data_5T78 # _model_server_result.job_id edZ12iHUNJHN4iN-iTT2Ig _model_server_result.datetime_utc '2025-08-31 15:13:14' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5t78 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":101}' # _entry.id 5T78 # _exptl.entry_id 5T78 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 4 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5T78 _cell.length_a 97.25 _cell.length_b 100.46 _cell.length_c 235.32 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5T78 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,G,I,J 1 1 D,E,F,H,K,L 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 G N N ? 4 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 23 A CYS 23 1_555 A SG CYS 93 A CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 139 A CYS 139 1_555 A SG CYS 199 A CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 22 B CYS 22 1_555 B SG CYS 96 B CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 143 B CYS 143 1_555 B SG CYS 198 B CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf5 D SG CYS 23 C CYS 23 1_555 D SG CYS 93 C CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? disulf ? disulf6 D SG CYS 139 C CYS 139 1_555 D SG CYS 199 C CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf7 E SG CYS 22 D CYS 22 1_555 E SG CYS 96 D CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? disulf ? disulf8 E SG CYS 143 D CYS 143 1_555 E SG CYS 198 D CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? covale ? covale1 C OG1 THR 4 F THR 4 1_555 G C1 NGA . F NGA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? covale ? covale2 F OG1 THR 4 E THR 4 1_555 H C1 NGA . E NGA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NGA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-galactosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-galactose;N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NGA sing 237 n n C1 O1 NGA sing 238 n n C1 O5 NGA sing 239 n n C1 H1 NGA sing 240 n n C2 C3 NGA sing 241 n n C2 N2 NGA sing 242 n n C2 H2 NGA sing 243 n n C3 C4 NGA sing 244 n n C3 O3 NGA sing 245 n n C3 H3 NGA sing 246 n n C4 C5 NGA sing 247 n n C4 O4 NGA sing 248 n n C4 H4 NGA sing 249 n n C5 C6 NGA sing 250 n n C5 O5 NGA sing 251 n n C5 H5 NGA sing 252 n n C6 O6 NGA sing 253 n n C6 H61 NGA sing 254 n n C6 H62 NGA sing 255 n n C7 C8 NGA sing 256 n n C7 N2 NGA sing 257 n n C7 O7 NGA doub 258 n n C8 H81 NGA sing 259 n n C8 H82 NGA sing 260 n n C8 H83 NGA sing 261 n n N2 HN2 NGA sing 262 n n O1 HO1 NGA sing 263 n n O3 HO3 NGA sing 264 n n O4 HO4 NGA sing 265 n n O6 HO6 NGA sing 266 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NGA DGalpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NGA N-acetyl-b-D-galactopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NGA b-D-GalpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NGA GalNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 5T78 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010283 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009954 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00425 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 NGA F 1 101 2 NGA NGA . H 4 NGA E 1 101 1 NGA NGA . I 5 HOH A 1 301 36 HOH HOH . I 5 HOH A 2 302 44 HOH HOH . I 5 HOH A 3 303 11 HOH HOH . I 5 HOH A 4 304 2 HOH HOH . I 5 HOH A 5 305 10 HOH HOH . I 5 HOH A 6 306 5 HOH HOH . I 5 HOH A 7 307 43 HOH HOH . I 5 HOH A 8 308 23 HOH HOH . I 5 HOH A 9 309 17 HOH HOH . I 5 HOH A 10 310 7 HOH HOH . I 5 HOH A 11 311 55 HOH HOH . I 5 HOH A 12 312 22 HOH HOH . I 5 HOH A 13 313 38 HOH HOH . J 5 HOH B 1 301 16 HOH HOH . J 5 HOH B 2 302 35 HOH HOH . J 5 HOH B 3 303 6 HOH HOH . J 5 HOH B 4 304 27 HOH HOH . J 5 HOH B 5 305 19 HOH HOH . J 5 HOH B 6 306 28 HOH HOH . J 5 HOH B 7 307 13 HOH HOH . J 5 HOH B 8 308 46 HOH HOH . J 5 HOH B 9 309 40 HOH HOH . J 5 HOH B 10 310 48 HOH HOH . J 5 HOH B 11 311 39 HOH HOH . K 5 HOH C 1 301 21 HOH HOH . K 5 HOH C 2 302 1 HOH HOH . K 5 HOH C 3 303 24 HOH HOH . K 5 HOH C 4 304 34 HOH HOH . K 5 HOH C 5 305 37 HOH HOH . K 5 HOH C 6 306 25 HOH HOH . K 5 HOH C 7 307 53 HOH HOH . K 5 HOH C 8 308 4 HOH HOH . K 5 HOH C 9 309 3 HOH HOH . K 5 HOH C 10 310 41 HOH HOH . K 5 HOH C 11 311 14 HOH HOH . K 5 HOH C 12 312 9 HOH HOH . K 5 HOH C 13 313 51 HOH HOH . K 5 HOH C 14 314 47 HOH HOH . L 5 HOH D 1 301 18 HOH HOH . L 5 HOH D 2 302 30 HOH HOH . L 5 HOH D 3 303 26 HOH HOH . L 5 HOH D 4 304 29 HOH HOH . L 5 HOH D 5 305 45 HOH HOH . L 5 HOH D 6 306 20 HOH HOH . L 5 HOH D 7 307 12 HOH HOH . L 5 HOH D 8 308 31 HOH HOH . L 5 HOH D 9 309 32 HOH HOH . L 5 HOH D 10 310 50 HOH HOH . L 5 HOH D 11 311 49 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NGA . . . G 4 21.019 13.879 19.88 1 57.34 ? C1 NGA 101 F 1 HETATM 2 C C2 NGA . . . G 4 21.345 12.387 19.789 1 61.07 ? C2 NGA 101 F 1 HETATM 3 C C3 NGA . . . G 4 22.643 12.136 19.013 1 60.66 ? C3 NGA 101 F 1 HETATM 4 C C4 NGA . . . G 4 22.632 12.894 17.7 1 63.27 ? C4 NGA 101 F 1 HETATM 5 C C5 NGA . . . G 4 22.321 14.361 17.984 1 64.55 ? C5 NGA 101 F 1 HETATM 6 C C6 NGA . . . G 4 22.381 15.292 16.77 1 69.75 ? C6 NGA 101 F 1 HETATM 7 C C7 NGA . . . G 4 20.638 11.014 21.671 1 52.05 ? C7 NGA 101 F 1 HETATM 8 C C8 NGA . . . G 4 20.786 10.787 23.148 1 51.61 ? C8 NGA 101 F 1 HETATM 9 N N2 NGA . . . G 4 21.51 11.843 21.13 1 54.2 ? N2 NGA 101 F 1 HETATM 10 O O3 NGA . . . G 4 22.782 10.748 18.778 1 64.17 ? O3 NGA 101 F 1 HETATM 11 O O4 NGA . . . G 4 21.626 12.384 16.851 1 65.1 ? O4 NGA 101 F 1 HETATM 12 O O5 NGA . . . G 4 21.061 14.495 18.612 1 63.7 ? O5 NGA 101 F 1 HETATM 13 O O6 NGA . . . G 4 22.28 14.533 15.566 1 73.03 ? O6 NGA 101 F 1 HETATM 14 O O7 NGA . . . G 4 19.757 10.449 21.029 1 56.09 ? O7 NGA 101 F 1 HETATM 15 H H1 NGA . . . G 4 20.028 14.009 20.315 1 68.81 ? H1 NGA 101 F 1 HETATM 16 H H2 NGA . . . G 4 20.505 11.881 19.311 1 73.29 ? H2 NGA 101 F 1 HETATM 17 H H3 NGA . . . G 4 23.478 12.487 19.62 1 72.79 ? H3 NGA 101 F 1 HETATM 18 H H4 NGA . . . G 4 23.606 12.771 17.225 1 75.92 ? H4 NGA 101 F 1 HETATM 19 H H5 NGA . . . G 4 23.029 14.724 18.73 1 77.46 ? H5 NGA 101 F 1 HETATM 20 H H61 NGA . . . G 4 22.262 14.707 15.858 1 83.7 ? H61 NGA 101 F 1 HETATM 21 H H62 NGA . . . G 4 21.56 16.006 16.82 1 83.7 ? H62 NGA 101 F 1 HETATM 22 H H81 NGA . . . G 4 20.97 9.729 23.336 1 61.93 ? H81 NGA 101 F 1 HETATM 23 H H82 NGA . . . G 4 19.871 11.092 23.655 1 61.93 ? H82 NGA 101 F 1 HETATM 24 H H83 NGA . . . G 4 21.623 11.374 23.524 1 61.93 ? H83 NGA 101 F 1 HETATM 25 H HN2 NGA . . . G 4 22.327 12.12 21.657 1 65.04 ? HN2 NGA 101 F 1 HETATM 26 H HO3 NGA . . . G 4 22.017 10.273 19.165 1 77.01 ? HO3 NGA 101 F 1 HETATM 27 H HO4 NGA . . . G 4 21.159 11.65 17.302 1 78.12 ? HO4 NGA 101 F 1 HETATM 28 H HO6 NGA . . . G 4 22.194 13.582 15.785 1 87.64 ? HO6 NGA 101 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 64 _model_server_stats.create_model_time_ms 13 _model_server_stats.query_time_ms 597 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 28 #