data_5UL9
#
_model_server_result.job_id            -NdUTdZ4xGBARrU1_W3WfA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-17 05:51:16' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5ul9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":503}' 
#
_entry.id    5UL9 
#
_exptl.entry_id    5UL9 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              192.124 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CITRIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          99.52 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5UL9 
_cell.length_a            106.125 
_cell.length_b            102.112 
_cell.length_c            167.991 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5UL9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J 1 1 
C,D,K,L,M,N,O,P 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 G N N 
? 3 J N N 
? 3 M N N 
? 3 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O SER 129 A SER 146 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? 
metalc ? metalc2 A OG SER 129 A SER 146 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc3 A O SER 133 A SER 150 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASN 134 A ASN 151 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 182 A GLY 199 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? 
metalc ? metalc6 A O THR 356 A THR 373 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc7 A OG1 THR 356 A THR 373 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? 
metalc ? metalc8 A O ALA 359 A ALA 376 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASN 361 A ASN 378 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? 
metalc ? metalc10 A O ALA 403 A ALA 420 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc11 B O SER 129 B SER 146 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc12 B OG SER 129 B SER 146 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? 
metalc ? metalc13 B O SER 133 B SER 150 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASN 134 B ASN 151 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? 
metalc ? metalc15 B O GLY 182 B GLY 199 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? 
metalc ? metalc16 B O THR 356 B THR 373 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc17 B OG1 THR 356 B THR 373 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? 
metalc ? metalc18 B O ALA 359 B ALA 376 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc19 B OD1 ASN 361 B ASN 378 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? 
metalc ? metalc20 B O ALA 403 B ALA 420 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc21 C O SER 129 C SER 146 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc22 C OG SER 129 C SER 146 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? 
metalc ? metalc23 C O SER 133 C SER 150 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? 
metalc ? metalc24 C OD1 ASN 134 C ASN 151 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? 
metalc ? metalc25 C O GLY 182 C GLY 199 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? 
metalc ? metalc26 C O THR 356 C THR 373 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc27 C OG1 THR 356 C THR 373 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc28 C O ALA 359 C ALA 376 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc29 C OD1 ASN 361 C ASN 378 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc30 C O ALA 403 C ALA 420 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc31 D O SER 129 D SER 146 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc32 D OG SER 129 D SER 146 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? 
metalc ? metalc33 D O SER 133 D SER 150 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? 
metalc ? metalc34 D OD1 ASN 134 D ASN 151 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc35 D O GLY 182 D GLY 199 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc36 D O THR 356 D THR 373 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc37 D OG1 THR 356 D THR 373 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc38 D O ALA 359 D ALA 376 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? 
metalc ? metalc39 D OD1 ASN 361 D ASN 378 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? 
metalc ? metalc40 D O ALA 403 D ALA 420 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H8 O7' 
_chem_comp.formula_weight    192.124 
_chem_comp.id                CIT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CITRIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 CIT doub 70 n n 
C1 O2 CIT sing 71 n n 
C1 C2 CIT sing 72 n n 
O2 HO2 CIT sing 73 n n 
C2 C3 CIT sing 74 n n 
C2 H21 CIT sing 75 n n 
C2 H22 CIT sing 76 n n 
C3 O7 CIT sing 77 n n 
C3 C4 CIT sing 78 n n 
C3 C6 CIT sing 79 n n 
O7 HO7 CIT sing 80 n n 
C4 C5 CIT sing 81 n n 
C4 H41 CIT sing 82 n n 
C4 H42 CIT sing 83 n n 
C5 O3 CIT doub 84 n n 
C5 O4 CIT sing 85 n n 
O4 HO4 CIT sing 86 n n 
C6 O5 CIT doub 87 n n 
C6 O6 CIT sing 88 n n 
O6 HO6 CIT sing 89 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5UL9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009423 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001581 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009793 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006036 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 NA A 1 501 502 NA NA . 
F 2 NA A 1 502 503 NA NA . 
G 3 CIT A 1 503 501 CIT CIT . 
H 2 NA B 1 501 502 NA NA . 
I 2 NA B 1 502 503 NA NA . 
J 3 CIT B 1 503 501 CIT CIT . 
K 2 NA C 1 501 502 NA NA . 
L 2 NA C 1 502 503 NA NA . 
M 3 CIT C 1 503 501 CIT CIT . 
N 2 NA D 1 501 502 NA NA . 
O 2 NA D 1 502 503 NA NA . 
P 3 CIT D 1 503 501 CIT CIT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 CIT . . . J 3 11.41 5.992 62.231 1 138.83 ? C1 CIT 503 B 1 
HETATM 2 O O1 CIT . . . J 3 10.535 5.606 61.423 1 129.9 ? O1 CIT 503 B 1 
HETATM 3 O O2 CIT . . . J 3 11.795 7.181 62.287 1 137.54 ? O2 CIT 503 B 1 
HETATM 4 C C2 CIT . . . J 3 12.012 4.99 63.195 1 139.66 ? C2 CIT 503 B 1 
HETATM 5 C C3 CIT . . . J 3 13.269 4.278 62.685 1 132.02 ? C3 CIT 503 B 1 
HETATM 6 O O7 CIT . . . J 3 13.912 5.059 61.67 1 146.24 ? O7 CIT 503 B 1 
HETATM 7 C C4 CIT . . . J 3 14.239 4.067 63.847 1 111.82 ? C4 CIT 503 B 1 
HETATM 8 C C5 CIT . . . J 3 14.861 5.377 64.278 1 102.58 ? C5 CIT 503 B 1 
HETATM 9 O O3 CIT . . . J 3 15.606 5.983 63.477 1 92.43 ? O3 CIT 503 B 1 
HETATM 10 O O4 CIT . . . J 3 14.609 5.806 65.425 1 106.5 ? O4 CIT 503 B 1 
HETATM 11 C C6 CIT . . . J 3 12.93 2.926 62.088 1 133.87 ? C6 CIT 503 B 1 
HETATM 12 O O5 CIT . . . J 3 11.757 2.686 61.723 1 141.06 ? O5 CIT 503 B 1 
HETATM 13 O O6 CIT . . . J 3 13.84 2.074 61.966 1 126.11 ? O6 CIT 503 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    168 
_model_server_stats.query_time_ms           393 
_model_server_stats.encode_time_ms          42 
_model_server_stats.element_count           13 
#