data_5QK3
#
_model_server_result.job_id            ZgSP2ZvC9BTgUwEynw1oew 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-16 18:36:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5qk3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    5QK3 
#
_exptl.entry_id    5QK3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         79.15 
_cell.angle_beta          81.35 
_cell.angle_gamma         75.43 
_cell.entry_id            5QK3 
_cell.length_a            49.49 
_cell.length_b            60.02 
_cell.length_c            80.13 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5QK3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,R,S 1 1 
C,D,M,N,O,P,Q,T,U 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 J N N 
? 4 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ALA 97 A ALA 96 1_555 E MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 113 A GLU 112 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 117 A GLU 116 1_555 E MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 117 A GLU 116 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 167 A GLU 166 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc6 E MG MG . A MG 301 1_555 R O HOH . A HOH 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc7 E MG MG . A MG 301 1_555 R O HOH . A HOH 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc8 E MG MG . A MG 301 1_555 R O HOH . A HOH 450 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc9 E MG MG . A MG 301 1_555 R O HOH . A HOH 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc10 F MG MG . A MG 302 1_555 R O HOH . A HOH 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc11 F MG MG . A MG 302 1_555 R O HOH . A HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? 
metalc ? metalc12 F MG MG . A MG 302 1_555 R O HOH . A HOH 450 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc13 B O ALA 97 B ALA 96 1_555 K MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
metalc ? metalc14 B OE2 GLU 113 B GLU 112 1_555 L MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc15 B OE2 GLU 117 B GLU 116 1_555 K MG MG . B MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 117 B GLU 116 1_555 L MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.906 ? 
metalc ? metalc17 B OE2 GLU 167 B GLU 166 1_555 L MG MG . B MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc18 K MG MG . B MG 303 1_555 S O HOH . B HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc19 K MG MG . B MG 303 1_555 S O HOH . B HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc20 K MG MG . B MG 303 1_555 S O HOH . B HOH 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc21 K MG MG . B MG 303 1_555 S O HOH . B HOH 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc22 L MG MG . B MG 304 1_555 S O HOH . B HOH 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? 
metalc ? metalc23 L MG MG . B MG 304 1_555 S O HOH . B HOH 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? 
metalc ? metalc24 C O ALA 97 C ALA 96 1_555 O MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc25 C OE2 GLU 113 C GLU 112 1_555 N MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? 
metalc ? metalc26 C OE2 GLU 117 C GLU 116 1_555 N MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 117 C GLU 116 1_555 O MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? 
metalc ? metalc28 C OE2 GLU 167 C GLU 166 1_555 N MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? 
metalc ? metalc29 N MG MG . C MG 302 1_555 T O HOH . C HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc30 N MG MG . C MG 302 1_555 T O HOH . C HOH 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.744 ? 
metalc ? metalc31 N MG MG . C MG 302 1_555 T O HOH . C HOH 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? 
metalc ? metalc32 O MG MG . C MG 303 1_555 T O HOH . C HOH 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc33 O MG MG . C MG 303 1_555 T O HOH . C HOH 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc34 O MG MG . C MG 303 1_555 T O HOH . C HOH 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc35 O MG MG . C MG 303 1_555 T O HOH . C HOH 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc36 D O ALA 97 D ALA 96 1_555 P MG MG . D MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc37 D O ALA 97 D ALA 96 1_555 Q MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? 
metalc ? metalc38 D OE2 GLU 113 D GLU 112 1_555 Q MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc39 D OE2 GLU 117 D GLU 116 1_555 P MG MG . D MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? 
metalc ? metalc40 D OE2 GLU 117 D GLU 116 1_555 Q MG MG . D MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? 
metalc ? metalc41 P MG MG . D MG 301 1_555 U O HOH . D HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc42 P MG MG . D MG 301 1_555 U O HOH . D HOH 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? 
metalc ? metalc43 P MG MG . D MG 301 1_555 U O HOH . D HOH 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc44 Q MG MG . D MG 302 1_555 U O HOH . D HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc45 Q MG MG . D MG 302 1_555 U O HOH . D HOH 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.865 ? 
metalc ? metalc46 Q MG MG . D MG 302 1_555 U O HOH . D HOH 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.726 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 83 n n 
C1 C2 EDO sing 84 n n 
C1 H11 EDO sing 85 n n 
C1 H12 EDO sing 86 n n 
O1 HO1 EDO sing 87 n n 
C2 O2 EDO sing 88 n n 
C2 H21 EDO sing 89 n n 
C2 H22 EDO sing 90 n n 
O2 HO2 EDO sing 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5QK3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.020206 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.005252 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.002277 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.017215 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.00274 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012782 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 301 301 MG MG . 
F 2 MG A 1 302 302 MG MG . 
G 3 K3A A 1 303 1 K3A LIG . 
H 4 EDO A 1 304 1 EDO EDO . 
I 5 CL B 1 301 303 CL CL . 
J 4 EDO B 1 302 301 EDO EDO . 
K 2 MG B 1 303 302 MG MG . 
L 2 MG B 1 304 303 MG MG . 
M 4 EDO C 1 301 301 EDO EDO . 
N 2 MG C 1 302 302 MG MG . 
O 2 MG C 1 303 303 MG MG . 
P 2 MG D 1 301 301 MG MG . 
Q 2 MG D 1 302 302 MG MG . 
R 6 HOH A 1 401 412 HOH HOH . 
R 6 HOH A 2 402 418 HOH HOH . 
R 6 HOH A 3 403 403 HOH HOH . 
R 6 HOH A 4 404 421 HOH HOH . 
R 6 HOH A 5 405 407 HOH HOH . 
R 6 HOH A 6 406 417 HOH HOH . 
R 6 HOH A 7 407 408 HOH HOH . 
R 6 HOH A 8 408 428 HOH HOH . 
R 6 HOH A 9 409 16 HOH HOH . 
R 6 HOH A 10 410 434 HOH HOH . 
R 6 HOH A 11 411 411 HOH HOH . 
R 6 HOH A 12 412 414 HOH HOH . 
R 6 HOH A 13 413 416 HOH HOH . 
R 6 HOH A 14 414 401 HOH HOH . 
R 6 HOH A 15 415 431 HOH HOH . 
R 6 HOH A 16 416 413 HOH HOH . 
R 6 HOH A 17 417 441 HOH HOH . 
R 6 HOH A 18 418 415 HOH HOH . 
R 6 HOH A 19 419 423 HOH HOH . 
R 6 HOH A 20 420 7 HOH HOH . 
R 6 HOH A 21 421 437 HOH HOH . 
R 6 HOH A 22 422 440 HOH HOH . 
R 6 HOH A 23 423 430 HOH HOH . 
R 6 HOH A 24 424 402 HOH HOH . 
R 6 HOH A 25 425 419 HOH HOH . 
R 6 HOH A 26 426 425 HOH HOH . 
R 6 HOH A 27 427 404 HOH HOH . 
R 6 HOH A 28 428 418 HOH HOH . 
R 6 HOH A 29 429 432 HOH HOH . 
R 6 HOH A 30 430 445 HOH HOH . 
R 6 HOH A 31 431 15 HOH HOH . 
R 6 HOH A 32 432 426 HOH HOH . 
R 6 HOH A 33 433 18 HOH HOH . 
R 6 HOH A 34 434 17 HOH HOH . 
R 6 HOH A 35 435 448 HOH HOH . 
R 6 HOH A 36 436 438 HOH HOH . 
R 6 HOH A 37 437 406 HOH HOH . 
R 6 HOH A 38 438 447 HOH HOH . 
R 6 HOH A 39 439 410 HOH HOH . 
R 6 HOH A 40 440 422 HOH HOH . 
R 6 HOH A 41 441 433 HOH HOH . 
R 6 HOH A 42 442 444 HOH HOH . 
R 6 HOH A 43 443 420 HOH HOH . 
R 6 HOH A 44 444 409 HOH HOH . 
R 6 HOH A 45 445 439 HOH HOH . 
R 6 HOH A 46 446 427 HOH HOH . 
R 6 HOH A 47 447 455 HOH HOH . 
R 6 HOH A 48 448 449 HOH HOH . 
R 6 HOH A 49 449 22 HOH HOH . 
R 6 HOH A 50 450 405 HOH HOH . 
R 6 HOH A 51 451 435 HOH HOH . 
R 6 HOH A 52 452 451 HOH HOH . 
R 6 HOH A 53 453 446 HOH HOH . 
R 6 HOH A 54 454 458 HOH HOH . 
R 6 HOH A 55 455 456 HOH HOH . 
R 6 HOH A 56 456 442 HOH HOH . 
R 6 HOH A 57 457 436 HOH HOH . 
R 6 HOH A 58 458 450 HOH HOH . 
R 6 HOH A 59 459 24 HOH HOH . 
R 6 HOH A 60 460 443 HOH HOH . 
R 6 HOH A 61 461 460 HOH HOH . 
R 6 HOH A 62 462 462 HOH HOH . 
R 6 HOH A 63 463 464 HOH HOH . 
R 6 HOH A 64 464 461 HOH HOH . 
R 6 HOH A 65 465 459 HOH HOH . 
R 6 HOH A 66 466 463 HOH HOH . 
R 6 HOH A 67 467 466 HOH HOH . 
R 6 HOH A 68 468 457 HOH HOH . 
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