data_5W7F
#
_model_server_result.job_id            qfNySp-usg8VUhZQZbZM_Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 05:12:56' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5w7f 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    5W7F 
#
_exptl.entry_id    5W7F 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          103.01 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5W7F 
_cell.length_a            81.797 
_cell.length_b            88.354 
_cell.length_c            93.45 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5W7F 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,P 1 1 
B,I,J,K,L,M,N,O,Q 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 28 A CYS 40 1_555 A SG CYS 101 A CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 31 A CYS 43 1_555 A SG CYS 95 A CYS 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 57 A CYS 69 1_555 A SG CYS 70 A CYS 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 110 A CYS 122 1_555 A SG CYS 440 A CYS 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 147 A CYS 159 1_555 A SG CYS 156 A CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf6 A SG CYS 193 A CYS 205 1_555 A SG CYS 217 A CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf7 A SG CYS 236 A CYS 248 1_555 A SG CYS 316 A CYS 328 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf8 A SG CYS 363 A CYS 375 1_555 A SG CYS 446 A CYS 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf9 B SG CYS 28 B CYS 40 1_555 B SG CYS 101 B CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf10 B SG CYS 31 B CYS 43 1_555 B SG CYS 95 B CYS 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf11 B SG CYS 57 B CYS 69 1_555 B SG CYS 70 B CYS 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf12 B SG CYS 110 B CYS 122 1_555 B SG CYS 440 B CYS 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf13 B SG CYS 147 B CYS 159 1_555 B SG CYS 156 B CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf14 B SG CYS 193 B CYS 205 1_555 B SG CYS 217 B CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf15 B SG CYS 236 B CYS 248 1_555 B SG CYS 316 B CYS 328 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf16 B SG CYS 363 B CYS 375 1_555 B SG CYS 446 B CYS 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
covale ? covale1 A ND2 ASN 453 A ASN 465 1_555 F C1 NAG . A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? 
covale ? covale2 G O3 FTT . A FTT 605 1_555 H C1 DAO . A DAO 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.362 ? 
covale ? covale3 B ND2 ASN 453 B ASN 465 1_555 L C1 NAG . B NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? 
covale ? covale4 M O3 FTT . B FTT 605 1_555 N C1 DAO . B DAO 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.367 ? 
covale ? covale5 M C1 FTT . B FTT 605 1_555 O N2 GCS . B GCS 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 171 A ASP 183 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 173 A ASP 185 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 173 A ASP 185 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 173 A ASP 185 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 175 A ASP 187 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 175 A ASP 187 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.048 ? 
metalc ? metalc7 A OD2 ASP 175 A ASP 187 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc8 A O HIS 177 A HIS 189 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc9 A OD2 ASP 192 A ASP 204 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 192 A ASP 204 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 192 A ASP 204 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc12 A O ASN 194 A ASN 206 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc13 A OD1 ASP 195 A ASP 207 1_555 C CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? 
metalc ? metalc14 A O ASP 197 A ASP 209 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc15 A O VAL 200 A VAL 212 1_555 D CA CA . A CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc16 A OD2 ASP 210 A ASP 222 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc17 A OD2 ASP 214 A ASP 226 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc18 A OD1 ASN 216 A ASN 228 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc19 A OD1 ASN 218 A ASN 230 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc20 A O ILE 220 A ILE 232 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc21 A OE2 GLU 232 A GLU 244 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc22 B OD1 ASP 171 B ASP 183 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASP 173 B ASP 185 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? 
metalc ? metalc24 B OD2 ASP 173 B ASP 185 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? 
metalc ? metalc25 B OD1 ASP 175 B ASP 187 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc26 B OD2 ASP 175 B ASP 187 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc27 B O HIS 177 B HIS 189 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc28 B OD2 ASP 192 B ASP 204 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? 
metalc ? metalc29 B OD1 ASP 192 B ASP 204 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? 
metalc ? metalc30 B OD2 ASP 192 B ASP 204 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? 
metalc ? metalc31 B O ASN 194 B ASN 206 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc32 B OD1 ASP 195 B ASP 207 1_555 I CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc33 B O ASP 197 B ASP 209 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc34 B O VAL 200 B VAL 212 1_555 J CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc35 B OD2 ASP 210 B ASP 222 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc36 B OD2 ASP 214 B ASP 226 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.172 ? 
metalc ? metalc37 B OD1 ASN 216 B ASN 228 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc38 B OD1 ASN 218 B ASN 230 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc39 B OE1 GLU 232 B GLU 244 1_555 K CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5W7F 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012225 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.002824 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011318 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010983 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CA A 1 601 1 CA CA . 
D 2 CA A 1 602 2 CA CA . 
E 2 CA A 1 603 3 CA CA . 
F 3 NAG A 1 604 1 NAG NAG . 
G 4 FTT A 1 605 2 FTT FTT . 
H 5 DAO A 1 606 2 DAO DAO . 
I 2 CA B 1 601 4 CA CA . 
J 2 CA B 1 602 5 CA CA . 
K 2 CA B 1 603 6 CA CA . 
L 3 NAG B 1 604 2 NAG NAG . 
M 4 FTT B 1 605 1 FTT FTT . 
N 5 DAO B 1 606 1 DAO DAO . 
O 6 GCS B 1 607 1 GCS GCS . 
P 7 HOH A 1 701 5 HOH HOH . 
P 7 HOH A 2 702 12 HOH HOH . 
P 7 HOH A 3 703 18 HOH HOH . 
P 7 HOH A 4 704 9 HOH HOH . 
P 7 HOH A 5 705 1 HOH HOH . 
P 7 HOH A 6 706 15 HOH HOH . 
P 7 HOH A 7 707 17 HOH HOH . 
P 7 HOH A 8 708 4 HOH HOH . 
P 7 HOH A 9 709 11 HOH HOH . 
P 7 HOH A 10 710 7 HOH HOH . 
P 7 HOH A 11 711 16 HOH HOH . 
Q 7 HOH B 1 701 2 HOH HOH . 
Q 7 HOH B 2 702 3 HOH HOH . 
Q 7 HOH B 3 703 6 HOH HOH . 
Q 7 HOH B 4 704 14 HOH HOH . 
Q 7 HOH B 5 705 19 HOH HOH . 
Q 7 HOH B 6 706 8 HOH HOH . 
Q 7 HOH B 7 707 13 HOH HOH . 
Q 7 HOH B 8 708 10 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         D 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -31.205 
_atom_site.Cartn_y               -0.616 
_atom_site.Cartn_z               -16.641 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        83.35 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           602 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              13 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    30 
_model_server_stats.query_time_ms           281 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#