data_5NWL
#
_model_server_result.job_id            3of3S3-Zmef0BZ0cwuUBtw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-18 16:26:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5nwl 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"HA","auth_seq_id":402}' 
#
_entry.id    5NWL 
#
_exptl.entry_id    5NWL 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.3 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5NWL 
_cell.length_a            117.7 
_cell.length_b            128 
_cell.length_c            230.1 
_cell.Z_PDB               28 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5NWL 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA heptameric 7 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA heptameric 7 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 1 1 
H,I,J,K,L,M,N,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 P N N 
? 3 R N N 
? 3 T N N 
? 3 V N N 
? 3 X N N 
? 3 Z N N 
? 3 BA N N 
? 3 DA N N 
? 3 FA N N 
? 3 HA N N 
? 3 JA N N 
? 3 LA N N 
? 3 NA N N 
? 3 PA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 134 A THR 134 1_555 O MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc2 O MG MG . A MG 401 1_555 P O1G ATP . A ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc3 O MG MG . A MG 401 1_555 P O1B ATP . A ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc4 B OG1 THR 134 B THR 134 1_555 Q MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc5 Q MG MG . B MG 401 1_555 R O3G ATP . B ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc6 Q MG MG . B MG 401 1_555 R O1B ATP . B ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc7 C OG1 THR 134 C THR 134 1_555 S MG MG . C MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc8 S MG MG . C MG 401 1_555 T O3G ATP . C ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? 
metalc ? metalc9 S MG MG . C MG 401 1_555 T O1B ATP . C ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc10 D OG1 THR 134 D THR 134 1_555 U MG MG . D MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc11 U MG MG . D MG 401 1_555 V O2B ATP . D ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc12 U MG MG . D MG 401 1_555 V O2G ATP . D ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc13 E OG1 THR 134 E THR 134 1_555 W MG MG . E MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc14 W MG MG . E MG 401 1_555 X O2G ATP . E ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
metalc ? metalc15 W MG MG . E MG 401 1_555 X O2B ATP . E ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc16 F OG1 THR 134 F THR 134 1_555 Y MG MG . F MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc17 Y MG MG . F MG 401 1_555 Z O1G ATP . F ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc18 Y MG MG . F MG 401 1_555 Z O2B ATP . F ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc19 G OG1 THR 134 G THR 134 1_555 AA MG MG . G MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc20 AA MG MG . G MG 401 1_555 BA O1G ATP . G ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc21 AA MG MG . G MG 401 1_555 BA O2B ATP . G ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? 
metalc ? metalc22 H OG1 THR 134 H THR 134 1_555 CA MG MG . H MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc23 CA MG MG . H MG 401 1_555 DA O3G ATP . H ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc24 CA MG MG . H MG 401 1_555 DA O1B ATP . H ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.98 ? 
metalc ? metalc25 I OG1 THR 134 I THR 134 1_555 EA MG MG . I MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc26 I OD2 ASP 222 I ASP 222 1_555 EA MG MG . I MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? 
metalc ? metalc27 EA MG MG . I MG 401 1_555 FA O3G ATP . I ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.865 ? 
metalc ? metalc28 EA MG MG . I MG 401 1_555 FA O2B ATP . I ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc29 J OG1 THR 134 J THR 134 1_555 GA MG MG . J MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc30 GA MG MG . J MG 401 1_555 HA O2G ATP . J ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc31 GA MG MG . J MG 401 1_555 HA O2B ATP . J ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc32 K OG1 THR 134 K THR 134 1_555 IA MG MG . K MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc33 IA MG MG . K MG 401 1_555 JA O2B ATP . K ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc34 IA MG MG . K MG 401 1_555 JA O2G ATP . K ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? 
metalc ? metalc35 L OG1 THR 134 L THR 134 1_555 KA MG MG . L MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc36 KA MG MG . L MG 401 1_555 LA O2B ATP . L ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc37 KA MG MG . L MG 401 1_555 LA O1G ATP . L ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc38 M OG1 THR 134 M THR 134 1_555 MA MG MG . M MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc39 MA MG MG . M MG 401 1_555 NA O1G ATP . M ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc40 MA MG MG . M MG 401 1_555 NA O1B ATP . M ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc41 N OG1 THR 134 N THR 134 1_555 OA MG MG . N MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc42 OA MG MG . N MG 401 1_555 PA O1G ATP . N ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc43 OA MG MG . N MG 401 1_555 PA O1B ATP . N ATP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 70 n n 
PG O2G ATP sing 71 n n 
PG O3G ATP sing 72 n n 
PG O3B ATP sing 73 n n 
O2G HOG2 ATP sing 74 n n 
O3G HOG3 ATP sing 75 n n 
PB O1B ATP doub 76 n n 
PB O2B ATP sing 77 n n 
PB O3B ATP sing 78 n n 
PB O3A ATP sing 79 n n 
O2B HOB2 ATP sing 80 n n 
PA O1A ATP doub 81 n n 
PA O2A ATP sing 82 n n 
PA O3A ATP sing 83 n n 
PA O5' ATP sing 84 n n 
O2A HOA2 ATP sing 85 n n 
O5' C5' ATP sing 86 n n 
C5' C4' ATP sing 87 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 88 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 89 n n 
C4' O4' ATP sing 90 n n 
C4' C3' ATP sing 91 n n 
C4' H4' ATP sing 92 n n 
O4' C1' ATP sing 93 n n 
C3' O3' ATP sing 94 n n 
C3' C2' ATP sing 95 n n 
C3' H3' ATP sing 96 n n 
O3' HO3' ATP sing 97 n n 
C2' O2' ATP sing 98 n n 
C2' C1' ATP sing 99 n n 
C2' H2' ATP sing 100 n n 
O2' HO2' ATP sing 101 n n 
C1' N9 ATP sing 102 n n 
C1' H1' ATP sing 103 n n 
N9 C8 ATP sing 104 n y 
N9 C4 ATP sing 105 n y 
C8 N7 ATP doub 106 n y 
C8 H8 ATP sing 107 n n 
N7 C5 ATP sing 108 n y 
C5 C6 ATP sing 109 n y 
C5 C4 ATP doub 110 n y 
C6 N6 ATP sing 111 n n 
C6 N1 ATP doub 112 n y 
N6 HN61 ATP sing 113 n n 
N6 HN62 ATP sing 114 n n 
N1 C2 ATP sing 115 n y 
C2 N3 ATP doub 116 n y 
C2 H2 ATP sing 117 n n 
N3 C4 ATP sing 118 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     5NWL 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008496 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000044 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007812 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004346 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
O 2 MG A 1 401 351 MG MG . 
P 3 ATP A 1 402 351 ATP ATP . 
Q 2 MG B 1 401 351 MG MG . 
R 3 ATP B 1 402 351 ATP ATP . 
S 2 MG C 1 401 351 MG MG . 
T 3 ATP C 1 402 351 ATP ATP . 
U 2 MG D 1 401 351 MG MG . 
V 3 ATP D 1 402 351 ATP ATP . 
W 2 MG E 1 401 351 MG MG . 
X 3 ATP E 1 402 351 ATP ATP . 
Y 2 MG F 1 401 351 MG MG . 
Z 3 ATP F 1 402 351 ATP ATP . 
AA 2 MG G 1 401 351 MG MG . 
BA 3 ATP G 1 402 351 ATP ATP . 
CA 2 MG H 1 401 351 MG MG . 
DA 3 ATP H 1 402 351 ATP ATP . 
EA 2 MG I 1 401 351 MG MG . 
FA 3 ATP I 1 402 351 ATP ATP . 
GA 2 MG J 1 401 351 MG MG . 
HA 3 ATP J 1 402 351 ATP ATP . 
IA 2 MG K 1 401 351 MG MG . 
JA 3 ATP K 1 402 351 ATP ATP . 
KA 2 MG L 1 401 351 MG MG . 
LA 3 ATP L 1 402 351 ATP ATP . 
MA 2 MG M 1 401 351 MG MG . 
NA 3 ATP M 1 402 351 ATP ATP . 
OA 2 MG N 1 401 351 MG MG . 
PA 3 ATP N 1 402 351 ATP ATP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ATP . . . HA 3 187.659 15.171 334.755 1 155.09 ? PG ATP 402 J 1 
HETATM 2 O O1G ATP . . . HA 3 187.854 14.514 333.41 1 172.03 ? O1G ATP 402 J 1 
HETATM 3 O O2G ATP . . . HA 3 186.941 14.308 335.766 1 135.84 ? O2G ATP 402 J 1 
HETATM 4 O O3G ATP . . . HA 3 188.881 15.883 335.285 1 150.14 ? O3G ATP 402 J 1 
HETATM 5 P PB ATP . . . HA 3 185.36 16.58 335.439 1 143.06 ? PB ATP 402 J 1 
HETATM 6 O O1B ATP . . . HA 3 184.105 16.287 334.653 1 149.86 ? O1B ATP 402 J 1 
HETATM 7 O O2B ATP . . . HA 3 185.624 15.852 336.735 1 154.14 ? O2B ATP 402 J 1 
HETATM 8 O O3B ATP . . . HA 3 186.614 16.358 334.456 1 144.62 ? O3B ATP 402 J 1 
HETATM 9 P PA ATP . . . HA 3 185.141 18.691 337.224 1 172.35 ? PA ATP 402 J 1 
HETATM 10 O O1A ATP . . . HA 3 183.878 18.051 337.749 1 144.64 ? O1A ATP 402 J 1 
HETATM 11 O O2A ATP . . . HA 3 186.426 18.545 338.003 1 186.66 ? O2A ATP 402 J 1 
HETATM 12 O O3A ATP . . . HA 3 185.402 18.161 335.728 1 159.34 ? O3A ATP 402 J 1 
HETATM 13 O O5' ATP . . . HA 3 184.86 20.263 337.023 1 173.03 ? O5' ATP 402 J 1 
HETATM 14 C C5' ATP . . . HA 3 184.808 21.103 338.172 1 165.15 ? C5' ATP 402 J 1 
HETATM 15 C C4' ATP . . . HA 3 184.106 22.416 337.853 1 166.12 ? C4' ATP 402 J 1 
HETATM 16 O O4' ATP . . . HA 3 183.217 22.731 338.925 1 178.88 ? O4' ATP 402 J 1 
HETATM 17 C C3' ATP . . . HA 3 185.092 23.565 337.713 1 163.02 ? C3' ATP 402 J 1 
HETATM 18 O O3' ATP . . . HA 3 185.076 24.067 336.374 1 177.84 ? O3' ATP 402 J 1 
HETATM 19 C C2' ATP . . . HA 3 184.625 24.638 338.676 1 162.49 ? C2' ATP 402 J 1 
HETATM 20 O O2' ATP . . . HA 3 184.285 25.829 337.96 1 173.09 ? O2' ATP 402 J 1 
HETATM 21 C C1' ATP . . . HA 3 183.396 24.075 339.372 1 185.55 ? C1' ATP 402 J 1 
HETATM 22 N N9 ATP . . . HA 3 183.624 24.072 340.837 1 184.81 ? N9 ATP 402 J 1 
HETATM 23 C C8 ATP . . . HA 3 184.586 23.376 341.472 1 172.44 ? C8 ATP 402 J 1 
HETATM 24 N N7 ATP . . . HA 3 184.539 23.584 342.812 1 172.8 ? N7 ATP 402 J 1 
HETATM 25 C C5 ATP . . . HA 3 183.525 24.435 343.05 1 180.68 ? C5 ATP 402 J 1 
HETATM 26 C C6 ATP . . . HA 3 182.927 25.071 344.247 1 189.05 ? C6 ATP 402 J 1 
HETATM 27 N N6 ATP . . . HA 3 183.423 24.829 345.484 1 189.23 ? N6 ATP 402 J 1 
HETATM 28 N N1 ATP . . . HA 3 181.875 25.899 344.061 1 195.7 ? N1 ATP 402 J 1 
HETATM 29 C C2 ATP . . . HA 3 181.378 26.146 342.834 1 188.59 ? C2 ATP 402 J 1 
HETATM 30 N N3 ATP . . . HA 3 181.871 25.604 341.706 1 190.84 ? N3 ATP 402 J 1 
HETATM 31 C C4 ATP . . . HA 3 182.927 24.757 341.746 1 191.04 ? C4 ATP 402 J 1 
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