data_5TFL # _model_server_result.job_id 3r7dhYL57RVRA8rCdIuXNg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 04:20:38' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5tfl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":902}' # _entry.id 5TFL # _exptl.entry_id 5TFL _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5TFL _cell.length_a 185.809 _cell.length_b 185.809 _cell.length_c 185.809 _cell.Z_PDB 48 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5TFL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 213 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 3 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,I 1 1 B,F,G,H 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 G N N ? 3 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 199 A CYS 840 1_555 B SG CYS 199 B CYS 840 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 18 A GLU 659 1_555 C NA NA . A NA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 18 A GLU 659 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 71 A ASP 712 1_555 C NA NA . A NA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 73 A GLU 714 1_555 C NA NA . A NA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 73 A GLU 714 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 73 A GLU 714 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 106 A ASP 747 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc8 A O ILE 107 A ILE 748 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 108 A ASN 749 1_555 E CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 109 A ASP 750 1_555 C NA NA . A NA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 109 A ASP 750 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc12 A O ASN 110 A ASN 751 1_555 E CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 140 A ASP 781 1_555 E CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 140 A ASP 781 1_555 E CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 142 A ASP 783 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc16 A OD2 ASP 142 A ASP 783 1_555 E CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc17 A O ASN 146 A ASN 787 1_555 E CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 198 A ASP 839 1_555 E CA CA . A CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 18 B GLU 659 1_555 F NA NA . B NA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.087 ? metalc ? metalc20 B OE1 GLU 18 B GLU 659 1_555 G CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 71 B ASP 712 1_555 F NA NA . B NA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc22 B OE2 GLU 73 B GLU 714 1_555 F NA NA . B NA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? metalc ? metalc23 B OE1 GLU 73 B GLU 714 1_555 G CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc24 B OE2 GLU 73 B GLU 714 1_555 G CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.061 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 106 B ASP 747 1_555 G CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc26 B O ILE 107 B ILE 748 1_555 G CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASN 108 B ASN 749 1_555 H CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 109 B ASP 750 1_555 F NA NA . B NA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 109 B ASP 750 1_555 G CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc30 B O ASN 110 B ASN 751 1_555 H CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASP 140 B ASP 781 1_555 H CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc32 B OD2 ASP 140 B ASP 781 1_555 H CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASP 142 B ASP 783 1_555 G CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc34 B OD2 ASP 142 B ASP 783 1_555 H CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc35 B O ASN 146 B ASN 787 1_555 H CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc36 B OD2 ASP 198 B ASP 839 1_555 H CA CA . B CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5TFL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005382 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005382 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005382 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 NA A 1 901 862 NA NA . D 3 CA A 1 902 863 CA CA . E 3 CA A 1 903 864 CA CA . F 2 NA B 1 901 861 NA NA . G 3 CA B 1 902 862 CA CA . H 3 CA B 1 903 863 CA CA . I 4 HOH A 1 1001 865 HOH HOH . I 4 HOH A 2 1002 801 HOH HOH . I 4 HOH A 3 1003 864 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -22.621 _atom_site.Cartn_y 1.739 _atom_site.Cartn_z -17.545 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 58.87 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 902 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 50 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 229 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #