data_5W7F # _model_server_result.job_id vsaxyabnJvXMpA9f3caFfA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 08:40:26' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5w7f # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":601}' # _entry.id 5W7F # _exptl.entry_id 5W7F _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 103.01 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5W7F _cell.length_a 81.797 _cell.length_b 88.354 _cell.length_c 93.45 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5W7F _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H,P 1 1 B,I,J,K,L,M,N,O,Q 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 28 A CYS 40 1_555 A SG CYS 101 A CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 31 A CYS 43 1_555 A SG CYS 95 A CYS 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 57 A CYS 69 1_555 A SG CYS 70 A CYS 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 110 A CYS 122 1_555 A SG CYS 440 A CYS 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 147 A CYS 159 1_555 A SG CYS 156 A CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 193 A CYS 205 1_555 A SG CYS 217 A CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 236 A CYS 248 1_555 A SG CYS 316 A CYS 328 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 363 A CYS 375 1_555 A SG CYS 446 A CYS 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 28 B CYS 40 1_555 B SG CYS 101 B CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 31 B CYS 43 1_555 B SG CYS 95 B CYS 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 57 B CYS 69 1_555 B SG CYS 70 B CYS 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 110 B CYS 122 1_555 B SG CYS 440 B CYS 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 147 B CYS 159 1_555 B SG CYS 156 B CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 193 B CYS 205 1_555 B SG CYS 217 B CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 236 B CYS 248 1_555 B SG CYS 316 B CYS 328 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 363 B CYS 375 1_555 B SG CYS 446 B CYS 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 453 A ASN 465 1_555 F C1 NAG . A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale2 G O3 FTT . A FTT 605 1_555 H C1 DAO . A DAO 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.362 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 453 B ASN 465 1_555 L C1 NAG . B NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale4 M O3 FTT . B FTT 605 1_555 N C1 DAO . B DAO 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.367 ? covale ? covale5 M C1 FTT . B FTT 605 1_555 O N2 GCS . B GCS 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 171 A ASP 183 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 173 A ASP 185 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 173 A ASP 185 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 173 A ASP 185 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 175 A ASP 187 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 175 A ASP 187 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.048 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 175 A ASP 187 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc8 A O HIS 177 A HIS 189 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 192 A ASP 204 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 192 A ASP 204 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 192 A ASP 204 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc12 A O ASN 194 A ASN 206 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 195 A ASP 207 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc14 A O ASP 197 A ASP 209 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc15 A O VAL 200 A VAL 212 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc16 A OD2 ASP 210 A ASP 222 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 214 A ASP 226 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASN 216 A ASN 228 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASN 218 A ASN 230 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc20 A O ILE 220 A ILE 232 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc21 A OE2 GLU 232 A GLU 244 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 171 B ASP 183 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc23 B OD1 ASP 173 B ASP 185 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? metalc ? metalc24 B OD2 ASP 173 B ASP 185 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 175 B ASP 187 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 175 B ASP 187 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc27 B O HIS 177 B HIS 189 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 192 B ASP 204 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 192 B ASP 204 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 192 B ASP 204 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc31 B O ASN 194 B ASN 206 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 195 B ASP 207 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc33 B O ASP 197 B ASP 209 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc34 B O VAL 200 B VAL 212 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc35 B OD2 ASP 210 B ASP 222 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc36 B OD2 ASP 214 B ASP 226 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.172 ? metalc ? metalc37 B OD1 ASN 216 B ASN 228 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc38 B OD1 ASN 218 B ASN 230 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc39 B OE1 GLU 232 B GLU 244 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5W7F _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012225 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002824 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011318 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010983 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 601 1 CA CA . D 2 CA A 1 602 2 CA CA . E 2 CA A 1 603 3 CA CA . F 3 NAG A 1 604 1 NAG NAG . G 4 FTT A 1 605 2 FTT FTT . H 5 DAO A 1 606 2 DAO DAO . I 2 CA B 1 601 4 CA CA . J 2 CA B 1 602 5 CA CA . K 2 CA B 1 603 6 CA CA . L 3 NAG B 1 604 2 NAG NAG . M 4 FTT B 1 605 1 FTT FTT . N 5 DAO B 1 606 1 DAO DAO . O 6 GCS B 1 607 1 GCS GCS . P 7 HOH A 1 701 5 HOH HOH . P 7 HOH A 2 702 12 HOH HOH . P 7 HOH A 3 703 18 HOH HOH . P 7 HOH A 4 704 9 HOH HOH . P 7 HOH A 5 705 1 HOH HOH . P 7 HOH A 6 706 15 HOH HOH . P 7 HOH A 7 707 17 HOH HOH . P 7 HOH A 8 708 4 HOH HOH . P 7 HOH A 9 709 11 HOH HOH . P 7 HOH A 10 710 7 HOH HOH . P 7 HOH A 11 711 16 HOH HOH . Q 7 HOH B 1 701 2 HOH HOH . Q 7 HOH B 2 702 3 HOH HOH . Q 7 HOH B 3 703 6 HOH HOH . Q 7 HOH B 4 704 14 HOH HOH . Q 7 HOH B 5 705 19 HOH HOH . Q 7 HOH B 6 706 8 HOH HOH . Q 7 HOH B 7 707 13 HOH HOH . Q 7 HOH B 8 708 10 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -29.882 _atom_site.Cartn_y 0.949 _atom_site.Cartn_z -19.84 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 64.4 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 601 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 20 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 236 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #