data_5VVD
#
_model_server_result.job_id            H7R53BNQ9_eVJA2NX7cOjA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 22:58:22' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5vvd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"HA","auth_seq_id":503}' 
#
_entry.id    5VVD 
#
_exptl.entry_id    5VVD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              241.247 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.78 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5VVD 
_cell.length_a            59.335 
_cell.length_b            153.135 
_cell.length_c            109.241 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5VVD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,NA,OA 1 1 
C,D,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,PA,QA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 P N N 
? 3 Z N N 
? 3 HA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 54 A CYS 94 1_555 K ZN ZN . A ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 59 A CYS 99 1_555 K ZN ZN . A ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 144 A CYS 184 1_555 E FE HEM . A HEM 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc4 J O3 BTB . A BTB 506 1_555 N GD GD . A GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? 
metalc ? metalc5 J O4 BTB . A BTB 506 1_555 N GD GD . A GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? 
metalc ? metalc6 J N BTB . A BTB 506 1_555 N GD GD . A GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.841 ? 
metalc ? metalc7 J O6 BTB . A BTB 506 1_555 N GD GD . A GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? 
metalc ? metalc8 J O8 BTB . A BTB 506 1_555 N GD GD . A GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? 
metalc ? metalc9 K ZN ZN . A ZN 507 1_555 B SG CYS 54 B CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc10 K ZN ZN . A ZN 507 1_555 B SG CYS 59 B CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? 
metalc ? metalc11 N GD GD . A GD 510 1_555 NA O HOH . A HOH 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? 
metalc ? metalc12 N GD GD . A GD 510 1_555 NA O HOH . A HOH 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.274 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 144 B CYS 184 1_555 O FE HEM . B HEM 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc14 B O THR 279 B THR 319 1_555 V GD GD . B GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? 
metalc ? metalc15 B OE1 GLU 281 B GLU 321 1_555 V GD GD . B GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 281 B GLU 321 1_555 V GD GD . B GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 
metalc ? metalc17 R O3 BTB . B BTB 504 1_555 V GD GD . B GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc18 R O4 BTB . B BTB 504 1_555 V GD GD . B GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? 
metalc ? metalc19 R N BTB . B BTB 504 1_555 V GD GD . B GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? 
metalc ? metalc20 R O6 BTB . B BTB 504 1_555 V GD GD . B GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? 
metalc ? metalc21 R O8 BTB . B BTB 504 1_555 V GD GD . B GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? 
metalc ? metalc22 V GD GD . B GD 508 1_555 OA O HOH . B HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? 
metalc ? metalc23 V GD GD . B GD 508 1_555 PA O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? 
metalc ? metalc24 W O3 BTB . B BTB 509 1_555 X GD GD . B GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? 
metalc ? metalc25 W O4 BTB . B BTB 509 1_555 X GD GD . B GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc26 W N BTB . B BTB 509 1_555 X GD GD . B GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? 
metalc ? metalc27 W O6 BTB . B BTB 509 1_555 X GD GD . B GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? 
metalc ? metalc28 W O8 BTB . B BTB 509 1_555 X GD GD . B GD 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? 
metalc ? metalc29 X GD GD . B GD 510 1_555 OA O HOH . B HOH 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? 
metalc ? metalc30 X GD GD . B GD 510 1_555 OA O HOH . B HOH 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? 
metalc ? metalc31 C SG CYS 54 C CYS 94 1_555 FA ZN ZN . D ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? 
metalc ? metalc32 C SG CYS 59 C CYS 99 1_555 FA ZN ZN . D ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc33 C SG CYS 144 C CYS 184 1_555 Y FE HEM . C HEM 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc34 D SG CYS 54 D CYS 94 1_555 FA ZN ZN . D ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? 
metalc ? metalc35 D SG CYS 59 D CYS 99 1_555 FA ZN ZN . D ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? 
metalc ? metalc36 D SG CYS 144 D CYS 184 1_555 GA FE HEM . D HEM 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc37 D O THR 279 D THR 319 1_555 MA GD GD . D GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc38 D OE1 GLU 281 D GLU 321 1_555 MA GD GD . D GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? 
metalc ? metalc39 D OE2 GLU 281 D GLU 321 1_555 MA GD GD . D GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? 
metalc ? metalc40 JA O3 BTB . D BTB 505 1_555 MA GD GD . D GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? 
metalc ? metalc41 JA O4 BTB . D BTB 505 1_555 MA GD GD . D GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc42 JA N BTB . D BTB 505 1_555 MA GD GD . D GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? 
metalc ? metalc43 JA O6 BTB . D BTB 505 1_555 MA GD GD . D GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc44 JA O8 BTB . D BTB 505 1_555 MA GD GD . D GD 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? 
metalc ? metalc45 MA GD GD . D GD 508 1_555 QA O HOH . D HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc46 MA GD GD . D GD 508 1_555 QA O HOH . D HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H15 N5 O3' 
_chem_comp.formula_weight    241.247 
_chem_comp.id                H4B 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 H4B doub 220 n y 
N1 C8A H4B sing 221 n y 
C2 N2 H4B sing 222 n n 
C2 N3 H4B sing 223 n y 
N2 HN21 H4B sing 224 n n 
N2 HN22 H4B sing 225 n n 
N3 C4 H4B sing 226 n y 
N3 HN3 H4B sing 227 n n 
C4 O4 H4B doub 228 n n 
C4 C4A H4B sing 229 n y 
C4A C8A H4B doub 230 n y 
C4A N5 H4B sing 231 n n 
C8A N8 H4B sing 232 n n 
N5 C6 H4B sing 233 n n 
N5 HN5 H4B sing 234 n n 
N8 C7 H4B sing 235 n n 
N8 HN8 H4B sing 236 n n 
C6 C7 H4B sing 237 n n 
C6 C9 H4B sing 238 n n 
C6 H6 H4B sing 239 n n 
C7 H71 H4B sing 240 n n 
C7 H72 H4B sing 241 n n 
C9 O9 H4B sing 242 n n 
C9 C10 H4B sing 243 n n 
C9 H9 H4B sing 244 n n 
O9 HO9 H4B sing 245 n n 
C10 C11 H4B sing 246 n n 
C10 O10 H4B sing 247 n n 
C10 H10 H4B sing 248 n n 
C11 H111 H4B sing 249 n n 
C11 H112 H4B sing 250 n n 
C11 H113 H4B sing 251 n n 
O10 HO0 H4B sing 252 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5VVD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.016853 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000231 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00653 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009155 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 HEM A 1 501 500 HEM HEM . 
F 3 H4B A 1 502 600 H4B BH4 . 
G 4 9OG A 1 503 800 9OG 2P7 . 
H 5 BTB A 1 504 872 BTB TRB . 
I 5 BTB A 1 505 871 BTB TRB . 
J 5 BTB A 1 506 870 BTB TRB . 
K 6 ZN A 1 507 900 ZN ZN . 
L 7 GOL A 1 508 880 GOL GOL . 
M 8 CL A 1 509 885 CL CL . 
N 9 GD A 1 510 890 GD GD . 
O 2 HEM B 1 501 500 HEM HEM . 
P 3 H4B B 1 502 600 H4B BH4 . 
Q 4 9OG B 1 503 800 9OG 2P7 . 
R 5 BTB B 1 504 870 BTB TRB . 
S 5 BTB B 1 505 871 BTB TRB . 
T 5 BTB B 1 506 872 BTB TRB . 
U 8 CL B 1 507 885 CL CL . 
V 9 GD B 1 508 890 GD GD . 
W 5 BTB B 1 509 870 BTB TRB . 
X 9 GD B 1 510 890 GD GD . 
Y 2 HEM C 1 501 500 HEM HEM . 
Z 3 H4B C 1 502 600 H4B BH4 . 
AA 4 9OG C 1 503 800 9OG 2P7 . 
BA 5 BTB C 1 504 871 BTB TRB . 
CA 5 BTB C 1 505 872 BTB TRB . 
DA 7 GOL C 1 506 880 GOL GOL . 
EA 8 CL C 1 507 885 CL CL . 
FA 6 ZN D 1 501 900 ZN ZN . 
GA 2 HEM D 1 502 500 HEM HEM . 
HA 3 H4B D 1 503 600 H4B BH4 . 
IA 4 9OG D 1 504 800 9OG 2P7 . 
JA 5 BTB D 1 505 870 BTB TRB . 
KA 5 BTB D 1 506 871 BTB TRB . 
LA 8 CL D 1 507 885 CL CL . 
MA 9 GD D 1 508 890 GD GD . 
NA 10 HOH A 1 601 33 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 2 602 29 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 3 603 12 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 4 604 39 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 5 605 58 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 6 606 14 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 7 607 31 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 8 608 23 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 9 609 70 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 10 610 60 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 11 611 22 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 12 612 47 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 13 613 71 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 14 614 24 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 15 615 44 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 16 616 69 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 17 617 66 HOH HOH . 
NA 10 HOH A 18 618 57 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 1 601 79 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 2 602 74 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 3 603 73 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 4 604 11 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 5 605 34 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 6 606 42 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 7 607 76 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 8 608 50 HOH HOH . 
OA 10 HOH B 9 609 82 HOH HOH . 
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