data_5W2A # _model_server_result.job_id YAjohPM2vEXjzhZzroEWuw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 19:22:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5w2a # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":101}' # _entry.id 5W2A # _exptl.entry_id 5W2A _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5W2A _cell.length_a 63.891 _cell.length_b 129.014 _cell.length_c 167.346 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5W2A _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? trimeric 3 author_defined_assembly 1 ? trimeric 3 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,G,H,I,J,Q,S,T 1 1 B,E,F,K,L,M,N,O,P,R,U 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 H N N ? 5 L N N ? 5 M N N ? 5 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 D O3' DG 3 D DG 4 1_555 D P LDG 4 D LDG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.566 ? covale ? covale2 D O3' LDG 4 D LDG 5 1_555 D P DC 5 D DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.548 ? covale ? covale3 F O3' DG 3 T DG 4 1_555 F P LDG 4 T LDG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.617 ? covale ? covale4 F O3' LDG 4 T LDG 5 1_555 F P DC 5 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.609 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 132 A ASP 107 1_555 G MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc2 A O MET 133 A MET 108 1_555 G MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 223 A ASP 198 1_555 G MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc4 G MG MG . A MG 601 1_555 I O3G 0KX . A 0KX 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 601 1_555 I O2B 0KX . A 0KX 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 601 1_555 I O1A 0KX . A 0KX 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 132 B ASP 107 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc8 B O MET 133 B MET 108 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 223 B ASP 198 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc10 K MG MG . B MG 601 1_555 N O1B 0KX . B 0KX 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc11 K MG MG . B MG 601 1_555 N O3G 0KX . B 0KX 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc12 K MG MG . B MG 601 1_555 N O2A 0KX . B 0KX 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N1 DG 1 C DG 5 1_555 D N3 DC 13 D DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N2 DG 1 C DG 5 1_555 D O2 DC 13 D DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O6 DG 1 C DG 5 1_555 D N4 DC 13 D DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N3 DC 2 C DC 6 1_555 D N1 DG 12 D DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C N4 DC 2 C DC 6 1_555 D O6 DG 12 D DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C O2 DC 2 C DC 6 1_555 D N2 DG 12 D DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N1 DG 3 C DG 7 1_555 D N3 DC 11 D DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C N2 DG 3 C DG 7 1_555 D O2 DC 11 D DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C O6 DG 3 C DG 7 1_555 D N4 DC 11 D DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N1 DG 4 C DG 8 1_555 D N3 DC 10 D DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N2 DG 4 C DG 8 1_555 D O2 DC 10 D DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C O6 DG 4 C DG 8 1_555 D N4 DC 10 D DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N1 DA 5 C DA 9 1_555 D N3 DT 9 D DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N6 DA 5 C DA 9 1_555 D O4 DT 9 D DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N3 DT 6 C DT 10 1_555 D N1 DA 8 D DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C O4 DT 6 C DT 10 1_555 D N6 DA 8 D DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N3 DC 7 C DC 11 1_555 D N1 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N4 DC 7 C DC 11 1_555 D O6 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C O2 DC 7 C DC 11 1_555 D N2 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N1 DA 8 C DA 12 1_555 D N3 DT 6 D DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C N6 DA 8 C DA 12 1_555 D O4 DT 6 D DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N1 DG 9 C DG 13 1_555 D N3 DC 5 D DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N2 DG 9 C DG 13 1_555 D O2 DC 5 D DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C O6 DG 9 C DG 13 1_555 D N4 DC 5 D DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E N1 DG 1 P DG 5 1_555 F N3 DC 13 T DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N2 DG 1 P DG 5 1_555 F O2 DC 13 T DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E O6 DG 1 P DG 5 1_555 F N4 DC 13 T DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E N3 DC 2 P DC 6 1_555 F N1 DG 12 T DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N4 DC 2 P DC 6 1_555 F O6 DG 12 T DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E O2 DC 2 P DC 6 1_555 F N2 DG 12 T DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E N1 DG 3 P DG 7 1_555 F N3 DC 11 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N2 DG 3 P DG 7 1_555 F O2 DC 11 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E O6 DG 3 P DG 7 1_555 F N4 DC 11 T DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N1 DG 4 P DG 8 1_555 F N3 DC 10 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N2 DG 4 P DG 8 1_555 F O2 DC 10 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E O6 DG 4 P DG 8 1_555 F N4 DC 10 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N1 DA 5 P DA 9 1_555 F N3 DT 9 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E N6 DA 5 P DA 9 1_555 F O4 DT 9 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E N3 DT 6 P DT 10 1_555 F N1 DA 8 T DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 E O4 DT 6 P DT 10 1_555 F N6 DA 8 T DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 E N3 DC 7 P DC 11 1_555 F N1 DG 7 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 E N4 DC 7 P DC 11 1_555 F O6 DG 7 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 E O2 DC 7 P DC 11 1_555 F N2 DG 7 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 E N1 DA 8 P DA 12 1_555 F N3 DT 6 T DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 E N6 DA 8 P DA 12 1_555 F O4 DT 6 T DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 E N1 DG 9 P DG 13 1_555 F N3 DC 5 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 E N2 DG 9 P DG 13 1_555 F O2 DC 5 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 E O6 DG 9 P DG 13 1_555 F N4 DC 5 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 324 n n C1 C2 GOL sing 325 n n C1 H11 GOL sing 326 n n C1 H12 GOL sing 327 n n O1 HO1 GOL sing 328 n n C2 O2 GOL sing 329 n n C2 C3 GOL sing 330 n n C2 H2 GOL sing 331 n n O2 HO2 GOL sing 332 n n C3 O3 GOL sing 333 n n C3 H31 GOL sing 334 n n C3 H32 GOL sing 335 n n O3 HO3 GOL sing 336 n n # _atom_sites.entry_id 5W2A _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.015652 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007751 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005976 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 MG A 1 601 1 MG MG . H 5 GOL A 1 602 2 GOL GOL . I 6 0KX A 1 603 10 0KX 0KX . J 7 PGE A 1 604 2 PGE PGE . K 4 MG B 1 601 2 MG MG . L 5 GOL B 1 602 1 GOL GOL . M 5 GOL B 1 603 3 GOL GOL . N 6 0KX B 1 604 10 0KX 0KX . O 7 PGE B 1 605 1 PGE PGE . P 5 GOL P 1 101 4 GOL GOL . Q 8 HOH A 1 701 3 HOH HOH . Q 8 HOH A 2 702 2 HOH HOH . Q 8 HOH A 3 703 8 HOH HOH . Q 8 HOH A 4 704 6 HOH HOH . Q 8 HOH A 5 705 22 HOH HOH . Q 8 HOH A 6 706 16 HOH HOH . Q 8 HOH A 7 707 14 HOH HOH . Q 8 HOH A 8 708 28 HOH HOH . R 8 HOH B 1 701 29 HOH HOH . R 8 HOH B 2 702 10 HOH HOH . R 8 HOH B 3 703 21 HOH HOH . R 8 HOH B 4 704 5 HOH HOH . R 8 HOH B 5 705 15 HOH HOH . R 8 HOH B 6 706 7 HOH HOH . R 8 HOH B 7 707 13 HOH HOH . R 8 HOH B 8 708 25 HOH HOH . R 8 HOH B 9 709 30 HOH HOH . R 8 HOH B 10 710 26 HOH HOH . R 8 HOH B 11 711 17 HOH HOH . R 8 HOH B 12 712 23 HOH HOH . R 8 HOH B 13 713 24 HOH HOH . R 8 HOH B 14 714 27 HOH HOH . S 8 HOH C 1 101 19 HOH HOH . S 8 HOH C 2 102 20 HOH HOH . S 8 HOH C 3 103 12 HOH HOH . T 8 HOH D 1 101 4 HOH HOH . T 8 HOH D 2 102 1 HOH HOH . U 8 HOH T 1 101 9 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . P 5 -14.224 -43.753 54.525 1 109.78 ? C1 GOL 101 P 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . P 5 -13.885 -42.516 53.859 1 110.89 ? O1 GOL 101 P 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . P 5 -14.967 -43.537 55.851 1 104.38 ? C2 GOL 101 P 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . P 5 -15.479 -44.797 56.309 1 91.35 ? O2 GOL 101 P 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . P 5 -14.086 -42.927 56.946 1 104.23 ? C3 GOL 101 P 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . P 5 -14.822 -42.759 58.172 1 100.81 ? O3 GOL 101 P 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 332 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 6 #