data_5S4Q
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_model_server_result.job_id            szvEmJAXK7SLC5cKVY1eeg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 16:37:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          5s4q 
#
_model_server_params.name     atom_site 
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#
_entry.id    5S4Q 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
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_entity.id                          10 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            4-(4-methyl-1,3-thiazole-5-carbonyl)piperazin-2-one 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.entry_id            5S4Q 
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_cell.length_c            179.614 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
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_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      10 
_struct_asym.id                             O 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? 
metalc ? metalc14 J CA CA . A CA 504 1_555 W O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? 
metalc ? metalc15 J CA CA . A CA 504 1_555 AA O HOH . E HOH 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc16 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 111 B GLU 113 1_555 M CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc18 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.811 ? 
metalc ? metalc20 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc21 L MG MG . B MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc22 M CA CA . B CA 503 4_455 C OE1 GLU 284 C GLU 284 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? 
metalc ? metalc23 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? 
metalc ? metalc24 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc25 C O THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc26 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? 
metalc ? metalc27 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 Q CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc28 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc30 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 R MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc31 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 R MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? 
metalc ? metalc32 Q CA CA . C CA 502 1_555 Y O HOH . C HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc33 Y O HOH . C HOH 601 1_555 R MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc34 Y O HOH . C HOH 660 1_555 R MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.793 ? 
metalc ? metalc35 D OE1 GLN 11 D GLN 11 1_555 T MG MG . D MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? 
metalc ? metalc36 T MG MG . D MG 503 1_555 Z O HOH . D HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? 
metalc ? metalc37 F OE2 GLU 331 F GLU 331 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? 
metalc ? metalc38 U O3G ACP . F ACP 401 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc39 U O1B ACP . F ACP 401 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H11 N3 O2 S' 
_chem_comp.formula_weight    225.268 
_chem_comp.id                WVD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              4-(4-methyl-1,3-thiazole-5-carbonyl)piperazin-2-one 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C7 S1 WVD sing 547 n y 
C7 N3 WVD doub 548 n y 
S1 C6 WVD sing 549 n y 
N3 C8 WVD sing 550 n y 
C6 C8 WVD doub 551 n y 
C6 C5 WVD sing 552 n n 
O1 C5 WVD doub 553 n n 
C8 C9 WVD sing 554 n n 
C5 N1 WVD sing 555 n n 
N1 C3 WVD sing 556 n n 
N1 C2 WVD sing 557 n n 
C3 C4 WVD sing 558 n n 
C2 C1 WVD sing 559 n n 
C4 N2 WVD sing 560 n n 
C1 N2 WVD sing 561 n n 
C1 O2 WVD doub 562 n n 
C4 H5 WVD sing 563 n n 
C4 H6 WVD sing 564 n n 
C7 H8 WVD sing 565 n n 
C9 H11 WVD sing 566 n n 
C9 H9 WVD sing 567 n n 
C9 H10 WVD sing 568 n n 
N2 H7 WVD sing 569 n n 
C3 H3 WVD sing 570 n n 
C3 H4 WVD sing 571 n n 
C2 H1 WVD sing 572 n n 
C2 H2 WVD sing 573 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5S4Q 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009547 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006317 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005567 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 7 CA A 1 504 504 CA CA . 
K 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 7 CA B 1 503 503 CA CA . 
N 9 MES B 1 504 504 MES MES . 
O 10 WVD B 1 505 601 WVD DRG . 
P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
Q 7 CA C 1 502 503 CA CA . 
R 6 MG D 1 501 502 MG MG . 
S 8 GDP D 1 502 501 GDP GDP . 
T 6 MG D 1 503 502 MG MG . 
U 11 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
V 6 MG F 1 402 402 MG MG . 
W 12 HOH A 1 601 47 HOH HOH . 
W 12 HOH A 2 602 83 HOH HOH . 
W 12 HOH A 3 603 1340 HOH HOH . 
W 12 HOH A 4 604 81 HOH HOH . 
W 12 HOH A 5 605 1525 HOH HOH . 
W 12 HOH A 6 606 25 HOH HOH . 
W 12 HOH A 7 607 161 HOH HOH . 
W 12 HOH A 8 608 97 HOH HOH . 
W 12 HOH A 9 609 180 HOH HOH . 
W 12 HOH A 10 610 167 HOH HOH . 
W 12 HOH A 11 611 9 HOH HOH . 
W 12 HOH A 12 612 88 HOH HOH . 
W 12 HOH A 13 613 78 HOH HOH . 
W 12 HOH A 14 614 87 HOH HOH . 
W 12 HOH A 15 615 126 HOH HOH . 
W 12 HOH A 16 616 24 HOH HOH . 
W 12 HOH A 17 617 93 HOH HOH . 
W 12 HOH A 18 618 65 HOH HOH . 
W 12 HOH A 19 619 191 HOH HOH . 
W 12 HOH A 20 620 123 HOH HOH . 
W 12 HOH A 21 621 40 HOH HOH . 
W 12 HOH A 22 622 55 HOH HOH . 
W 12 HOH A 23 623 60 HOH HOH . 
W 12 HOH A 24 624 198 HOH HOH . 
W 12 HOH A 25 625 208 HOH HOH . 
W 12 HOH A 26 626 106 HOH HOH . 
W 12 HOH A 27 627 102 HOH HOH . 
W 12 HOH A 28 628 108 HOH HOH . 
W 12 HOH A 29 629 137 HOH HOH . 
W 12 HOH A 30 630 135 HOH HOH . 
W 12 HOH A 31 631 43 HOH HOH . 
W 12 HOH A 32 632 29 HOH HOH . 
W 12 HOH A 33 633 202 HOH HOH . 
W 12 HOH A 34 634 84 HOH HOH . 
W 12 HOH A 35 635 265 HOH HOH . 
W 12 HOH A 36 636 140 HOH HOH . 
W 12 HOH A 37 637 273 HOH HOH . 
W 12 HOH A 38 638 201 HOH HOH . 
W 12 HOH A 39 639 258 HOH HOH . 
W 12 HOH A 40 640 118 HOH HOH . 
W 12 HOH A 41 641 196 HOH HOH . 
W 12 HOH A 42 642 175 HOH HOH . 
W 12 HOH A 43 643 181 HOH HOH . 
W 12 HOH A 44 644 152 HOH HOH . 
W 12 HOH A 45 645 195 HOH HOH . 
W 12 HOH A 46 646 104 HOH HOH . 
W 12 HOH A 47 647 56 HOH HOH . 
W 12 HOH A 48 648 228 HOH HOH . 
W 12 HOH A 49 649 125 HOH HOH . 
W 12 HOH A 50 650 263 HOH HOH . 
W 12 HOH A 51 651 203 HOH HOH . 
W 12 HOH A 52 652 267 HOH HOH . 
W 12 HOH A 53 653 291 HOH HOH . 
W 12 HOH A 54 654 95 HOH HOH . 
W 12 HOH A 55 655 290 HOH HOH . 
W 12 HOH A 56 656 295 HOH HOH . 
X 12 HOH B 1 601 319 HOH HOH . 
X 12 HOH B 2 602 335 HOH HOH . 
X 12 HOH B 3 603 392 HOH HOH . 
X 12 HOH B 4 604 347 HOH HOH . 
X 12 HOH B 5 605 361 HOH HOH . 
X 12 HOH B 6 606 451 HOH HOH . 
X 12 HOH B 7 607 351 HOH HOH . 
X 12 HOH B 8 608 316 HOH HOH . 
X 12 HOH B 9 609 318 HOH HOH . 
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HETATM 16 H H5 WVD . . . O 10 14.515 67.821 41.303 0.8 81.79 ? H5 WVD 505 B 1 
HETATM 17 H H6 WVD . . . O 10 15.789 67.891 40.367 0.8 81.79 ? H6 WVD 505 B 1 
HETATM 18 H H8 WVD . . . O 10 18.233 63.096 34.608 0.8 89.22 ? H8 WVD 505 B 1 
HETATM 19 H H11 WVD . . . O 10 18.558 61.872 38.882 0.8 59.14 ? H11 WVD 505 B 1 
HETATM 20 H H9 WVD . . . O 10 17.356 62.571 39.645 0.8 59.14 ? H9 WVD 505 B 1 
HETATM 21 H H10 WVD . . . O 10 18.742 63.325 39.489 0.8 59.14 ? H10 WVD 505 B 1 
HETATM 22 H H7 WVD . . . O 10 16.126 67.163 42.728 0.8 75.36 ? H7 WVD 505 B 1 
HETATM 23 H H3 WVD . . . O 10 13.994 65.701 40.518 0.8 76.03 ? H3 WVD 505 B 1 
HETATM 24 H H4 WVD . . . O 10 14.195 66.632 39.255 0.8 76.03 ? H4 WVD 505 B 1 
HETATM 25 H H1 WVD . . . O 10 17.505 64.7 40.162 0.8 73.21 ? H1 WVD 505 B 1 
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