data_5QJ7
#
_model_server_result.job_id            fcHW-5dZubT30-e1ugZRsg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 01:35:46' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5qj7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":305}' 
#
_entry.id    5QJ7 
#
_exptl.entry_id    5QJ7 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         79.38 
_cell.angle_beta          81.48 
_cell.angle_gamma         75.77 
_cell.entry_id            5QJ7 
_cell.length_a            49.345 
_cell.length_b            59.789 
_cell.length_c            79.913 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5QJ7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,X,Y 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,Z,AA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 I N N 
? 4 K N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 S N N 
? 4 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ALA 97 A ALA 96 1_555 E MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 113 A GLU 112 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 117 A GLU 116 1_555 E MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 117 A GLU 116 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 167 A GLU 166 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? 
metalc ? metalc6 E MG MG . A MG 301 1_555 X O HOH . A HOH 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc7 E MG MG . A MG 301 1_555 X O HOH . A HOH 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc8 E MG MG . A MG 301 1_555 X O HOH . A HOH 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc9 E MG MG . A MG 301 1_555 X O HOH . A HOH 459 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
metalc ? metalc10 F MG MG . A MG 302 1_555 X O HOH . A HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc11 F MG MG . A MG 302 1_555 X O HOH . A HOH 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc12 F MG MG . A MG 302 1_555 X O HOH . A HOH 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
metalc ? metalc13 B O ALA 97 B ALA 96 1_555 L MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.871 ? 
metalc ? metalc14 B OE2 GLU 113 B GLU 112 1_555 M MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc15 B OE2 GLU 116 B GLU 115 1_555 M MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 117 B GLU 116 1_555 L MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc17 B OE2 GLU 167 B GLU 166 1_555 M MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . B MG 303 1_555 Y O HOH . B HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 303 1_555 Y O HOH . B HOH 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc20 L MG MG . B MG 303 1_555 Y O HOH . B HOH 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc21 L MG MG . B MG 303 1_555 Y O HOH . B HOH 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc22 M MG MG . B MG 304 1_555 Y O HOH . B HOH 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? 
metalc ? metalc23 M MG MG . B MG 304 1_555 Y O HOH . B HOH 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? 
metalc ? metalc24 C O ALA 97 C ALA 96 1_555 P MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.987 ? 
metalc ? metalc25 C O ALA 97 C ALA 96 1_555 Q MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? 
metalc ? metalc26 C OE2 GLU 113 C GLU 112 1_555 P MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 117 C GLU 116 1_555 P MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? 
metalc ? metalc28 C OE2 GLU 117 C GLU 116 1_555 Q MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 167 C GLU 166 1_555 P MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? 
metalc ? metalc30 P MG MG . C MG 302 1_555 Z O HOH . C HOH 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? 
metalc ? metalc31 Q MG MG . C MG 303 1_555 Z O HOH . C HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc32 Q MG MG . C MG 303 1_555 Z O HOH . C HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc33 Q MG MG . C MG 303 1_555 Z O HOH . C HOH 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? 
metalc ? metalc34 D O ALA 97 D ALA 96 1_555 T MG MG . D MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc35 D O ALA 97 D ALA 96 1_555 U MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? 
metalc ? metalc36 D OE2 GLU 113 D GLU 112 1_555 U MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc37 D OE2 GLU 117 D GLU 116 1_555 T MG MG . D MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.9 ? 
metalc ? metalc38 D OE2 GLU 117 D GLU 116 1_555 U MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? 
metalc ? metalc39 D OE2 GLU 167 D GLU 166 1_555 U MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.97 ? 
metalc ? metalc40 T MG MG . D MG 301 1_555 AA O HOH . D HOH 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc41 T MG MG . D MG 301 1_555 AA O HOH . D HOH 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc42 T MG MG . D MG 301 1_555 AA O HOH . D HOH 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc43 U MG MG . D MG 302 1_555 AA O HOH . D HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 83 n n 
C1 C2 EDO sing 84 n n 
C1 H11 EDO sing 85 n n 
C1 H12 EDO sing 86 n n 
O1 HO1 EDO sing 87 n n 
C2 O2 EDO sing 88 n n 
C2 H21 EDO sing 89 n n 
C2 H22 EDO sing 90 n n 
O2 HO2 EDO sing 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5QJ7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.020265 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.005141 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.00227 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.017255 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.002695 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012807 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 301 301 MG MG . 
F 2 MG A 1 302 302 MG MG . 
G 3 JMM A 1 303 1 JMM LIG . 
H 3 JMM A 1 304 4 JMM LIG . 
I 4 EDO A 1 305 5 EDO EDO . 
J 5 CL B 1 301 303 CL CL . 
K 4 EDO B 1 302 301 EDO EDO . 
L 2 MG B 1 303 302 MG MG . 
M 2 MG B 1 304 303 MG MG . 
N 4 EDO B 1 305 4 EDO EDO . 
O 4 EDO C 1 301 301 EDO EDO . 
P 2 MG C 1 302 302 MG MG . 
Q 2 MG C 1 303 303 MG MG . 
R 3 JMM C 1 304 3 JMM LIG . 
S 4 EDO C 1 305 2 EDO EDO . 
T 2 MG D 1 301 301 MG MG . 
U 2 MG D 1 302 302 MG MG . 
V 3 JMM D 1 303 2 JMM LIG . 
W 4 EDO D 1 304 3 EDO EDO . 
X 6 HOH A 1 401 409 HOH HOH . 
X 6 HOH A 2 402 403 HOH HOH . 
X 6 HOH A 3 403 412 HOH HOH . 
X 6 HOH A 4 404 47 HOH HOH . 
X 6 HOH A 5 405 35 HOH HOH . 
X 6 HOH A 6 406 467 HOH HOH . 
X 6 HOH A 7 407 417 HOH HOH . 
X 6 HOH A 8 408 407 HOH HOH . 
X 6 HOH A 9 409 418 HOH HOH . 
X 6 HOH A 10 410 415 HOH HOH . 
X 6 HOH A 11 411 431 HOH HOH . 
X 6 HOH A 12 412 402 HOH HOH . 
X 6 HOH A 13 413 34 HOH HOH . 
X 6 HOH A 14 414 426 HOH HOH . 
X 6 HOH A 15 415 447 HOH HOH . 
X 6 HOH A 16 416 416 HOH HOH . 
X 6 HOH A 17 417 421 HOH HOH . 
X 6 HOH A 18 418 435 HOH HOH . 
X 6 HOH A 19 419 411 HOH HOH . 
X 6 HOH A 20 420 414 HOH HOH . 
X 6 HOH A 21 421 401 HOH HOH . 
X 6 HOH A 22 422 419 HOH HOH . 
X 6 HOH A 23 423 423 HOH HOH . 
X 6 HOH A 24 424 441 HOH HOH . 
X 6 HOH A 25 425 428 HOH HOH . 
X 6 HOH A 26 426 425 HOH HOH . 
X 6 HOH A 27 427 434 HOH HOH . 
X 6 HOH A 28 428 25 HOH HOH . 
X 6 HOH A 29 429 62 HOH HOH . 
X 6 HOH A 30 430 64 HOH HOH . 
X 6 HOH A 31 432 443 HOH HOH . 
X 6 HOH A 32 433 432 HOH HOH . 
X 6 HOH A 33 434 413 HOH HOH . 
X 6 HOH A 34 435 455 HOH HOH . 
X 6 HOH A 35 436 445 HOH HOH . 
X 6 HOH A 36 437 406 HOH HOH . 
X 6 HOH A 37 438 7 HOH HOH . 
X 6 HOH A 38 439 437 HOH HOH . 
X 6 HOH A 39 440 448 HOH HOH . 
X 6 HOH A 40 441 420 HOH HOH . 
X 6 HOH A 41 442 410 HOH HOH . 
X 6 HOH A 42 443 404 HOH HOH . 
X 6 HOH A 43 444 63 HOH HOH . 
X 6 HOH A 44 445 422 HOH HOH . 
X 6 HOH A 45 446 430 HOH HOH . 
X 6 HOH A 46 447 41 HOH HOH . 
X 6 HOH A 47 448 438 HOH HOH . 
X 6 HOH A 48 449 440 HOH HOH . 
X 6 HOH A 49 450 439 HOH HOH . 
X 6 HOH A 50 451 405 HOH HOH . 
X 6 HOH A 51 452 2 HOH HOH . 
X 6 HOH A 52 453 17 HOH HOH . 
X 6 HOH A 53 454 444 HOH HOH . 
X 6 HOH A 54 455 408 HOH HOH . 
X 6 HOH A 55 456 433 HOH HOH . 
X 6 HOH A 56 457 442 HOH HOH . 
X 6 HOH A 57 458 449 HOH HOH . 
X 6 HOH A 58 459 436 HOH HOH . 
X 6 HOH A 59 460 451 HOH HOH . 
X 6 HOH A 60 461 427 HOH HOH . 
X 6 HOH A 61 462 456 HOH HOH . 
X 6 HOH A 62 463 468 HOH HOH . 
X 6 HOH A 63 464 446 HOH HOH . 
X 6 HOH A 64 465 450 HOH HOH . 
X 6 HOH A 65 466 458 HOH HOH . 
X 6 HOH A 66 467 46 HOH HOH . 
X 6 HOH A 67 468 59 HOH HOH . 
X 6 HOH A 68 469 462 HOH HOH . 
X 6 HOH A 69 470 461 HOH HOH . 
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X 6 HOH A 71 472 464 HOH HOH . 
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