data_5NV3 # _model_server_result.job_id fbYEfI5da6qCFdaF4BzLdg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-29 08:55:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5nv3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"BA","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 5NV3 # _exptl.entry_id 5NV3 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5NV3 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5NV3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 16 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 R N N ? 4 T N N ? 4 V N N ? 4 X N N ? 4 Z N N ? 4 BA N N ? 4 DA N N ? 4 FA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C MET 190 A MET 202 1_555 A N KCX 191 A KCX 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale2 A C KCX 191 A KCX 203 1_555 A N ASP 192 A ASP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? metalc ? metalc1 A OQ2 KCX 191 A KCX 203 1_555 R MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 193 A ASP 205 1_555 R MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 194 A GLU 206 1_555 R MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? covale ? covale3 C C MET 190 B MET 202 1_555 C N KCX 191 B KCX 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale4 C C KCX 191 B KCX 203 1_555 C N ASP 192 B ASP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? metalc ? metalc4 C OQ2 KCX 191 B KCX 203 1_555 T MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc5 C OD2 ASP 193 B ASP 205 1_555 T MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? metalc ? metalc6 C OE1 GLU 194 B GLU 206 1_555 T MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? covale ? covale5 E C MET 190 C MET 202 1_555 E N KCX 191 C KCX 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale6 E C KCX 191 C KCX 203 1_555 E N ASP 192 C ASP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? metalc ? metalc7 E OQ2 KCX 191 C KCX 203 1_555 V MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc8 E OD2 ASP 193 C ASP 205 1_555 V MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? metalc ? metalc9 E OE1 GLU 194 C GLU 206 1_555 V MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? covale ? covale7 G C MET 190 D MET 202 1_555 G N KCX 191 D KCX 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale8 G C KCX 191 D KCX 203 1_555 G N ASP 192 D ASP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? metalc ? metalc10 G OQ2 KCX 191 D KCX 203 1_555 X MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc11 G OD2 ASP 193 D ASP 205 1_555 X MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? metalc ? metalc12 G OE1 GLU 194 D GLU 206 1_555 X MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? covale ? covale9 I C MET 190 E MET 202 1_555 I N KCX 191 E KCX 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale10 I C KCX 191 E KCX 203 1_555 I N ASP 192 E ASP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? metalc ? metalc13 I OQ1 KCX 191 E KCX 203 1_555 Z MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc14 I OD2 ASP 193 E ASP 205 1_555 Z MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? metalc ? metalc15 I OE1 GLU 194 E GLU 206 1_555 Z MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? covale ? covale11 K C MET 190 F MET 202 1_555 K N KCX 191 F KCX 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale12 K C KCX 191 F KCX 203 1_555 K N ASP 192 F ASP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? metalc ? metalc16 K OQ1 KCX 191 F KCX 203 1_555 BA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc17 K OD2 ASP 193 F ASP 205 1_555 BA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc ? metalc18 K OE1 GLU 194 F GLU 206 1_555 BA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? covale ? covale13 M C MET 190 G MET 202 1_555 M N KCX 191 G KCX 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale14 M C KCX 191 G KCX 203 1_555 M N ASP 192 G ASP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? metalc ? metalc19 M OQ1 KCX 191 G KCX 203 1_555 DA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc20 M OD2 ASP 193 G ASP 205 1_555 DA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.922 ? metalc ? metalc21 M OE1 GLU 194 G GLU 206 1_555 DA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? covale ? covale15 O C MET 190 H MET 202 1_555 O N KCX 191 H KCX 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale16 O C KCX 191 H KCX 203 1_555 O N ASP 192 H ASP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? metalc ? metalc22 O OQ1 KCX 191 H KCX 203 1_555 FA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc23 O OD2 ASP 193 H ASP 205 1_555 FA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? metalc ? metalc24 O OE1 GLU 194 H GLU 206 1_555 FA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc25 Q O2 CAP . A CAP 1001 1_555 R MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? metalc ? metalc26 Q O3 CAP . A CAP 1001 1_555 R MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc27 Q O7 CAP . A CAP 1001 1_555 R MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.88 ? metalc ? metalc28 S O2 CAP . B CAP 1001 1_555 T MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc29 S O3 CAP . B CAP 1001 1_555 T MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc30 S O7 CAP . B CAP 1001 1_555 T MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? metalc ? metalc31 U O2 CAP . C CAP 1001 1_555 V MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? metalc ? metalc32 U O3 CAP . C CAP 1001 1_555 V MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? metalc ? metalc33 U O7 CAP . C CAP 1001 1_555 V MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? metalc ? metalc34 W O2 CAP . D CAP 1001 1_555 X MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? metalc ? metalc35 W O3 CAP . D CAP 1001 1_555 X MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? metalc ? metalc36 W O7 CAP . D CAP 1001 1_555 X MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? metalc ? metalc37 Y O2 CAP . E CAP 1001 1_555 Z MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc38 Y O3 CAP . E CAP 1001 1_555 Z MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc39 Y O6 CAP . E CAP 1001 1_555 Z MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc40 AA O2 CAP . F CAP 1001 1_555 BA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? metalc ? metalc41 AA O3 CAP . F CAP 1001 1_555 BA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc42 AA O6 CAP . F CAP 1001 1_555 BA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? metalc ? metalc43 CA O2 CAP . G CAP 1001 1_555 DA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc44 CA O3 CAP . G CAP 1001 1_555 DA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc45 CA O6 CAP . G CAP 1001 1_555 DA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc46 EA O2 CAP . H CAP 1001 1_555 FA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? metalc ? metalc47 EA O3 CAP . H CAP 1001 1_555 FA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc48 EA O6 CAP . H CAP 1001 1_555 FA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5NV3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 3 CAP A 1 1001 1001 CAP CAP . R 4 MG A 1 1002 1476 MG MG . S 3 CAP B 1 1001 1001 CAP CAP . T 4 MG B 1 1002 1476 MG MG . U 3 CAP C 1 1001 1001 CAP CAP . V 4 MG C 1 1002 1476 MG MG . W 3 CAP D 1 1001 1001 CAP CAP . X 4 MG D 1 1002 1476 MG MG . Y 3 CAP E 1 1001 1001 CAP CAP . Z 4 MG E 1 1002 1476 MG MG . AA 3 CAP F 1 1001 1001 CAP CAP . BA 4 MG F 1 1002 1476 MG MG . CA 3 CAP G 1 1001 1001 CAP CAP . DA 4 MG G 1 1002 1476 MG MG . EA 3 CAP H 1 1001 1001 CAP CAP . FA 4 MG H 1 1002 1476 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id BA _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 137.529 _atom_site.Cartn_y 146.158 _atom_site.Cartn_z 183.906 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 261.6 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 71 _model_server_stats.query_time_ms 289 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #