data_5SZM # _model_server_result.job_id TgZz8beUkEo2sScQEDF7PQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-28 02:29:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5szm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":507}' # _entry.id 5SZM # _exptl.entry_id 5SZM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5SZM _cell.length_a 257.56 _cell.length_b 257.56 _cell.length_c 105.19 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5SZM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 98 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'I 41 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 2 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 2 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 2 4 1 FUC NAG C1 O1 . O6 HO6 . sing 4 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n B NAG 1 B 1 NAG A 420 NAG 2 n B NAG 2 B 2 NAG A 421 NAG 2 n B BMA 3 B 3 BMA A 422 BMA 2 n B FUC 4 B 4 FUC A 423 FUC 3 n C NAG 1 C 1 NAG A 803 NAG 3 n C NAG 2 C 2 NAG A 804 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 A SG CYS 73 A CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 18 A ASN 18 1_555 C C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale2 A OG SER 194 A SER 194 1_555 M C1 MAN . A MAN 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale3 A OG1 THR 196 A THR 196 1_555 N C1 MAN . A MAN 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 390 A ASN 390 1_555 B C1 NAG . B NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale5 B O4 NAG . B NAG 1 1_555 B C1 NAG . B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale6 B O6 NAG . B NAG 1 1_555 B C1 FUC . B FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? covale ? covale7 B O4 NAG . B NAG 2 1_555 B C1 BMA . B BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale8 C O4 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 8 A GLU 8 1_555 D CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 8 A GLU 8 1_555 D CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 8 A GLU 8 1_555 E CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 9 A GLU 9 1_555 D CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 62 A ASP 62 1_555 D CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 64 A GLU 64 1_555 D CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 64 A GLU 64 1_555 E CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 96 A ASP 96 1_555 E CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 98 A ASN 98 1_555 F CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 99 A ASP 99 1_555 D CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.974 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 99 A ASP 99 1_555 D CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc12 A O ASN 100 A ASN 100 1_555 F CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc13 A OE1 GLU 115 A GLU 115 1_555 G CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc14 A OE2 GLU 115 A GLU 115 1_555 G CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.028 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 115 A GLU 115 1_555 I CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 130 A ASP 130 1_555 F CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 130 A ASP 130 1_555 F CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 132 A ASP 132 1_555 E CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 132 A ASP 132 1_555 F CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc20 A O ASN 136 A ASN 136 1_555 F CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 172 A ASP 172 1_555 I CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc22 A OD2 ASP 172 A ASP 172 1_555 I CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc23 A OE1 GLU 174 A GLU 174 1_555 G CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc24 A OE2 GLU 174 A GLU 174 1_555 G CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc25 A OE1 GLU 174 A GLU 174 1_555 I CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc26 A OD2 ASP 187 A ASP 187 1_555 F CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? metalc ? metalc27 A OD1 ASP 205 A ASP 205 1_555 G CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc28 A O THR 206 A THR 206 1_555 G CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc29 A OD1 ASN 207 A ASN 207 1_555 H CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc30 A OD1 ASP 208 A ASP 208 1_555 G CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc31 A OD1 ASP 208 A ASP 208 1_555 I CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.05 ? metalc ? metalc32 A OD2 ASP 208 A ASP 208 1_555 I CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc33 A O ASN 209 A ASN 209 1_555 H CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc34 A OE1 GLU 224 A GLU 224 1_555 J CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc35 A OE2 GLU 224 A GLU 224 1_555 J CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc36 A OE2 GLU 224 A GLU 224 1_555 K CA CA . A CA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc37 A OD1 ASP 239 A ASP 239 1_555 H CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc38 A OD2 ASP 239 A ASP 239 1_555 H CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc39 A OD2 ASP 241 A ASP 241 1_555 G CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc40 A OD1 ASP 241 A ASP 241 1_555 H CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc41 A O ASN 245 A ASN 245 1_555 H CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc42 A OD1 ASP 279 A ASP 279 1_555 J CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc43 A OE1 GLU 281 A GLU 281 1_555 J CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc44 A OE2 GLU 281 A GLU 281 1_555 J CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc45 A OE2 GLU 281 A GLU 281 1_555 K CA CA . A CA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.96 ? metalc ? metalc46 A OD2 ASP 294 A ASP 294 1_555 H CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc47 A OD1 ASP 310 A ASP 310 1_555 K CA CA . A CA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc48 A O VAL 311 A VAL 311 1_555 K CA CA . A CA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? metalc ? metalc49 A OD1 ASN 312 A ASN 312 1_555 L CA CA . A CA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.051 ? metalc ? metalc50 A OD1 ASP 313 A ASP 313 1_555 J CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc51 A OD2 ASP 313 A ASP 313 1_555 J CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? metalc ? metalc52 A OD2 ASP 313 A ASP 313 1_555 K CA CA . A CA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc53 A O ASN 314 A ASN 314 1_555 L CA CA . A CA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc54 A OD1 ASP 344 A ASP 344 1_555 L CA CA . A CA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc55 A OD2 ASP 344 A ASP 344 1_555 L CA CA . A CA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc56 A OD1 ASP 346 A ASP 346 1_555 K CA CA . A CA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc57 A OD2 ASP 346 A ASP 346 1_555 L CA CA . A CA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc58 A O ASN 350 A ASN 350 1_555 L CA CA . A CA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc59 A OD2 ASP 397 A ASP 397 1_555 L CA CA . A CA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5SZM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003883 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.003883 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009507 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 CA A 1 505 601 CA CA . E 4 CA A 1 506 602 CA CA . F 4 CA A 1 507 603 CA CA . G 4 CA A 1 508 604 CA CA . H 4 CA A 1 509 605 CA CA . I 4 CA A 1 510 606 CA CA . J 4 CA A 1 511 607 CA CA . K 4 CA A 1 512 608 CA CA . L 4 CA A 1 513 609 CA CA . M 5 MAN A 1 514 801 MAN MAN . N 5 MAN A 1 515 802 MAN MAN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 17.773 _atom_site.Cartn_y 31.17 _atom_site.Cartn_z 31.727 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 195.84 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 507 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 272 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #