data_5VVM
#
_model_server_result.job_id            LMfhLG63xtGiENYWyvxFnA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 06:22:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5vvm 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":2503}' 
#
_entry.id    5VVM 
#
_exptl.entry_id    5VVM 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          102.53 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5VVM 
_cell.length_a            116.714 
_cell.length_b            166.806 
_cell.length_c            47.93 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5VVM 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H 1 1 
B,I,J,K,L,M,N 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 18 A GLU 2162 1_555 C CA CA . A CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 18 A GLU 2162 1_555 D CA CA . A CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASN 80 A ASN 2224 1_555 C CA CA . A CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 82 A GLU 2226 1_555 C CA CA . A CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.075 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 82 A GLU 2226 1_555 D CA CA . A CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 82 A GLU 2226 1_555 D CA CA . A CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 118 A ASP 2262 1_555 D CA CA . A CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
metalc ? metalc8 A O VAL 119 A VAL 2263 1_555 D CA CA . A CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASN 120 A ASN 2264 1_555 E CA CA . A CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 121 A ASP 2265 1_555 C CA CA . A CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.089 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 121 A ASP 2265 1_555 C CA CA . A CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc12 A OD1 ASP 121 A ASP 2265 1_555 D CA CA . A CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? 
metalc ? metalc13 A O ASN 122 A ASN 2266 1_555 E CA CA . A CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc14 A OE2 GLU 140 A GLU 2284 1_555 F CA CA . A CA 2504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? 
metalc ? metalc15 A OE1 GLU 140 A GLU 2284 1_555 G CA CA . A CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc16 A OD1 ASP 155 A ASP 2299 1_555 E CA CA . A CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc17 A OD2 ASP 155 A ASP 2299 1_555 E CA CA . A CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? 
metalc ? metalc18 A OD1 ASP 157 A ASP 2301 1_555 D CA CA . A CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc19 A OD2 ASP 157 A ASP 2301 1_555 E CA CA . A CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc20 A O ASN 161 A ASN 2305 1_555 E CA CA . A CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc21 A OD1 ASP 194 A ASP 2338 1_555 F CA CA . A CA 2504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? 
metalc ? metalc22 A OE2 GLU 196 A GLU 2340 1_555 F CA CA . A CA 2504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc23 A OE1 GLU 196 A GLU 2340 1_555 G CA CA . A CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc24 A OD2 ASP 209 A ASP 2353 1_555 E CA CA . A CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc25 A OD1 ASP 227 A ASP 2371 1_555 G CA CA . A CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc26 A O ILE 228 A ILE 2372 1_555 G CA CA . A CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? 
metalc ? metalc27 A OD1 ASN 229 A ASN 2373 1_555 H CA CA . A CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc28 A OD2 ASP 230 A ASP 2374 1_555 F CA CA . A CA 2504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? 
metalc ? metalc29 A OD1 ASP 230 A ASP 2374 1_555 G CA CA . A CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc30 A O ASN 231 A ASN 2375 1_555 H CA CA . A CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? 
metalc ? metalc31 A OD1 ASP 261 A ASP 2405 1_555 H CA CA . A CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? 
metalc ? metalc32 A OD2 ASP 261 A ASP 2405 1_555 H CA CA . A CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? 
metalc ? metalc33 A OD1 ASP 263 A ASP 2407 1_555 G CA CA . A CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc34 A OD2 ASP 263 A ASP 2407 1_555 H CA CA . A CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc35 A O PHE 267 A PHE 2411 1_555 H CA CA . A CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? 
metalc ? metalc36 A OD2 ASP 312 A ASP 2456 1_555 H CA CA . A CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.085 ? 
metalc ? metalc37 B OE1 GLU 18 B GLU 2162 1_555 I CA CA . B CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc38 B OE2 GLU 18 B GLU 2162 1_555 I CA CA . B CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.027 ? 
metalc ? metalc39 B OE2 GLU 18 B GLU 2162 1_555 J CA CA . B CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc40 B OD1 ASN 80 B ASN 2224 1_555 I CA CA . B CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.021 ? 
metalc ? metalc41 B OE1 GLU 82 B GLU 2226 1_555 I CA CA . B CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? 
metalc ? metalc42 B OE1 GLU 82 B GLU 2226 1_555 J CA CA . B CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.906 ? 
metalc ? metalc43 B OE2 GLU 82 B GLU 2226 1_555 J CA CA . B CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? 
metalc ? metalc44 B OD1 ASP 118 B ASP 2262 1_555 J CA CA . B CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc45 B O VAL 119 B VAL 2263 1_555 J CA CA . B CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc46 B OD1 ASN 120 B ASN 2264 1_555 K CA CA . B CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc47 B OD1 ASP 121 B ASP 2265 1_555 I CA CA . B CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc48 B OD2 ASP 121 B ASP 2265 1_555 I CA CA . B CA 2501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc49 B OD1 ASP 121 B ASP 2265 1_555 J CA CA . B CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? 
metalc ? metalc50 B O ASN 122 B ASN 2266 1_555 K CA CA . B CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? 
metalc ? metalc51 B OE2 GLU 140 B GLU 2284 1_555 L CA CA . B CA 2504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.939 ? 
metalc ? metalc52 B OE1 GLU 140 B GLU 2284 1_555 M CA CA . B CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc53 B OD1 ASP 155 B ASP 2299 1_555 K CA CA . B CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc54 B OD2 ASP 155 B ASP 2299 1_555 K CA CA . B CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? 
metalc ? metalc55 B OD1 ASP 157 B ASP 2301 1_555 J CA CA . B CA 2502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc56 B OD2 ASP 157 B ASP 2301 1_555 K CA CA . B CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc57 B O ASN 161 B ASN 2305 1_555 K CA CA . B CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? 
metalc ? metalc58 B OD1 ASP 194 B ASP 2338 1_555 L CA CA . B CA 2504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc59 B OE2 GLU 196 B GLU 2340 1_555 L CA CA . B CA 2504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc60 B OE1 GLU 196 B GLU 2340 1_555 M CA CA . B CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc61 B OD2 ASP 209 B ASP 2353 1_555 K CA CA . B CA 2503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? 
metalc ? metalc62 B OD1 ASP 227 B ASP 2371 1_555 M CA CA . B CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc63 B O ILE 228 B ILE 2372 1_555 M CA CA . B CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc64 B OD1 ASN 229 B ASN 2373 1_555 N CA CA . B CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
metalc ? metalc65 B OD2 ASP 230 B ASP 2374 1_555 L CA CA . B CA 2504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc66 B OD1 ASP 230 B ASP 2374 1_555 M CA CA . B CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc67 B O ASN 231 B ASN 2375 1_555 N CA CA . B CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? 
metalc ? metalc68 B OD1 ASP 261 B ASP 2405 1_555 N CA CA . B CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc69 B OD2 ASP 261 B ASP 2405 1_555 N CA CA . B CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? 
metalc ? metalc70 B OD1 ASP 263 B ASP 2407 1_555 M CA CA . B CA 2505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc71 B OD2 ASP 263 B ASP 2407 1_555 N CA CA . B CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc72 B O PHE 267 B PHE 2411 1_555 N CA CA . B CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? 
metalc ? metalc73 B OD2 ASP 312 B ASP 2456 1_555 N CA CA . B CA 2506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5VVM 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008568 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001904 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005995 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.021373 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CA A 1 2501 2501 CA CA . 
D 2 CA A 1 2502 2502 CA CA . 
E 2 CA A 1 2503 2503 CA CA . 
F 2 CA A 1 2504 2504 CA CA . 
G 2 CA A 1 2505 2505 CA CA . 
H 2 CA A 1 2506 2506 CA CA . 
I 2 CA B 1 2501 2501 CA CA . 
J 2 CA B 1 2502 2502 CA CA . 
K 2 CA B 1 2503 2503 CA CA . 
L 2 CA B 1 2504 2504 CA CA . 
M 2 CA B 1 2505 2505 CA CA . 
N 2 CA B 1 2506 2506 CA CA . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         K 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -48.001 
_atom_site.Cartn_y               29.568 
_atom_site.Cartn_z               -6.011 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        39.71 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           2503 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              60 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    21 
_model_server_stats.query_time_ms           255 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#