data_5UBQ # _model_server_result.job_id bRs0jaojucyc1Ar649kgxg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 03:51:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ubq # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":502}' # _entry.id 5UBQ # _exptl.entry_id 5UBQ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? 138-meric 138 'complete point assembly' 1 ? hexameric 6 'point asymmetric unit' 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 1 (1-23) A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 2 1 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'point symmetry operation' ? 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? -0.80472 -0.593654 0.000669 0.593547 -0.804596 -0.018078 0.01127 -0.01415 0.999836 685.10414 476.43352 78.67464 10 'point symmetry operation' ? ? -0.213532 -0.976908 -0.007406 0.976834 -0.213394 -0.016076 0.014124 -0.010667 0.999843 642.26121 181.46866 -37.47493 11 'point symmetry operation' ? ? 0.293975 -0.955777 -0.008301 0.95573 0.294052 -0.010602 0.012574 -0.004817 0.999909 502.05395 15.34221 -29.61384 12 'point symmetry operation' ? ? 0.603594 -0.797261 -0.007091 0.797234 0.603633 -0.006707 0.009628 -0.001604 0.999952 370.74388 -62.91315 -20.66762 13 'point symmetry operation' ? ? 0.80476 -0.593579 -0.005107 0.593565 0.804776 -0.004019 0.006495 0.000203 0.999979 247.39942 -98.84464 -11.32986 14 'point symmetry operation' ? ? -0.936221 -0.351413 -0.000252 0.351338 -0.936008 -0.021233 0.007226 -0.019968 0.999775 765.79668 606.34338 -17.40836 15 'point symmetry operation' ? ? -0.741668 -0.670758 -0.003394 0.670685 -0.741489 -0.019372 0.010477 -0.016644 0.999807 835.60787 459.50576 -9.96858 16 'point symmetry operation' ? 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covale1 A N GLY 45 C GLY 45 1_555 F CG ASP 74 B ASP 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.203 ? covale ? covale2 A N GLY 45 C GLY 45 1_555 F OD2 ASP 74 B ASP 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? covale ? covale3 A CA GLY 45 C GLY 45 1_555 F CB ASP 74 B ASP 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? covale ? covale4 A CA GLY 45 C GLY 45 1_555 F OD1 ASP 74 B ASP 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? covale ? covale5 A CA GLY 45 C GLY 45 1_555 F OD2 ASP 74 B ASP 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.299 ? covale ? covale6 A C GLY 45 C GLY 45 1_555 F OD2 ASP 74 B ASP 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 69 C ASP 69 1_555 H MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 71 C GLU 71 1_555 H MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? covale ? covale7 A OE2 GLU 71 C GLU 71 1_555 G PB GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.635 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 71 C GLU 71 1_555 H MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? covale ? covale8 A CA GLY 143 C GLY 143 1_555 G PA GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.819 ? covale ? covale9 A C GLY 143 C GLY 143 1_555 G O3B GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? covale ? covale10 A C GLY 143 C GLY 143 1_555 G PB GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? covale ? covale11 A N GLY 144 C GLY 144 1_555 G O3B GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale12 A CG TYR 224 C TYR 224 1_555 G N1 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? covale ? covale13 A CD1 TYR 224 C TYR 224 1_555 G N1 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.24 ? covale ? covale14 A CD1 TYR 224 C TYR 224 1_555 G C2 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale ? covale15 A CD2 TYR 224 C TYR 224 1_555 G C6 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.263 ? covale ? covale16 A CE1 TYR 224 C TYR 224 1_555 G N3 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? covale ? covale17 A CE1 TYR 224 C TYR 224 1_555 G N1 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? covale ? covale18 A CE1 TYR 224 C TYR 224 1_555 G N2 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale19 A CE2 TYR 224 C TYR 224 1_555 G C5 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.092 ? covale ? covale20 A CE2 TYR 224 C TYR 224 1_555 G C4 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.627 ? covale ? covale21 A CE2 TYR 224 C TYR 224 1_555 G C6 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale22 A CZ TYR 224 C TYR 224 1_555 G C4 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.233 ? covale ? covale23 A CZ TYR 224 C TYR 224 1_555 G C2 GTP . C GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.364 ? covale ? covale24 A C GLN 256 C GLN 256 1_555 F CZ2 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.278 ? covale ? covale25 A O GLN 256 C GLN 256 1_555 F CZ2 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? covale ? covale26 A N THR 257 C THR 257 1_555 F CZ2 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? covale ? covale27 A N THR 257 C THR 257 1_555 F CE2 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.281 ? covale ? covale28 A CA THR 257 C THR 257 1_555 F CD1 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale29 A CA THR 257 C THR 257 1_555 F CD2 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale30 A C THR 257 C THR 257 1_555 F CD2 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? covale ? covale31 A C THR 257 C THR 257 1_555 F CE2 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.226 ? covale ? covale32 A CB THR 257 C THR 257 1_555 F CD1 TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.42 ? covale ? covale33 A OG1 THR 257 C THR 257 1_555 F CG TRP 397 B TRP 397 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale34 A CG PRO 261 C PRO 261 1_555 F CE2 PHE 394 B PHE 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.501 ? covale ? covale35 A NZ LYS 336 C LYS 336 1_555 F O LYS 174 B LYS 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale36 A O TRP 346 C TRP 346 1_555 F CG MET 388 B MET 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.295 ? covale ? covale37 A CB TRP 346 C TRP 346 1_555 F CG ARG 391 B ARG 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? covale ? covale38 A CD1 TRP 346 C TRP 346 1_555 F CZ ARG 391 B ARG 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale39 A CD1 TRP 346 C TRP 346 1_555 F NH1 ARG 391 B ARG 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.594 ? covale ? covale40 A CZ3 TRP 346 C TRP 346 1_555 F CB ALA 393 B ALA 393 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.289 ? covale ? covale41 B N GLN 11 D GLN 11 1_555 I O1A GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale42 B CB GLN 11 D GLN 11 1_555 I O2A GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? covale ? covale43 B CG GLN 11 D GLN 11 1_555 I O2A GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.144 ? covale ? covale44 B NE2 GLN 11 D GLN 11 1_555 I O5' GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale45 B CB ASP 74 D ASP 74 1_555 C CA GLY 45 E GLY 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.369 ? covale ? covale46 B CG ASP 74 D ASP 74 1_555 C N GLY 45 E GLY 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.214 ? covale ? covale47 B OD1 ASP 74 D ASP 74 1_555 C CA GLY 45 E GLY 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? covale ? covale48 B OD2 ASP 74 D ASP 74 1_555 C N GLY 45 E GLY 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? covale ? covale49 B OD2 ASP 74 D ASP 74 1_555 C CA GLY 45 E GLY 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? covale ? covale50 B OD2 ASP 74 D ASP 74 1_555 C C GLY 45 E GLY 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? covale ? covale51 B CB THR 143 D THR 143 1_555 I PB GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.781 ? covale ? covale52 B CB THR 143 D THR 143 1_555 I O2B GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.288 ? covale ? covale53 B O LYS 174 D LYS 174 1_555 C NZ LYS 336 E LYS 336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? covale ? covale54 B CD1 TYR 222 D TYR 222 1_555 I C6 GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.616 ? covale ? covale55 B CE1 TYR 222 D TYR 222 1_555 I C5 GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.532 ? covale ? covale56 B CE2 TYR 222 D TYR 222 1_555 I N7 GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale57 B CZ TYR 222 D TYR 222 1_555 I N7 GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale58 B CZ TYR 222 D TYR 222 1_555 I C5 GDP . D GDP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.377 ? covale ? covale59 B OH TYR 222 D TYR 222 1_555 I N9 GDP . 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