data_5TUS
#
_model_server_result.job_id            onLvgbVKDAo9TQpzHwZPrQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 00:29:03' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5tus 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":1601}' 
#
_entry.id    5TUS 
#
_exptl.entry_id    5TUS 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5TUS 
_cell.length_a            69.516 
_cell.length_b            114.282 
_cell.length_c            220.361 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5TUS 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,H 1 1 
B,E,F,G,I 2 1 
A,B,C,D,E,F,G,H,I 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 E N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A CG2 VAL 51 A VAL 51 1_555 A CD GLU 55 A GLU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? 
covale ? covale2 A CG2 VAL 51 A VAL 51 1_555 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.358 ? 
metalc ? metalc1 C O1A TTP . A TTP 1601 1_555 D MG MG . A MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? 
metalc ? metalc2 C O2B TTP . A TTP 1601 1_555 D MG MG . A MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc3 C O3B TTP . A TTP 1601 1_555 D MG MG . A MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.873 ? 
metalc ? metalc4 C O3G TTP . A TTP 1601 1_555 D MG MG . A MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? 
metalc ? metalc5 E O2A TTP . B TTP 1601 1_555 F MG MG . B MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc6 E O1G TTP . B TTP 1601 1_555 F MG MG . B MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.832 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 373 n n 
PA O2A TTP sing 374 n n 
PA O3A TTP sing 375 n n 
PA O5' TTP sing 376 n n 
O2A HOA2 TTP sing 377 n n 
O3A PB TTP sing 378 n n 
PB O1B TTP doub 379 n n 
PB O2B TTP sing 380 n n 
PB O3B TTP sing 381 n n 
O2B HOB2 TTP sing 382 n n 
O3B PG TTP sing 383 n n 
PG O1G TTP doub 384 n n 
PG O2G TTP sing 385 n n 
PG O3G TTP sing 386 n n 
O2G HOG2 TTP sing 387 n n 
O3G HOG3 TTP sing 388 n n 
O5' C5' TTP sing 389 n n 
C5' C4' TTP sing 390 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 391 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 392 n n 
C4' O4' TTP sing 393 n n 
C4' C3' TTP sing 394 n n 
C4' H4' TTP sing 395 n n 
O4' C1' TTP sing 396 n n 
C3' O3' TTP sing 397 n n 
C3' C2' TTP sing 398 n n 
C3' H3' TTP sing 399 n n 
O3' HO3' TTP sing 400 n n 
C2' C1' TTP sing 401 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 402 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 403 n n 
C1' N1 TTP sing 404 n n 
C1' H1' TTP sing 405 n n 
N1 C2 TTP sing 406 n n 
N1 C6 TTP sing 407 n n 
C2 O2 TTP doub 408 n n 
C2 N3 TTP sing 409 n n 
N3 C4 TTP sing 410 n n 
N3 HN3 TTP sing 411 n n 
C4 O4 TTP doub 412 n n 
C4 C5 TTP sing 413 n n 
C5 C5M TTP sing 414 n n 
C5 C6 TTP doub 415 n n 
C5M HM51 TTP sing 416 n n 
C5M HM52 TTP sing 417 n n 
C5M HM53 TTP sing 418 n n 
C6 H6 TTP sing 419 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5TUS 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014385 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00875 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004538 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 TTP A 1 1601 1 TTP TTP . 
D 3 MG A 1 1602 2 MG MG . 
E 2 TTP B 1 1601 2 TTP TTP . 
F 3 MG B 1 1602 3 MG MG . 
G 4 7LL B 1 1603 1 7LL MFA . 
H 5 HOH A 1 1701 38 HOH HOH . 
H 5 HOH A 2 1702 10 HOH HOH . 
H 5 HOH A 3 1703 21 HOH HOH . 
H 5 HOH A 4 1704 9 HOH HOH . 
H 5 HOH A 5 1705 15 HOH HOH . 
H 5 HOH A 6 1706 36 HOH HOH . 
H 5 HOH A 7 1707 2 HOH HOH . 
H 5 HOH A 8 1708 11 HOH HOH . 
H 5 HOH A 9 1709 28 HOH HOH . 
H 5 HOH A 10 1710 26 HOH HOH . 
H 5 HOH A 11 1711 14 HOH HOH . 
H 5 HOH A 12 1712 6 HOH HOH . 
H 5 HOH A 13 1713 1 HOH HOH . 
H 5 HOH A 14 1714 30 HOH HOH . 
H 5 HOH A 15 1715 16 HOH HOH . 
H 5 HOH A 16 1716 22 HOH HOH . 
H 5 HOH A 17 1717 17 HOH HOH . 
H 5 HOH A 18 1718 3 HOH HOH . 
H 5 HOH A 19 1719 23 HOH HOH . 
H 5 HOH A 20 1720 20 HOH HOH . 
H 5 HOH A 21 1721 24 HOH HOH . 
H 5 HOH A 22 1722 18 HOH HOH . 
H 5 HOH A 23 1723 31 HOH HOH . 
H 5 HOH A 24 1724 32 HOH HOH . 
H 5 HOH A 25 1725 34 HOH HOH . 
H 5 HOH A 26 1726 4 HOH HOH . 
H 5 HOH A 27 1727 8 HOH HOH . 
H 5 HOH A 28 1728 27 HOH HOH . 
I 5 HOH B 1 1701 7 HOH HOH . 
I 5 HOH B 2 1702 37 HOH HOH . 
I 5 HOH B 3 1703 12 HOH HOH . 
I 5 HOH B 4 1704 29 HOH HOH . 
I 5 HOH B 5 1705 33 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . E 2 29.857 8.161 -10.046 1 51.76 ? PA TTP 1601 B 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . E 2 30.223 8.25 -11.488 1 50.67 ? O1A TTP 1601 B 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . E 2 30.432 7.089 -9.184 1 52.88 ? O2A TTP 1601 B 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . E 2 30.305 9.517 -9.344 1 74.96 ? O3A TTP 1601 B 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . E 2 31.696 9.686 -8.503 1 94.08 ? PB TTP 1601 B 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . E 2 32.22 11.053 -8.966 1 87.32 ? O1B TTP 1601 B 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . E 2 32.592 8.457 -8.622 1 75.12 ? O2B TTP 1601 B 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . E 2 31.198 9.859 -6.968 1 77.62 ? O3B TTP 1601 B 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . E 2 31.412 8.796 -5.773 1 69.92 ? PG TTP 1601 B 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . E 2 31.256 7.512 -6.553 1 58.73 ? O1G TTP 1601 B 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . E 2 32.764 9.037 -5.123 1 71.67 ? O2G TTP 1601 B 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . E 2 30.327 9.169 -4.779 1 56.32 ? O3G TTP 1601 B 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . E 2 28.268 8.216 -9.898 1 53.32 ? O5' TTP 1601 B 1 
HETATM 14 C C5' TTP . . . E 2 27.667 7.788 -8.699 1 54.48 ? C5' TTP 1601 B 1 
HETATM 15 C C4' TTP . . . E 2 26.214 7.454 -8.955 1 59.4 ? C4' TTP 1601 B 1 
HETATM 16 O O4' TTP . . . E 2 25.479 8.625 -9.263 1 61.1 ? O4' TTP 1601 B 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . E 2 25.953 6.451 -10.062 1 59.93 ? C3' TTP 1601 B 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . E 2 24.974 5.534 -9.541 1 59.94 ? O3' TTP 1601 B 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . E 2 25.375 7.244 -11.21 1 59.75 ? C2' TTP 1601 B 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . E 2 24.82 8.481 -10.519 1 59.4 ? C1' TTP 1601 B 1 
HETATM 21 N N1 TTP . . . E 2 25.071 9.691 -11.293 1 55.34 ? N1 TTP 1601 B 1 
HETATM 22 C C2 TTP . . . E 2 23.984 10.434 -11.806 1 54.43 ? C2 TTP 1601 B 1 
HETATM 23 O O2 TTP . . . E 2 22.788 10.072 -11.645 1 55.92 ? O2 TTP 1601 B 1 
HETATM 24 N N3 TTP . . . E 2 24.229 11.552 -12.508 1 60.53 ? N3 TTP 1601 B 1 
HETATM 25 C C4 TTP . . . E 2 25.479 11.983 -12.739 1 53.62 ? C4 TTP 1601 B 1 
HETATM 26 O O4 TTP . . . E 2 25.681 13.004 -13.399 1 45.01 ? O4 TTP 1601 B 1 
HETATM 27 C C5 TTP . . . E 2 26.611 11.232 -12.191 1 52 ? C5 TTP 1601 B 1 
HETATM 28 C C5M TTP . . . E 2 28.008 11.689 -12.422 1 55.62 ? C5M TTP 1601 B 1 
HETATM 29 C C6 TTP . . . E 2 26.343 10.094 -11.474 1 51.88 ? C6 TTP 1601 B 1 
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_model_server_stats.io_time_ms              17 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    13 
_model_server_stats.query_time_ms           312 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           29 
#