data_5NEM # _model_server_result.job_id wjZ6Fvs-WEBWSDPAwkhnjw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 22:34:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5nem # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":621}' # _entry.id 5NEM # _exptl.entry_id 5NEM _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 13 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5NEM _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5NEM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 13 P N N ? 13 Q N N ? 13 R N N ? 13 S N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 7 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 7 3 2 MAN NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 8 2 1 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 4 ? 9 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 5 ? 9 3 2 MAN NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 6 ? 9 4 3 MAN MAN C1 O1 . O3 HO3 . sing 7 ? 10 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 8 ? 10 3 2 MAN NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 9 ? 10 4 3 MAN MAN C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 7 n G NAG 1 C 1 NAG S 3260 NAG 7 n G NAG 2 C 2 NAG S 3261 NAG 7 n G MAN 3 C 3 MAN S 3262 MAN 7 n H NAG 1 D 1 NAG S 3266 NAG 7 n H NAG 2 D 2 NAG S 3267 NAG 7 n H MAN 3 D 3 MAN S 3268 MAN 8 n I MAN 1 E 1 MAN S 3272 MAN 8 n I MAN 2 E 2 MAN S 3273 MAN 9 n J NAG 1 F 1 NAG S 3458 NAG 9 n J NAG 2 F 2 NAG S 3459 NAG 9 n J MAN 3 F 3 MAN S 3460 MAN 9 n J MAN 4 F 4 MAN S 3461 MAN 10 n K NAG 1 G 1 NAG S 3585 NAG 10 n K NAG 2 G 2 NAG S 3586 NAG 10 n K MAN 3 G 3 MAN S 3587 MAN 10 n K MAN 4 G 4 MAN S 3588 MAN # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 57 A CYS 59 1_555 E SG CYS 65 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 E SG CYS 106 A CYS 108 1_555 E SG CYS 126 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 E SG CYS 140 A CYS 142 1_555 E SG CYS 153 A CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf4 E SG CYS 398 A CYS 400 1_555 F SG CYS 266 B CYS 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf5 E SG CYS 459 A CYS 461 1_555 E SG CYS 470 A CYS 472 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 E SG CYS 476 A CYS 478 1_555 E SG CYS 531 A CYS 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf7 F SG CYS 2 B CYS 6 1_555 F SG CYS 20 B CYS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf8 F SG CYS 10 B CYS 14 1_555 F SG CYS 433 B CYS 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf9 F SG CYS 13 B CYS 17 1_555 F SG CYS 38 B CYS 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 F SG CYS 23 B CYS 27 1_555 F SG CYS 49 B CYS 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf11 F SG CYS 176 B CYS 177 1_555 F SG CYS 183 B CYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf12 F SG CYS 231 B CYS 232 1_555 F SG CYS 272 B CYS 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf13 F SG CYS 373 B CYS 374 1_555 F SG CYS 385 B CYS 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf14 F SG CYS 405 B CYS 406 1_555 F SG CYS 431 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf15 F SG CYS 435 B CYS 436 1_555 F SG CYS 455 B CYS 456 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf16 F SG CYS 446 B CYS 447 1_555 F SG CYS 458 B CYS 459 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf17 F SG CYS 460 B CYS 461 1_555 F SG CYS 469 B CYS 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? covale ? covale1 E ND2 ASN 456 A ASN 458 1_555 J C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.288 ? covale ? covale2 F ND2 ASN 76 B ASN 77 1_555 T C1 NAG . B NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale3 G O4 NAG . C NAG 1 1_555 G C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale4 G O4 NAG . C NAG 2 1_555 G C1 MAN . C MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? covale ? covale5 H O4 NAG . D NAG 1 1_555 H C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.363 ? covale ? covale6 H O4 NAG . D NAG 2 1_555 H C1 MAN . D MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.38 ? covale ? covale7 I O2 MAN . E MAN 1 1_555 I C1 MAN . E MAN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.295 ? covale ? covale8 J O4 NAG . F NAG 1 1_555 J C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale9 J O4 NAG . F NAG 2 1_555 J C1 MAN . F MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale10 J O3 MAN . F MAN 3 1_555 J C1 MAN . F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale11 K O4 NAG . G NAG 1 1_555 K C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale12 K O4 NAG . G NAG 2 1_555 K C1 MAN . G MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale13 K O4 MAN . G MAN 3 1_555 K C1 MAN . G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? metalc ? metalc1 E OD1 ASN 230 A ASN 232 1_555 R CA CA . A CA 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc2 E OD1 ASP 232 A ASP 234 1_555 R CA CA . A CA 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc3 E O ILE 234 A ILE 236 1_555 R CA CA . A CA 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc4 E OD1 ASP 236 A ASP 238 1_555 R CA CA . A CA 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc5 E OD2 ASP 236 A ASP 238 1_555 R CA CA . A CA 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc6 E OD1 ASP 282 A ASP 284 1_555 S CA CA . A CA 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc7 E OD1 ASN 284 A ASN 286 1_555 S CA CA . A CA 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc8 E OD1 ASP 286 A ASP 288 1_555 S CA CA . A CA 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc9 E O TYR 288 A TYR 290 1_555 S CA CA . A CA 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc10 E OD1 ASP 290 A ASP 292 1_555 S CA CA . A CA 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc11 E OD2 ASP 290 A ASP 292 1_555 S CA CA . A CA 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc12 E OD1 ASP 347 A ASP 349 1_555 Q CA CA . A CA 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc13 E OD1 ASP 349 A ASP 351 1_555 Q CA CA . A CA 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc14 E OD1 ASP 351 A ASP 353 1_555 Q CA CA . A CA 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc15 E O PHE 353 A PHE 355 1_555 Q CA CA . A CA 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc16 E OD1 ASP 355 A ASP 357 1_555 Q CA CA . A CA 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc17 E OD2 ASP 355 A ASP 357 1_555 Q CA CA . A CA 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc18 E OD1 ASP 413 A ASP 415 1_555 P CA CA . A CA 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc19 E OD2 ASP 413 A ASP 415 1_555 P CA CA . A CA 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc20 E OD1 ASN 415 A ASN 417 1_555 P CA CA . A CA 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc21 E O TYR 417 A TYR 419 1_555 P CA CA . A CA 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc22 E OD1 ASP 419 A ASP 421 1_555 P CA CA . A CA 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5NEM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code L 11 MAN 3 1 301 3269 MAN MAN . M 11 MAN 3 1 302 3270 MAN MAN . N 11 MAN 3 1 303 3271 MAN MAN . O 12 NAG A 1 613 3524 NAG NAG . P 13 CA A 1 618 2001 CA CA . Q 13 CA A 1 619 2002 CA CA . R 13 CA A 1 620 2003 CA CA . S 13 CA A 1 621 2004 CA CA . T 12 NAG B 1 501 3077 NAG NAG . U 12 NAG B 1 502 3240 NAG NAG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id S _atom_site.label_entity_id 13 _atom_site.Cartn_x -327.099 _atom_site.Cartn_y 306.142 _atom_site.Cartn_z 446.825 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 63.3 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 621 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 36 _model_server_stats.query_time_ms 265 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #