data_5UX9 # _model_server_result.job_id S-dNAGHk6Cs836d2vCz2vw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-13 14:22:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ux9 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":301}' # _entry.id 5UX9 # _exptl.entry_id 5UX9 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 195.237 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5UX9 _cell.length_a 147.426 _cell.length_b 147.426 _cell.length_c 101.211 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5UX9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 173 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 63' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,BA,CA,DA 1 1 D,V,W,X,Y,Z,AA,EA 2 1,2,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_655 -y+1,x-y,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 147.426 0 0 3 'crystal symmetry operation' 3_665 -x+y+1,-x+1,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 73.713 127.674661 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 J N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 V N N ? 2 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C PHE 85 A PHE 82 1_555 A N MSE 86 A MSE 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale2 A C MSE 86 A MSE 83 1_555 A N MSE 87 A MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale3 A C MSE 87 A MSE 84 1_555 A N ALA 88 A ALA 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale4 A C ALA 134 A ALA 131 1_555 A N MSE 135 A MSE 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale5 A C MSE 135 A MSE 132 1_555 A N ILE 136 A ILE 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale6 A C ILE 136 A ILE 133 1_555 A N MSE 137 A MSE 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 A C MSE 137 A MSE 134 1_555 A N PRO 138 A PRO 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale8 A C THR 199 A THR 196 1_555 A N MSE 200 A MSE 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale9 A C MSE 200 A MSE 197 1_555 A N GLU 201 A GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 210 A GLU 207 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? covale ? covale10 B C PHE 85 B PHE 82 1_555 B N MSE 86 B MSE 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale11 B C MSE 86 B MSE 83 1_555 B N MSE 87 B MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale12 B C MSE 87 B MSE 84 1_555 B N ALA 88 B ALA 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale13 B C ALA 134 B ALA 131 1_555 B N MSE 135 B MSE 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale14 B C MSE 135 B MSE 132 1_555 B N ILE 136 B ILE 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale15 B C ILE 136 B ILE 133 1_555 B N MSE 137 B MSE 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale16 B C MSE 137 B MSE 134 1_555 B N PRO 138 B PRO 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale17 B C THR 199 B THR 196 1_555 B N MSE 200 B MSE 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale18 B C MSE 200 B MSE 197 1_555 B N GLU 201 B GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? metalc ? metalc2 B OE1 GLU 210 B GLU 207 1_555 K MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc3 B OE2 GLU 210 B GLU 207 1_555 K MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? covale ? covale19 C C PHE 85 C PHE 82 1_555 C N MSE 86 C MSE 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale20 C C MSE 86 C MSE 83 1_555 C N MSE 87 C MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale21 C C MSE 87 C MSE 84 1_555 C N ALA 88 C ALA 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale22 C C ALA 134 C ALA 131 1_555 C N MSE 135 C MSE 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale23 C C MSE 135 C MSE 132 1_555 C N ILE 136 C ILE 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale24 C C ILE 136 C ILE 133 1_555 C N MSE 137 C MSE 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale25 C C MSE 137 C MSE 134 1_555 C N PRO 138 C PRO 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale26 C C THR 199 C THR 196 1_555 C N MSE 200 C MSE 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale27 C C MSE 200 C MSE 197 1_555 C N GLU 201 C GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? metalc ? metalc4 C OE1 GLU 210 C GLU 207 1_555 R MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc5 C OE2 GLU 210 C GLU 207 1_555 R MG MG . C MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? covale ? covale28 D C MSE 4 D MSE 1 1_555 D N GLU 5 D GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale29 D C PHE 85 D PHE 82 1_555 D N MSE 86 D MSE 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale30 D C MSE 86 D MSE 83 1_555 D N MSE 87 D MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale31 D C MSE 87 D MSE 84 1_555 D N ALA 88 D ALA 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale32 D C ALA 134 D ALA 131 1_555 D N MSE 135 D MSE 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale33 D C MSE 135 D MSE 132 1_555 D N ILE 136 D ILE 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale34 D C ILE 136 D ILE 133 1_555 D N MSE 137 D MSE 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale35 D C MSE 137 D MSE 134 1_555 D N PRO 138 D PRO 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale36 D C THR 199 D THR 196 1_555 D N MSE 200 D MSE 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale37 D C MSE 200 D MSE 197 1_555 D N GLU 201 D GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? metalc ? metalc6 D OE1 GLU 210 D GLU 207 1_555 X MG MG . D MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc7 F MG MG . A MG 302 1_555 BA O HOH . A HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? metalc ? metalc8 F MG MG . A MG 302 1_555 BA O HOH . A HOH 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc9 K MG MG . B MG 302 1_555 CA O HOH . B HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc10 R MG MG . C MG 303 1_555 DA O HOH . C HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc11 R MG MG . C MG 303 1_555 DA O HOH . C HOH 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc12 R MG MG . C MG 303 1_555 DA O HOH . C HOH 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc13 R MG MG . C MG 303 1_555 DA O HOH . C HOH 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.97 ? metalc ? metalc14 X MG MG . D MG 303 1_555 EA O HOH . D HOH 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? # _chem_comp.formula 'C6 H13 N O4 S' _chem_comp.formula_weight 195.237 _chem_comp.id MES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5UX9 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006783 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003916 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007832 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00988 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 MES A 1 301 2 MES MES . F 3 MG A 1 302 3 MG MG . G 4 ACT A 1 303 1 ACT ACT . H 4 ACT A 1 304 2 ACT ACT . I 5 CL A 1 305 5 CL CL . J 2 MES B 1 301 4 MES MES . K 3 MG B 1 302 2 MG MG . L 4 ACT B 1 303 3 ACT ACT . M 5 CL B 1 304 3 CL CL . N 5 CL B 1 305 4 CL CL . O 5 CL B 1 306 8 CL CL . P 2 MES C 1 301 3 MES MES . Q 2 MES C 1 302 5 MES MES . R 3 MG C 1 303 4 MG MG . S 4 ACT C 1 304 4 ACT ACT . T 4 ACT C 1 305 6 ACT ACT . U 5 CL C 1 306 7 CL CL . V 2 MES D 1 301 1 MES MES . W 2 MES D 1 302 6 MES MES . X 3 MG D 1 303 1 MG MG . Y 4 ACT D 1 304 5 ACT ACT . Z 5 CL D 1 305 6 CL CL . AA 6 FMT D 1 306 1 FMT FMT . BA 7 HOH A 1 401 65 HOH HOH . BA 7 HOH A 2 402 84 HOH HOH . BA 7 HOH A 3 403 26 HOH HOH . BA 7 HOH A 4 404 29 HOH HOH . BA 7 HOH A 5 405 9 HOH HOH . BA 7 HOH A 6 406 69 HOH HOH . BA 7 HOH A 7 407 22 HOH HOH . BA 7 HOH A 8 408 4 HOH HOH . BA 7 HOH A 9 409 16 HOH HOH . BA 7 HOH A 10 410 83 HOH HOH . BA 7 HOH A 11 411 63 HOH HOH . BA 7 HOH A 12 412 20 HOH HOH . BA 7 HOH A 13 413 64 HOH HOH . BA 7 HOH A 14 414 49 HOH HOH . BA 7 HOH A 15 415 43 HOH HOH . BA 7 HOH A 16 416 15 HOH HOH . BA 7 HOH A 17 417 14 HOH HOH . BA 7 HOH A 18 418 79 HOH HOH . BA 7 HOH A 19 419 11 HOH HOH . BA 7 HOH A 20 420 71 HOH HOH . BA 7 HOH A 21 421 104 HOH HOH . CA 7 HOH B 1 401 39 HOH HOH . CA 7 HOH B 2 402 54 HOH HOH . CA 7 HOH B 3 403 36 HOH HOH . CA 7 HOH B 4 404 61 HOH HOH . CA 7 HOH B 5 405 47 HOH HOH . CA 7 HOH B 6 406 45 HOH HOH . CA 7 HOH B 7 407 8 HOH HOH . CA 7 HOH B 8 408 48 HOH HOH . CA 7 HOH B 9 409 24 HOH HOH . CA 7 HOH B 10 410 102 HOH HOH . CA 7 HOH B 11 411 78 HOH HOH . CA 7 HOH B 12 412 42 HOH HOH . CA 7 HOH B 13 413 50 HOH HOH . DA 7 HOH C 1 401 91 HOH HOH . DA 7 HOH C 2 402 60 HOH HOH . DA 7 HOH C 3 403 70 HOH HOH . DA 7 HOH C 4 404 73 HOH HOH . DA 7 HOH C 5 405 90 HOH HOH . DA 7 HOH C 6 406 95 HOH HOH . DA 7 HOH C 7 407 32 HOH HOH . DA 7 HOH C 8 408 46 HOH HOH . DA 7 HOH C 9 409 35 HOH HOH . DA 7 HOH C 10 410 44 HOH HOH . DA 7 HOH C 11 411 56 HOH HOH . DA 7 HOH C 12 412 10 HOH HOH . DA 7 HOH C 13 413 7 HOH HOH . DA 7 HOH C 14 414 67 HOH HOH . DA 7 HOH C 15 415 86 HOH HOH . DA 7 HOH C 16 416 66 HOH HOH . DA 7 HOH C 17 417 13 HOH HOH . DA 7 HOH C 18 418 31 HOH HOH . DA 7 HOH C 19 419 92 HOH HOH . DA 7 HOH C 20 420 94 HOH HOH . DA 7 HOH C 21 421 2 HOH HOH . DA 7 HOH C 22 422 93 HOH HOH . DA 7 HOH C 23 423 51 HOH HOH . DA 7 HOH C 24 424 96 HOH HOH . EA 7 HOH D 1 401 38 HOH HOH . EA 7 HOH D 2 402 40 HOH HOH . EA 7 HOH D 3 403 12 HOH HOH . EA 7 HOH D 4 404 17 HOH HOH . EA 7 HOH D 5 405 3 HOH HOH . EA 7 HOH D 6 406 28 HOH HOH . EA 7 HOH D 7 407 59 HOH HOH . EA 7 HOH D 8 408 34 HOH HOH . EA 7 HOH D 9 409 27 HOH HOH . EA 7 HOH D 10 410 21 HOH HOH . EA 7 HOH D 11 411 75 HOH HOH . EA 7 HOH D 12 412 25 HOH HOH . EA 7 HOH D 13 413 57 HOH HOH . EA 7 HOH D 14 414 19 HOH HOH . EA 7 HOH D 15 415 58 HOH HOH . EA 7 HOH D 16 416 41 HOH HOH . EA 7 HOH D 17 417 6 HOH HOH . EA 7 HOH D 18 418 76 HOH HOH . EA 7 HOH D 19 419 62 HOH HOH . EA 7 HOH D 20 420 1 HOH HOH . EA 7 HOH D 21 421 23 HOH HOH . EA 7 HOH D 22 422 68 HOH HOH . EA 7 HOH D 23 423 74 HOH HOH . EA 7 HOH D 24 424 55 HOH HOH . EA 7 HOH D 25 425 18 HOH HOH . EA 7 HOH D 26 426 30 HOH HOH . EA 7 HOH D 27 427 77 HOH HOH . EA 7 HOH D 28 428 37 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O1 MES . . . V 2 76.922 21.206 51.531 1 68.57 ? O1 MES 301 D 1 HETATM 2 C C2 MES . . . V 2 76.344 19.94 51.866 1 73.42 ? C2 MES 301 D 1 HETATM 3 C C3 MES . . . V 2 77.28 18.766 51.581 1 76.74 ? C3 MES 301 D 1 HETATM 4 N N4 MES . . . V 2 78.531 19.064 52.269 1 74.81 ? N4 MES 301 D 1 HETATM 5 C C5 MES . . . V 2 79.076 20.414 52.254 1 67.44 ? C5 MES 301 D 1 HETATM 6 C C6 MES . . . V 2 78.301 21.149 51.169 1 66.72 ? C6 MES 301 D 1 HETATM 7 C C7 MES . . . V 2 79.428 17.972 52.61 1 78.49 ? C7 MES 301 D 1 HETATM 8 C C8 MES . . . V 2 80.29 17.752 51.374 1 79.97 ? C8 MES 301 D 1 HETATM 9 S S MES . . . V 2 81.49 16.661 51.737 1 81.1 ? S MES 301 D 1 HETATM 10 O O1S MES . . . V 2 81.848 15.898 50.52 1 89.09 ? O1S MES 301 D 1 HETATM 11 O O2S MES . . . V 2 82.684 17.391 52.219 1 86.8 ? O2S MES 301 D 1 HETATM 12 O O3S MES . . . V 2 81.023 15.735 52.794 1 70.23 ? O3S MES 301 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 290 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 12 #