data_5TBA
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_model_server_result.job_id            pmvITjC67KMFhgFZKD9yyg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 14:53:57' 
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_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5tba 
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_model_server_params.name     atom_site 
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_entry.id    5TBA 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            PYROPHOSPHATE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
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_cell.length_b            79.325 
_cell.length_c            54.947 
_cell.Z_PDB               2 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
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_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
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_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 
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#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      5 
_struct_asym.id                             E 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
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_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 K PA 42E . A 42E 407 1_555 C O3' DC 10 P DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? 
metalc ? metalc1 A O SER 32 A SER 30 1_555 I NA NA . A NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc2 A O LYS 62 A LYS 60 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? 
metalc ? metalc3 A O LEU 64 A LEU 62 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? 
metalc ? metalc4 A O VAL 67 A VAL 65 1_555 H NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc5 A O THR 103 A THR 101 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc6 A O VAL 105 A VAL 103 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc7 A O ILE 108 A ILE 106 1_555 G NA NA . A NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc8 A OG SER 173 A SER 171 1_555 I NA NA . A NA 405 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 192 A ASP 190 1_555 F NA NA . A NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc10 A OD2 ASP 194 A ASP 192 1_555 F NA NA . A NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc11 E O11 PPV . A PPV 401 1_555 F NA NA . A NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.096 ? 
metalc ? metalc12 E O21 PPV . A PPV 401 1_555 F NA NA . A NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? 
metalc ? metalc13 E O21 PPV . A PPV 401 1_555 J NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc14 F NA NA . A NA 402 1_555 K O2A 42E . A 42E 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc15 G NA NA . A NA 403 1_555 L O HOH . A HOH 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc16 G NA NA . A NA 403 1_555 C OP1 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc17 G NA NA . A NA 403 1_555 N O HOH . P HOH 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc18 H NA NA . A NA 404 1_555 B OP1 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? 
metalc ? metalc19 H NA NA . A NA 404 1_555 M O HOH . D HOH 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc20 I NA NA . A NA 405 1_555 L O HOH . A HOH 509 1_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? 
metalc ? metalc21 I NA NA . A NA 405 1_555 L O HOH . A HOH 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc22 I NA NA . A NA 405 1_555 L O HOH . A HOH 518 1_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc23 J NA NA . A NA 406 1_555 K O1A 42E . A 42E 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 DG 1 D DG 1 1_555 D N3 DC 5 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 DG 1 D DG 1 1_555 D O2 DC 5 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 DG 1 D DG 1 1_555 D N4 DC 5 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N3 DT 2 D DT 2 1_555 D N1 DA 4 T DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B O4 DT 2 D DT 2 1_555 D N6 DA 4 T DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N3 DC 3 D DC 3 1_555 D N1 DG 3 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N4 DC 3 D DC 3 1_555 D O6 DG 3 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B O2 DC 3 D DC 3 1_555 D N2 DG 3 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N1 DG 4 D DG 4 1_555 D N3 DC 2 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N2 DG 4 D DG 4 1_555 D O2 DC 2 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O6 DG 4 D DG 4 1_555 D N4 DC 2 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N1 DG 5 D DG 5 1_555 D N3 DC 1 T DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N2 DG 5 D DG 5 1_555 D O2 DC 1 T DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B O6 DG 5 D DG 5 1_555 D N4 DC 1 T DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N1 DG 1 P DG 1 1_555 D N3 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C N2 DG 1 P DG 1 1_555 D O2 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C O6 DG 1 P DG 1 1_555 D N4 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N3 DC 2 P DC 2 1_555 D N1 DG 15 T DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C N4 DC 2 P DC 2 1_555 D O6 DG 15 T DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C O2 DC 2 P DC 2 1_555 D N2 DG 15 T DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C N3 DT 3 P DT 3 1_555 D N1 DA 14 T DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C O4 DT 3 P DT 3 1_555 D N6 DA 14 T DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N1 DG 4 P DG 4 1_555 D N3 DC 13 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N2 DG 4 P DG 4 1_555 D O2 DC 13 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C O6 DG 4 P DG 4 1_555 D N4 DC 13 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N1 DA 5 P DA 5 1_555 D N3 DT 12 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N6 DA 5 P DA 5 1_555 D O4 DT 12 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C N3 DT 6 P DT 6 1_555 D N1 DA 11 T DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C O4 DT 6 P DT 6 1_555 D N6 DA 11 T DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N1 DG 7 P DG 7 1_555 D N3 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C N2 DG 7 P DG 7 1_555 D O2 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C O6 DG 7 P DG 7 1_555 D N4 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N3 DC 8 P DC 8 1_555 D N1 DG 9 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C N4 DC 8 P DC 8 1_555 D O6 DG 9 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C O2 DC 8 P DC 8 1_555 D N2 DG 9 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N1 DG 9 P DG 9 1_555 D N3 DC 8 T DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N2 DG 9 P DG 9 1_555 D O2 DC 8 T DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C O6 DG 9 P DG 9 1_555 D N4 DC 8 T DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N3 DC 10 P DC 10 1_555 D N1 DG 7 T DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N4 DC 10 P DC 10 1_555 D O6 DG 7 T DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C O2 DC 10 P DC 10 1_555 D N2 DG 7 T DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'H4 O7 P2' 
_chem_comp.formula_weight    177.975 
_chem_comp.id                PPV 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              PYROPHOSPHATE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O11 P1 PPV sing 441 n n 
O11 H11 PPV sing 442 n n 
P1 O21 PPV sing 443 n n 
P1 O31 PPV doub 444 n n 
P1 OPP PPV sing 445 n n 
O21 H21 PPV sing 446 n n 
OPP P2 PPV sing 447 n n 
P2 O12 PPV sing 448 n n 
P2 O22 PPV doub 449 n n 
P2 O32 PPV sing 450 n n 
O12 H12 PPV sing 451 n n 
O32 H32 PPV sing 452 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5TBA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.018283 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005601 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012606 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.019034 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 5 PPV A 1 401 401 PPV PPV . 
F 6 NA A 1 402 402 NA NA . 
G 6 NA A 1 403 403 NA NA . 
H 6 NA A 1 404 404 NA NA . 
I 6 NA A 1 405 405 NA NA . 
J 6 NA A 1 406 406 NA NA . 
K 7 42E A 1 407 101 42E 42E . 
L 8 HOH A 1 501 524 HOH HOH . 
L 8 HOH A 2 502 509 HOH HOH . 
L 8 HOH A 3 503 538 HOH HOH . 
L 8 HOH A 4 504 531 HOH HOH . 
L 8 HOH A 5 505 506 HOH HOH . 
L 8 HOH A 6 506 520 HOH HOH . 
L 8 HOH A 7 507 542 HOH HOH . 
L 8 HOH A 8 508 515 HOH HOH . 
L 8 HOH A 9 509 537 HOH HOH . 
L 8 HOH A 10 510 523 HOH HOH . 
L 8 HOH A 11 511 539 HOH HOH . 
L 8 HOH A 12 512 501 HOH HOH . 
L 8 HOH A 13 513 516 HOH HOH . 
L 8 HOH A 14 514 541 HOH HOH . 
L 8 HOH A 15 515 527 HOH HOH . 
L 8 HOH A 16 516 536 HOH HOH . 
L 8 HOH A 17 517 533 HOH HOH . 
L 8 HOH A 18 518 502 HOH HOH . 
L 8 HOH A 19 519 514 HOH HOH . 
L 8 HOH A 20 520 503 HOH HOH . 
L 8 HOH A 21 521 513 HOH HOH . 
L 8 HOH A 22 522 511 HOH HOH . 
L 8 HOH A 23 523 507 HOH HOH . 
L 8 HOH A 24 524 510 HOH HOH . 
L 8 HOH A 25 525 543 HOH HOH . 
L 8 HOH A 26 526 521 HOH HOH . 
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