data_5S4W # _model_server_result.job_id QFNEF1fHUcVbRnfG7dOJqg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-07 16:28:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5s4w # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":504}' # _entry.id 5S4W # _exptl.entry_id 5S4W _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5S4W _cell.length_a 105.13 _cell.length_b 160.08 _cell.length_c 178.76 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5S4W _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 I N N ? 7 J N N ? 7 M N N ? 7 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? metalc ? metalc13 I CA CA . A CA 503 1_555 W O HOH . A HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc14 J CA CA . A CA 504 1_555 AA O HOH . E HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? metalc ? metalc16 B OE1 GLU 111 B GLU 113 1_555 M CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc17 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc18 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.937 ? metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc20 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc22 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc23 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc24 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc25 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc26 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc28 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? metalc ? metalc29 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc30 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.817 ? metalc ? metalc31 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? metalc ? metalc32 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc33 R CA CA . C CA 503 1_555 Y O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc34 D OE1 GLN 11 D GLN 11 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc35 S O1A GDP . D GDP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc36 T MG MG . D MG 502 1_555 Z O HOH . D HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc37 F OE2 GLU 331 F GLU 331 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc38 U O3G ACP . F ACP 401 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc39 U O1B ACP . F ACP 401 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5S4W _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009512 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006247 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005594 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 502 MG MG . I 7 CA A 1 503 503 CA CA . J 7 CA A 1 504 504 CA CA . K 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . L 6 MG B 1 502 502 MG MG . M 7 CA B 1 503 503 CA CA . N 9 MES B 1 504 504 MES MES . O 10 WZ7 B 1 505 601 WZ7 DRG . P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . Q 6 MG C 1 502 502 MG MG . R 7 CA C 1 503 503 CA CA . S 8 GDP D 1 501 501 GDP GDP . T 6 MG D 1 502 502 MG MG . U 11 ACP F 1 401 401 ACP ACP . V 6 MG F 1 402 402 MG MG . W 12 HOH A 1 601 29 HOH HOH . W 12 HOH A 2 602 719 HOH HOH . W 12 HOH A 3 603 40 HOH HOH . W 12 HOH A 4 604 126 HOH HOH . W 12 HOH A 5 605 78 HOH HOH . W 12 HOH A 6 606 22 HOH HOH . W 12 HOH A 7 607 180 HOH HOH . W 12 HOH A 8 608 47 HOH HOH . W 12 HOH A 9 609 198 HOH HOH . W 12 HOH A 10 610 65 HOH HOH . W 12 HOH A 11 611 258 HOH HOH . W 12 HOH A 12 612 267 HOH HOH . X 12 HOH B 1 601 349 HOH HOH . X 12 HOH B 2 602 362 HOH HOH . X 12 HOH B 3 603 508 HOH HOH . X 12 HOH B 4 604 382 HOH HOH . X 12 HOH B 5 605 458 HOH HOH . X 12 HOH B 6 606 460 HOH HOH . X 12 HOH B 7 607 430 HOH HOH . X 12 HOH B 8 608 817 HOH HOH . X 12 HOH B 9 609 454 HOH HOH . X 12 HOH B 10 610 505 HOH HOH . X 12 HOH B 11 611 351 HOH HOH . X 12 HOH B 12 612 375 HOH HOH . X 12 HOH B 13 613 503 HOH HOH . X 12 HOH B 14 614 440 HOH HOH . X 12 HOH B 15 615 721 HOH HOH . X 12 HOH B 16 616 390 HOH HOH . X 12 HOH B 17 617 432 HOH HOH . X 12 HOH B 18 618 479 HOH HOH . X 12 HOH B 19 619 469 HOH HOH . X 12 HOH B 20 620 405 HOH HOH . X 12 HOH B 21 621 320 HOH HOH . X 12 HOH B 22 622 345 HOH HOH . X 12 HOH B 23 623 290 HOH HOH . X 12 HOH B 24 624 597 HOH HOH . X 12 HOH B 25 625 436 HOH HOH . X 12 HOH B 26 626 1064 HOH HOH . Y 12 HOH C 1 601 888 HOH HOH . Y 12 HOH C 2 602 677 HOH HOH . Y 12 HOH C 3 603 641 HOH HOH . Y 12 HOH C 4 604 660 HOH HOH . Y 12 HOH C 5 605 894 HOH HOH . Y 12 HOH C 6 606 730 HOH HOH . Y 12 HOH C 7 607 732 HOH HOH . Y 12 HOH C 8 608 746 HOH HOH . Y 12 HOH C 9 609 723 HOH HOH . Y 12 HOH C 10 610 714 HOH HOH . Y 12 HOH C 11 611 659 HOH HOH . Y 12 HOH C 12 612 747 HOH HOH . Y 12 HOH C 13 613 753 HOH HOH . Y 12 HOH C 14 614 886 HOH HOH . Y 12 HOH C 15 615 906 HOH HOH . Y 12 HOH C 16 616 664 HOH HOH . Y 12 HOH C 17 617 811 HOH HOH . Y 12 HOH C 18 618 909 HOH HOH . Y 12 HOH C 19 619 910 HOH HOH . Y 12 HOH C 20 620 800 HOH HOH . Y 12 HOH C 21 621 979 HOH HOH . Y 12 HOH C 22 622 792 HOH HOH . Y 12 HOH C 23 623 1024 HOH HOH . Y 12 HOH C 24 624 972 HOH HOH . Y 12 HOH C 25 625 1007 HOH HOH . Y 12 HOH C 26 626 938 HOH HOH . Y 12 HOH C 27 627 765 HOH HOH . Y 12 HOH C 28 628 622 HOH HOH . Y 12 HOH C 29 629 956 HOH HOH . Y 12 HOH C 30 630 830 HOH HOH . Y 12 HOH C 31 631 818 HOH HOH . Y 12 HOH C 32 632 923 HOH HOH . Y 12 HOH C 33 633 833 HOH HOH . Y 12 HOH C 34 634 976 HOH HOH . Y 12 HOH C 35 635 1041 HOH HOH . Y 12 HOH C 36 636 991 HOH HOH . Y 12 HOH C 37 637 1002 HOH HOH . Y 12 HOH C 38 638 924 HOH HOH . Y 12 HOH C 39 639 1000 HOH HOH . Y 12 HOH C 40 640 963 HOH HOH . Y 12 HOH C 41 641 995 HOH HOH . Y 12 HOH C 42 642 851 HOH HOH . Y 12 HOH C 43 643 1048 HOH HOH . Z 12 HOH D 1 601 1202 HOH HOH . Z 12 HOH D 2 602 1220 HOH HOH . Z 12 HOH D 3 603 1200 HOH HOH . Z 12 HOH D 4 604 1180 HOH HOH . Z 12 HOH D 5 605 1274 HOH HOH . Z 12 HOH D 6 606 1234 HOH HOH . AA 12 HOH E 1 201 1334 HOH HOH . AA 12 HOH E 2 202 379 HOH HOH . AA 12 HOH E 3 203 577 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id J _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 42.72 _atom_site.Cartn_y 81.81 _atom_site.Cartn_z 64.508 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 129.32 _atom_site.pdbx_formal_charge 2 _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 504 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 41 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 458 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #