data_5ULE # _model_server_result.job_id L0iqSAHs0B1cQXcZYRYWuw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 12:32:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ule # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":503}' # _entry.id 5ULE # _exptl.entry_id 5ULE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 118.088 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SUCCINIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 98.31 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5ULE _cell.length_a 107.143 _cell.length_b 102.283 _cell.length_c 170.86 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5ULE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J 1 1 C,D,K,L,M,N,O,P 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 J N N ? 3 M N N ? 3 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O SER 129 A SER 146 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc2 A OG SER 129 A SER 146 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc3 A O SER 133 A SER 150 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASN 134 A ASN 151 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc5 A O GLY 182 A GLY 199 1_555 E NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc6 A O THR 356 A THR 373 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc7 A OG1 THR 356 A THR 373 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc8 A O THR 359 A THR 376 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 361 A ASN 378 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc10 A O ALA 403 A ALA 420 1_555 F NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc11 B O SER 129 B SER 146 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc12 B OG SER 129 B SER 146 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc13 B O SER 133 B SER 150 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASN 134 B ASN 151 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc15 B O GLY 182 B GLY 199 1_555 H NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? metalc ? metalc16 B O THR 356 B THR 373 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc17 B OG1 THR 356 B THR 373 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc18 B O THR 359 B THR 376 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASN 361 B ASN 378 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc20 B O ALA 403 B ALA 420 1_555 I NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc21 C O SER 129 C SER 146 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc22 C OG SER 129 C SER 146 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc23 C O SER 133 C SER 150 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASN 134 C ASN 151 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc25 C O GLY 182 C GLY 199 1_555 K NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc26 C O THR 356 C THR 373 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc27 C OG1 THR 356 C THR 373 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? metalc ? metalc28 C O THR 359 C THR 376 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASN 361 C ASN 378 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? metalc ? metalc30 C O ALA 403 C ALA 420 1_555 L NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc31 D O SER 129 D SER 146 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc32 D OG SER 129 D SER 146 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc33 D O SER 133 D SER 150 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASN 134 D ASN 151 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? metalc ? metalc35 D O GLY 182 D GLY 199 1_555 N NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc36 D O THR 356 D THR 373 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc37 D OG1 THR 356 D THR 373 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc38 D O THR 359 D THR 376 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASN 361 D ASN 378 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc40 D O ALA 403 D ALA 420 1_555 O NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? # _chem_comp.formula 'C4 H6 O4' _chem_comp.formula_weight 118.088 _chem_comp.id SIN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SUCCINIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 SIN doub 288 n n C1 O2 SIN sing 289 n n C1 C2 SIN sing 290 n n O2 HO2 SIN sing 291 n n C2 C3 SIN sing 292 n n C2 H21 SIN sing 293 n n C2 H22 SIN sing 294 n n C3 C4 SIN sing 295 n n C3 H31 SIN sing 296 n n C3 H32 SIN sing 297 n n C4 O3 SIN doub 298 n n C4 O4 SIN sing 299 n n O4 HO4 SIN sing 300 n n # _atom_sites.entry_id 5ULE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009333 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001364 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009777 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005915 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 NA A 1 501 502 NA NA . F 2 NA A 1 502 503 NA NA . G 3 SIN A 1 503 501 SIN SIN . H 2 NA B 1 501 502 NA NA . I 2 NA B 1 502 503 NA NA . J 3 SIN B 1 503 501 SIN SIN . K 2 NA C 1 501 502 NA NA . L 2 NA C 1 502 503 NA NA . M 3 SIN C 1 503 501 SIN SIN . N 2 NA D 1 501 502 NA NA . O 2 NA D 1 502 503 NA NA . P 3 SIN D 1 503 501 SIN SIN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 SIN . . . P 3 34.014 57.618 24.249 1 96.94 ? C1 SIN 503 D 1 HETATM 2 O O1 SIN . . . P 3 34.665 57.469 23.192 1 104.22 ? O1 SIN 503 D 1 HETATM 3 O O2 SIN . . . P 3 33.688 58.737 24.701 1 96.41 ? O2 SIN 503 D 1 HETATM 4 C C2 SIN . . . P 3 33.6 56.381 25.003 1 97.38 ? C2 SIN 503 D 1 HETATM 5 C C3 SIN . . . P 3 34.323 56.313 26.342 1 95.79 ? C3 SIN 503 D 1 HETATM 6 C C4 SIN . . . P 3 33.636 55.304 27.238 1 99.99 ? C4 SIN 503 D 1 HETATM 7 O O3 SIN . . . P 3 32.395 55.387 27.41 1 97.55 ? O3 SIN 503 D 1 HETATM 8 O O4 SIN . . . P 3 34.34 54.426 27.789 1 99.11 ? O4 SIN 503 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 22 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 318 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 8 #