data_5S4Y
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          5s4y 
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_model_server_params.name     atom_site 
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#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
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_cell.length_c            178.7 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
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_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
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loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 8 K N N 
? 8 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.874 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
metalc ? metalc14 I CA CA . A CA 503 1_555 W O HOH . A HOH 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc15 J CA CA . A CA 504 1_555 W O HOH . A HOH 642 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.018 ? 
metalc ? metalc16 J CA CA . A CA 504 1_555 AA O HOH . E HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc18 B OE1 GLU 111 B GLU 113 1_555 M CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc19 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc20 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
metalc ? metalc21 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc22 L MG MG . B MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 652 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? 
metalc ? metalc23 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? 
metalc ? metalc24 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc25 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc26 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? 
metalc ? metalc27 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc28 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc30 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.933 ? 
metalc ? metalc31 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc32 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
metalc ? metalc33 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc34 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 644 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
metalc ? metalc35 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc36 R CA CA . C CA 503 1_555 Y O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc37 D OE1 GLN 11 D GLN 11 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc38 S O1A GDP . D GDP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? 
metalc ? metalc39 T MG MG . D MG 502 1_555 Z O HOH . D HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc40 F OE1 GLU 331 F GLU 331 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? 
metalc ? metalc41 F OE2 GLU 331 F GLU 331 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc42 F OD1 ASN 333 F ASN 333 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc43 U O3G ACP . F ACP 401 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
metalc ? metalc44 U O1B ACP . F ACP 401 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    443.201 
_chem_comp.id                GDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B GDP doub 134 n n 
PB O2B GDP sing 135 n n 
PB O3B GDP sing 136 n n 
PB O3A GDP sing 137 n n 
O2B HOB2 GDP sing 138 n n 
O3B HOB3 GDP sing 139 n n 
O3A PA GDP sing 140 n n 
PA O1A GDP doub 141 n n 
PA O2A GDP sing 142 n n 
PA O5' GDP sing 143 n n 
O2A HOA2 GDP sing 144 n n 
O5' C5' GDP sing 145 n n 
C5' C4' GDP sing 146 n n 
C5' H5' GDP sing 147 n n 
C5' "H5''" GDP sing 148 n n 
C4' O4' GDP sing 149 n n 
C4' C3' GDP sing 150 n n 
C4' H4' GDP sing 151 n n 
O4' C1' GDP sing 152 n n 
C3' O3' GDP sing 153 n n 
C3' C2' GDP sing 154 n n 
C3' H3' GDP sing 155 n n 
O3' HO3' GDP sing 156 n n 
C2' O2' GDP sing 157 n n 
C2' C1' GDP sing 158 n n 
C2' H2' GDP sing 159 n n 
O2' HO2' GDP sing 160 n n 
C1' N9 GDP sing 161 n n 
C1' H1' GDP sing 162 n n 
N9 C8 GDP sing 163 n y 
N9 C4 GDP sing 164 n y 
C8 N7 GDP doub 165 n y 
C8 H8 GDP sing 166 n n 
N7 C5 GDP sing 167 n y 
C5 C6 GDP sing 168 n n 
C5 C4 GDP doub 169 n y 
C6 O6 GDP doub 170 n n 
C6 N1 GDP sing 171 n n 
N1 C2 GDP sing 172 n n 
N1 HN1 GDP sing 173 n n 
C2 N2 GDP sing 174 n n 
C2 N3 GDP doub 175 n n 
N2 HN21 GDP sing 176 n n 
N2 HN22 GDP sing 177 n n 
N3 C4 GDP sing 178 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5S4Y 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009602 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006338 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005596 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 7 CA A 1 504 504 CA CA . 
K 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 7 CA B 1 503 503 CA CA . 
N 9 NSJ B 1 504 1 NSJ DRG . 
O 9 NSJ B 1 505 2 NSJ DRG . 
P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
Q 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
R 7 CA C 1 503 503 CA CA . 
S 8 GDP D 1 501 501 GDP GDP . 
T 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
U 10 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
V 6 MG F 1 402 402 MG MG . 
W 11 HOH A 1 601 194 HOH HOH . 
W 11 HOH A 2 602 47 HOH HOH . 
W 11 HOH A 3 603 9 HOH HOH . 
W 11 HOH A 4 604 25 HOH HOH . 
W 11 HOH A 5 605 88 HOH HOH . 
W 11 HOH A 6 606 220 HOH HOH . 
W 11 HOH A 7 607 1558 HOH HOH . 
W 11 HOH A 8 608 434 HOH HOH . 
W 11 HOH A 9 609 83 HOH HOH . 
W 11 HOH A 10 610 52 HOH HOH . 
W 11 HOH A 11 611 40 HOH HOH . 
W 11 HOH A 12 612 65 HOH HOH . 
W 11 HOH A 13 613 29 HOH HOH . 
W 11 HOH A 14 614 137 HOH HOH . 
W 11 HOH A 15 615 104 HOH HOH . 
W 11 HOH A 16 616 78 HOH HOH . 
W 11 HOH A 17 617 87 HOH HOH . 
W 11 HOH A 18 618 22 HOH HOH . 
W 11 HOH A 19 619 109 HOH HOH . 
W 11 HOH A 20 620 106 HOH HOH . 
W 11 HOH A 21 621 151 HOH HOH . 
W 11 HOH A 22 622 1556 HOH HOH . 
W 11 HOH A 23 623 123 HOH HOH . 
W 11 HOH A 24 624 135 HOH HOH . 
W 11 HOH A 25 625 140 HOH HOH . 
W 11 HOH A 26 626 174 HOH HOH . 
W 11 HOH A 27 627 152 HOH HOH . 
W 11 HOH A 28 628 180 HOH HOH . 
W 11 HOH A 29 629 35 HOH HOH . 
W 11 HOH A 30 630 94 HOH HOH . 
W 11 HOH A 31 631 161 HOH HOH . 
W 11 HOH A 32 632 93 HOH HOH . 
W 11 HOH A 33 633 198 HOH HOH . 
W 11 HOH A 34 634 257 HOH HOH . 
W 11 HOH A 35 635 60 HOH HOH . 
W 11 HOH A 36 636 43 HOH HOH . 
W 11 HOH A 37 637 267 HOH HOH . 
W 11 HOH A 38 638 1557 HOH HOH . 
W 11 HOH A 39 639 125 HOH HOH . 
W 11 HOH A 40 640 719 HOH HOH . 
W 11 HOH A 41 641 191 HOH HOH . 
W 11 HOH A 42 642 213 HOH HOH . 
W 11 HOH A 43 643 258 HOH HOH . 
W 11 HOH A 44 644 1555 HOH HOH . 
W 11 HOH A 45 645 203 HOH HOH . 
W 11 HOH A 46 646 273 HOH HOH . 
W 11 HOH A 47 647 526 HOH HOH . 
W 11 HOH A 48 648 263 HOH HOH . 
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