data_5O5K
#
_model_server_result.job_id            rK7jec1PT77z6-A9soRa_g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 20:56:08' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5o5k 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    5O5K 
#
_exptl.entry_id    5O5K 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    22 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          103.77 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5O5K 
_cell.length_a            145.42 
_cell.length_b            85.69 
_cell.length_c            318.01 
_cell.Z_PDB               44 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5O5K 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 5 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 1 1 
C,D,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA 2 1 
E,F,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA 3 1 
I,J,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB 4 1 
G,H,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA 5 1 
K,CB,DB,EB 6 1 
K,CB,DB,EB 6 2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_759 -x+2,y,-z+4 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 -11.937245 0 1235.480353 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 BA N N 
? 3 CA N N 
? 3 EA N N 
? 3 FA N N 
? 3 KA N N 
? 3 LA N N 
? 3 MA N N 
? 3 NA N N 
? 3 SA N N 
? 3 TA N N 
? 3 WA N N 
? 3 XA N N 
? 3 AB N N 
? 3 BB N N 
? 3 DB N N 
? 3 EB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 81 A ASP 256 1_555 M MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 81 A ASP 256 1_555 N MN MN . A MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 82 A ILE 257 1_555 M MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 125 A ASP 300 1_555 M MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc5 L O2A ONM . A ONM 501 1_555 M MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? 
metalc ? metalc6 L O3B ONM . A ONM 501 1_555 M MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.808 ? 
metalc ? metalc7 L O3G ONM . A ONM 501 1_555 M MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc8 L O2A ONM . A ONM 501 1_555 N MN MN . A MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc9 B OD1 ASP 81 B ASP 256 1_555 S MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc10 B OD2 ASP 81 B ASP 256 1_555 T MN MN . B MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? 
metalc ? metalc11 B O ILE 82 B ILE 257 1_555 S MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc12 Q O2A ONM . B ONM 501 1_555 S MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc13 Q O3B ONM . B ONM 501 1_555 S MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? 
metalc ? metalc14 Q O2G ONM . B ONM 501 1_555 S MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc15 Q O2A ONM . B ONM 501 1_555 T MN MN . B MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
metalc ? metalc16 C OD1 ASP 81 D ASP 256 1_555 V MN MN . D MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc17 C OD2 ASP 81 D ASP 256 1_555 W MN MN . D MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc18 C O ILE 82 D ILE 257 1_555 V MN MN . D MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc19 C OD2 ASP 125 D ASP 300 1_555 V MN MN . D MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc20 U O3B ONM . D ONM 501 1_555 V MN MN . D MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.738 ? 
metalc ? metalc21 U O2G ONM . D ONM 501 1_555 V MN MN . D MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? 
metalc ? metalc22 U O3G ONM . D ONM 501 1_555 V MN MN . D MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
metalc ? metalc23 U O2A ONM . D ONM 501 1_555 W MN MN . D MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? 
metalc ? metalc24 D OD1 ASP 81 C ASP 256 1_555 BA MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.851 ? 
metalc ? metalc25 D O ILE 82 C ILE 257 1_555 BA MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc26 Y O2A ONM . C ONM 501 1_555 BA MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc27 Y O3B ONM . C ONM 501 1_555 BA MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc28 Y O2G ONM . C ONM 501 1_555 BA MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc29 E OD1 ASP 81 E ASP 256 1_555 EA MN MN . E MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc30 E O ILE 82 E ILE 257 1_555 EA MN MN . E MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc31 E OD2 ASP 125 E ASP 300 1_555 EA MN MN . E MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc32 DA O3B ONM . E ONM 501 1_555 EA MN MN . E MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc33 DA O2A ONM . E ONM 501 1_555 FA MN MN . E MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc34 F OD2 ASP 81 F ASP 256 1_555 KA MN MN . F MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc35 F OD2 ASP 125 F ASP 300 1_555 KA MN MN . F MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? 
metalc ? metalc36 IA O2A ONM . F ONM 501 1_555 KA MN MN . F MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc37 IA O2G ONM . F ONM 501 1_555 KA MN MN . F MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc38 IA O3A ONM . F ONM 501 1_555 LA MN MN . F MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? 
metalc ? metalc39 G OD1 ASP 81 I ASP 256 1_555 MA MN MN . I MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? 
metalc ? metalc40 G OD1 ASP 81 I ASP 256 1_555 NA MN MN . I MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? 
metalc ? metalc41 G OD2 ASP 81 I ASP 256 1_555 NA MN MN . I MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc42 G O ILE 82 I ILE 257 1_555 MA MN MN . I MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? 
metalc ? metalc43 G OD2 ASP 125 I ASP 300 1_555 MA MN MN . I MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? 
metalc ? metalc44 MA MN MN . I MN 501 1_555 PA O2A ONM . I ONM 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc45 MA MN MN . I MN 501 1_555 PA O3B ONM . I ONM 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.845 ? 
metalc ? metalc46 NA MN MN . I MN 502 1_555 PA O2A ONM . I ONM 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.86 ? 
metalc ? metalc47 H OD1 ASP 81 J ASP 256 1_555 SA MN MN . J MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc48 H N VAL 83 J VAL 258 1_555 SA MN MN . J MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc49 QA O3B ONM . J ONM 501 1_555 SA MN MN . J MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc50 I OD1 ASP 81 H ASP 256 1_555 WA MN MN . H MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? 
metalc ? metalc51 I OD2 ASP 81 H ASP 256 1_555 XA MN MN . H MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc52 I O ILE 82 H ILE 257 1_555 WA MN MN . H MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc53 I OD2 ASP 125 H ASP 300 1_555 WA MN MN . H MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? 
metalc ? metalc54 WA MN MN . H MN 502 1_555 YA O2G ONM . H ONM 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? 
metalc ? metalc55 XA MN MN . H MN 503 1_555 YA O2A ONM . H ONM 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? 
metalc ? metalc56 J OD1 ASP 81 G ASP 256 1_555 AB MN MN . G MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc57 J O ILE 82 G ILE 257 1_555 AB MN MN . G MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc58 ZA O3B ONM . G ONM 501 1_555 AB MN MN . G MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? 
metalc ? metalc59 ZA O2A ONM . G ONM 501 1_555 BB MN MN . G MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.894 ? 
metalc ? metalc60 ZA O4' ONM . G ONM 501 1_555 BB MN MN . G MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc61 K OD1 ASP 81 K ASP 256 1_555 DB MN MN . K MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc62 K OD2 ASP 125 K ASP 300 1_555 DB MN MN . K MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc63 CB O3B ONM . K ONM 501 1_555 DB MN MN . K MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? 
metalc ? metalc64 CB O2A ONM . K ONM 501 1_555 EB MN MN . K MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.87 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5O5K 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006877 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001686 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.01167 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003238 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
L 2 ONM A 1 501 429 ONM ONM . 
M 3 MN A 1 502 430 MN MN . 
N 3 MN A 1 503 431 MN MN . 
O 4 SO4 A 1 504 431 SO4 SO4 . 
P 4 SO4 A 1 505 434 SO4 SO4 . 
Q 2 ONM B 1 501 429 ONM ONM . 
R 4 SO4 B 1 502 430 SO4 SO4 . 
S 3 MN B 1 503 432 MN MN . 
T 3 MN B 1 504 433 MN MN . 
U 2 ONM D 1 501 429 ONM ONM . 
V 3 MN D 1 502 430 MN MN . 
W 3 MN D 1 503 431 MN MN . 
X 4 SO4 D 1 504 434 SO4 SO4 . 
Y 2 ONM C 1 501 429 ONM ONM . 
Z 4 SO4 C 1 502 430 SO4 SO4 . 
AA 4 SO4 C 1 503 431 SO4 SO4 . 
BA 3 MN C 1 504 432 MN MN . 
CA 3 MN C 1 505 433 MN MN . 
DA 2 ONM E 1 501 429 ONM ONM . 
EA 3 MN E 1 502 430 MN MN . 
FA 3 MN E 1 503 431 MN MN . 
GA 4 SO4 E 1 504 430 SO4 SO4 . 
HA 4 SO4 E 1 505 432 SO4 SO4 . 
IA 2 ONM F 1 501 429 ONM ONM . 
JA 4 SO4 F 1 502 431 SO4 SO4 . 
KA 3 MN F 1 503 432 MN MN . 
LA 3 MN F 1 504 433 MN MN . 
MA 3 MN I 1 501 430 MN MN . 
NA 3 MN I 1 502 431 MN MN . 
OA 4 SO4 I 1 503 431 SO4 SO4 . 
PA 2 ONM I 1 504 429 ONM ONM . 
QA 2 ONM J 1 501 429 ONM ONM . 
RA 4 SO4 J 1 502 430 SO4 SO4 . 
SA 3 MN J 1 503 432 MN MN . 
TA 3 MN J 1 504 433 MN MN . 
UA 4 SO4 J 1 505 430 SO4 SO4 . 
VA 4 SO4 H 1 501 431 SO4 SO4 . 
WA 3 MN H 1 502 432 MN MN . 
XA 3 MN H 1 503 433 MN MN . 
YA 2 ONM H 1 504 429 ONM ONM . 
ZA 2 ONM G 1 501 429 ONM ONM . 
AB 3 MN G 1 502 430 MN MN . 
BB 3 MN G 1 503 431 MN MN . 
CB 2 ONM K 1 501 429 ONM ONM . 
DB 3 MN K 1 502 430 MN MN . 
EB 3 MN K 1 503 431 MN MN . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         V 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -5.764 
_atom_site.Cartn_y               -85.243 
_atom_site.Cartn_z               735.507 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        79.74 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              43 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    36 
_model_server_stats.query_time_ms           339 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           1 
#