data_5S56
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER' 
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_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
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_cell.Z_PDB               8 
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_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
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#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      10 
_struct_asym.id                             U 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
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_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
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_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.795 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 W O HOH . A HOH 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc14 J CA CA . A CA 504 1_555 W O HOH . A HOH 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? 
metalc ? metalc15 J CA CA . A CA 504 1_555 W O HOH . A HOH 643 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? 
metalc ? metalc16 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 111 B GLU 113 1_555 M CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc18 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc20 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc21 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc22 L MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . B HOH 643 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc23 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc24 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc25 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc26 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? 
metalc ? metalc27 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc28 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc30 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? 
metalc ? metalc31 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc32 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc33 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc34 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc35 Q MG MG . C MG 502 1_555 Y O HOH . C HOH 696 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc36 R CA CA . C CA 503 1_555 Y O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc37 D OE1 GLN 11 D GLN 11 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? 
metalc ? metalc38 S O1A GDP . D GDP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? 
metalc ? metalc39 T MG MG . D MG 502 1_555 Z O HOH . D HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.872 ? 
metalc ? metalc40 F OE1 GLU 331 F GLU 331 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc41 F OE2 GLU 331 F GLU 331 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? 
metalc ? metalc42 F OD1 ASN 333 F ASN 333 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? 
metalc ? metalc43 U O3G ACP . F ACP 401 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc44 U O1B ACP . F ACP 401 1_555 V MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H18 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    505.208 
_chem_comp.id                ACP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ACP doub 1 n n 
PG O2G ACP sing 2 n n 
PG O3G ACP sing 3 n n 
PG C3B ACP sing 4 n n 
O2G HOG2 ACP sing 5 n n 
O3G HOG3 ACP sing 6 n n 
PB O1B ACP doub 7 n n 
PB O2B ACP sing 8 n n 
PB C3B ACP sing 9 n n 
PB O3A ACP sing 10 n n 
O2B HOB2 ACP sing 11 n n 
C3B H3B1 ACP sing 12 n n 
C3B H3B2 ACP sing 13 n n 
PA O1A ACP doub 14 n n 
PA O2A ACP sing 15 n n 
PA O3A ACP sing 16 n n 
PA O5' ACP sing 17 n n 
O2A HOA2 ACP sing 18 n n 
O5' C5' ACP sing 19 n n 
C5' C4' ACP sing 20 n n 
C5' "H5'1" ACP sing 21 n n 
C5' "H5'2" ACP sing 22 n n 
C4' O4' ACP sing 23 n n 
C4' C3' ACP sing 24 n n 
C4' H4' ACP sing 25 n n 
O4' C1' ACP sing 26 n n 
C3' O3' ACP sing 27 n n 
C3' C2' ACP sing 28 n n 
C3' H3' ACP sing 29 n n 
O3' HO3' ACP sing 30 n n 
C2' O2' ACP sing 31 n n 
C2' C1' ACP sing 32 n n 
C2' H2' ACP sing 33 n n 
O2' HO2' ACP sing 34 n n 
C1' N9 ACP sing 35 n n 
C1' H1' ACP sing 36 n n 
N9 C8 ACP sing 37 n y 
N9 C4 ACP sing 38 n y 
C8 N7 ACP doub 39 n y 
C8 H8 ACP sing 40 n n 
N7 C5 ACP sing 41 n y 
C5 C6 ACP sing 42 n y 
C5 C4 ACP doub 43 n y 
C6 N6 ACP sing 44 n n 
C6 N1 ACP doub 45 n y 
N6 HN61 ACP sing 46 n n 
N6 HN62 ACP sing 47 n n 
N1 C2 ACP sing 48 n y 
C2 N3 ACP doub 49 n y 
C2 H2 ACP sing 50 n n 
N3 C4 ACP sing 51 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     5S56 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009564 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006317 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005553 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 7 CA A 1 504 504 CA CA . 
K 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 7 CA B 1 503 503 CA CA . 
N 9 O3G B 1 504 1 O3G DRG . 
O 9 O3G B 1 505 2 O3G DRG . 
P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
Q 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
R 7 CA C 1 503 503 CA CA . 
S 8 GDP D 1 501 501 GDP GDP . 
T 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
U 10 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
V 6 MG F 1 402 402 MG MG . 
W 11 HOH A 1 601 47 HOH HOH . 
W 11 HOH A 2 602 9 HOH HOH . 
W 11 HOH A 3 603 1562 HOH HOH . 
W 11 HOH A 4 604 104 HOH HOH . 
W 11 HOH A 5 605 29 HOH HOH . 
W 11 HOH A 6 606 88 HOH HOH . 
W 11 HOH A 7 607 157 HOH HOH . 
W 11 HOH A 8 608 25 HOH HOH . 
W 11 HOH A 9 609 40 HOH HOH . 
W 11 HOH A 10 610 87 HOH HOH . 
W 11 HOH A 11 611 65 HOH HOH . 
W 11 HOH A 12 612 78 HOH HOH . 
W 11 HOH A 13 613 180 HOH HOH . 
W 11 HOH A 14 614 140 HOH HOH . 
W 11 HOH A 15 615 35 HOH HOH . 
W 11 HOH A 16 616 55 HOH HOH . 
W 11 HOH A 17 617 152 HOH HOH . 
W 11 HOH A 18 618 93 HOH HOH . 
W 11 HOH A 19 619 106 HOH HOH . 
W 11 HOH A 20 620 81 HOH HOH . 
W 11 HOH A 21 621 108 HOH HOH . 
W 11 HOH A 22 622 1334 HOH HOH . 
W 11 HOH A 23 623 109 HOH HOH . 
W 11 HOH A 24 624 135 HOH HOH . 
W 11 HOH A 25 625 60 HOH HOH . 
W 11 HOH A 26 626 94 HOH HOH . 
W 11 HOH A 27 627 161 HOH HOH . 
W 11 HOH A 28 628 123 HOH HOH . 
W 11 HOH A 29 629 101 HOH HOH . 
W 11 HOH A 30 630 172 HOH HOH . 
W 11 HOH A 31 631 83 HOH HOH . 
W 11 HOH A 32 632 97 HOH HOH . 
W 11 HOH A 33 633 125 HOH HOH . 
W 11 HOH A 34 634 191 HOH HOH . 
W 11 HOH A 35 635 220 HOH HOH . 
W 11 HOH A 36 636 156 HOH HOH . 
W 11 HOH A 37 637 174 HOH HOH . 
W 11 HOH A 38 638 257 HOH HOH . 
W 11 HOH A 39 639 198 HOH HOH . 
W 11 HOH A 40 640 56 HOH HOH . 
W 11 HOH A 41 641 43 HOH HOH . 
W 11 HOH A 42 642 263 HOH HOH . 
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HETATM 3 O O2G ACP . . . U 10 7.222 50.276 94.816 1 113.92 ? O2G ACP 401 F 1 
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HETATM 5 P PB ACP . . . U 10 11.24 50 95.561 1 123.24 ? PB ACP 401 F 1 
HETATM 6 O O1B ACP . . . U 10 11.192 51.282 94.82 1 118.55 ? O1B ACP 401 F 1 
HETATM 7 O O2B ACP . . . U 10 12.457 49.103 95 1 125.4 ? O2B ACP 401 F 1 
HETATM 8 C C3B ACP . . . U 10 9.683 49.086 95.378 1 121.92 ? C3B ACP 401 F 1 
HETATM 9 P PA ACP . . . U 10 10.494 51.299 97.931 1 117.41 ? PA ACP 401 F 1 
HETATM 10 O O1A ACP . . . U 10 9.274 51.566 97.08 1 112.66 ? O1A ACP 401 F 1 
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HETATM 13 O O5' ACP . . . U 10 10.003 50.42 99.186 1 117.16 ? O5' ACP 401 F 1 
HETATM 14 C C5' ACP . . . U 10 8.639 50.492 99.589 1 118.41 ? C5' ACP 401 F 1 
HETATM 15 C C4' ACP . . . U 10 8.395 49.598 100.795 1 116.8 ? C4' ACP 401 F 1 
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