data_5W6L # _model_server_result.job_id qqDXbxCKtewgPIacSKbtLQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 19:59:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5w6l # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":4101}' # _entry.id 5W6L # _exptl.entry_id 5W6L _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5W6L _cell.length_a 247.103 _cell.length_b 247.103 _cell.length_c 247.103 _cell.Z_PDB 48 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5W6L _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 197 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 3' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C LYS 102 A LYS 3673 1_555 A N MSE 103 A MSE 3674 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale2 A C MSE 103 A MSE 3674 1_555 A N GLN 104 A GLN 3675 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale3 A C PHE 125 A PHE 3696 1_555 A N MSE 126 A MSE 3697 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale4 A C MSE 126 A MSE 3697 1_555 A N VAL 127 A VAL 3698 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale5 A C ASP 141 A ASP 3712 1_555 A N MSE 142 A MSE 3713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale6 A C MSE 142 A MSE 3713 1_555 A N MSE 143 A MSE 3714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale7 A C MSE 143 A MSE 3714 1_555 A N VAL 144 A VAL 3715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale8 A C GLN 228 A GLN 3799 1_555 A N MSE 229 A MSE 3800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale9 A C MSE 229 A MSE 3800 1_555 A N ALA 230 A ALA 3801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale10 A C GLU 250 A GLU 3821 1_555 A N MSE 251 A MSE 3822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale11 A C MSE 251 A MSE 3822 1_555 A N ILE 252 A ILE 3823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale12 A C ARG 270 A ARG 3841 1_555 A N MSE 271 A MSE 3842 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale13 A C MSE 271 A MSE 3842 1_555 A N ASP 272 A ASP 3843 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale14 A C GLN 344 A GLN 3915 1_555 A N MSE 345 A MSE 3916 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale15 A C MSE 345 A MSE 3916 1_555 A N ASP 346 A ASP 3917 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale16 A C VAL 378 A VAL 3949 1_555 A N MSE 379 A MSE 3950 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale17 A C MSE 379 A MSE 3950 1_555 A N SER 380 A SER 3951 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale18 A C ALA 385 A ALA 3956 1_555 A N MSE 386 A MSE 3957 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale19 A C MSE 386 A MSE 3957 1_555 A N LEU 387 A LEU 3958 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale20 A C GLY 404 A GLY 3975 1_555 A N MSE 405 A MSE 3976 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale21 A C MSE 405 A MSE 3976 1_555 A N ARG 406 A ARG 3977 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale22 A C LEU 427 A LEU 3998 1_555 A N MSE 428 A MSE 3999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale23 A C MSE 428 A MSE 3999 1_555 A N TYR 429 A TYR 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale24 B C LYS 102 B LYS 3673 1_555 B N MSE 103 B MSE 3674 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale25 B C MSE 103 B MSE 3674 1_555 B N GLN 104 B GLN 3675 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale26 B C PHE 125 B PHE 3696 1_555 B N MSE 126 B MSE 3697 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale27 B C MSE 126 B MSE 3697 1_555 B N VAL 127 B VAL 3698 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale28 B C ASP 141 B ASP 3712 1_555 B N MSE 142 B MSE 3713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale29 B C MSE 142 B MSE 3713 1_555 B N MSE 143 B MSE 3714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale30 B C MSE 143 B MSE 3714 1_555 B N VAL 144 B VAL 3715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale31 B C GLN 228 B GLN 3799 1_555 B N MSE 229 B MSE 3800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale32 B C MSE 229 B MSE 3800 1_555 B N ALA 230 B ALA 3801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale33 B C GLU 250 B GLU 3821 1_555 B N MSE 251 B MSE 3822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale34 B C MSE 251 B MSE 3822 1_555 B N ILE 252 B ILE 3823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale35 B C ARG 270 B ARG 3841 1_555 B N MSE 271 B MSE 3842 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale36 B C MSE 271 B MSE 3842 1_555 B N ASP 272 B ASP 3843 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale37 B C GLN 344 B GLN 3915 1_555 B N MSE 345 B MSE 3916 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale38 B C MSE 345 B MSE 3916 1_555 B N ASP 346 B ASP 3917 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale39 B C VAL 378 B VAL 3949 1_555 B N MSE 379 B MSE 3950 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale40 B C MSE 379 B MSE 3950 1_555 B N SER 380 B SER 3951 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale41 B C ALA 385 B ALA 3956 1_555 B N MSE 386 B MSE 3957 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale42 B C MSE 386 B MSE 3957 1_555 B N LEU 387 B LEU 3958 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale43 B C GLY 404 B GLY 3975 1_555 B N MSE 405 B MSE 3976 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale44 B C MSE 405 B MSE 3976 1_555 B N ARG 406 B ARG 3977 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale45 B C LEU 427 B LEU 3998 1_555 B N MSE 428 B MSE 3999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale46 B C MSE 428 B MSE 3999 1_555 B N TYR 429 B TYR 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 116 n n C1 C2 GOL sing 117 n n C1 H11 GOL sing 118 n n C1 H12 GOL sing 119 n n O1 HO1 GOL sing 120 n n C2 O2 GOL sing 121 n n C2 C3 GOL sing 122 n n C2 H2 GOL sing 123 n n O2 HO2 GOL sing 124 n n C3 O3 GOL sing 125 n n C3 H31 GOL sing 126 n n C3 H32 GOL sing 127 n n O3 HO3 GOL sing 128 n n # _atom_sites.entry_id 5W6L _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004047 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004047 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004047 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 GOL A 1 4101 4 GOL GOL . D 3 CL B 1 4101 1 CL CL . E 4 SO4 B 1 4102 2 SO4 SO4 . F 4 SO4 B 1 4103 3 SO4 SO4 . G 5 HOH A 1 4201 14 HOH HOH . G 5 HOH A 2 4202 16 HOH HOH . G 5 HOH A 3 4203 8 HOH HOH . G 5 HOH A 4 4204 9 HOH HOH . G 5 HOH A 5 4205 5 HOH HOH . G 5 HOH A 6 4206 18 HOH HOH . G 5 HOH A 7 4207 17 HOH HOH . G 5 HOH A 8 4208 19 HOH HOH . G 5 HOH A 9 4209 15 HOH HOH . G 5 HOH A 10 4210 7 HOH HOH . G 5 HOH A 11 4211 6 HOH HOH . H 5 HOH B 1 4201 13 HOH HOH . H 5 HOH B 2 4202 20 HOH HOH . H 5 HOH B 3 4203 11 HOH HOH . H 5 HOH B 4 4204 10 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . C 2 22.981 -3.863 101.402 1 136.04 ? C1 GOL 4101 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . C 2 23.741 -3.173 100.402 1 134.35 ? O1 GOL 4101 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . C 2 23.42 -3.411 102.792 1 136.81 ? C2 GOL 4101 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . C 2 23.326 -1.984 102.894 1 134.99 ? O2 GOL 4101 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . C 2 22.536 -4.058 103.853 1 136.38 ? C3 GOL 4101 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . C 2 22.792 -5.466 103.911 1 134.62 ? O3 GOL 4101 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 259 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 6 #