data_5OTB
#
_model_server_result.job_id            Ll_ezvTpRjp6HGcdp0b8uA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 20:50:07' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5otb 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":604}' 
#
_entry.id    5OTB 
#
_exptl.entry_id    5OTB 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              115.13 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            PROLINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    11 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90.01 
_cell.angle_beta          75.9 
_cell.angle_gamma         72.22 
_cell.entry_id            5OTB 
_cell.length_a            78.75 
_cell.length_b            80.93 
_cell.length_c            110.53 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5OTB 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,U 1 1 
B,H,I,J,V 2 1 
C,K,L,M,N,O,W 3 1 
D,P,Q,R,S,T,X 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 53 A CYS 53 1_555 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 75 A CYS 75 1_555 A SG CYS 91 A CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 90 A CYS 90 1_555 A SG CYS 101 A CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 123 A CYS 123 1_555 A SG CYS 168 A CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 167 A CYS 167 1_555 A SG CYS 176 A CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
disulf ? disulf6 A SG CYS 199 A CYS 199 1_555 A SG CYS 245 A CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf7 A SG CYS 244 A CYS 244 1_555 A SG CYS 252 A CYS 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf8 A SG CYS 264 A CYS 264 1_555 A SG CYS 278 A CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
disulf ? disulf9 A SG CYS 277 A CYS 277 1_555 A SG CYS 288 A CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
disulf ? disulf10 A SG CYS 315 A CYS 315 1_555 A SG CYS 360 A CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf11 A SG CYS 359 A CYS 359 1_555 A SG CYS 368 A CYS 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
disulf ? disulf12 A SG CYS 391 A CYS 391 1_555 A SG CYS 437 A CYS 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
disulf ? disulf13 A SG CYS 436 A CYS 436 1_555 A SG CYS 447 A CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
disulf ? disulf14 A SG CYS 460 A CYS 460 1_555 A SG CYS 476 A CYS 476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? 
disulf ? disulf15 A SG CYS 475 A CYS 475 1_555 A SG CYS 486 A CYS 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
disulf ? disulf16 A SG CYS 513 A CYS 513 1_555 A SG CYS 558 A CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
disulf ? disulf17 A SG CYS 557 A CYS 557 1_555 A SG CYS 566 A CYS 566 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
disulf ? disulf18 B SG CYS 53 B CYS 53 1_555 B SG CYS 62 B CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
disulf ? disulf19 B SG CYS 75 B CYS 75 1_555 B SG CYS 91 B CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf20 B SG CYS 90 B CYS 90 1_555 B SG CYS 101 B CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf21 B SG CYS 123 B CYS 123 1_555 B SG CYS 168 B CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf22 B SG CYS 167 B CYS 167 1_555 B SG CYS 176 B CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.856 ? 
disulf ? disulf23 B SG CYS 199 B CYS 199 1_555 B SG CYS 245 B CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf24 B SG CYS 244 B CYS 244 1_555 B SG CYS 252 B CYS 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
disulf ? disulf25 B SG CYS 264 B CYS 264 1_555 B SG CYS 278 B CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf26 B SG CYS 277 B CYS 277 1_555 B SG CYS 288 B CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
disulf ? disulf27 B SG CYS 315 B CYS 315 1_555 B SG CYS 360 B CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
disulf ? disulf28 B SG CYS 359 B CYS 359 1_555 B SG CYS 368 B CYS 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf29 B SG CYS 391 B CYS 391 1_555 B SG CYS 437 B CYS 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? 
disulf ? disulf30 B SG CYS 436 B CYS 436 1_555 B SG CYS 447 B CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
disulf ? disulf31 B SG CYS 460 B CYS 460 1_555 B SG CYS 476 B CYS 476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf32 B SG CYS 475 B CYS 475 1_555 B SG CYS 486 B CYS 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
disulf ? disulf33 B SG CYS 513 B CYS 513 1_555 B SG CYS 558 B CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
disulf ? disulf34 B SG CYS 557 B CYS 557 1_555 B SG CYS 566 B CYS 566 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
disulf ? disulf35 C SG CYS 53 C CYS 53 1_555 C SG CYS 62 C CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf36 C SG CYS 75 C CYS 75 1_555 C SG CYS 91 C CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf37 C SG CYS 90 C CYS 90 1_555 C SG CYS 101 C CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf38 C SG CYS 123 C CYS 123 1_555 C SG CYS 168 C CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf39 C SG CYS 167 C CYS 167 1_555 C SG CYS 176 C CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf40 C SG CYS 199 C CYS 199 1_555 C SG CYS 245 C CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
disulf ? disulf41 C SG CYS 244 C CYS 244 1_555 C SG CYS 252 C CYS 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
disulf ? disulf42 C SG CYS 264 C CYS 264 1_555 C SG CYS 278 C CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf43 C SG CYS 277 C CYS 277 1_555 C SG CYS 288 C CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
disulf ? disulf44 C SG CYS 315 C CYS 315 1_555 C SG CYS 360 C CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
disulf ? disulf45 C SG CYS 359 C CYS 359 1_555 C SG CYS 368 C CYS 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf46 C SG CYS 391 C CYS 391 1_555 C SG CYS 437 C CYS 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf47 C SG CYS 436 C CYS 436 1_555 C SG CYS 447 C CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf48 C SG CYS 460 C CYS 460 1_555 C SG CYS 476 C CYS 476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf49 C SG CYS 475 C CYS 475 1_555 C SG CYS 486 C CYS 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
disulf ? disulf50 C SG CYS 513 C CYS 513 1_555 C SG CYS 558 C CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
disulf ? disulf51 C SG CYS 557 C CYS 557 1_555 C SG CYS 566 C CYS 566 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
disulf ? disulf52 D SG CYS 53 D CYS 53 1_555 D SG CYS 62 D CYS 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf53 D SG CYS 75 D CYS 75 1_555 D SG CYS 91 D CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
disulf ? disulf54 D SG CYS 90 D CYS 90 1_555 D SG CYS 101 D CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf55 D SG CYS 123 D CYS 123 1_555 D SG CYS 168 D CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
disulf ? disulf56 D SG CYS 167 D CYS 167 1_555 D SG CYS 176 D CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
disulf ? disulf57 D SG CYS 199 D CYS 199 1_555 D SG CYS 245 D CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
disulf ? disulf58 D SG CYS 244 D CYS 244 1_555 D SG CYS 252 D CYS 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
disulf ? disulf59 D SG CYS 264 D CYS 264 1_555 D SG CYS 278 D CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf60 D SG CYS 277 D CYS 277 1_555 D SG CYS 288 D CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? 
disulf ? disulf61 D SG CYS 315 D CYS 315 1_555 D SG CYS 360 D CYS 360 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf62 D SG CYS 359 D CYS 359 1_555 D SG CYS 368 D CYS 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf63 D SG CYS 391 D CYS 391 1_555 D SG CYS 437 D CYS 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
disulf ? disulf64 D SG CYS 436 D CYS 436 1_555 D SG CYS 447 D CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
disulf ? disulf65 D SG CYS 460 D CYS 460 1_555 D SG CYS 476 D CYS 476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf66 D SG CYS 475 D CYS 475 1_555 D SG CYS 486 D CYS 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
disulf ? disulf67 D SG CYS 513 D CYS 513 1_555 D SG CYS 558 D CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
disulf ? disulf68 D SG CYS 557 D CYS 557 1_555 D SG CYS 566 D CYS 566 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
#
_chem_comp.formula           'C5 H9 N O2' 
_chem_comp.formula_weight    115.13 
_chem_comp.id                PRO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     y 
_chem_comp.name              PROLINE 
_chem_comp.type              'l-peptide linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA PRO sing 299 n n 
N CD PRO sing 300 n n 
N H PRO sing 301 n n 
CA C PRO sing 302 n n 
CA CB PRO sing 303 n n 
CA HA PRO sing 304 n n 
C O PRO doub 305 n n 
C OXT PRO sing 306 n n 
CB CG PRO sing 307 n n 
CB HB2 PRO sing 308 n n 
CB HB3 PRO sing 309 n n 
CG CD PRO sing 310 n n 
CG HG2 PRO sing 311 n n 
CG HG3 PRO sing 312 n n 
CD HD2 PRO sing 313 n n 
CD HD3 PRO sing 314 n n 
OXT HXT PRO sing 315 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5OTB 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012698 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.004072 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.003529 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012976 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.00105 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009359 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
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L 4 PEG C 1 602 2 PEG PEG . 
M 3 PRO C 1 603 2 PRO PRO . 
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P 4 PEG D 1 601 1 PEG PEG . 
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U 5 HOH A 1 701 103 HOH HOH . 
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