C19 H40 8QZ sing 100 n n C21 H41 8QZ sing 101 n n C21 H42 8QZ sing 102 n n C22 H43 8QZ sing 103 n n C22 H44 8QZ sing 104 n n C24 H45 8QZ sing 105 n n C24 H46 8QZ sing 106 n n C25 H47 8QZ sing 107 n n C25 H48 8QZ sing 108 n n C27 H49 8QZ sing 109 n n C27 H50 8QZ sing 110 n n C27 H51 8QZ sing 111 n n C7 H52 8QZ sing 112 n n C8 H53 8QZ sing 113 n n # _atom_sites.entry_id 5NA0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014065 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008828 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008635 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 8QZ A 1 901 797 8QZ NX9 . C 3 HOH A 1 1001 39 HOH HOH . C 3 HOH A 2 1002 106 HOH HOH . C 3 HOH A 3 1003 4 HOH HOH . C 3 HOH A 4 1004 70 HOH HOH . C 3 HOH A 5 1005 66 HOH HOH . C 3 HOH A 6 1006 56 HOH HOH . C 3 HOH A 7 1007 1 HOH HOH . C 3 HOH A 8 1008 97 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O46 8QZ . . . B 2 32.035 48.055 49.045 1 115.51 ? O46 8QZ 901 A 1 HETATM 2 C C45 8QZ . . . B 2 32.893 48.3 48.192 1 120.67 ? C45 8QZ 901 A 1 HETATM 3 C C47 8QZ . . . B 2 34.276 48.826 48.619 1 119.83 ? C47 8QZ 901 A 1 HETATM 4 O O48 8QZ . . . B 2 35.087 47.972 49.452 1 119.38 ? O48 8QZ 901 A 1 HETATM 5 C C49 8QZ . . . B 2 36.228 47.243 48.973 1 112.3 ? C49 8QZ 901 A 1 HETATM 6 N N44 8QZ . . . B 2 32.543 48.079 46.855 1 108.45 ? N44 8QZ 901 A 1 HETATM 7 C C43 8QZ . . . B 2 33.43 47.077 46.202 1 104.27 ? C43 8QZ 901 A 1 HETATM 8 C C42 8QZ . . . B 2 34.47 47.689 45.257 1 95.48 ? C42 8QZ 901 A 1 HETATM 9 C C51 8QZ . . . B 2 32.502 49.329 46.059 1 101.77 ? C51 8QZ 901 A 1 HETATM 10 C C52 8QZ . . . B 2 32.504 48.976 44.571 1 98.43 ? C52 8QZ 901 A 1 HETATM 11 N N41 8QZ . . . B 2 33.856 48.509 44.179 1 92.59 ? N41 8QZ 901 A 1 HETATM 12 C C40 8QZ . . . B 2 33.861 47.953 42.86 1 81.85 ? C40 8QZ 901 A 1 HETATM 13 C C39 8QZ . . . B 2 34.037 46.609 42.537 1 79 ? C39 8QZ 901 A 1 HETATM 14 C C38 8QZ . . . B 2 34.068 46.165 41.211 1 78.21 ? C38 8QZ 901 A 1 HETATM 15 C C53 8QZ . . . B 2 33.717 48.854 41.817 1 80.39 ? C53 8QZ 901 A 1 HETATM 16 C C54 8QZ . . . B 2 33.737 48.458 40.492 1 75.6 ? C54 8QZ 901 A 1 HETATM 17 O O55 8QZ . . . B 2 33.579 49.384 39.5 1 79.91 ? O55 8QZ 901 A 1 HETATM 18 C C56 8QZ . . . B 2 34.385 50.56 39.399 1 74.16 ? C56 8QZ 901 A 1 HETATM 19 C C37 8QZ . . . B 2 33.892 47.037 40.137 1 75.94 ? C37 8QZ 901 A 1 HETATM 20 N N36 8QZ . . . B 2 34.013 46.707 38.807 1 74.48 ? N36 8QZ 901 A 1 HETATM 21 C C35 8QZ . . . B 2 34.809 45.704 38.307 1 68.25 ? C35 8QZ 901 A 1 HETATM 22 N N1 8QZ . . . B 2 35.04 45.692 36.966 1 63.47 ? N1 8QZ 901 A 1 HETATM 23 N N34 8QZ . . . B 2 35.398 44.762 39.083 1 66.13 ? N34 8QZ 901 A 1 HETATM 24 C C4 8QZ . . . B 2 36.208 43.804 38.568 1 69.14 ? C4 8QZ 901 A 1 HETATM 25 N N5 8QZ . . . B 2 36.697 42.874 39.389 1 70.76 ? N5 8QZ 901 A 1 HETATM 26 C C33 8QZ . . . B 2 36.354 42.809 40.653 1 73.27 ? C33 8QZ 901 A 1 HETATM 27 C C32 8QZ . . . B 2 37.007 41.709 41.155 1 76.53 ? C32 8QZ 901 A 1 HETATM 28 C C9 8QZ . . . B 2 37.739 41.08 40.156 1 71.59 ? C9 8QZ 901 A 1 HETATM 29 C C6 8QZ . . . B 2 37.476 41.895 38.927 1 70.45 ? C6 8QZ 901 A 1 HETATM 30 C C7 8QZ . . . B 2 37.976 41.765 37.494 1 64.49 ? C7 8QZ 901 A 1 HETATM 31 C C8 8QZ . . . B 2 37.304 42.723 36.49 1 57.08 ? C8 8QZ 901 A 1 HETATM 32 C C3 8QZ . . . B 2 36.43 43.803 37.105 1 60.97 ? C3 8QZ 901 A 1 HETATM 33 C C2 8QZ . . . B 2 35.803 44.777 36.354 1 58.09 ? C2 8QZ 901 A 1 HETATM 34 C C10 8QZ . . . B 2 38.575 39.82 40.286 1 78.34 ? C10 8QZ 901 A 1 HETATM 35 O O11 8QZ . . . B 2 39.21 39.489 39.286 1 81.22 ? O11 8QZ 901 A 1 HETATM 36 N N12 8QZ . . . B 2 38.52 39.158 41.502 1 78.83 ? N12 8QZ 901 A 1 HETATM 37 C C13 8QZ . . . B 2 39.261 38.032 41.693 1 77.58 ? C13 8QZ 901 A 1 HETATM 38 C C29 8QZ . . . B 2 40.666 38.038 42.127 1 79.57 ? C29 8QZ 901 A 1 HETATM 39 C C30 8QZ . . . B 2 41.374 39.137 42.844 1 84.58 ? C30 8QZ 901 A 1 HETATM 40 C C31 8QZ . . . B 2 41.492 40.309 41.916 1 84.07 ? C31 8QZ 901 A 1 HETATM 41 N N28 8QZ . . . B 2 41.175 36.82 41.852 1 79.44 ? N28 8QZ 901 A 1 HETATM 42 N N17 8QZ . . . B 2 40.184 36.072 41.177 1 85.69 ? N17 8QZ 901 A 1 HETATM 43 C C14 8QZ . . . B 2 39.025 36.748 41.008 1 80.38 ? C14 8QZ 901 A 1 HETATM 44 C C15 8QZ . . . B 2 37.753 36.273 40.351 1 86.6 ? C15 8QZ 901 A 1 HETATM 45 C C16 8QZ . . . B 2 36.562 36.804 41.127 1 90.9 ? C16 8QZ 901 A 1 HETATM 46 C C18 8QZ . . . B 2 40.629 34.704 40.812 1 86.41 ? C18 8QZ 901 A 1 HETATM 47 C C19 8QZ . . . B 2 41.409 34.555 39.485 1 90.19 ? C19 8QZ 901 A 1 HETATM 48 O O20 8QZ . . . B 2 42.304 35.639 39.174 1 91.66 ? O20 8QZ 901 A 1 HETATM 49 C C21 8QZ . . . B 2 43.672 35.516 39.594 1 94.43 ? C21 8QZ 901 A 1 HETATM 50 C C22 8QZ . . . B 2 44.55 34.668 38.648 1 95.6 ? C22 8QZ 901 A 1 HETATM 51 O O23 8QZ . . . B 2 44.762 35.256 37.344 1 102.28 ? O23 8QZ 901 A 1 HETATM 52 C C24 8QZ . . . B 2 43.882 34.81 36.279 1 112.99 ? C24 8QZ 901 A 1 HETATM 53 C C25 8QZ . . . B 2 42.838 35.859 35.838 1 116.29 ? C25 8QZ 901 A 1 HETATM 54 O O26 8QZ . . . B 2 41.45 35.575 36.15 1 111.98 ? O26 8QZ 901 A 1 HETATM 55 C C27 8QZ . . . B 2 40.503 36.422 35.47 1 101.9 ? C27 8QZ 901 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 391 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 55 #