data_5USR # _model_server_result.job_id XvXc4L5_5zzYftLXMRqDwQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-16 00:24:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5usr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":101}' # _entry.id 5USR # _exptl.entry_id 5USR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 540.651 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5USR _cell.length_a 125.484 _cell.length_b 147.78 _cell.length_c 168.454 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5USR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? hexameric 6 author_defined_assembly 1 ? hexameric 6 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,G,H,J,K,N,O 1 1 C,D,E,F,I,L,M,P 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 M N N ? 4 N N N ? 4 O N N ? 4 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C HIS 226 A HIS 257 1_555 A N LLP 227 A LLP 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale2 A C LLP 227 A LLP 258 1_555 A N ILE 228 A ILE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale3 C C HIS 226 C HIS 257 1_555 C N LLP 227 C LLP 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale4 C C LLP 227 C LLP 258 1_555 C N ILE 228 C ILE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale5 E C HIS 226 E HIS 257 1_555 E N LLP 227 E LLP 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale6 E C LLP 227 E LLP 258 1_555 E N ILE 228 E ILE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale7 G C HIS 226 G HIS 257 1_555 G N LLP 227 G LLP 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 G C LLP 227 G LLP 258 1_555 G N ILE 228 G ILE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale9 I OG SER 37 I SER 37 1_555 M P24 8Q1 . I 8Q1 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.565 ? covale ? covale10 J OG SER 37 J SER 37 1_555 N P24 8Q1 . J 8Q1 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.594 ? covale ? covale11 K OG SER 37 K SER 37 1_555 O P24 8Q1 . K 8Q1 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.587 ? covale ? covale12 L OG SER 37 L SER 37 1_555 P P24 8Q1 . L 8Q1 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.624 ? # _chem_comp.formula 'C23 H45 N2 O8 P S' _chem_comp.formula_weight 540.651 _chem_comp.id 8Q1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms "S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine" # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O3 P24 8Q1 doub 1 n n O2 P24 8Q1 sing 2 n n P24 O27 8Q1 sing 3 n n O27 C28 8Q1 sing 4 n n C28 C29 8Q1 sing 5 n n O33 C32 8Q1 sing 6 n n C30 C29 8Q1 sing 7 n n C29 C32 8Q1 sing 8 n n C29 C31 8Q1 sing 9 n n C32 C34 8Q1 sing 10 n n O35 C34 8Q1 doub 11 n n C34 N36 8Q1 sing 12 n n N36 C37 8Q1 sing 13 n n C16 C15 8Q1 sing 14 n n C14 C15 8Q1 sing 15 n n C14 C13 8Q1 sing 16 n n C42 N41 8Q1 sing 17 n n C42 C43 8Q1 sing 18 n n C37 C38 8Q1 sing 19 n n S44 C43 8Q1 sing 20 n n S44 C1 8Q1 sing 21 n n O40 C39 8Q1 doub 22 n n C12 C13 8Q1 sing 23 n n C12 C11 8Q1 sing 24 n n N41 C39 8Q1 sing 25 n n C39 C38 8Q1 sing 26 n n C10 C11 8Q1 sing 27 n n C10 C9 8Q1 sing 28 n n C8 C7 8Q1 sing 29 n n C8 C9 8Q1 sing 30 n n C1 C6 8Q1 sing 31 n n C1 O4 8Q1 doub 32 n n C7 C6 8Q1 sing 33 n n P24 O1 8Q1 sing 34 n n C16 H1 8Q1 sing 35 n n C16 H2 8Q1 sing 36 n n C16 H3 8Q1 sing 37 n n C15 H4 8Q1 sing 38 n n C15 H5 8Q1 sing 39 n n C14 H6 8Q1 sing 40 n n C14 H7 8Q1 sing 41 n n C13 H8 8Q1 sing 42 n n C13 H9 8Q1 sing 43 n n O2 H10 8Q1 sing 44 n n C12 H11 8Q1 sing 45 n n C12 H12 8Q1 sing 46 n n C11 H13 8Q1 sing 47 n n C11 H14 8Q1 sing 48 n n C10 H15 8Q1 sing 49 n n C10 H16 8Q1 sing 50 n n C9 H17 8Q1 sing 51 n n C9 H18 8Q1 sing 52 n n C8 H19 8Q1 sing 53 n n C8 H20 8Q1 sing 54 n n C7 H21 8Q1 sing 55 n n C7 H22 8Q1 sing 56 n n C6 H23 8Q1 sing 57 n n C6 H24 8Q1 sing 58 n n C28 H25 8Q1 sing 59 n n C28 H26 8Q1 sing 60 n n C30 H27 8Q1 sing 61 n n C30 H28 8Q1 sing 62 n n C30 H29 8Q1 sing 63 n n C31 H30 8Q1 sing 64 n n C31 H31 8Q1 sing 65 n n C31 H32 8Q1 sing 66 n n C32 H33 8Q1 sing 67 n n C37 H34 8Q1 sing 68 n n C37 H35 8Q1 sing 69 n n C38 H36 8Q1 sing 70 n n C38 H37 8Q1 sing 71 n n C42 H38 8Q1 sing 72 n n C42 H39 8Q1 sing 73 n n C43 H40 8Q1 sing 74 n n C43 H41 8Q1 sing 75 n n N36 H42 8Q1 sing 76 n n N41 H43 8Q1 sing 77 n n O33 H44 8Q1 sing 78 n n O1 H45 8Q1 sing 79 n n # _atom_sites.entry_id 5USR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007969 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006767 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005936 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 4 8Q1 I 1 101 2 8Q1 ZMP . N 4 8Q1 J 1 101 3 8Q1 ZMP . O 4 8Q1 K 1 101 1 8Q1 ZMP . P 4 8Q1 L 1 101 4 8Q1 ZMP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O4 8Q1 . . . N 4 -90.353 12.405 -31.653 1 154.52 ? O4 8Q1 101 J 1 HETATM 2 C C16 8Q1 . . . N 4 -76.714 12.187 -34.697 1 65.26 ? C16 8Q1 101 J 1 HETATM 3 O O3 8Q1 . . . N 4 -95.837 23.2 -25.062 1 156.8 ? O3 8Q1 101 J 1 HETATM 4 C C15 8Q1 . . . N 4 -77.963 12.984 -34.376 1 83.95 ? C15 8Q1 101 J 1 HETATM 5 C C14 8Q1 . . . N 4 -79.17 12.081 -34.134 1 54 ? C14 8Q1 101 J 1 HETATM 6 C C13 8Q1 . . . N 4 -80.467 12.886 -34.069 1 74.78 ? C13 8Q1 101 J 1 HETATM 7 O O2 8Q1 . . . N 4 -96.089 22.339 -27.371 1 142.53 ? O2 8Q1 101 J 1 HETATM 8 C C12 8Q1 . . . N 4 -81.664 11.981 -33.792 1 76.42 ? C12 8Q1 101 J 1 HETATM 9 C C11 8Q1 . . . N 4 -82.922 12.758 -33.405 1 63.43 ? C11 8Q1 101 J 1 HETATM 10 C C10 8Q1 . . . N 4 -83.936 11.808 -32.773 1 87.45 ? C10 8Q1 101 J 1 HETATM 11 C C9 8Q1 . . . N 4 -85.259 12.476 -32.406 1 85.77 ? C9 8Q1 101 J 1 HETATM 12 C C8 8Q1 . . . N 4 -86.199 11.446 -31.786 1 92.83 ? C8 8Q1 101 J 1 HETATM 13 C C7 8Q1 . . . N 4 -87.669 11.821 -31.937 1 98.04 ? C7 8Q1 101 J 1 HETATM 14 C C6 8Q1 . . . N 4 -88.176 12.624 -30.743 1 124.24 ? C6 8Q1 101 J 1 HETATM 15 C C1 8Q1 . . . N 4 -89.677 12.477 -30.64 1 142.89 ? C1 8Q1 101 J 1 HETATM 16 C C28 8Q1 . . . N 4 -94.566 19.746 -26.219 1 112.06 ? C28 8Q1 101 J 1 HETATM 17 C C29 8Q1 . . . N 4 -95.544 18.872 -26.986 1 118.19 ? C29 8Q1 101 J 1 HETATM 18 C C30 8Q1 . . . N 4 -96.956 19.076 -26.452 1 143.34 ? C30 8Q1 101 J 1 HETATM 19 C C31 8Q1 . . . N 4 -95.486 19.235 -28.462 1 133.31 ? C31 8Q1 101 J 1 HETATM 20 C C32 8Q1 . . . N 4 -95.104 17.421 -26.811 1 118.05 ? C32 8Q1 101 J 1 HETATM 21 C C34 8Q1 . . . N 4 -96.27 16.474 -26.879 1 118.01 ? C34 8Q1 101 J 1 HETATM 22 C C37 8Q1 . . . N 4 -97.407 14.935 -28.355 1 140.32 ? C37 8Q1 101 J 1 HETATM 23 C C38 8Q1 . . . N 4 -96.529 14.017 -29.198 1 158.81 ? C38 8Q1 101 J 1 HETATM 24 C C39 8Q1 . . . N 4 -95.308 13.589 -28.414 1 159.43 ? C39 8Q1 101 J 1 HETATM 25 C C42 8Q1 . . . N 4 -93.009 12.792 -28.508 1 139.54 ? C42 8Q1 101 J 1 HETATM 26 C C43 8Q1 . . . N 4 -91.816 13.491 -29.151 1 123.02 ? C43 8Q1 101 J 1 HETATM 27 N N36 8Q1 . . . N 4 -96.746 16.197 -28.089 1 131.65 ? N36 8Q1 101 J 1 HETATM 28 N N41 8Q1 . . . N 4 -94.264 13.175 -29.128 1 151.02 ? N41 8Q1 101 J 1 HETATM 29 O O27 8Q1 . . . N 4 -95.279 20.773 -25.537 1 141.51 ? O27 8Q1 101 J 1 HETATM 30 O O33 8Q1 . . . N 4 -94.433 17.277 -25.553 1 119.59 ? O33 8Q1 101 J 1 HETATM 31 O O35 8Q1 . . . N 4 -96.735 15.983 -25.863 1 105.06 ? O35 8Q1 101 J 1 HETATM 32 O O40 8Q1 . . . N 4 -95.304 13.619 -27.194 1 156.73 ? O40 8Q1 101 J 1 HETATM 33 P P24 8Q1 . . . N 4 -95.262 22.275 -26.109 1 135.9 ? P24 8Q1 101 J 1 HETATM 34 S S44 8Q1 . . . N 4 -90.422 12.41 -29.149 1 120.18 ? S44 8Q1 101 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 35 _model_server_stats.parse_time_ms 26 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 273 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 34 #