data_5OF3
#
_model_server_result.job_id            wPF9saCpjBW4lR5kASdUqQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-05 09:54:13' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5of3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":1002}' 
#
_entry.id    5OF3 
#
_exptl.entry_id    5OF3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5OF3 
_cell.length_a            104.889 
_cell.length_b            104.889 
_cell.length_c            229.758 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5OF3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        76 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 41' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 H N N 
? 5 K N N 
? 5 N N N 
? 5 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 B SG CYS 120 B CYS 120 1_555 B SG CYS 139 B CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf2 C SG CYS 108 D CYS 108 1_555 C SG CYS 145 D CYS 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 184 D CYS 184 1_555 C SG CYS 188 D CYS 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf4 D SG CYS 120 E CYS 120 1_555 D SG CYS 139 E CYS 139 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 101 A ASP 101 1_555 H MN MN . A MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 103 A ASP 103 1_555 H MN MN . A MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 116 A CYS 116 1_555 I ZN ZN . A ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 119 A CYS 119 1_555 I ZN ZN . A ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 I ZN ZN . A ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 131 A ASP 131 1_555 I ZN ZN . A ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? 
metalc ? metalc7 G O1G APC . A APC 1001 1_555 H MN MN . A MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? 
metalc ? metalc8 G O1B APC . A APC 1001 1_555 H MN MN . A MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc9 G O1A APC . A APC 1001 1_555 H MN MN . A MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc10 C OD1 ASP 101 D ASP 101 1_555 K MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 103 D ASP 103 1_555 K MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 116 D CYS 116 1_555 L ZN ZN . D ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 119 D CYS 119 1_555 L ZN ZN . D ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 128 D CYS 128 1_555 L ZN ZN . D ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc15 C OD2 ASP 131 D ASP 131 1_555 L ZN ZN . D ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc16 J O2G APC . D APC 1001 1_555 K MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc17 J O2B APC . D APC 1001 1_555 K MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc18 J O2A APC . D APC 1001 1_555 K MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc19 E O ASP 70 C ASP 70 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc20 E OD1 ASP 70 C ASP 70 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc21 M O2G APC . C APC 1001 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc22 M O2B APC . C APC 1001 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc23 M O2A APC . C APC 1001 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? 
metalc ? metalc24 F O ASP 70 F ASP 70 1_555 P MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc25 F OD1 ASP 70 F ASP 70 1_555 P MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc26 O O1G APC . F APC 1001 1_555 P MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc27 O O1B APC . F APC 1001 1_555 P MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? 
metalc ? metalc28 O O1A APC . F APC 1001 1_555 P MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5OF3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009534 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009534 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004352 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 APC A 1 1001 1001 APC APC . 
H 5 MN A 1 1002 1002 MN MN . 
I 6 ZN A 1 1003 1003 ZN ZN . 
J 4 APC D 1 1001 1001 APC APC . 
K 5 MN D 1 1002 1002 MN MN . 
L 6 ZN D 1 1003 1003 ZN ZN . 
M 4 APC C 1 1001 1001 APC APC . 
N 5 MN C 1 1002 1002 MN MN . 
O 4 APC F 1 1001 1001 APC APC . 
P 5 MN F 1 1002 1002 MN MN . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         H 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               37.794 
_atom_site.Cartn_y               16.214 
_atom_site.Cartn_z               -16.926 
_atom_site.occupancy             0.89 
_atom_site.B_iso_or_equiv        97.35 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           1002 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              18 
_model_server_stats.parse_time_ms           25 
_model_server_stats.create_model_time_ms    22 
_model_server_stats.query_time_ms           312 
_model_server_stats.encode_time_ms          11 
_model_server_stats.element_count           1 
#