data_5SY1 # _model_server_result.job_id TaUK0NODfng2tqXMs_UgSw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 03:35:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5sy1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":701}' # _entry.id 5SY1 # _exptl.entry_id 5SY1 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 386.654 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description CHOLESTEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5SY1 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5SY1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 21 C ASP 21 1_555 G CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 21 C ASP 21 1_555 G CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 23 C ASP 23 1_555 G CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 25 C ASP 25 1_555 G CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 25 C ASP 25 1_555 G CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc6 A O THR 27 C THR 27 1_555 G CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 32 C GLU 32 1_555 G CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 32 C GLU 32 1_555 G CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 57 C ASP 57 1_555 H CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 59 C ASP 59 1_555 H CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 59 C ASP 59 1_555 H CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASN 61 C ASN 61 1_555 H CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc13 A O THR 63 C THR 63 1_555 H CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc14 A OE1 GLU 68 C GLU 68 1_555 H CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 68 C GLU 68 1_555 H CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 94 C ASP 94 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 96 C ASP 96 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASN 98 C ASN 98 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc19 A O PHE 100 C PHE 100 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc20 A OE1 GLU 105 C GLU 105 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc21 A OE2 GLU 105 C GLU 105 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc22 A O ALA 129 C ALA 129 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.98 ? metalc ? metalc23 A OD1 ASP 134 C ASP 134 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc24 A O GLN 136 C GLN 136 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc25 D OD1 ASP 21 D ASP 21 1_555 M CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc26 D OD2 ASP 21 D ASP 21 1_555 M CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc27 D OD2 ASP 23 D ASP 23 1_555 M CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc28 D OD1 ASP 25 D ASP 25 1_555 M CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 25 D ASP 25 1_555 M CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc30 D O THR 27 D THR 27 1_555 M CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc31 D OE1 GLU 32 D GLU 32 1_555 M CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc32 D OE2 GLU 32 D GLU 32 1_555 M CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc33 D OD1 ASP 57 D ASP 57 1_555 N CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASP 59 D ASP 59 1_555 N CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc35 D OD2 ASP 59 D ASP 59 1_555 N CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASN 61 D ASN 61 1_555 N CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? metalc ? metalc37 D O THR 63 D THR 63 1_555 N CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc38 D OE1 GLU 68 D GLU 68 1_555 N CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc39 D OE2 GLU 68 D GLU 68 1_555 N CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc40 D OD1 ASP 94 D ASP 94 1_555 K CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc41 D OD2 ASP 96 D ASP 96 1_555 K CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc42 D OD1 ASN 98 D ASN 98 1_555 K CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc43 D O PHE 100 D PHE 100 1_555 K CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc44 D OE1 GLU 105 D GLU 105 1_555 K CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc45 D OE2 GLU 105 D GLU 105 1_555 K CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc46 D O ALA 129 D ALA 129 1_555 L CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? metalc ? metalc47 D OD1 ASP 134 D ASP 134 1_555 L CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc48 D O GLN 136 D GLN 136 1_555 L CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? # _chem_comp.formula 'C27 H46 O' _chem_comp.formula_weight 386.654 _chem_comp.id CLR _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name CHOLESTEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 CLR sing 70 n n C1 C10 CLR sing 71 n n C1 H11 CLR sing 72 n n C1 H12 CLR sing 73 n n C2 C3 CLR sing 74 n n C2 H21 CLR sing 75 n n C2 H22 CLR sing 76 n n C3 C4 CLR sing 77 n n C3 O1 CLR sing 78 n n C3 H3 CLR sing 79 n n C4 C5 CLR sing 80 n n C4 H41 CLR sing 81 n n C4 H42 CLR sing 82 n n C5 C6 CLR doub 83 n n C5 C10 CLR sing 84 n n C6 C7 CLR sing 85 n n C6 H6 CLR sing 86 n n C7 C8 CLR sing 87 n n C7 H71 CLR sing 88 n n C7 H72 CLR sing 89 n n C8 C9 CLR sing 90 n n C8 C14 CLR sing 91 n n C8 H8 CLR sing 92 n n C9 C10 CLR sing 93 n n C9 C11 CLR sing 94 n n C9 H9 CLR sing 95 n n C10 C19 CLR sing 96 n n C11 C12 CLR sing 97 n n C11 H111 CLR sing 98 n n C11 H112 CLR sing 99 n n C12 C13 CLR sing 100 n n C12 H121 CLR sing 101 n n C12 H122 CLR sing 102 n n C13 C14 CLR sing 103 n n C13 C17 CLR sing 104 n n C13 C18 CLR sing 105 n n C14 C15 CLR sing 106 n n C14 H14 CLR sing 107 n n C15 C16 CLR sing 108 n n C15 H151 CLR sing 109 n n C15 H152 CLR sing 110 n n C16 C17 CLR sing 111 n n C16 H161 CLR sing 112 n n C16 H162 CLR sing 113 n n C17 C20 CLR sing 114 n n C17 H17 CLR sing 115 n n C18 H181 CLR sing 116 n n C18 H182 CLR sing 117 n n C18 H183 CLR sing 118 n n C19 H191 CLR sing 119 n n C19 H192 CLR sing 120 n n C19 H193 CLR sing 121 n n C20 C21 CLR sing 122 n n C20 C22 CLR sing 123 n n C20 H20 CLR sing 124 n n C21 H211 CLR sing 125 n n C21 H212 CLR sing 126 n n C21 H213 CLR sing 127 n n C22 C23 CLR sing 128 n n C22 H221 CLR sing 129 n n C22 H222 CLR sing 130 n n C23 C24 CLR sing 131 n n C23 H231 CLR sing 132 n n C23 H232 CLR sing 133 n n C24 C25 CLR sing 134 n n C24 H241 CLR sing 135 n n C24 H242 CLR sing 136 n n C25 C26 CLR sing 137 n n C25 C27 CLR sing 138 n n C25 H25 CLR sing 139 n n C26 H261 CLR sing 140 n n C26 H262 CLR sing 141 n n C26 H263 CLR sing 142 n n C27 H271 CLR sing 143 n n C27 H272 CLR sing 144 n n C27 H273 CLR sing 145 n n O1 H1 CLR sing 146 n n # _atom_sites.entry_id 5SY1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA C 1 201 388 CA CA . F 3 CA C 1 202 389 CA CA . G 3 CA C 1 203 391 CA CA . H 3 CA C 1 204 392 CA CA . I 4 CLR A 1 701 1 CLR CLR . J 4 CLR B 1 701 2 CLR CLR . K 3 CA D 1 201 393 CA CA . L 3 CA D 1 202 394 CA CA . M 3 CA D 1 203 395 CA CA . N 3 CA D 1 204 396 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 CLR . . . I 4 123.82 126.723 137.514 1 20 ? C1 CLR 701 A 1 HETATM 2 C C2 CLR . . . I 4 123.356 126.734 136.063 1 20 ? C2 CLR 701 A 1 HETATM 3 C C3 CLR . . . I 4 122.904 125.348 135.626 1 20 ? C3 CLR 701 A 1 HETATM 4 C C4 CLR . . . I 4 121.709 124.923 136.468 1 20 ? C4 CLR 701 A 1 HETATM 5 C C5 CLR . . . I 4 122.08 125.025 137.926 1 20 ? C5 CLR 701 A 1 HETATM 6 C C6 CLR . . . I 4 121.866 123.985 138.746 1 20 ? C6 CLR 701 A 1 HETATM 7 C C7 CLR . . . I 4 121.545 124.18 140.211 1 20 ? C7 CLR 701 A 1 HETATM 8 C C8 CLR . . . I 4 122.119 125.492 140.736 1 20 ? C8 CLR 701 A 1 HETATM 9 C C9 CLR . . . I 4 123.234 126.033 139.844 1 20 ? C9 CLR 701 A 1 HETATM 10 C C10 CLR . . . I 4 122.695 126.296 138.447 1 20 ? C10 CLR 701 A 1 HETATM 11 C C11 CLR . . . I 4 123.92 127.28 140.412 1 20 ? C11 CLR 701 A 1 HETATM 12 C C12 CLR . . . I 4 124.306 127.144 141.884 1 20 ? C12 CLR 701 A 1 HETATM 13 C C13 CLR . . . I 4 123.077 126.694 142.65 1 20 ? C13 CLR 701 A 1 HETATM 14 C C14 CLR . . . I 4 122.682 125.334 142.135 1 20 ? C14 CLR 701 A 1 HETATM 15 C C15 CLR . . . I 4 121.766 124.755 143.202 1 20 ? C15 CLR 701 A 1 HETATM 16 C C16 CLR . . . I 4 122.255 125.381 144.51 1 20 ? C16 CLR 701 A 1 HETATM 17 C C17 CLR . . . I 4 123.252 126.479 144.142 1 20 ? C17 CLR 701 A 1 HETATM 18 C C18 CLR . . . I 4 121.938 127.673 142.396 1 20 ? C18 CLR 701 A 1 HETATM 19 C C19 CLR . . . I 4 121.618 127.372 138.496 1 20 ? C19 CLR 701 A 1 HETATM 20 C C20 CLR . . . I 4 123.032 127.752 144.949 1 20 ? C20 CLR 701 A 1 HETATM 21 C C21 CLR . . . I 4 121.549 127.989 145.208 1 20 ? C21 CLR 701 A 1 HETATM 22 C C22 CLR . . . I 4 123.672 128.957 144.267 1 20 ? C22 CLR 701 A 1 HETATM 23 C C23 CLR . . . I 4 125.17 128.751 144.081 1 20 ? C23 CLR 701 A 1 HETATM 24 C C24 CLR . . . I 4 125.813 129.97 143.429 1 20 ? C24 CLR 701 A 1 HETATM 25 C C25 CLR . . . I 4 125.891 129.813 141.915 1 20 ? C25 CLR 701 A 1 HETATM 26 C C26 CLR . . . I 4 126.047 131.166 141.232 1 20 ? C26 CLR 701 A 1 HETATM 27 C C27 CLR . . . I 4 127.023 128.873 141.519 1 20 ? C27 CLR 701 A 1 HETATM 28 O O1 CLR . . . I 4 122.528 125.382 134.246 1 20 ? O1 CLR 701 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 16 _model_server_stats.query_time_ms 220 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 28 #