data_5WHA # _model_server_result.job_id opbpd-bjgTlwr1d10SVoqQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 08:39:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5wha # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":202}' # _entry.id 5WHA # _exptl.entry_id 5WHA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 443.201 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.99 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5WHA _cell.length_a 48.003 _cell.length_b 40.328 _cell.length_c 230.939 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5WHA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 3 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,M,N,O,P,CA,DA,EA 1 1 D,E,F,Q,R,S,T,FA,GA,HA 2 1 G,H,I,U,V,W,X,Y,Z,IA,JA,KA 3 1 J,K,L,AA,BA,LA,MA,NA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 N N N ? 4 R N N ? 4 V N N ? 4 BA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 B SG CYS 10 B CYS 7 1_555 C SG CYS 10 C CYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf2 E SG CYS 10 E CYS 7 1_555 F SG CYS 10 F CYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 H SG CYS 10 H CYS 7 1_555 I SG CYS 10 I CYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf4 K SG CYS 10 K CYS 7 1_555 L SG CYS 10 L CYS 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc1 A OG SER 21 A SER 17 1_555 M MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 67 A GLU 63 1_555 O CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.198 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 67 A GLU 63 1_555 P CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 67 A GLU 63 1_555 P CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc5 A O TYR 68 A TYR 64 1_555 O CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc6 M MG MG . A MG 201 1_555 N O1B GDP . A GDP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc7 M MG MG . A MG 201 1_555 CA O HOH . A HOH 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc8 M MG MG . A MG 201 1_555 CA O HOH . A HOH 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? metalc ? metalc9 O CA CA . A CA 203 1_655 F OD1 ASP 19 F ASP 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? metalc ? metalc10 O CA CA . A CA 203 1_655 F OE1 GLU 22 F GLU 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? metalc ? metalc11 O CA CA . A CA 203 1_655 F OE2 GLU 22 F GLU 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc12 P CA CA . A CA 204 1_555 B O ALA 35 B ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc13 P CA CA . A CA 204 1_555 B OXT ALA 35 B ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? metalc ? metalc14 P CA CA . A CA 204 1_655 F OD1 ASP 19 F ASP 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.197 ? metalc ? metalc15 P CA CA . A CA 204 1_655 F OD2 ASP 19 F ASP 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc16 C OD1 ASP 19 C ASP 16 1_555 S CA CA . D CA 203 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.055 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 19 C ASP 16 1_555 S CA CA . D CA 203 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc18 C OD1 ASP 19 C ASP 16 1_555 T CA CA . D CA 204 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc19 C OE1 GLU 22 C GLU 19 1_555 T CA CA . D CA 204 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? metalc ? metalc20 C OE2 GLU 22 C GLU 19 1_555 T CA CA . D CA 204 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc21 D OG SER 21 D SER 17 1_555 Q MG MG . D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc22 D OE1 GLU 67 D GLU 63 1_555 S CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc23 D OE2 GLU 67 D GLU 63 1_555 S CA CA . D CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc24 D OE2 GLU 67 D GLU 63 1_555 T CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc25 D O TYR 68 D TYR 64 1_555 T CA CA . D CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc26 Q MG MG . D MG 201 1_555 R O3B GDP . D GDP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc27 Q MG MG . D MG 201 1_555 FA O HOH . D HOH 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc28 Q MG MG . D MG 201 1_555 FA O HOH . D HOH 329 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? metalc ? metalc29 S CA CA . D CA 203 1_555 E O ALA 35 E ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc30 S CA CA . D CA 203 1_555 E OXT ALA 35 E ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc31 T CA CA . D CA 204 1_555 FA O HOH . D HOH 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? metalc ? metalc32 G OG SER 21 G SER 17 1_555 U MG MG . G MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc33 G OE1 GLU 67 G GLU 63 1_555 W CA CA . G CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc34 G OE2 GLU 67 G GLU 63 1_555 W CA CA . G CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? metalc ? metalc35 G OE1 GLU 67 G GLU 63 1_555 X CA CA . G CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc36 G O TYR 68 G TYR 64 1_555 X CA CA . G CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc37 U MG MG . G MG 201 1_555 V O1B GDP . G GDP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? metalc ? metalc38 U MG MG . G MG 201 1_555 IA O HOH . G HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc39 U MG MG . G MG 201 1_555 IA O HOH . G HOH 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc40 U MG MG . G MG 201 1_555 IA O HOH . G HOH 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? metalc ? metalc41 W CA CA . G CA 203 1_555 H OXT ALA 35 H ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? metalc ? metalc42 W CA CA . G CA 203 1_555 L OD1 ASP 19 L ASP 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? metalc ? metalc43 W CA CA . G CA 203 1_555 L OD2 ASP 19 L ASP 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc44 X CA CA . G CA 204 1_555 JA O HOH . H HOH 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc45 X CA CA . G CA 204 1_555 L OD1 ASP 19 L ASP 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc46 X CA CA . G CA 204 1_555 L OE1 GLU 22 L GLU 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc47 X CA CA . G CA 204 1_555 L OE2 GLU 22 L GLU 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc48 I OD1 ASP 19 I ASP 16 1_555 Y CA CA . I CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc49 I OD2 ASP 19 I ASP 16 1_555 Y CA CA . I CA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc50 I OD1 ASP 19 I ASP 16 1_555 Z CA CA . I CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc51 I OE1 GLU 22 I GLU 19 1_555 Z CA CA . I CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc52 I OE2 GLU 22 I GLU 19 1_555 Z CA CA . I CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc53 Y CA CA . I CA 101 1_555 KA O HOH . I HOH 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc54 Y CA CA . I CA 101 1_555 J OE1 GLU 67 J GLU 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc55 Y CA CA . I CA 101 1_555 J OE2 GLU 67 J GLU 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc56 Y CA CA . I CA 101 1_555 K O ALA 35 K ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? metalc ? metalc57 Y CA CA . I CA 101 1_555 K OXT ALA 35 K ALA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc58 Z CA CA . I CA 102 1_555 J OE1 GLU 67 J GLU 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc59 Z CA CA . I CA 102 1_555 J O TYR 68 J TYR 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc60 J OG SER 21 J SER 17 1_555 AA MG MG . J MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc61 AA MG MG . J MG 201 1_555 BA O3B GDP . J GDP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? metalc ? metalc62 AA MG MG . J MG 201 1_555 LA O HOH . J HOH 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? metalc ? metalc63 AA MG MG . J MG 201 1_555 LA O HOH . J HOH 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O11 P2' _chem_comp.formula_weight 443.201 _chem_comp.id GDP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type 'rna linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B GDP doub 83 n n PB O2B GDP sing 84 n n PB O3B GDP sing 85 n n PB O3A GDP sing 86 n n O2B HOB2 GDP sing 87 n n O3B HOB3 GDP sing 88 n n O3A PA GDP sing 89 n n PA O1A GDP doub 90 n n PA O2A GDP sing 91 n n PA O5' GDP sing 92 n n O2A HOA2 GDP sing 93 n n O5' C5' GDP sing 94 n n C5' C4' GDP sing 95 n n C5' H5' GDP sing 96 n n C5' "H5''" GDP sing 97 n n C4' O4' GDP sing 98 n n C4' C3' GDP sing 99 n n C4' H4' GDP sing 100 n n O4' C1' GDP sing 101 n n C3' O3' GDP sing 102 n n C3' C2' GDP sing 103 n n C3' H3' GDP sing 104 n n O3' HO3' GDP sing 105 n n C2' O2' GDP sing 106 n n C2' C1' GDP sing 107 n n C2' H2' GDP sing 108 n n O2' HO2' GDP sing 109 n n C1' N9 GDP sing 110 n n C1' H1' GDP sing 111 n n N9 C8 GDP sing 112 n y N9 C4 GDP sing 113 n y C8 N7 GDP doub 114 n y C8 H8 GDP sing 115 n n N7 C5 GDP sing 116 n y C5 C6 GDP sing 117 n n C5 C4 GDP doub 118 n y C6 O6 GDP doub 119 n n C6 N1 GDP sing 120 n n N1 C2 GDP sing 121 n n N1 HN1 GDP sing 122 n n C2 N2 GDP sing 123 n n C2 N3 GDP doub 124 n n N2 HN21 GDP sing 125 n n N2 HN22 GDP sing 126 n n N3 C4 GDP sing 127 n n # _atom_sites.entry_id 5WHA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.020832 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00036 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.024797 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004331 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 MG A 1 201 201 MG MG . N 4 GDP A 1 202 202 GDP GDP . O 5 CA A 1 203 203 CA CA . P 5 CA A 1 204 204 CA CA . Q 3 MG D 1 201 201 MG MG . R 4 GDP D 1 202 202 GDP GDP . S 5 CA D 1 203 203 CA CA . T 5 CA D 1 204 204 CA CA . U 3 MG G 1 201 201 MG MG . V 4 GDP G 1 202 202 GDP GDP . W 5 CA G 1 203 203 CA CA . X 5 CA G 1 204 101 CA CA . Y 5 CA I 1 101 101 CA CA . Z 5 CA I 1 102 102 CA CA . AA 3 MG J 1 201 201 MG MG . BA 4 GDP J 1 202 202 GDP GDP . CA 6 HOH A 1 301 301 HOH HOH . CA 6 HOH A 2 302 302 HOH HOH . CA 6 HOH A 3 303 303 HOH HOH . CA 6 HOH A 4 304 304 HOH HOH . CA 6 HOH A 5 305 305 HOH HOH . CA 6 HOH A 6 306 306 HOH HOH . CA 6 HOH A 7 307 307 HOH HOH . CA 6 HOH A 8 308 308 HOH HOH . CA 6 HOH A 9 309 309 HOH HOH . CA 6 HOH A 10 310 310 HOH HOH . CA 6 HOH A 11 311 311 HOH HOH . CA 6 HOH A 12 312 312 HOH HOH . CA 6 HOH A 13 313 313 HOH HOH . CA 6 HOH A 14 314 314 HOH HOH . CA 6 HOH A 15 315 315 HOH HOH . CA 6 HOH A 16 316 316 HOH HOH . CA 6 HOH A 17 317 317 HOH HOH . CA 6 HOH A 18 318 318 HOH HOH . CA 6 HOH A 19 319 319 HOH HOH . CA 6 HOH A 20 320 320 HOH HOH . CA 6 HOH A 21 321 321 HOH HOH . CA 6 HOH A 22 322 322 HOH HOH . CA 6 HOH A 23 323 323 HOH HOH . CA 6 HOH A 24 324 324 HOH HOH . CA 6 HOH A 25 325 325 HOH HOH . CA 6 HOH A 26 326 326 HOH HOH . CA 6 HOH A 27 327 327 HOH HOH . CA 6 HOH A 28 328 328 HOH HOH . DA 6 HOH B 1 101 101 HOH HOH . DA 6 HOH B 2 102 102 HOH HOH . DA 6 HOH B 3 103 103 HOH HOH . DA 6 HOH B 4 104 104 HOH HOH . DA 6 HOH B 5 105 105 HOH HOH . DA 6 HOH B 6 106 106 HOH HOH . DA 6 HOH B 7 107 107 HOH HOH . EA 6 HOH C 1 101 101 HOH HOH . EA 6 HOH C 2 102 102 HOH HOH . EA 6 HOH C 3 103 103 HOH HOH . EA 6 HOH C 4 104 104 HOH HOH . EA 6 HOH C 5 105 105 HOH HOH . EA 6 HOH C 6 106 106 HOH HOH . EA 6 HOH C 7 107 107 HOH HOH . EA 6 HOH C 8 108 108 HOH HOH . FA 6 HOH D 1 301 301 HOH HOH . FA 6 HOH D 2 302 302 HOH HOH . FA 6 HOH D 3 303 303 HOH HOH . FA 6 HOH D 4 304 304 HOH HOH . FA 6 HOH D 5 305 305 HOH HOH . FA 6 HOH D 6 306 306 HOH HOH . FA 6 HOH D 7 307 307 HOH HOH . FA 6 HOH D 8 308 308 HOH HOH . FA 6 HOH D 9 309 309 HOH HOH . FA 6 HOH D 10 310 310 HOH HOH . FA 6 HOH D 11 311 311 HOH HOH . FA 6 HOH D 12 312 312 HOH HOH . FA 6 HOH D 13 313 313 HOH HOH . FA 6 HOH D 14 314 314 HOH HOH . FA 6 HOH D 15 315 315 HOH HOH . FA 6 HOH D 16 316 316 HOH HOH . FA 6 HOH D 17 317 317 HOH HOH . FA 6 HOH D 18 318 318 HOH HOH . FA 6 HOH D 19 319 319 HOH HOH . FA 6 HOH D 20 320 320 HOH HOH . FA 6 HOH D 21 321 321 HOH HOH . FA 6 HOH D 22 322 322 HOH HOH . FA 6 HOH D 23 323 323 HOH HOH . FA 6 HOH D 24 324 324 HOH HOH . FA 6 HOH D 25 325 325 HOH HOH . FA 6 HOH D 26 326 326 HOH HOH . FA 6 HOH D 27 327 327 HOH HOH . FA 6 HOH D 28 328 328 HOH HOH . FA 6 HOH D 29 329 329 HOH HOH . FA 6 HOH D 30 330 330 HOH HOH . GA 6 HOH E 1 101 101 HOH HOH . GA 6 HOH E 2 102 102 HOH HOH . GA 6 HOH E 3 103 103 HOH HOH . GA 6 HOH E 4 104 104 HOH HOH . GA 6 HOH E 5 105 105 HOH HOH . GA 6 HOH E 6 106 106 HOH HOH . GA 6 HOH E 7 107 107 HOH HOH . HA 6 HOH F 1 101 101 HOH HOH . HA 6 HOH F 2 102 102 HOH HOH . HA 6 HOH F 3 103 103 HOH HOH . HA 6 HOH F 4 104 104 HOH HOH . HA 6 HOH F 5 105 105 HOH HOH . HA 6 HOH F 6 106 106 HOH HOH . IA 6 HOH G 1 301 301 HOH HOH . IA 6 HOH G 2 302 302 HOH HOH . IA 6 HOH G 3 303 303 HOH HOH . IA 6 HOH G 4 304 304 HOH HOH . IA 6 HOH G 5 305 305 HOH HOH . IA 6 HOH G 6 306 306 HOH HOH . IA 6 HOH G 7 307 307 HOH HOH . IA 6 HOH G 8 308 308 HOH HOH . IA 6 HOH G 9 309 309 HOH HOH . IA 6 HOH G 10 310 310 HOH HOH . IA 6 HOH G 11 311 311 HOH HOH . IA 6 HOH G 12 312 312 HOH HOH . IA 6 HOH G 13 313 313 HOH HOH . IA 6 HOH G 14 314 314 HOH HOH . IA 6 HOH G 15 315 315 HOH HOH . IA 6 HOH G 16 316 316 HOH HOH . IA 6 HOH G 17 317 317 HOH HOH . IA 6 HOH G 18 318 318 HOH HOH . IA 6 HOH G 19 319 319 HOH HOH . IA 6 HOH G 20 320 320 HOH HOH . IA 6 HOH G 21 321 321 HOH HOH . IA 6 HOH G 22 322 322 HOH HOH . IA 6 HOH G 23 323 323 HOH HOH . IA 6 HOH G 24 324 324 HOH HOH . IA 6 HOH G 25 325 325 HOH HOH . IA 6 HOH G 26 326 326 HOH HOH . IA 6 HOH G 27 327 327 HOH HOH . IA 6 HOH G 28 328 328 HOH HOH . IA 6 HOH G 29 329 329 HOH HOH . IA 6 HOH G 30 330 330 HOH HOH . IA 6 HOH G 31 331 331 HOH HOH . IA 6 HOH G 32 332 332 HOH HOH . IA 6 HOH G 33 333 333 HOH HOH . IA 6 HOH G 34 334 334 HOH HOH . IA 6 HOH G 35 335 335 HOH HOH . IA 6 HOH G 36 336 336 HOH HOH . JA 6 HOH H 1 101 101 HOH HOH . JA 6 HOH H 2 102 102 HOH HOH . JA 6 HOH H 3 103 103 HOH HOH . JA 6 HOH H 4 104 104 HOH HOH . JA 6 HOH H 5 105 105 HOH HOH . JA 6 HOH H 6 106 106 HOH HOH . JA 6 HOH H 7 107 107 HOH HOH . JA 6 HOH H 8 108 108 HOH HOH . JA 6 HOH H 9 109 109 HOH HOH . KA 6 HOH I 1 201 201 HOH HOH . KA 6 HOH I 2 202 202 HOH HOH . KA 6 HOH I 3 203 203 HOH HOH . KA 6 HOH I 4 204 204 HOH HOH . KA 6 HOH I 5 205 205 HOH HOH . KA 6 HOH I 6 206 206 HOH HOH . KA 6 HOH I 7 207 207 HOH HOH . KA 6 HOH I 8 208 208 HOH HOH . LA 6 HOH J 1 301 301 HOH HOH . LA 6 HOH J 2 302 302 HOH HOH . LA 6 HOH J 3 303 303 HOH HOH . LA 6 HOH J 4 304 304 HOH HOH . LA 6 HOH J 5 305 305 HOH HOH . LA 6 HOH J 6 306 306 HOH HOH . LA 6 HOH J 7 307 307 HOH HOH . LA 6 HOH J 8 308 308 HOH HOH . LA 6 HOH J 9 309 309 HOH HOH . LA 6 HOH J 10 310 310 HOH HOH . LA 6 HOH J 11 311 311 HOH HOH . LA 6 HOH J 12 312 312 HOH HOH . LA 6 HOH J 13 313 313 HOH HOH . LA 6 HOH J 14 314 314 HOH HOH . LA 6 HOH J 15 315 315 HOH HOH . LA 6 HOH J 16 316 316 HOH HOH . LA 6 HOH J 17 317 317 HOH HOH . LA 6 HOH J 18 318 318 HOH HOH . LA 6 HOH J 19 319 319 HOH HOH . LA 6 HOH J 20 320 320 HOH HOH . LA 6 HOH J 21 321 321 HOH HOH . LA 6 HOH J 22 322 322 HOH HOH . LA 6 HOH J 23 323 323 HOH HOH . LA 6 HOH J 24 324 324 HOH HOH . LA 6 HOH J 25 325 325 HOH HOH . LA 6 HOH J 26 326 326 HOH HOH . LA 6 HOH J 27 327 327 HOH HOH . LA 6 HOH J 28 328 328 HOH HOH . LA 6 HOH J 29 329 329 HOH HOH . LA 6 HOH J 30 330 330 HOH HOH . MA 6 HOH K 1 101 101 HOH HOH . MA 6 HOH K 2 102 102 HOH HOH . NA 6 HOH L 1 201 201 HOH HOH . NA 6 HOH L 2 202 202 HOH HOH . NA 6 HOH L 3 203 203 HOH HOH . NA 6 HOH L 4 204 204 HOH HOH . NA 6 HOH L 5 205 205 HOH HOH . NA 6 HOH L 6 206 206 HOH HOH . NA 6 HOH L 7 207 207 HOH HOH . NA 6 HOH L 8 208 208 HOH HOH . NA 6 HOH L 9 209 209 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB GDP . . . N 4 -7.435 12.956 -9.737 1 22.82 ? PB GDP 202 A 1 HETATM 2 O O1B GDP . . . N 4 -6.92 12.749 -11.14 1 19 ? O1B GDP 202 A 1 HETATM 3 O O2B GDP . . . N 4 -8.66 13.837 -9.756 1 35.24 ? O2B GDP 202 A 1 HETATM 4 O O3B GDP . . . N 4 -7.808 11.628 -9.128 1 19.34 ? O3B GDP 202 A 1 HETATM 5 O O3A GDP . . . N 4 -6.312 13.645 -8.814 1 69.53 ? O3A GDP 202 A 1 HETATM 6 P PA GDP . . . N 4 -4.763 13.747 -9.246 1 21.98 ? PA GDP 202 A 1 HETATM 7 O O1A GDP . . . N 4 -4.559 14.829 -10.278 1 20.78 ? O1A GDP 202 A 1 HETATM 8 O O2A GDP . . . N 4 -4.231 12.423 -9.739 1 24.07 ? O2A GDP 202 A 1 HETATM 9 O O5' GDP . . . N 4 -4.065 14.162 -7.858 1 36.06 ? O5' GDP 202 A 1 HETATM 10 C C5' GDP . . . N 4 -3.866 15.537 -7.54 1 37.81 ? C5' GDP 202 A 1 HETATM 11 C C4' GDP . . . N 4 -2.785 15.66 -6.476 1 38.59 ? C4' GDP 202 A 1 HETATM 12 O O4' GDP . . . N 4 -2.879 14.581 -5.543 1 35.09 ? O4' GDP 202 A 1 HETATM 13 C C3' GDP . . . N 4 -1.402 15.592 -7.101 1 36.7 ? C3' GDP 202 A 1 HETATM 14 O O3' GDP . . . N 4 -0.782 16.88 -7.064 1 40.92 ? O3' GDP 202 A 1 HETATM 15 C C2' GDP . . . N 4 -0.618 14.605 -6.261 1 27.93 ? C2' GDP 202 A 1 HETATM 16 O O2' GDP . . . N 4 0.525 15.249 -5.692 1 34.29 ? O2' GDP 202 A 1 HETATM 17 C C1' GDP . . . N 4 -1.57 14.144 -5.167 1 24.05 ? C1' GDP 202 A 1 HETATM 18 N N9 GDP . . . N 4 -1.525 12.666 -5.045 1 19.99 ? N9 GDP 202 A 1 HETATM 19 C C8 GDP . . . N 4 -2.097 11.786 -5.888 1 19.79 ? C8 GDP 202 A 1 HETATM 20 N N7 GDP . . . N 4 -1.869 10.508 -5.491 1 19.84 ? N7 GDP 202 A 1 HETATM 21 C C5 GDP . . . N 4 -1.136 10.559 -4.364 1 20.06 ? C5 GDP 202 A 1 HETATM 22 C C6 GDP . . . N 4 -0.548 9.574 -3.424 1 29.3 ? C6 GDP 202 A 1 HETATM 23 O O6 GDP . . . N 4 -0.696 8.345 -3.602 1 20.21 ? O6 GDP 202 A 1 HETATM 24 N N1 GDP . . . N 4 0.144 10.042 -2.377 1 20.48 ? N1 GDP 202 A 1 HETATM 25 C C2 GDP . . . N 4 0.317 11.36 -2.158 1 28.14 ? C2 GDP 202 A 1 HETATM 26 N N2 GDP . . . N 4 1.031 11.749 -1.074 1 34.82 ? N2 GDP 202 A 1 HETATM 27 N N3 GDP . . . N 4 -0.192 12.316 -2.977 1 31.08 ? N3 GDP 202 A 1 HETATM 28 C C4 GDP . . . N 4 -0.913 11.983 -4.074 1 28.05 ? C4 GDP 202 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 25 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 9 _model_server_stats.query_time_ms 269 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 28 #