data_5PZP
#
_model_server_result.job_id            bVMFiOQPqI6ZHuhyrHHZDw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-15 17:24:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5pzp 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    5PZP 
#
_exptl.entry_id    5PZP 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              630.732 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '(2E)-3-(4-{[(1-{[(13-cyclohexyl-6-oxo-6,7-dihydro-5H-indolo[1,2-d][1,4]benzodiazepin-10-yl)carbonyl]amino}cyclopentyl)carbonyl]amino}phenyl)prop-2-enoic acid' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5PZP 
_cell.length_a            65.2 
_cell.length_b            90.7 
_cell.length_c            234.9 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5PZP 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,I,J,K,S 1 1 
B,L,M,N,O,P,Q,R,T 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 L N N 
#
_chem_comp.formula           'C38 H38 N4 O5' 
_chem_comp.formula_weight    630.732 
_chem_comp.id                23E 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '(2E)-3-(4-{[(1-{[(13-cyclohexyl-6-oxo-6,7-dihydro-5H-indolo[1,2-d][1,4]benzodiazepin-10-yl)carbonyl]amino}cyclopentyl)carbonyl]amino}phenyl)prop-2-enoic acid' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C2 N1 23E sing 1 n n 
N1 C21 23E sing 2 n n 
N1 HN1 23E sing 3 n n 
C17 C2 23E sing 4 n n 
C3 C2 23E sing 5 n n 
C16 C2 23E sing 6 n n 
O6 C3 23E doub 7 n n 
C3 N4 23E sing 8 n n 
C5 N4 23E sing 9 n n 
N4 HN4 23E sing 10 n n 
C7 C5 23E doub 11 n y 
C11 C5 23E sing 12 n y 
C8 C7 23E sing 13 n y 
C7 H7 23E sing 14 n n 
C9 C8 23E doub 15 n y 
C8 H8 23E sing 16 n n 
C12 C9 23E sing 17 n n 
C9 C10 23E sing 18 n y 
C10 C11 23E doub 19 n y 
C10 H10 23E sing 20 e n 
C11 H11 23E sing 21 n n 
C12 C13 23E doub 22 n n 
C12 H12 23E sing 23 n n 
C14 C13 23E sing 24 n n 
C13 H13 23E sing 25 n n 
O15 C14 23E doub 26 n n 
C14 O20 23E sing 27 n n 
C18 C16 23E sing 28 n n 
C16 H16 23E sing 29 n n 
C16 H16A 23E sing 30 n n 
C19 C17 23E sing 31 n n 
C17 H17 23E sing 32 n n 
C17 H17A 23E sing 33 n n 
C19 C18 23E sing 34 n n 
C18 H18 23E sing 35 n n 
C18 H18A 23E sing 36 n n 
C19 H19 23E sing 37 n n 
C19 H19A 23E sing 38 n n 
O20 HO20 23E sing 39 n n 
O38 C21 23E doub 40 n n 
C21 C22 23E sing 41 n n 
C22 C25 23E doub 42 n y 
C22 C23 23E sing 43 n y 
C23 C24 23E doub 44 n y 
C23 H23 23E sing 45 n n 
C24 C28 23E sing 46 n y 
C24 H24 23E sing 47 n n 
C25 C27 23E sing 48 n y 
C25 H25 23E sing 49 n n 
C44 N26 23E sing 50 n n 
C27 N26 23E sing 51 n y 
N26 C30 23E sing 52 n y 
C27 C28 23E doub 53 n y 
C28 C29 23E sing 54 n y 
C30 C29 23E doub 55 n y 
C29 C31 23E sing 56 n n 
C30 C32 23E sing 57 n y 
C31 C37 23E sing 58 n n 
C31 C33 23E sing 59 n n 
C31 H31 23E sing 60 n n 
C43 C32 23E doub 61 n y 
C32 C39 23E sing 62 n y 
C33 C34 23E sing 63 n n 
C33 H33 23E sing 64 n n 
C33 H33A 23E sing 65 n n 
C35 C34 23E sing 66 n n 
C34 H34 23E sing 67 n n 
C34 H34A 23E sing 68 n n 
C36 C35 23E sing 69 n n 
C35 H35 23E sing 70 n n 
C35 H35A 23E sing 71 n n 
C37 C36 23E sing 72 n n 
C36 H36 23E sing 73 n n 
C36 H36A 23E sing 74 n n 
C37 H37 23E sing 75 n n 
C37 H37A 23E sing 76 n n 
C39 C40 23E doub 77 n y 
C39 H39 23E sing 78 n n 
C41 C40 23E sing 79 n y 
C40 H40 23E sing 80 n n 
C42 C41 23E doub 81 n y 
C41 H41 23E sing 82 n n 
C43 C42 23E sing 83 n y 
C42 H42 23E sing 84 n n 
N45 C43 23E sing 85 n n 
C44 C46 23E sing 86 n n 
C44 H44 23E sing 87 n n 
C44 H44A 23E sing 88 n n 
C46 N45 23E sing 89 n n 
N45 HN45 23E sing 90 n n 
O47 C46 23E doub 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5PZP 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.015337 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011025 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004257 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 23E A 1 601 601 23E 23E . 
D 3 8XJ A 1 602 602 8XJ LG1 . 
E 4 SO4 A 1 603 4 SO4 SO4 . 
F 4 SO4 A 1 604 6 SO4 SO4 . 
G 4 SO4 A 1 605 8 SO4 SO4 . 
H 4 SO4 A 1 606 12 SO4 SO4 . 
I 5 GOL A 1 607 21 GOL GOL . 
J 5 GOL A 1 608 22 GOL GOL . 
K 5 GOL A 1 609 23 GOL GOL . 
L 2 23E B 1 601 601 23E 23E . 
M 3 8XJ B 1 602 602 8XJ LG1 . 
N 4 SO4 B 1 603 5 SO4 SO4 . 
O 4 SO4 B 1 604 7 SO4 SO4 . 
P 4 SO4 B 1 605 9 SO4 SO4 . 
Q 4 SO4 B 1 606 11 SO4 SO4 . 
R 5 GOL B 1 607 24 GOL GOL . 
S 6 HOH A 1 701 1 HOH HOH . 
S 6 HOH A 2 702 4 HOH HOH . 
S 6 HOH A 3 703 6 HOH HOH . 
S 6 HOH A 4 704 2 HOH HOH . 
S 6 HOH A 5 705 7 HOH HOH . 
S 6 HOH A 6 706 5 HOH HOH . 
S 6 HOH A 7 707 10 HOH HOH . 
S 6 HOH A 8 708 8 HOH HOH . 
S 6 HOH A 9 709 3 HOH HOH . 
T 6 HOH B 1 701 9 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 23E . . . L 2 13.636 0.943 103.617 1 49.68 ? N1 23E 601 B 1 
HETATM 2 C C2 23E . . . L 2 13.639 0.991 105.073 1 49.13 ? C2 23E 601 B 1 
HETATM 3 C C3 23E . . . L 2 14.315 2.267 105.653 1 53.56 ? C3 23E 601 B 1 
HETATM 4 N N4 23E . . . L 2 13.79 3.457 105.263 1 53.81 ? N4 23E 601 B 1 
HETATM 5 C C5 23E . . . L 2 14.068 4.739 105.803 1 50.31 ? C5 23E 601 B 1 
HETATM 6 O O6 23E . . . L 2 15.227 2.176 106.458 1 55.23 ? O6 23E 601 B 1 
HETATM 7 C C7 23E . . . L 2 15.256 5.013 106.473 1 49.55 ? C7 23E 601 B 1 
HETATM 8 C C8 23E . . . L 2 15.531 6.297 106.908 1 52.24 ? C8 23E 601 B 1 
HETATM 9 C C9 23E . . . L 2 14.624 7.345 106.713 1 55.11 ? C9 23E 601 B 1 
HETATM 10 C C10 23E . . . L 2 13.434 7.054 106.04 1 49.7 ? C10 23E 601 B 1 
HETATM 11 C C11 23E . . . L 2 13.156 5.771 105.592 1 48.63 ? C11 23E 601 B 1 
HETATM 12 C C12 23E . . . L 2 14.911 8.704 107.206 1 62.3 ? C12 23E 601 B 1 
HETATM 13 C C13 23E . . . L 2 16.004 9.097 107.877 1 70.12 ? C13 23E 601 B 1 
HETATM 14 C C14 23E . . . L 2 16.278 10.451 108.428 1 77.15 ? C14 23E 601 B 1 
HETATM 15 O O15 23E . . . L 2 17.342 10.597 109.038 1 78.52 ? O15 23E 601 B 1 
HETATM 16 C C16 23E . . . L 2 14.232 -0.31 105.64 1 45.35 ? C16 23E 601 B 1 
HETATM 17 C C17 23E . . . L 2 12.196 0.931 105.597 1 49.89 ? C17 23E 601 B 1 
HETATM 18 C C18 23E . . . L 2 13.64 -0.396 107.038 1 48.02 ? C18 23E 601 B 1 
HETATM 19 C C19 23E . . . L 2 12.362 0.497 107.036 1 48.58 ? C19 23E 601 B 1 
HETATM 20 O O20 23E . . . L 2 15.418 11.432 108.289 1 80.07 ? O20 23E 601 B 1 
HETATM 21 C C21 23E . . . L 2 14.604 1.466 102.835 1 48.9 ? C21 23E 601 B 1 
HETATM 22 C C22 23E . . . L 2 14.285 1.58 101.375 1 48.08 ? C22 23E 601 B 1 
HETATM 23 C C23 23E . . . L 2 15.296 1.331 100.452 1 48.39 ? C23 23E 601 B 1 
HETATM 24 C C24 23E . . . L 2 15.037 1.335 99.096 1 49.17 ? C24 23E 601 B 1 
HETATM 25 C C25 23E . . . L 2 12.996 1.879 100.931 1 47.5 ? C25 23E 601 B 1 
HETATM 26 N N26 23E . . . L 2 11.555 2.029 98.871 1 53.47 ? N26 23E 601 B 1 
HETATM 27 C C27 23E . . . L 2 12.744 1.854 99.568 1 50.21 ? C27 23E 601 B 1 
HETATM 28 C C28 23E . . . L 2 13.747 1.561 98.634 1 50.61 ? C28 23E 601 B 1 
HETATM 29 C C29 23E . . . L 2 13.127 1.536 97.336 1 49.19 ? C29 23E 601 B 1 
HETATM 30 C C30 23E . . . L 2 11.802 1.83 97.523 1 51.35 ? C30 23E 601 B 1 
HETATM 31 C C31 23E . . . L 2 13.826 1.255 96.041 1 47.61 ? C31 23E 601 B 1 
HETATM 32 C C32 23E . . . L 2 10.687 1.91 96.568 1 56.22 ? C32 23E 601 B 1 
HETATM 33 C C33 23E . . . L 2 14.811 2.375 95.669 1 46.9 ? C33 23E 601 B 1 
HETATM 34 C C34 23E . . . L 2 15.468 2.098 94.322 1 45.47 ? C34 23E 601 B 1 
HETATM 35 C C35 23E . . . L 2 16.194 0.766 94.344 1 47.2 ? C35 23E 601 B 1 
HETATM 36 C C36 23E . . . L 2 15.235 -0.354 94.691 1 47.08 ? C36 23E 601 B 1 
HETATM 37 C C37 23E . . . L 2 14.544 -0.1 96.028 1 46.5 ? C37 23E 601 B 1 
HETATM 38 O O38 23E . . . L 2 15.692 1.831 103.277 1 45.51 ? O38 23E 601 B 1 
HETATM 39 C C39 23E . . . L 2 10.861 2.578 95.354 1 59.35 ? C39 23E 601 B 1 
HETATM 40 C C40 23E . . . L 2 9.875 2.537 94.382 1 57.65 ? C40 23E 601 B 1 
HETATM 41 C C41 23E . . . L 2 8.712 1.837 94.602 1 55.59 ? C41 23E 601 B 1 
HETATM 42 C C42 23E . . . L 2 8.5 1.193 95.81 1 56.25 ? C42 23E 601 B 1 
HETATM 43 C C43 23E . . . L 2 9.474 1.228 96.809 1 57.49 ? C43 23E 601 B 1 
HETATM 44 C C44 23E . . . L 2 10.246 2.3 99.464 1 56.13 ? C44 23E 601 B 1 
HETATM 45 N N45 23E . . . L 2 9.177 0.578 98.033 1 58.6 ? N45 23E 601 B 1 
HETATM 46 C C46 23E . . . L 2 9.482 0.996 99.284 1 58.51 ? C46 23E 601 B 1 
HETATM 47 O O47 23E . . . L 2 9.178 0.329 100.266 1 58.83 ? O47 23E 601 B 1 
HETATM 48 H HN1 23E . . . L 2 12.863 0.429 103.206 0 49.61 ? HN1 23E 601 B 1 
HETATM 49 H HN4 23E . . . L 2 13.131 3.475 104.49 0 53.79 ? HN4 23E 601 B 1 
HETATM 50 H H7 23E . . . L 2 16.023 4.26 106.645 0 49.47 ? H7 23E 601 B 1 
HETATM 51 H H8 23E . . . L 2 16.502 6.461 107.37 0 52.24 ? H8 23E 601 B 1 
HETATM 52 H H10 23E . . . L 2 12.702 7.839 105.858 0 49.69 ? H10 23E 601 B 1 
HETATM 53 H H11 23E . . . L 2 12.211 5.6 105.08 0 48.55 ? H11 23E 601 B 1 
HETATM 54 H H12 23E . . . L 2 14.12 9.412 106.966 0 62.32 ? H12 23E 601 B 1 
HETATM 55 H H13 23E . . . L 2 16.815 8.403 108.085 0 70.14 ? H13 23E 601 B 1 
HETATM 56 H H16 23E . . . L 2 14.006 -1.198 105.05 0 45.33 ? H16 23E 601 B 1 
HETATM 57 H H16A 23E . . . L 2 15.321 -0.3 105.647 0 45.33 ? H16A 23E 601 B 1 
HETATM 58 H H17 23E . . . L 2 11.603 0.197 105.053 0 49.85 ? H17 23E 601 B 1 
HETATM 59 H H17A 23E . . . L 2 11.669 1.874 105.461 0 49.85 ? H17A 23E 601 B 1 
HETATM 60 H H18 23E . . . L 2 14.356 -0.136 107.816 0 48.04 ? H18 23E 601 B 1 
HETATM 61 H H18A 23E . . . L 2 13.379 -1.427 107.267 0 48.04 ? H18A 23E 601 B 1 
HETATM 62 H H19 23E . . . L 2 12.418 1.34 107.723 0 48.55 ? H19 23E 601 B 1 
HETATM 63 H H19A 23E . . . L 2 11.488 -0.056 107.371 0 48.55 ? H19A 23E 601 B 1 
HETATM 64 H HO20 23E . . . L 2 14.586 11.21 107.797 0 80.1 ? HO20 23E 601 B 1 
HETATM 65 H H23 23E . . . L 2 16.317 1.122 100.766 0 48.52 ? H23 23E 601 B 1 
HETATM 66 H H24 23E . . . L 2 15.862 1.195 98.399 0 49.31 ? H24 23E 601 B 1 
HETATM 67 H H25 23E . . . L 2 12.222 2.129 101.655 0 47.52 ? H25 23E 601 B 1 
HETATM 68 H H31 23E . . . L 2 13.08 1.194 95.251 0 47.59 ? H31 23E 601 B 1 
HETATM 69 H H33 23E . . . L 2 14.308 3.341 95.663 0 46.96 ? H33 23E 601 B 1 
HETATM 70 H H33A 23E . . . L 2 15.58 2.469 96.434 0 46.96 ? H33A 23E 601 B 1 
HETATM 71 H H34 23E . . . L 2 14.724 2.114 93.527 0 45.45 ? H34 23E 601 B 1 
HETATM 72 H H34A 23E . . . L 2 16.156 2.893 94.046 0 45.45 ? H34A 23E 601 B 1 
HETATM 73 H H35 23E . . . L 2 16.678 0.577 93.387 0 47.11 ? H35 23E 601 B 1 
HETATM 74 H H35A 23E . . . L 2 17.002 0.799 95.073 0 47.11 ? H35A 23E 601 B 1 
HETATM 75 H H36 23E . . . L 2 14.486 -0.434 93.908 0 47.04 ? H36 23E 601 B 1 
HETATM 76 H H36A 23E . . . L 2 15.737 -1.32 94.688 0 47.04 ? H36A 23E 601 B 1 
HETATM 77 H H37 23E . . . L 2 15.291 -0.17 96.817 0 46.52 ? H37 23E 601 B 1 
HETATM 78 H H37A 23E . . . L 2 13.836 -0.897 96.249 0 46.52 ? H37A 23E 601 B 1 
HETATM 79 H H39 23E . . . L 2 11.782 3.13 95.175 0 59.15 ? H39 23E 601 B 1 
HETATM 80 H H40 23E . . . L 2 10.023 3.095 93.459 0 57.6 ? H40 23E 601 B 1 
HETATM 81 H H41 23E . . . L 2 7.951 1.786 93.825 0 55.67 ? H41 23E 601 B 1 
HETATM 82 H H42 23E . . . L 2 7.562 0.66 95.963 0 56.31 ? H42 23E 601 B 1 
HETATM 83 H H44 23E . . . L 2 10.318 2.53 100.525 0 56.1 ? H44 23E 601 B 1 
HETATM 84 H H44A 23E . . . L 2 9.762 3.156 99 0 56.1 ? H44A 23E 601 B 1 
HETATM 85 H HN45 23E . . . L 2 8.68 -0.303 97.947 0 58.69 ? HN45 23E 601 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              10 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    42 
_model_server_stats.query_time_ms           318 
_model_server_stats.encode_time_ms          28 
_model_server_stats.element_count           85 
#