data_5WFD
#
_model_server_result.job_id            El9Zdgjun4piP2zqph-zmg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-20 19:20:31' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5wfd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":8009}' 
#
_entry.id    5WFD 
#
_exptl.entry_id    5WFD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              526.672 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1-[(2S)-butan-2-yl]-N-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3-methyl-6-[6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl]-1H-indole-4-carboxamide 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5WFD 
_cell.length_a            117.534 
_cell.length_b            136.971 
_cell.length_c            223.583 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5WFD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             K 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B SG CYS 327 B CYS 508 1_555 I ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 330 B CYS 511 1_555 I ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 335 B CYS 516 1_555 I ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc4 B ND1 HIS 337 B HIS 518 1_555 I ZN ZN . B ZN 8007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 389 B CYS 570 1_555 J ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 393 B CYS 574 1_555 J ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 434 B CYS 615 1_555 J ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 444 B CYS 625 1_555 J ZN ZN . B ZN 8008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 504 B CYS 685 1_555 F ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 504 B CYS 685 1_555 H ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc11 B NE2 HIS 506 B HIS 687 1_555 F ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.973 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 510 B CYS 691 1_555 F ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 510 B CYS 691 1_555 G ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc14 B SG CYS 516 B CYS 697 1_555 F ZN ZN . B ZN 8004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc15 B SG CYS 518 B CYS 699 1_555 H ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc16 B SG CYS 528 B CYS 709 1_555 G ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc17 B SG CYS 528 B CYS 709 1_555 H ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc18 B SG CYS 532 B CYS 713 1_555 H ZN ZN . B ZN 8006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc19 B SG CYS 534 B CYS 715 1_555 G ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc20 B SG CYS 539 B CYS 720 1_555 G ZN ZN . B ZN 8005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc21 B SG CYS 546 B CYS 727 1_555 C ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
metalc ? metalc22 B SG CYS 546 B CYS 727 1_555 E ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc23 B SG CYS 548 B CYS 729 1_555 E ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? 
metalc ? metalc24 B SG CYS 555 B CYS 736 1_555 D ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc25 B SG CYS 555 B CYS 736 1_555 E ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc26 B SG CYS 565 B CYS 746 1_555 E ZN ZN . B ZN 8003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc27 B SG CYS 567 B CYS 748 1_555 C ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc28 B SG CYS 574 B CYS 755 1_555 C ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc29 B SG CYS 574 B CYS 755 1_555 D ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc30 B SG CYS 579 B CYS 760 1_555 C ZN ZN . B ZN 8001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc31 B SG CYS 582 B CYS 763 1_555 D ZN ZN . B ZN 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
#
_chem_comp.formula           'C31 H38 N6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    526.672 
_chem_comp.id                A9G 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1-[(2S)-butan-2-yl]-N-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3-methyl-6-[6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl]-1H-indole-4-carboxamide 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C17 C16 A9G sing 1 n n 
C18 C16 A9G sing 2 n n 
C18 C19 A9G doub 3 n n 
C20 C19 A9G sing 4 n n 
C16 C15 A9G doub 5 n n 
C19 N21 A9G sing 6 n n 
C15 C14 A9G sing 7 n n 
C15 C22 A9G sing 8 n n 
C08 C07 A9G sing 9 n n 
N21 C22 A9G sing 10 n n 
C14 N13 A9G sing 11 n n 
C22 O23 A9G doub 12 n n 
O12 C11 A9G doub 13 n n 
N13 C11 A9G sing 14 n n 
C07 C06 A9G doub 15 n y 
C07 C09 A9G sing 16 n y 
C11 C10 A9G sing 17 n n 
C06 N05 A9G sing 18 n y 
C09 C10 A9G doub 19 n y 
C09 C39 A9G sing 20 n y 
C10 C24 A9G sing 21 n y 
N05 C39 A9G sing 22 n y 
N05 C03 A9G sing 23 n n 
C04 C03 A9G sing 24 n n 
C39 C38 A9G doub 25 n y 
C01 C02 A9G sing 26 n n 
C24 C25 A9G doub 27 n y 
C03 C02 A9G sing 28 n n 
C38 C25 A9G sing 29 n y 
C25 C26 A9G sing 30 n n 
C26 C37 A9G doub 31 n y 
C26 C27 A9G sing 32 n y 
C37 N36 A9G sing 33 n y 
C27 C28 A9G doub 34 n y 
N36 C29 A9G doub 35 n y 
C29 C28 A9G sing 36 n y 
C29 N30 A9G sing 37 n n 
N30 C35 A9G sing 38 n n 
N30 C31 A9G sing 39 n n 
C35 C34 A9G sing 40 n n 
C31 C32 A9G sing 41 n n 
C34 N33 A9G sing 42 n n 
N33 C32 A9G sing 43 n n 
C24 H1 A9G sing 44 n n 
C28 H2 A9G sing 45 n n 
C27 H3 A9G sing 46 n n 
C20 H4 A9G sing 47 n n 
C20 H5 A9G sing 48 n n 
C20 H6 A9G sing 49 n n 
C18 H7 A9G sing 50 n n 
C17 H8 A9G sing 51 n n 
C17 H9 A9G sing 52 n n 
C17 H10 A9G sing 53 n n 
C14 H12 A9G sing 54 n n 
C14 H13 A9G sing 55 n n 
C01 H14 A9G sing 56 n n 
C01 H15 A9G sing 57 n n 
C01 H16 A9G sing 58 n n 
C02 H17 A9G sing 59 n n 
C02 H18 A9G sing 60 n n 
C03 H19 A9G sing 61 n n 
C04 H20 A9G sing 62 n n 
C04 H21 A9G sing 63 n n 
C04 H22 A9G sing 64 n n 
C06 H23 A9G sing 65 n n 
C08 H24 A9G sing 66 n n 
C08 H25 A9G sing 67 n n 
C08 H26 A9G sing 68 n n 
C31 H27 A9G sing 69 n n 
C31 H28 A9G sing 70 n n 
C32 H29 A9G sing 71 n n 
C32 H30 A9G sing 72 n n 
C34 H31 A9G sing 73 n n 
C34 H32 A9G sing 74 n n 
C35 H33 A9G sing 75 n n 
C35 H34 A9G sing 76 n n 
C37 H35 A9G sing 77 n n 
C38 H36 A9G sing 78 n n 
N13 H37 A9G sing 79 n n 
N33 H38 A9G sing 80 n n 
N21 H11 A9G sing 81 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5WFD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008508 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007301 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004473 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 ZN B 1 8001 8001 ZN ZN . 
D 3 ZN B 1 8002 8002 ZN ZN . 
E 3 ZN B 1 8003 8003 ZN ZN . 
F 3 ZN B 1 8004 8004 ZN ZN . 
G 3 ZN B 1 8005 8005 ZN ZN . 
H 3 ZN B 1 8006 8006 ZN ZN . 
I 3 ZN B 1 8007 8007 ZN ZN . 
J 3 ZN B 1 8008 8008 ZN ZN . 
K 4 A9G B 1 8009 8009 A9G A9G . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C24 A9G . . . K 4 22.676 -0.338 -24.099 1 31.16 ? C24 A9G 8009 B 1 
HETATM 2 C C25 A9G . . . K 4 23.5 -0.108 -22.91 1 39.9 ? C25 A9G 8009 B 1 
HETATM 3 C C26 A9G . . . K 4 23.143 -0.713 -21.575 1 37.2 ? C26 A9G 8009 B 1 
HETATM 4 C C28 A9G . . . K 4 23.217 -0.861 -19.086 1 42.36 ? C28 A9G 8009 B 1 
HETATM 5 C C27 A9G . . . K 4 23.552 -0.257 -20.308 1 36.77 ? C27 A9G 8009 B 1 
HETATM 6 C C20 A9G . . . K 4 23.022 -7.255 -29.279 1 34.16 ? C20 A9G 8009 B 1 
HETATM 7 C C19 A9G . . . K 4 22.429 -5.891 -28.872 1 36.86 ? C19 A9G 8009 B 1 
HETATM 8 C C22 A9G . . . K 4 20.93 -4.608 -27.452 1 42.72 ? C22 A9G 8009 B 1 
HETATM 9 C C18 A9G . . . K 4 22.792 -4.66 -29.488 1 42.52 ? C18 A9G 8009 B 1 
HETATM 10 C C17 A9G . . . K 4 22.62 -2.089 -29.789 1 34.98 ? C17 A9G 8009 B 1 
HETATM 11 C C16 A9G . . . K 4 22.236 -3.41 -29.116 1 41.62 ? C16 A9G 8009 B 1 
HETATM 12 C C11 A9G . . . K 4 21.991 -0.129 -26.579 1 34.49 ? C11 A9G 8009 B 1 
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HETATM 14 C C15 A9G . . . K 4 21.271 -3.348 -28.085 1 45.86 ? C15 A9G 8009 B 1 
HETATM 15 C C14 A9G . . . K 4 20.645 -2.058 -27.603 1 46.24 ? C14 A9G 8009 B 1 
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HETATM 28 C C35 A9G . . . K 4 20.583 -3.095 -17.59 1 58.65 ? C35 A9G 8009 B 1 
HETATM 29 C C37 A9G . . . K 4 22.364 -1.889 -21.459 1 44.16 ? C37 A9G 8009 B 1 
HETATM 30 C C38 A9G . . . K 4 24.634 0.644 -23.119 1 36.33 ? C38 A9G 8009 B 1 
HETATM 31 C C39 A9G . . . K 4 24.99 1.182 -24.366 1 35.95 ? C39 A9G 8009 B 1 
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HETATM 33 N N13 A9G . . . K 4 21.504 -1.465 -26.656 1 34.62 ? N13 A9G 8009 B 1 
HETATM 34 N N21 A9G . . . K 4 21.484 -5.837 -27.839 1 34.39 ? N21 A9G 8009 B 1 
HETATM 35 N N30 A9G . . . K 4 22.043 -2.714 -17.778 1 62.93 ? N30 A9G 8009 B 1 
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