data_5T78 # _model_server_result.job_id RChSSuNT6uGNZTi836xYzQ _model_server_result.datetime_utc '2025-09-01 03:50:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5t78 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":101}' # _entry.id 5T78 # _exptl.entry_id 5T78 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 4 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5T78 _cell.length_a 97.25 _cell.length_b 100.46 _cell.length_c 235.32 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5T78 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,G,I,J 1 1 D,E,F,H,K,L 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 G N N ? 4 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 23 A CYS 23 1_555 A SG CYS 93 A CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 139 A CYS 139 1_555 A SG CYS 199 A CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 22 B CYS 22 1_555 B SG CYS 96 B CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 143 B CYS 143 1_555 B SG CYS 198 B CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf5 D SG CYS 23 C CYS 23 1_555 D SG CYS 93 C CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? disulf ? disulf6 D SG CYS 139 C CYS 139 1_555 D SG CYS 199 C CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf7 E SG CYS 22 D CYS 22 1_555 E SG CYS 96 D CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? disulf ? disulf8 E SG CYS 143 D CYS 143 1_555 E SG CYS 198 D CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? covale ? covale1 C OG1 THR 4 F THR 4 1_555 G C1 NGA . F NGA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? covale ? covale2 F OG1 THR 4 E THR 4 1_555 H C1 NGA . E NGA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NGA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-galactosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-galactose;N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NGA sing 237 n n C1 O1 NGA sing 238 n n C1 O5 NGA sing 239 n n C1 H1 NGA sing 240 n n C2 C3 NGA sing 241 n n C2 N2 NGA sing 242 n n C2 H2 NGA sing 243 n n C3 C4 NGA sing 244 n n C3 O3 NGA sing 245 n n C3 H3 NGA sing 246 n n C4 C5 NGA sing 247 n n C4 O4 NGA sing 248 n n C4 H4 NGA sing 249 n n C5 C6 NGA sing 250 n n C5 O5 NGA sing 251 n n C5 H5 NGA sing 252 n n C6 O6 NGA sing 253 n n C6 H61 NGA sing 254 n n C6 H62 NGA sing 255 n n C7 C8 NGA sing 256 n n C7 N2 NGA sing 257 n n C7 O7 NGA doub 258 n n C8 H81 NGA sing 259 n n C8 H82 NGA sing 260 n n C8 H83 NGA sing 261 n n N2 HN2 NGA sing 262 n n O1 HO1 NGA sing 263 n n O3 HO3 NGA sing 264 n n O4 HO4 NGA sing 265 n n O6 HO6 NGA sing 266 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NGA DGalpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NGA N-acetyl-b-D-galactopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NGA b-D-GalpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NGA GalNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 5T78 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010283 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009954 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00425 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 NGA F 1 101 2 NGA NGA . H 4 NGA E 1 101 1 NGA NGA . I 5 HOH A 1 301 36 HOH HOH . I 5 HOH A 2 302 44 HOH HOH . I 5 HOH A 3 303 11 HOH HOH . I 5 HOH A 4 304 2 HOH HOH . I 5 HOH A 5 305 10 HOH HOH . I 5 HOH A 6 306 5 HOH HOH . I 5 HOH A 7 307 43 HOH HOH . I 5 HOH A 8 308 23 HOH HOH . I 5 HOH A 9 309 17 HOH HOH . I 5 HOH A 10 310 7 HOH HOH . I 5 HOH A 11 311 55 HOH HOH . I 5 HOH A 12 312 22 HOH HOH . I 5 HOH A 13 313 38 HOH HOH . J 5 HOH B 1 301 16 HOH HOH . J 5 HOH B 2 302 35 HOH HOH . J 5 HOH B 3 303 6 HOH HOH . J 5 HOH B 4 304 27 HOH HOH . J 5 HOH B 5 305 19 HOH HOH . J 5 HOH B 6 306 28 HOH HOH . J 5 HOH B 7 307 13 HOH HOH . J 5 HOH B 8 308 46 HOH HOH . J 5 HOH B 9 309 40 HOH HOH . J 5 HOH B 10 310 48 HOH HOH . J 5 HOH B 11 311 39 HOH HOH . K 5 HOH C 1 301 21 HOH HOH . K 5 HOH C 2 302 1 HOH HOH . K 5 HOH C 3 303 24 HOH HOH . K 5 HOH C 4 304 34 HOH HOH . K 5 HOH C 5 305 37 HOH HOH . K 5 HOH C 6 306 25 HOH HOH . K 5 HOH C 7 307 53 HOH HOH . K 5 HOH C 8 308 4 HOH HOH . K 5 HOH C 9 309 3 HOH HOH . K 5 HOH C 10 310 41 HOH HOH . K 5 HOH C 11 311 14 HOH HOH . K 5 HOH C 12 312 9 HOH HOH . K 5 HOH C 13 313 51 HOH HOH . K 5 HOH C 14 314 47 HOH HOH . L 5 HOH D 1 301 18 HOH HOH . L 5 HOH D 2 302 30 HOH HOH . L 5 HOH D 3 303 26 HOH HOH . L 5 HOH D 4 304 29 HOH HOH . L 5 HOH D 5 305 45 HOH HOH . L 5 HOH D 6 306 20 HOH HOH . L 5 HOH D 7 307 12 HOH HOH . L 5 HOH D 8 308 31 HOH HOH . L 5 HOH D 9 309 32 HOH HOH . L 5 HOH D 10 310 50 HOH HOH . L 5 HOH D 11 311 49 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NGA . . . H 4 35.357 -20.792 39.085 1 58.87 ? C1 NGA 101 E 1 HETATM 2 C C2 NGA . . . H 4 36.855 -21.12 39.121 1 59.81 ? C2 NGA 101 E 1 HETATM 3 C C3 NGA . . . H 4 37.114 -22.399 39.896 1 62.1 ? C3 NGA 101 E 1 HETATM 4 C C4 NGA . . . H 4 36.415 -22.398 41.251 1 65.28 ? C4 NGA 101 E 1 HETATM 5 C C5 NGA . . . H 4 34.968 -21.903 41.217 1 65.14 ? C5 NGA 101 E 1 HETATM 6 C C6 NGA . . . H 4 34.508 -21.512 42.626 1 68.53 ? C6 NGA 101 E 1 HETATM 7 C C7 NGA . . . H 4 38.384 -20.451 37.32 1 53.14 ? C7 NGA 101 E 1 HETATM 8 C C8 NGA . . . H 4 38.806 -20.684 35.89 1 51.02 ? C8 NGA 101 E 1 HETATM 9 N N2 NGA . . . H 4 37.426 -21.259 37.786 1 54.71 ? N2 NGA 101 E 1 HETATM 10 O O3 NGA . . . H 4 38.503 -22.416 40.108 1 66.46 ? O3 NGA 101 E 1 HETATM 11 O O4 NGA . . . H 4 37.151 -21.572 42.125 1 65.14 ? O4 NGA 101 E 1 HETATM 12 O O5 NGA . . . H 4 34.79 -20.767 40.38 1 62.79 ? O5 NGA 101 E 1 HETATM 13 O O6 NGA . . . H 4 33.812 -22.561 43.262 1 69.26 ? O6 NGA 101 E 1 HETATM 14 O O7 NGA . . . H 4 38.916 -19.563 37.999 1 55.54 ? O7 NGA 101 E 1 HETATM 15 H H1 NGA . . . H 4 35.207 -19.826 38.605 1 70.64 ? H1 NGA 101 E 1 HETATM 16 H H2 NGA . . . H 4 37.371 -20.31 39.636 1 71.77 ? H2 NGA 101 E 1 HETATM 17 H H3 NGA . . . H 4 36.832 -23.244 39.267 1 74.53 ? H3 NGA 101 E 1 HETATM 18 H H4 NGA . . . H 4 36.409 -23.418 41.635 1 78.33 ? H4 NGA 101 E 1 HETATM 19 H H5 NGA . . . H 4 34.336 -22.717 40.863 1 78.16 ? H5 NGA 101 E 1 HETATM 20 H H61 NGA . . . H 4 35.375 -21.253 43.233 1 82.24 ? H61 NGA 101 E 1 HETATM 21 H H62 NGA . . . H 4 33.865 -20.633 42.567 1 82.24 ? H62 NGA 101 E 1 HETATM 22 H H81 NGA . . . H 4 39.867 -20.932 35.86 1 61.23 ? H81 NGA 101 E 1 HETATM 23 H H82 NGA . . . H 4 38.627 -19.782 35.306 1 61.23 ? H82 NGA 101 E 1 HETATM 24 H H83 NGA . . . H 4 38.229 -21.509 35.471 1 61.23 ? H83 NGA 101 E 1 HETATM 25 H HN2 NGA . . . H 4 37.075 -22.001 37.198 1 65.65 ? HN2 NGA 101 E 1 HETATM 26 H HO3 NGA . . . H 4 38.905 -21.617 39.706 1 79.75 ? HO3 NGA 101 E 1 HETATM 27 H HO4 NGA . . . H 4 37.926 -21.204 41.651 1 78.17 ? HO4 NGA 101 E 1 HETATM 28 H HO6 NGA . . . H 4 33.767 -23.335 42.662 1 83.11 ? HO6 NGA 101 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 72 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 9 _model_server_stats.query_time_ms 375 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 28 #